src/MCview/Bond.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 public class Bond
  24 {
  25   float[] start;
  26   float[] end;
  27   Color startCol = Color.lightGray;
  28   Color endCol = Color.lightGray;
  29   public Atom at1;
  30   public Atom at2;
  31
  32   public Bond(float[] start, float[] end, Atom at1, Atom at2)
  33   {
  34     this.start = start;
  35     this.end = end;
  36     this.startCol = at1.color;
  37     this.endCol = at2.color;
  38     this.at1 = at1;
  39     this.at2 = at2;
  40   }
  41
  42   /*  public Bond(Bond bond) {
  43         this.start = new float[3];
  44
  45         this.start[0] = bond.start[0];
  46         this.start[1] = bond.start[1];
  47         this.start[2] = bond.start[2];
  48
  49         this.end = new float[3];
  50
  51         this.end[0] = bond.end[0];
  52         this.end[1] = bond.end[1];
  53         this.end[2] = bond.end[2];
  54
  55         this.startCol = bond.startCol;
  56         this.endCol = bond.endCol;
  57     }
  58
  59     public float length() {
  60         float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] - start[0])) +
  61             ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) +
  62             ((end[2] - start[2]) * (end[2] - start[2]));
  63
  64         len = (float) (Math.sqrt(len));
  65
  66         return len;
  67     }*/
  68
  69   public void translate(float x, float y, float z)
  70   {
  71     start[0] = (start[0] + x);
  72     end[0] = (end[0] + x);
  73
  74     start[1] = (start[1] + y);
  75     end[1] = (end[1] + y);
  76
  77     start[2] = (start[2] + z);
  78     end[2] = (end[2] + z);
  79   }
  80 }