src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.appletgui.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import java.awt.event.ActionListener;\r
  28 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  29 \r
  30 \r
  31 public class AppletPDBViewer extends Frame\r
  32 {\r
  33       PDBEntry pdb;\r
  34       Sequence sequence;\r
  35       AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  36 \r
  37 \r
  38       public AppletPDBViewer(String pdbtext,String type,\r
  39                        Sequence seq,\r
  40                        SeqCanvas seqcanvas)\r
  41       {\r
  42         sequence = seq;\r
  43 \r
  44         try\r
  45         {\r
  46           jbInit();\r
  47         }\r
  48         catch (Exception ex)\r
  49         {\r
  50           ex.printStackTrace();\r
  51         }\r
  52 \r
  53         pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(seqcanvas, seq);\r
  54 \r
  55         add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  56 \r
  57         StringBuffer title = new StringBuffer(sequence.getName() + ":");\r
  58 \r
  59         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this,title.toString(),400, 400);\r
  60 \r
  61         try{\r
  62         PDBfile pdbfile = new PDBfile(pdbtext, type);\r
  63         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);\r
  64         }\r
  65         catch(Exception ex){\r
  66           pdbcanvas.errorLoading = true;\r
  67           pdbcanvas.repaint();\r
  68         }\r
  69       }\r
  70 \r
  71 \r
  72       private void jbInit()\r
  73           throws Exception\r
  74       {\r
  75         this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  76         fileMenu.setLabel("File");\r
  77         coloursMenu.setLabel("Colours");\r
  78         mapping.setLabel("View Mapping");\r
  79         mapping.addActionListener(new ActionListener()\r
  80         {\r
  81           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  82           {\r
  83             mapping_actionPerformed();\r
  84           }\r
  85         });\r
  86         wire.setLabel("Wireframe");\r
  87         wire.addItemListener(new ItemListener()\r
  88         {\r
  89           public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
  90           {\r
  91             wire_actionPerformed();\r
  92           }\r
  93         });\r
  94         depth.setState(true);\r
  95         depth.setLabel("Depthcue");\r
  96         depth.addItemListener(new ItemListener()\r
  97         {\r
  98           public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
  99           {\r
 100             depth_actionPerformed();\r
 101           }\r
 102         });\r
 103         zbuffer.setState(true);\r
 104         zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
 105         zbuffer.addItemListener(new ItemListener()\r
 106         {\r
 107           public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 108           {\r
 109             zbuffer_actionPerformed();\r
 110           }\r
 111         });\r
 112         charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
 113         charge.addActionListener(new ActionListener()\r
 114         {\r
 115           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 116           {\r
 117             charge_actionPerformed();\r
 118           }\r
 119         });\r
 120         hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
 121         hydro.addActionListener(new ActionListener()\r
 122         {\r
 123           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 124           {\r
 125             pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
 126           }\r
 127         });\r
 128         chain.setLabel("By Chain");\r
 129         chain.addActionListener(new ActionListener()\r
 130         {\r
 131           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 132           {\r
 133             chain_actionPerformed();\r
 134           }\r
 135         });\r
 136         seqButton.setLabel("By Sequence");\r
 137         seqButton.addActionListener(new ActionListener()\r
 138         {\r
 139           public void actionPerformed(ActionEvent e){\r
 140             seqButton_actionPerformed();\r
 141           }\r
 142         });\r
 143     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
 144     allchains.addItemListener(new ItemListener()\r
 145     {\r
 146       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 147       {\r
 148         allchains_itemStateChanged(itemEvent);\r
 149       }\r
 150     });\r
 151     viewMenu.setLabel("View");\r
 152     zappo.setLabel("Zappo");\r
 153     zappo.addActionListener(new ActionListener()\r
 154     {\r
 155       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 156       {\r
 157         pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
 158       }\r
 159     });\r
 160     taylor.setLabel("Taylor");\r
 161     taylor.addActionListener(new ActionListener()\r
 162     {\r
 163       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 164       {\r
 165         pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
 166       }\r
 167     });\r
 168     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
 169     helix.addActionListener(new ActionListener()\r
 170     {\r
 171       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 172       {\r
 173        pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
 174       }\r
 175     });\r
 176     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
 177     strand.addActionListener(new ActionListener()\r
 178     {\r
 179       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 180       {\r
 181         pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
 182       }\r
 183     });\r
 184     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
 185     turn.addActionListener(new ActionListener()\r
 186     {\r
 187       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 188       {\r
 189         pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
 190       }\r
 191     });\r
 192     buried.setLabel("Buried Index");\r
 193     buried.addActionListener(new ActionListener()\r
 194     {\r
 195       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 196       {\r
 197         pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
 198       }\r
 199     });\r
 200     user.setLabel("User Defined...");\r
 201     user.addActionListener(new ActionListener()\r
 202     {\r
 203       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 204       {\r
 205         pdbcanvas.bysequence = false;\r
 206         new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
 207       }\r
 208     });\r
 209     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 210         jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 211     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
 212     fileMenu.add(mapping);;\r
 213 \r
 214         coloursMenu.add(seqButton);\r
 215         coloursMenu.add(chain);\r
 216     coloursMenu.add(charge);\r
 217     coloursMenu.add(zappo);\r
 218     coloursMenu.add(taylor);\r
 219     coloursMenu.add(hydro);\r
 220     coloursMenu.add(helix);\r
 221     coloursMenu.add(strand);\r
 222     coloursMenu.add(turn);\r
 223     coloursMenu.add(buried);\r
 224     coloursMenu.add(user);\r
 225     viewMenu.add(wire);\r
 226     viewMenu.add(depth);\r
 227     viewMenu.add(zbuffer);\r
 228     viewMenu.add(allchains);\r
 229     allchains.setState(true);\r
 230   }\r
 231 \r
 232       MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 233       Menu fileMenu = new Menu();\r
 234       Menu coloursMenu = new Menu();\r
 235       MenuItem mapping = new MenuItem();\r
 236       CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
 237       CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
 238       CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
 239       CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
 240 \r
 241       MenuItem charge = new MenuItem();\r
 242       MenuItem hydro = new MenuItem();\r
 243       MenuItem chain = new MenuItem();\r
 244       MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
 245 \r
 246      CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
 247   Menu viewMenu = new Menu();\r
 248   MenuItem turn = new MenuItem();\r
 249   MenuItem strand = new MenuItem();\r
 250   MenuItem helix = new MenuItem();\r
 251   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
 252   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
 253   MenuItem buried = new MenuItem();\r
 254   MenuItem user = new MenuItem();\r
 255 \r
 256   public void charge_actionPerformed()\r
 257       {\r
 258         pdbcanvas.bysequence = false;\r
 259         pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
 260         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 261         pdbcanvas.repaint();\r
 262       }\r
 263 \r
 264       public void chain_actionPerformed()\r
 265       {\r
 266          pdbcanvas.bysequence = false;\r
 267          pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
 268         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 269         pdbcanvas.repaint();\r
 270       }\r
 271 \r
 272       public void zbuffer_actionPerformed()\r
 273       {\r
 274         pdbcanvas.zbuffer = ! pdbcanvas.zbuffer;\r
 275         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 276         pdbcanvas.repaint();\r
 277       }\r
 278 \r
 279       public void depth_actionPerformed()\r
 280       {\r
 281       pdbcanvas.depthcue = ! pdbcanvas.depthcue;\r
 282       pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 283         pdbcanvas.repaint();\r
 284       }\r
 285 \r
 286       public void wire_actionPerformed()\r
 287       {\r
 288         pdbcanvas.wire = ! pdbcanvas.wire;\r
 289         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 290         pdbcanvas.repaint();\r
 291       }\r
 292 \r
 293       public void seqButton_actionPerformed()\r
 294       {\r
 295         pdbcanvas.bysequence = true;\r
 296         pdbcanvas.updateSeqColours();\r
 297         pdbcanvas.repaint();\r
 298       }\r
 299 \r
 300 \r
 301       public void mapping_actionPerformed()\r
 302       {\r
 303         jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
 304             = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 305         Frame frame = new Frame();\r
 306         frame.add(cap);\r
 307         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500, 600);\r
 308         cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
 309       }\r
 310 \r
 311       public void allchains_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 312       {\r
 313         pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 314       }\r
 315 \r
 316 }\r