src/MCview/MCMatrix.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 public class MCMatrix
  21 {
  22   float[][] matrix;
  23
  24   float[][] tmp;
  25
  26   float mycos;
  27
  28   float mysin;
  29
  30   float myconst = (float) (Math.PI / 180);
  31
  32   public MCMatrix(int rows, int cols)
  33   {
  34     matrix = new float[rows][cols];
  35     tmp = new float[rows][cols];
  36   }
  37
  38   public void addElement(int i, int j, float value)
  39   {
  40     matrix[i][j] = value;
  41   }
  42
  43   public void rotatex(float degrees)
  44   {
  45     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  46     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  47
  48     tmp[0][0] = 1;
  49     tmp[0][1] = 0;
  50     tmp[0][2] = 0;
  51     tmp[1][0] = 0;
  52     tmp[1][1] = mycos;
  53     tmp[1][2] = mysin;
  54     tmp[2][0] = 0;
  55     tmp[2][1] = -mysin;
  56     tmp[2][2] = mycos;
  57     preMultiply(tmp);
  58   }
  59
  60   public void rotatez(float degrees)
  61   {
  62     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  63     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  64
  65     tmp[0][0] = mycos;
  66     tmp[0][1] = -mysin;
  67     tmp[0][2] = 0;
  68     tmp[1][0] = mysin;
  69     tmp[1][1] = mycos;
  70     tmp[1][2] = 0;
  71     tmp[2][0] = 0;
  72     tmp[2][1] = 0;
  73     tmp[2][2] = 1;
  74
  75     preMultiply(tmp);
  76   }
  77
  78   public void rotatey(float degrees)
  79   {
  80     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  81     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  82
  83     tmp[0][0] = mycos;
  84     tmp[0][1] = 0;
  85     tmp[0][2] = -mysin;
  86     tmp[1][0] = 0;
  87     tmp[1][1] = 1;
  88     tmp[1][2] = 0;
  89     tmp[2][0] = mysin;
  90     tmp[2][1] = 0;
  91     tmp[2][2] = mycos;
  92
  93     preMultiply(tmp);
  94   }
  95
  96   public float[] vectorMultiply(float[] vect)
  97   {
  98     float[] temp = new float[3];
  99
 100     temp[0] = vect[0];
 101     temp[1] = vect[1];
 102     temp[2] = vect[2];
 103
 104     for (int i = 0; i < 3; i++)
 105     {
 106       temp[i] = ((float) matrix[i][0] * vect[0])
 107               + ((float) matrix[i][1] * vect[1])
 108               + ((float) matrix[i][2] * vect[2]);
 109     }
 110
 111     vect[0] = temp[0];
 112     vect[1] = temp[1];
 113     vect[2] = temp[2];
 114
 115     return vect;
 116   }
 117
 118   public void preMultiply(float[][] mat)
 119   {
 120     float[][] tmp = new float[3][3];
 121
 122     for (int i = 0; i < 3; i++)
 123     {
 124       for (int j = 0; j < 3; j++)
 125       {
 126         tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) + (mat[i][1] * matrix[1][j])
 127                 + (mat[i][2] * matrix[2][j]);
 128       }
 129     }
 130
 131     for (int i = 0; i < 3; i++)
 132     {
 133       for (int j = 0; j < 3; j++)
 134       {
 135         matrix[i][j] = tmp[i][j];
 136       }
 137     }
 138   }
 139
 140   public void postMultiply(float[][] mat)
 141   {
 142     float[][] tmp = new float[3][3];
 143
 144     for (int i = 0; i < 3; i++)
 145     {
 146       for (int j = 0; j < 3; j++)
 147       {
 148         tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) + (matrix[i][1] * mat[1][j])
 149                 + (matrix[i][2] * mat[2][j]);
 150       }
 151     }
 152
 153     for (int i = 0; i < 3; i++)
 154     {
 155       for (int j = 0; j < 3; j++)
 156       {
 157         matrix[i][j] = tmp[i][j];
 158       }
 159     }
 160   }
 161
 162   public void setIdentity()
 163   {
 164     matrix[0][0] = 1;
 165     matrix[1][1] = 1;
 166     matrix[2][2] = 1;
 167     matrix[0][1] = 0;
 168     matrix[0][2] = 0;
 169     matrix[1][0] = 0;
 170     matrix[1][2] = 0;
 171     matrix[2][0] = 0;
 172     matrix[2][1] = 0;
 173   }
 174 }