src/MCview/Atom.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 public class Atom
  24 {
  25   public float x;
  26
  27   public float y;
  28
  29   public float z;
  30
  31   public int number;
  32
  33   public String name;
  34
  35   public String resName;
  36
  37   public int resNumber;
  38
  39   public char insCode = ' ';
  40
  41   public String resNumIns = null;
  42
  43   public int type;
  44
  45   Color color = Color.lightGray;
  46
  47   public String chain;
  48
  49   public int alignmentMapping = -1;
  50
  51   public int atomIndex;
  52
  53   public float occupancy = 0;
  54
  55   public float tfactor = 0;
  56
  57   public boolean isSelected = false;
  58
  59   public Atom(String str)
  60   {
  61     atomIndex = Integer.parseInt(str.substring(6, 11).trim());
  62
  63     name = str.substring(12, 15).trim();
  64
  65     resName = str.substring(17, 20);
  66
  67     chain = str.substring(21, 22);
  68
  69     resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22, 26).trim());
  70     resNumIns = str.substring(22, 27);
  71     insCode = str.substring(26, 27).charAt(0);
  72     this.x = (float) (new Float(str.substring(30, 38).trim()).floatValue());
  73     this.y = (float) (new Float(str.substring(38, 46).trim()).floatValue());
  74     this.z = (float) (new Float(str.substring(47, 55).trim()).floatValue());
  75     occupancy = (float) (new Float(str.substring(54, 60).trim())
  76             .floatValue());
  77     tfactor = (float) (new Float(str.substring(60, 66).trim()).floatValue());
  78   }
  79
  80   public Atom(float x, float y, float z)
  81   {
  82     this.x = x;
  83     this.y = y;
  84     this.z = z;
  85   }
  86   // public void setColor(Color col) {
  87   // this.color = col;
  88   // }
  89 }