src/MCview/Bond.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 public class Bond
  26 {
  27   float[] start;
  28
  29   float[] end;
  30
  31   Color startCol = Color.lightGray;
  32
  33   Color endCol = Color.lightGray;
  34
  35   public Atom at1;
  36
  37   public Atom at2;
  38
  39   public Bond(Atom at1, Atom at2)
  40   {
  41     this.start = new float[] { at1.x, at1.y, at1.z };
  42     this.end = new float[] { at2.x, at2.y, at2.z };
  43     this.startCol = at1.color;
  44     this.endCol = at2.color;
  45     this.at1 = at1;
  46     this.at2 = at2;
  47   }
  48
  49   /*
  50    * public Bond(Bond bond) { this.start = new float[3];
  51    *
  52    * this.start[0] = bond.start[0]; this.start[1] = bond.start[1]; this.start[2]
  53    * = bond.start[2];
  54    *
  55    * this.end = new float[3];
  56    *
  57    * this.end[0] = bond.end[0]; this.end[1] = bond.end[1]; this.end[2] =
  58    * bond.end[2];
  59    *
  60    * this.startCol = bond.startCol; this.endCol = bond.endCol; }
  61    *
  62    * public float length() { float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] -
  63    * start[0])) + ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) + ((end[2] -
  64    * start[2]) * (end[2] - start[2]));
  65    *
  66    * len = (float) (Math.sqrt(len));
  67    *
  68    * return len; }
  69    */
  70
  71   public void translate(float x, float y, float z)
  72   {
  73     start[0] = start[0] + x;
  74     end[0] = end[0] + x;
  75
  76     start[1] = start[1] + y;
  77     end[1] = end[1] + y;
  78
  79     start[2] = start[2] + z;
  80     end[2] = end[2] + z;
  81   }
  82 }