src/MCview/Atom.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 public class Atom {\r
  25     float x;\r
  26     float y;\r
  27     float z;\r
  28     int number;\r
  29     String name;\r
  30     String resName;\r
  31     int resNumber;\r
  32     int type;\r
  33     Color color = Color.lightGray;\r
  34     String chain;\r
  35     int alignmentMapping=-1;\r
  36 \r
  37     public boolean isSelected = false;\r
  38 \r
  39     public Atom(String str)\r
  40     {\r
  41         name =  str.substring(12,15).trim();\r
  42 \r
  43         resName = str.substring(17,20);\r
  44 \r
  45         chain = str.substring(21,22);\r
  46 \r
  47         resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22,26).trim());\r
  48 \r
  49         this.x = (float) (new Float(str.substring(30,38).trim()).floatValue());\r
  50         this.y = (float) (new Float(str.substring(38,46).trim()).floatValue());\r
  51         this.z = (float) (new Float(str.substring(47,55).trim()).floatValue());\r
  52 \r
  53     }\r
  54 \r
  55   //  public void setColor(Color col) {\r
  56   //      this.color = col;\r
  57   //  }\r
  58 }\r