JAL-1064 sequence database sources are stored and retrieved as lists associated with...
[jalview.git] / src / MCview / Atom.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package MCview;
19
20 import java.awt.*;
21
22 public class Atom
23 {
24   public float x;
25
26   public float y;
27
28   public float z;
29
30   public int number;
31
32   public String name;
33
34   public String resName;
35
36   public int resNumber;
37
38   public char insCode = ' ';
39
40   public String resNumIns = null;
41
42   public int type;
43
44   Color color = Color.lightGray;
45
46   public String chain;
47
48   /**
49    * this is a temporary value - designed to store the position in sequence that this atom corresponds to after aligning the chain to a SequenceI object. Do not rely on its value being correct when visualizing sequence colourings on the structure - use the StructureSelectionManager's mapping instead.
50    */
51   public int alignmentMapping = -1;
52
53   public int atomIndex;
54
55   public float occupancy = 0;
56   
57   public float tfactor = 0;
58   // need these if we ever want to export Atom data
59   // public boolean tfacset=true,occset=true;
60   public boolean isSelected = false;
61
62   public Atom(String str)
63   {
64     atomIndex = Integer.parseInt(str.substring(6, 11).trim());
65
66     name = str.substring(12, 15).trim();
67
68     resName = str.substring(17, 20);
69
70     chain = str.substring(21, 22);
71
72     resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22, 26).trim());
73     resNumIns = str.substring(22, 27);
74     insCode = str.substring(26, 27).charAt(0);
75     this.x = (float) (new Float(str.substring(30, 38).trim()).floatValue());
76     this.y = (float) (new Float(str.substring(38, 46).trim()).floatValue());
77     this.z = (float) (new Float(str.substring(47, 55).trim()).floatValue());
78     // optional entries - see JAL-730
79     String tm = str.substring(54, 60).trim();
80     if (tm.length()>0) {
81       occupancy = (float) (new Float(tm)).floatValue();
82     } else {
83       occupancy = 1f; // default occupancy
84       // see note above: occset=false;
85     }
86     tm = str.substring(60, 66).trim();
87     if (tm.length()>0)
88     {
89       tfactor = (float) (new Float(tm).floatValue());
90     } else {
91       tfactor = 1f;
92       //see note above: tfacset=false;
93     }
94   }
95
96   public Atom(float x, float y, float z)
97   {
98     this.x = x;
99     this.y = y;
100     this.z = z;
101   }
102   // public void setColor(Color col) {
103   // this.color = col;
104   // }
105 }