src/MCview/Atom.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23
  24 public class Atom {
  25     public float x;
  26     public float y;
  27     public float z;
  28     public int number;
  29     public String name;
  30     public String resName;
  31     public int resNumber;
  32     public int type;
  33     Color color = Color.lightGray;
  34     public String chain;
  35     int alignmentMapping=-1;
  36
  37     public boolean isSelected = false;
  38
  39     public Atom(String str)
  40     {
  41         name =  str.substring(12,15).trim();
  42
  43         resName = str.substring(17,20);
  44
  45         chain = str.substring(21,22);
  46
  47         resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22,26).trim());
  48
  49         this.x = (float) (new Float(str.substring(30,38).trim()).floatValue());
  50         this.y = (float) (new Float(str.substring(38,46).trim()).floatValue());
  51         this.z = (float) (new Float(str.substring(47,55).trim()).floatValue());
  52
  53     }
  54     public Atom(float x,float y, float z) {
  55       this.x = x;
  56       this.y = y;
  57       this.z = z;
  58     }
  59   //  public void setColor(Color col) {
  60   //      this.color = col;
  61   //  }
  62 }