src/MCview/MCMatrix.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 public class MCMatrix\r
  22 {\r
  23   float[][] matrix;\r
  24   float[][] tmp;\r
  25   float mycos;\r
  26   float mysin;\r
  27   float myconst = (float) (Math.PI / 180);\r
  28 \r
  29   public MCMatrix(int rows, int cols)\r
  30   {\r
  31     matrix = new float[rows][cols];\r
  32     tmp = new float[rows][cols];\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public void addElement(int i, int j, float value)\r
  36   {\r
  37     matrix[i][j] = value;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public void rotatex(float degrees)\r
  41   {\r
  42     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  43     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  44 \r
  45     tmp[0][0] = 1;\r
  46     tmp[0][1] = 0;\r
  47     tmp[0][2] = 0;\r
  48     tmp[1][0] = 0;\r
  49     tmp[1][1] = mycos;\r
  50     tmp[1][2] = mysin;\r
  51     tmp[2][0] = 0;\r
  52     tmp[2][1] = -mysin;\r
  53     tmp[2][2] = mycos;\r
  54     preMultiply(tmp);\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public void rotatez(float degrees)\r
  58   {\r
  59     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  60     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  61 \r
  62     tmp[0][0] = mycos;\r
  63     tmp[0][1] = -mysin;\r
  64     tmp[0][2] = 0;\r
  65     tmp[1][0] = mysin;\r
  66     tmp[1][1] = mycos;\r
  67     tmp[1][2] = 0;\r
  68     tmp[2][0] = 0;\r
  69     tmp[2][1] = 0;\r
  70     tmp[2][2] = 1;\r
  71 \r
  72     preMultiply(tmp);\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void rotatey(float degrees)\r
  76   {\r
  77     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  78     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  79 \r
  80     tmp[0][0] = mycos;\r
  81     tmp[0][1] = 0;\r
  82     tmp[0][2] = -mysin;\r
  83     tmp[1][0] = 0;\r
  84     tmp[1][1] = 1;\r
  85     tmp[1][2] = 0;\r
  86     tmp[2][0] = mysin;\r
  87     tmp[2][1] = 0;\r
  88     tmp[2][2] = mycos;\r
  89 \r
  90     preMultiply(tmp);\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public float[] vectorMultiply(float[] vect)\r
  94   {\r
  95     float[] temp = new float[3];\r
  96 \r
  97     temp[0] = vect[0];\r
  98     temp[1] = vect[1];\r
  99     temp[2] = vect[2];\r
 100 \r
 101     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 102     {\r
 103       temp[i] = ( (float) matrix[i][0] * vect[0]) +\r
 104           ( (float) matrix[i][1] * vect[1]) +\r
 105           ( (float) matrix[i][2] * vect[2]);\r
 106     }\r
 107 \r
 108     vect[0] = temp[0];\r
 109     vect[1] = temp[1];\r
 110     vect[2] = temp[2];\r
 111 \r
 112     return vect;\r
 113   }\r
 114 \r
 115   public void preMultiply(float[][] mat)\r
 116   {\r
 117     float[][] tmp = new float[3][3];\r
 118 \r
 119     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 120     {\r
 121       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 122       {\r
 123         tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) +\r
 124             (mat[i][1] * matrix[1][j]) + (mat[i][2] * matrix[2][j]);\r
 125       }\r
 126     }\r
 127 \r
 128     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 129     {\r
 130       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 131       {\r
 132         matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
 133       }\r
 134     }\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void postMultiply(float[][] mat)\r
 138   {\r
 139     float[][] tmp = new float[3][3];\r
 140 \r
 141     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 142     {\r
 143       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 144       {\r
 145         tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) +\r
 146             (matrix[i][1] * mat[1][j]) + (matrix[i][2] * mat[2][j]);\r
 147       }\r
 148     }\r
 149 \r
 150     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 151     {\r
 152       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 153       {\r
 154         matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
 155       }\r
 156     }\r
 157   }\r
 158 \r
 159   public void setIdentity()\r
 160   {\r
 161     matrix[0][0] = 1;\r
 162     matrix[1][1] = 1;\r
 163     matrix[2][2] = 1;\r
 164     matrix[0][1] = 0;\r
 165     matrix[0][2] = 0;\r
 166     matrix[1][0] = 0;\r
 167     matrix[1][2] = 0;\r
 168     matrix[2][0] = 0;\r
 169     matrix[2][1] = 0;\r
 170   }\r
 171 }\r