src/MCview/Atom.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class Atom {\r
  27     float x;\r
  28     float y;\r
  29     float z;\r
  30     int number;\r
  31     String name;\r
  32     String resName;\r
  33     int resNumber;\r
  34     int type;\r
  35     Color color;\r
  36     String chain;\r
  37 \r
  38     public boolean isSelected = false;\r
  39 \r
  40     public Atom(StringTokenizer str)\r
  41     {\r
  42         str.nextToken(); // Number, not used in MCview\r
  43         this.name = str.nextToken(); // Name, not used in MCview\r
  44 \r
  45         this.resName = str.nextToken();\r
  46 \r
  47         String token1 = str.nextToken();\r
  48 \r
  49         String token2 = str.nextToken();\r
  50 \r
  51         try{\r
  52 \r
  53           this.chain = token1;\r
  54           resNumber = Integer.parseInt(token2);\r
  55 \r
  56           this.x = (float) (new Float(str.nextToken()).floatValue());\r
  57           this.y = (float) (new Float(str.nextToken()).floatValue());\r
  58           this.z = (float) (new Float(str.nextToken()).floatValue());\r
  59 \r
  60         }catch(NumberFormatException ex)\r
  61         {\r
  62           chain = "A";\r
  63           resNumber = Integer.parseInt(token1);\r
  64           this.x = (float) (new Float(token2).floatValue());\r
  65           this.y = (float) (new Float(str.nextToken()).floatValue());\r
  66           this.z = (float) (new Float(str.nextToken()).floatValue());\r
  67         }\r
  68 \r
  69     }\r
  70 \r
  71     public void setColor(Color col) {\r
  72         this.color = col;\r
  73     }\r
  74 }\r