new getVisibleContigs method mirrors the getVisibleContigs method in AlignmentView
[jalview.git] / src / MCview / Atom.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package MCview;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 \r
24 public class Atom {\r
25     float x;\r
26     float y;\r
27     float z;\r
28     int number;\r
29     String name;\r
30     String resName;\r
31     int resNumber;\r
32     int type;\r
33     Color color = Color.lightGray;\r
34     String chain;\r
35     int alignmentMapping=-1;\r
36 \r
37     public boolean isSelected = false;\r
38 \r
39     public Atom(String str)\r
40     {\r
41         name =  str.substring(12,15).trim();\r
42 \r
43         resName = str.substring(17,20);\r
44 \r
45         chain = str.substring(21,22);\r
46 \r
47         resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22,26).trim());\r
48 \r
49         this.x = (float) (new Float(str.substring(30,38).trim()).floatValue());\r
50         this.y = (float) (new Float(str.substring(38,46).trim()).floatValue());\r
51         this.z = (float) (new Float(str.substring(47,55).trim()).floatValue());\r
52 \r
53     }\r
54 \r
55   //  public void setColor(Color col) {\r
56   //      this.color = col;\r
57   //  }\r
58 }\r