src/MCview/Bond.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23
  24 public class Bond {
  25     float[] start;
  26     float[] end;
  27     Color startCol = Color.lightGray;
  28     Color endCol= Color.lightGray;
  29     public Atom at1;
  30     public Atom at2;
  31
  32     public Bond(float[] start, float[] end, Atom at1, Atom at2) {
  33         this.start = start;
  34         this.end = end;
  35         this.startCol = at1.color;
  36         this.endCol = at2.color;
  37         this.at1 = at1;
  38         this.at2 = at2;
  39     }
  40
  41   /*  public Bond(Bond bond) {
  42         this.start = new float[3];
  43
  44         this.start[0] = bond.start[0];
  45         this.start[1] = bond.start[1];
  46         this.start[2] = bond.start[2];
  47
  48         this.end = new float[3];
  49
  50         this.end[0] = bond.end[0];
  51         this.end[1] = bond.end[1];
  52         this.end[2] = bond.end[2];
  53
  54         this.startCol = bond.startCol;
  55         this.endCol = bond.endCol;
  56     }
  57
  58     public float length() {
  59         float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] - start[0])) +
  60             ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) +
  61             ((end[2] - start[2]) * (end[2] - start[2]));
  62
  63         len = (float) (Math.sqrt(len));
  64
  65         return len;
  66     }*/
  67
  68     public void translate(float x, float y, float z) {
  69         start[0] = (start[0] + x);
  70         end[0] = (end[0] + x);
  71
  72         start[1] = (start[1] + y);
  73         end[1] = (end[1] + y);
  74
  75         start[2] = (start[2] + z);
  76         end[2] = (end[2] + z);
  77     }
  78 }