src/MCview/Bond.jn

   1 package MCview;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 \r
   5 public class Bond {\r
   6 \r
   7   float start[];\r
   8   float end[];\r
   9 \r
  10   Color startCol;\r
  11   Color endCol;\r
  12 \r
  13   public myAtom at1;\r
  14   public myAtom at2;\r
  15 \r
  16   public Bond(float[] start, float[] end, myAtom at1, myAtom at2) {\r
  17      this.start = start;\r
  18      this.end = end;\r
  19      this.startCol = at1.color;\r
  20      this.endCol = at2.color;\r
  21      this.at1 = at1;\r
  22      this.at2 = at2;\r
  23   }\r
  24   public Bond(Bond bond) {\r
  25      this.start = new float[3];\r
  26      this.start[0] = bond.start[0];\r
  27      this.start[1] = bond.start[1];\r
  28      this.start[2] = bond.start[2];\r
  29      this.end = new float[3];\r
  30      this.end[0] = bond.end[0];\r
  31      this.end[1] = bond.end[1];\r
  32      this.end[2] = bond.end[2];\r
  33      this.startCol = bond.startCol;\r
  34      this.endCol = bond.endCol;\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public void print() {\r
  38      System.out.println("Start " + start[0] + " "+ start[1] + " " + start[2]);\r
  39      System.out.println("End   " + end[0] + " "+ end[1] + " " + end[2]);\r
  40   }\r
  41   \r
  42   public float length() {\r
  43      float len = (end[0] - start[0])*(end[0] - start[0]) +\r
  44                   (end[1] - start[1])*(end[1] - start[1]) +\r
  45                   (end[2] - start[2])*(end[2] - start[2]);\r
  46      len = (float)(Math.sqrt(len));\r
  47      return len;\r
  48   }\r
  49   public void translate(float x, float y, float z) {\r
  50      start[0] = (start[0] + x);\r
  51      end[0] = (end[0] + x);\r
  52      start[1] =(start[1] + y);\r
  53      end[1] = (end[1] + y);\r
  54      start[2] = (start[2] + z);\r
  55      end[2] = (end[2] + z);\r
  56   }\r
  57 }\r