src/MCview/Bond.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.api.ColorI;
  24 import jalview.schemes.Colour;
  25
  26 public class Bond
  27 {
  28   float[] start;
  29
  30   float[] end;
  31
  32   ColorI startCol = Colour.lightGray;
  33
  34   ColorI endCol = Colour.lightGray;
  35
  36   public Atom at1;
  37
  38   public Atom at2;
  39
  40   public Bond(Atom at1, Atom at2)
  41   {
  42     this.start = new float[] { at1.x, at1.y, at1.z };
  43     this.end = new float[] { at2.x, at2.y, at2.z };
  44     this.startCol = at1.color;
  45     this.endCol = at2.color;
  46     this.at1 = at1;
  47     this.at2 = at2;
  48   }
  49
  50   /*
  51    * public Bond(Bond bond) { this.start = new float[3];
  52    *
  53    * this.start[0] = bond.start[0]; this.start[1] = bond.start[1]; this.start[2]
  54    * = bond.start[2];
  55    *
  56    * this.end = new float[3];
  57    *
  58    * this.end[0] = bond.end[0]; this.end[1] = bond.end[1]; this.end[2] =
  59    * bond.end[2];
  60    *
  61    * this.startCol = bond.startCol; this.endCol = bond.endCol; }
  62    *
  63    * public float length() { float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] -
  64    * start[0])) + ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) + ((end[2] -
  65    * start[2]) * (end[2] - start[2]));
  66    *
  67    * len = (float) (Math.sqrt(len));
  68    *
  69    * return len; }
  70    */
  71
  72   public void translate(float x, float y, float z)
  73   {
  74     start[0] = start[0] + x;
  75     end[0] = end[0] + x;
  76
  77     start[1] = start[1] + y;
  78     end[1] = end[1] + y;
  79
  80     start[2] = start[2] + z;
  81     end[2] = end[2] + z;
  82   }
  83 }