src/MCview/MCMatrix.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 public class MCMatrix
  22 {
  23   float[][] matrix;
  24   float[][] tmp;
  25   float mycos;
  26   float mysin;
  27   float myconst = (float) (Math.PI / 180);
  28
  29   public MCMatrix(int rows, int cols)
  30   {
  31     matrix = new float[rows][cols];
  32     tmp = new float[rows][cols];
  33   }
  34
  35   public void addElement(int i, int j, float value)
  36   {
  37     matrix[i][j] = value;
  38   }
  39
  40   public void rotatex(float degrees)
  41   {
  42     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  43     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  44
  45     tmp[0][0] = 1;
  46     tmp[0][1] = 0;
  47     tmp[0][2] = 0;
  48     tmp[1][0] = 0;
  49     tmp[1][1] = mycos;
  50     tmp[1][2] = mysin;
  51     tmp[2][0] = 0;
  52     tmp[2][1] = -mysin;
  53     tmp[2][2] = mycos;
  54     preMultiply(tmp);
  55   }
  56
  57   public void rotatez(float degrees)
  58   {
  59     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  60     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  61
  62     tmp[0][0] = mycos;
  63     tmp[0][1] = -mysin;
  64     tmp[0][2] = 0;
  65     tmp[1][0] = mysin;
  66     tmp[1][1] = mycos;
  67     tmp[1][2] = 0;
  68     tmp[2][0] = 0;
  69     tmp[2][1] = 0;
  70     tmp[2][2] = 1;
  71
  72     preMultiply(tmp);
  73   }
  74
  75   public void rotatey(float degrees)
  76   {
  77     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  78     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  79
  80     tmp[0][0] = mycos;
  81     tmp[0][1] = 0;
  82     tmp[0][2] = -mysin;
  83     tmp[1][0] = 0;
  84     tmp[1][1] = 1;
  85     tmp[1][2] = 0;
  86     tmp[2][0] = mysin;
  87     tmp[2][1] = 0;
  88     tmp[2][2] = mycos;
  89
  90     preMultiply(tmp);
  91   }
  92
  93   public float[] vectorMultiply(float[] vect)
  94   {
  95     float[] temp = new float[3];
  96
  97     temp[0] = vect[0];
  98     temp[1] = vect[1];
  99     temp[2] = vect[2];
 100
 101     for (int i = 0; i < 3; i++)
 102     {
 103       temp[i] = ( (float) matrix[i][0] * vect[0]) +
 104           ( (float) matrix[i][1] * vect[1]) +
 105           ( (float) matrix[i][2] * vect[2]);
 106     }
 107
 108     vect[0] = temp[0];
 109     vect[1] = temp[1];
 110     vect[2] = temp[2];
 111
 112     return vect;
 113   }
 114
 115   public void preMultiply(float[][] mat)
 116   {
 117     float[][] tmp = new float[3][3];
 118
 119     for (int i = 0; i < 3; i++)
 120     {
 121       for (int j = 0; j < 3; j++)
 122       {
 123         tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) +
 124             (mat[i][1] * matrix[1][j]) + (mat[i][2] * matrix[2][j]);
 125       }
 126     }
 127
 128     for (int i = 0; i < 3; i++)
 129     {
 130       for (int j = 0; j < 3; j++)
 131       {
 132         matrix[i][j] = tmp[i][j];
 133       }
 134     }
 135   }
 136
 137   public void postMultiply(float[][] mat)
 138   {
 139     float[][] tmp = new float[3][3];
 140
 141     for (int i = 0; i < 3; i++)
 142     {
 143       for (int j = 0; j < 3; j++)
 144       {
 145         tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) +
 146             (matrix[i][1] * mat[1][j]) + (matrix[i][2] * mat[2][j]);
 147       }
 148     }
 149
 150     for (int i = 0; i < 3; i++)
 151     {
 152       for (int j = 0; j < 3; j++)
 153       {
 154         matrix[i][j] = tmp[i][j];
 155       }
 156     }
 157   }
 158
 159   public void setIdentity()
 160   {
 161     matrix[0][0] = 1;
 162     matrix[1][1] = 1;
 163     matrix[2][2] = 1;
 164     matrix[0][1] = 0;
 165     matrix[0][2] = 0;
 166     matrix[1][0] = 0;
 167     matrix[1][2] = 0;
 168     matrix[2][0] = 0;
 169     matrix[2][1] = 0;
 170   }
 171 }