JAL-2422 general pull-up/removal of common or unused fields and methods
[jalview.git] / src / MCview / Bond.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package MCview;
22
23 import java.awt.Color;
24
25 public class Bond
26 {
27   float[] start;
28
29   float[] end;
30
31   Color startCol = Color.lightGray;
32
33   Color endCol = Color.lightGray;
34
35   public Atom at1;
36
37   public Atom at2;
38
39   public Bond(Atom at1, Atom at2)
40   {
41     this.start = new float[] { at1.x, at1.y, at1.z };
42     this.end = new float[] { at2.x, at2.y, at2.z };
43     this.startCol = at1.color;
44     this.endCol = at2.color;
45     this.at1 = at1;
46     this.at2 = at2;
47   }
48
49   /*
50    * public Bond(Bond bond) { this.start = new float[3];
51    * 
52    * this.start[0] = bond.start[0]; this.start[1] = bond.start[1]; this.start[2]
53    * = bond.start[2];
54    * 
55    * this.end = new float[3];
56    * 
57    * this.end[0] = bond.end[0]; this.end[1] = bond.end[1]; this.end[2] =
58    * bond.end[2];
59    * 
60    * this.startCol = bond.startCol; this.endCol = bond.endCol; }
61    * 
62    * public float length() { float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] -
63    * start[0])) + ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) + ((end[2] -
64    * start[2]) * (end[2] - start[2]));
65    * 
66    * len = (float) (Math.sqrt(len));
67    * 
68    * return len; }
69    */
70
71   public void translate(float x, float y, float z)
72   {
73     start[0] = start[0] + x;
74     end[0] = end[0] + x;
75
76     start[1] = start[1] + y;
77     end[1] = end[1] + y;
78
79     start[2] = start[2] + z;
80     end[2] = end[2] + z;
81   }
82 }