src/MCview/Atom.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 public class Atom
  23 {
  24   public float x;
  25
  26   public float y;
  27
  28   public float z;
  29
  30   public int number;
  31
  32   public String name;
  33
  34   public String resName;
  35
  36   public int resNumber;
  37
  38   public char insCode = ' ';
  39
  40   public String resNumIns = null;
  41
  42   public int type;
  43
  44   Color color = Color.lightGray;
  45
  46   public String chain;
  47
  48   /**
  49    * this is a temporary value - designed to store the position in sequence that
  50    * this atom corresponds to after aligning the chain to a SequenceI object. Do
  51    * not rely on its value being correct when visualizing sequence colourings on
  52    * the structure - use the StructureSelectionManager's mapping instead.
  53    */
  54   public int alignmentMapping = -1;
  55
  56   public int atomIndex;
  57
  58   public float occupancy = 0;
  59
  60   public float tfactor = 0;
  61
  62   // need these if we ever want to export Atom data
  63   // public boolean tfacset=true,occset=true;
  64   public boolean isSelected = false;
  65
  66   public Atom(String str)
  67   {
  68     atomIndex = Integer.parseInt(str.substring(6, 11).trim());
  69
  70     name = str.substring(12, 15).trim();
  71
  72     resName = str.substring(17, 20);
  73
  74     chain = str.substring(21, 22);
  75
  76     resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22, 26).trim());
  77     resNumIns = str.substring(22, 27);
  78     insCode = str.substring(26, 27).charAt(0);
  79     this.x = (float) (new Float(str.substring(30, 38).trim()).floatValue());
  80     this.y = (float) (new Float(str.substring(38, 46).trim()).floatValue());
  81     this.z = (float) (new Float(str.substring(47, 55).trim()).floatValue());
  82     // optional entries - see JAL-730
  83     String tm = str.substring(54, 60).trim();
  84     if (tm.length() > 0)
  85     {
  86       occupancy = (float) (new Float(tm)).floatValue();
  87     }
  88     else
  89     {
  90       occupancy = 1f; // default occupancy
  91       // see note above: occset=false;
  92     }
  93     tm = str.substring(60, 66).trim();
  94     if (tm.length() > 0)
  95     {
  96       tfactor = (float) (new Float(tm).floatValue());
  97     }
  98     else
  99     {
 100       tfactor = 1f;
 101       // see note above: tfacset=false;
 102     }
 103   }
 104
 105   public Atom(float x, float y, float z)
 106   {
 107     this.x = x;
 108     this.y = y;
 109     this.z = z;
 110   }
 111   // public void setColor(Color col) {
 112   // this.color = col;
 113   // }
 114 }