src/MCview/Atom.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package MCview;\r
  21 import java.util.*;\r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 public class Atom {\r
  25   double x;\r
  26   double y;\r
  27   double z;\r
  28   int number;\r
  29   String name;\r
  30   String resName;\r
  31   int resNumber;\r
  32   int type;\r
  33   Color color;\r
  34   String chain;\r
  35 \r
  36   public Atom(StringTokenizer str) {\r
  37     this.number  = (new Integer(str.nextToken())).intValue();\r
  38     this.name    = str.nextToken();\r
  39     this.resName = str.nextToken();\r
  40 \r
  41     String tmpstr = new String();\r
  42 \r
  43     try {\r
  44       tmpstr = str.nextToken();\r
  45 \r
  46       this.resNumber = (new Integer(tmpstr).intValue());\r
  47       this.chain     = "A";\r
  48       this.color     = Color.green;\r
  49 \r
  50     } catch(NumberFormatException e) {\r
  51       this.chain = tmpstr;\r
  52 \r
  53       if (tmpstr.equals("A")) {\r
  54         this.color = new Color((float)Math.random(),(float)Math.random(),(float)Math.random());\r
  55       } else {\r
  56         this.color = Color.red;\r
  57       }\r
  58       this.resNumber = (new Integer(str.nextToken()).intValue());\r
  59     }\r
  60 \r
  61     this.x = (double)(new Double(str.nextToken()).floatValue());\r
  62     this.y = (double)(new Double(str.nextToken()).floatValue());\r
  63     this.z = (double)(new Double(str.nextToken()).floatValue());\r
  64 \r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void setColor(Color col) {\r
  68     this.color = col;\r
  69   }\r
  70 \r
  71 }\r