src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.Event;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Graphics2D;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.RenderingHints;
  46 import java.awt.event.KeyAdapter;
  47 import java.awt.event.KeyEvent;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.io.PrintStream;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.ToolTipManager;
  57
  58 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  59         MouseMotionListener, StructureListener
  60 {
  61   boolean redrawneeded = true;
  62
  63   int omx = 0;
  64
  65   int mx = 0;
  66
  67   int omy = 0;
  68
  69   int my = 0;
  70
  71   public StructureFile pdb;
  72
  73   PDBEntry pdbentry;
  74
  75   int bsize;
  76
  77   Image img;
  78
  79   Graphics ig;
  80
  81   Dimension prefsize;
  82
  83   float[] centre = new float[3];
  84
  85   float[] width = new float[3];
  86
  87   float maxwidth;
  88
  89   float scale;
  90
  91   String inStr;
  92
  93   String inType;
  94
  95   boolean bysequence = true;
  96
  97   boolean depthcue = true;
  98
  99   boolean wire = false;
 100
 101   boolean bymolecule = false;
 102
 103   boolean zbuffer = true;
 104
 105   boolean dragging;
 106
 107   int xstart;
 108
 109   int xend;
 110
 111   int ystart;
 112
 113   int yend;
 114
 115   int xmid;
 116
 117   int ymid;
 118
 119   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 120
 121   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 122
 123   public SequenceI[] sequence;
 124
 125   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 126
 127   PDBChain mainchain;
 128
 129   Vector<String> highlightRes;
 130
 131   boolean pdbAction = false;
 132
 133   boolean seqColoursReady = false;
 134
 135   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 136
 137   Color backgroundColour = Color.black;
 138
 139   AlignmentPanel ap;
 140
 141   StructureSelectionManager ssm;
 142
 143   String errorMessage;
 144
 145   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 146           AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 147   {
 148     this.ap = ap;
 149     this.pdbentry = pdbentry;
 150     this.sequence = seq;
 151
 152     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 153
 154     try
 155     {
 156       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 157
 158       if (protocol.equals(jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 159       {
 160         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 161       }
 162
 163     } catch (Exception ex)
 164     {
 165       ex.printStackTrace();
 166       return;
 167     }
 168
 169     if (pdb == null)
 170     {
 171       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 172       return;
 173     }
 174     pdbentry.setId(pdb.getId());
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     int max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails
 194               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 195                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 196                               .getSequenceAsString());
 197       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 198               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 199
 200       // Now lets compare the sequences to get
 201       // the start and end points.
 202       // Align the sequence to the pdb
 203       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 204               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 205       as.calcScoreMatrix();
 206       as.traceAlignment();
 207       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 208       {
 209         @Override
 210         public void print(String x)
 211         {
 212           mappingDetails.append(x);
 213         }
 214
 215         @Override
 216         public void println()
 217         {
 218           mappingDetails.append("\n");
 219         }
 220       };
 221
 222       as.printAlignment(ps);
 223
 224       if (as.maxscore > max)
 225       {
 226         max = as.maxscore;
 227         maxchain = i;
 228
 229         pdbstart = as.seq2start;
 230         pdbend = as.seq2end;
 231         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 232         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 233       }
 234
 235       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 236       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 237     }
 238
 239     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 240
 241     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 242     mainchain.pdbend = pdbend;
 243     mainchain.seqstart = seqstart;
 244     mainchain.seqend = seqend;
 245     mainchain.isVisible = true;
 246
 247     this.pdb = pdb;
 248     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 249
 250     addMouseMotionListener(this);
 251     addMouseListener(this);
 252
 253     addKeyListener(new KeyAdapter()
 254     {
 255       @Override
 256       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 257       {
 258         keyPressed(evt);
 259       }
 260     });
 261
 262     findCentre();
 263     findWidth();
 264
 265     setupBonds();
 266
 267     scale = findScale();
 268
 269     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 270     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 271     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 272   }
 273
 274   Vector<Bond> visiblebonds;
 275
 276   void setupBonds()
 277   {
 278     seqColoursReady = false;
 279     // Sort the bonds by z coord
 280     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 281
 282     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 283     {
 284       if (chain.isVisible)
 285       {
 286         for (Bond bond : chain.bonds)
 287         {
 288           visiblebonds.addElement(bond);
 289         }
 290       }
 291     }
 292
 293     updateSeqColours();
 294     seqColoursReady = true;
 295     redrawneeded = true;
 296     repaint();
 297   }
 298
 299   public void findWidth()
 300   {
 301     float[] max = new float[3];
 302     float[] min = new float[3];
 303
 304     max[0] = (float) -1e30;
 305     max[1] = (float) -1e30;
 306     max[2] = (float) -1e30;
 307
 308     min[0] = (float) 1e30;
 309     min[1] = (float) 1e30;
 310     min[2] = (float) 1e30;
 311
 312     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 313     {
 314       if (chain.isVisible)
 315       {
 316         for (Bond tmp : chain.bonds)
 317         {
 318           if (tmp.start[0] >= max[0])
 319           {
 320             max[0] = tmp.start[0];
 321           }
 322
 323           if (tmp.start[1] >= max[1])
 324           {
 325             max[1] = tmp.start[1];
 326           }
 327
 328           if (tmp.start[2] >= max[2])
 329           {
 330             max[2] = tmp.start[2];
 331           }
 332
 333           if (tmp.start[0] <= min[0])
 334           {
 335             min[0] = tmp.start[0];
 336           }
 337
 338           if (tmp.start[1] <= min[1])
 339           {
 340             min[1] = tmp.start[1];
 341           }
 342
 343           if (tmp.start[2] <= min[2])
 344           {
 345             min[2] = tmp.start[2];
 346           }
 347
 348           if (tmp.end[0] >= max[0])
 349           {
 350             max[0] = tmp.end[0];
 351           }
 352
 353           if (tmp.end[1] >= max[1])
 354           {
 355             max[1] = tmp.end[1];
 356           }
 357
 358           if (tmp.end[2] >= max[2])
 359           {
 360             max[2] = tmp.end[2];
 361           }
 362
 363           if (tmp.end[0] <= min[0])
 364           {
 365             min[0] = tmp.end[0];
 366           }
 367
 368           if (tmp.end[1] <= min[1])
 369           {
 370             min[1] = tmp.end[1];
 371           }
 372
 373           if (tmp.end[2] <= min[2])
 374           {
 375             min[2] = tmp.end[2];
 376           }
 377         }
 378       }
 379     }
 380     /*
 381      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 382      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 383      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 384      */
 385
 386     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 387     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 388     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 389
 390     maxwidth = width[0];
 391
 392     if (width[1] > width[0])
 393     {
 394       maxwidth = width[1];
 395     }
 396
 397     if (width[2] > width[1])
 398     {
 399       maxwidth = width[2];
 400     }
 401
 402     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 403   }
 404
 405   public float findScale()
 406   {
 407     int dim;
 408     int width;
 409     int height;
 410
 411     if (getWidth() != 0)
 412     {
 413       width = getWidth();
 414       height = getHeight();
 415     }
 416     else
 417     {
 418       width = prefsize.width;
 419       height = prefsize.height;
 420     }
 421
 422     if (width < height)
 423     {
 424       dim = width;
 425     }
 426     else
 427     {
 428       dim = height;
 429     }
 430
 431     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 432   }
 433
 434   public void findCentre()
 435   {
 436     float xtot = 0;
 437     float ytot = 0;
 438     float ztot = 0;
 439
 440     int bsize = 0;
 441
 442     // Find centre coordinate
 443     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 444     {
 445       if (chain.isVisible)
 446       {
 447         bsize += chain.bonds.size();
 448
 449         for (Bond bond : chain.bonds)
 450         {
 451           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 452           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 453           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 454         }
 455       }
 456     }
 457
 458     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 459     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 460     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 461   }
 462
 463   @Override
 464   public void paintComponent(Graphics g)
 465   {
 466     super.paintComponent(g);
 467
 468     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 469     {
 470       g.setColor(Color.black);
 471       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 472       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 473               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 474       return;
 475     }
 476
 477     // Only create the image at the beginning -
 478     // this saves much memory usage
 479     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 480             || (prefsize.height != getHeight()))
 481
 482     {
 483       prefsize.width = getWidth();
 484       prefsize.height = getHeight();
 485
 486       scale = findScale();
 487       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 488       ig = img.getGraphics();
 489       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 490
 491       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 492               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 493
 494       redrawneeded = true;
 495     }
 496
 497     if (redrawneeded)
 498     {
 499       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 500       redrawneeded = false;
 501     }
 502
 503     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 504
 505     pdbAction = false;
 506   }
 507
 508   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 509   {
 510     g.setColor(backgroundColour);
 511     g.fillRect(0, 0, width, height);
 512     drawScene(g);
 513     drawLabels(g);
 514   }
 515
 516   public void updateSeqColours()
 517   {
 518     if (pdbAction)
 519     {
 520       return;
 521     }
 522
 523     colourBySequence();
 524
 525     redrawneeded = true;
 526     repaint();
 527   }
 528
 529   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 530   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 531   void colourBySequence()
 532   {
 533     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 534
 535     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 536
 537     boolean showFeatures = false;
 538     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 539     {
 540       if (fr == null)
 541       {
 542         fr = new FeatureRenderer(ap);
 543       }
 544
 545       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 546
 547       showFeatures = true;
 548     }
 549
 550     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 551     PDBChain chain;
 552     if (bysequence && pdb != null)
 553     {
 554       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 555       {
 556         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 557
 558         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 559         {
 560           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 561           tmp.startCol = Color.lightGray;
 562           tmp.endCol = Color.lightGray;
 563           if (chain != mainchain)
 564           {
 565             continue;
 566           }
 567
 568           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 569           {
 570             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 571             {
 572               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 573               {
 574                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 575                 if (pos > 0)
 576                 {
 577                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 578                   tmp.startCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 579                           finder);
 580                 }
 581                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 582                 if (pos > 0)
 583                 {
 584                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 585                   tmp.endCol = sr
 586                           .getResidueColour(sequence[s], pos, finder);
 587                 }
 588
 589               }
 590             }
 591           }
 592         }
 593       }
 594     }
 595   }
 596
 597   Zsort zsort;
 598
 599   public void drawScene(Graphics g)
 600   {
 601     if (zbuffer)
 602     {
 603       if (zsort == null)
 604       {
 605         zsort = new Zsort();
 606       }
 607
 608       zsort.sort(visiblebonds);
 609     }
 610
 611     Bond tmpBond = null;
 612     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 613     {
 614       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 615
 616       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 617       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 618
 619       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 620       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 621
 622       xmid = (xend + xstart) / 2;
 623       ymid = (yend + ystart) / 2;
 624       if (depthcue && !bymolecule)
 625       {
 626         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 627         {
 628
 629           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 630           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 631           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 632           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 633
 634         }
 635         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 636         {
 637           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 638           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 639
 640           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 641           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 642         }
 643         else
 644         {
 645           g.setColor(tmpBond.startCol);
 646           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 647
 648           g.setColor(tmpBond.endCol);
 649           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 650         }
 651       }
 652       else if (depthcue && bymolecule)
 653       {
 654         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 655         {
 656           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 657           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 658         }
 659         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 660         {
 661           g.setColor(Color.green.darker());
 662           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 663         }
 664         else
 665         {
 666           g.setColor(Color.green);
 667           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 668         }
 669       }
 670       else if (!depthcue && !bymolecule)
 671       {
 672         g.setColor(tmpBond.startCol);
 673         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 674         g.setColor(tmpBond.endCol);
 675         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 676       }
 677       else
 678       {
 679         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 680       }
 681
 682       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 683       {
 684         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 685                 .brighter());
 686         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 687       }
 688
 689       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 690       {
 691         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 692                 .brighter());
 693         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 694       }
 695
 696     }
 697
 698   }
 699
 700   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 701   {
 702     if (!wire)
 703     {
 704       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 705       {
 706         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 707         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 708         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 709       }
 710       else
 711       {
 712         g.setColor(g.getColor().brighter());
 713         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 714         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 715         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 716       }
 717     }
 718     else
 719     {
 720       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 721     }
 722   }
 723
 724   public Dimension minimumsize()
 725   {
 726     return prefsize;
 727   }
 728
 729   public Dimension preferredsize()
 730   {
 731     return prefsize;
 732   }
 733
 734   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 735   {
 736     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 737     {
 738       scale = (float) (scale * 1.1);
 739       redrawneeded = true;
 740       repaint();
 741     }
 742     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 743     {
 744       scale = (float) (scale * 0.9);
 745       redrawneeded = true;
 746       repaint();
 747     }
 748   }
 749
 750   @Override
 751   public void mousePressed(MouseEvent e)
 752   {
 753     pdbAction = true;
 754     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 755     if (fatom != null)
 756     {
 757       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 758
 759       redrawneeded = true;
 760       repaint();
 761       if (foundchain != -1)
 762       {
 763         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 764         if (chain == mainchain)
 765         {
 766           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 767           {
 768             if (highlightRes == null)
 769             {
 770               highlightRes = new Vector<String>();
 771             }
 772
 773             final String atomString = Integer
 774                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 775             if (highlightRes.contains(atomString))
 776             {
 777               highlightRes.remove(atomString);
 778             }
 779             else
 780             {
 781               highlightRes.add(atomString);
 782             }
 783           }
 784         }
 785       }
 786
 787     }
 788     mx = e.getX();
 789     my = e.getY();
 790     omx = mx;
 791     omy = my;
 792     dragging = false;
 793   }
 794
 795   @Override
 796   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 797   {
 798     pdbAction = true;
 799     if (highlightBond1 != null)
 800     {
 801       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 802       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 803       highlightBond1 = null;
 804       highlightBond2 = null;
 805     }
 806
 807     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 808
 809     PDBChain chain = null;
 810     if (foundchain != -1)
 811     {
 812       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 813       if (chain == mainchain)
 814       {
 815         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 816       }
 817     }
 818
 819     if (fatom != null)
 820     {
 821       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 822               + fatom.resName);
 823     }
 824     else
 825     {
 826       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 827       this.setToolTipText(null);
 828     }
 829   }
 830
 831   @Override
 832   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 833   {
 834   }
 835
 836   @Override
 837   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 838   {
 839   }
 840
 841   @Override
 842   public void mouseExited(MouseEvent e)
 843   {
 844   }
 845
 846   @Override
 847   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 848   {
 849     int x = evt.getX();
 850     int y = evt.getY();
 851     mx = x;
 852     my = y;
 853
 854     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 855     objmat.setIdentity();
 856
 857     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 858     {
 859       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 860     }
 861     else
 862     {
 863       objmat.rotatex(((my - omy)));
 864       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 865     }
 866
 867     // Alter the bonds
 868     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 869     {
 870       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 871       {
 872         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 873         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 874
 875         // Now apply the rotation matrix
 876         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 877         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 878
 879         // Now translate back again
 880         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 881       }
 882     }
 883
 884     objmat = null;
 885
 886     omx = mx;
 887     omy = my;
 888
 889     dragging = true;
 890
 891     redrawneeded = true;
 892
 893     repaint();
 894   }
 895
 896   @Override
 897   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 898   {
 899     dragging = false;
 900     return;
 901   }
 902
 903   void drawLabels(Graphics g)
 904   {
 905
 906     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 907     {
 908       if (chain.isVisible)
 909       {
 910         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 911         {
 912           if (tmpBond.at1.isSelected)
 913           {
 914             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 915           }
 916
 917           if (tmpBond.at2.isSelected)
 918           {
 919             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 920           }
 921         }
 922       }
 923     }
 924   }
 925
 926   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 927   {
 928     g.setFont(font);
 929     g.setColor(Color.red);
 930     if (n == 1)
 931     {
 932       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 933       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 934
 935       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 936     }
 937
 938     if (n == 2)
 939     {
 940       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 941       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 942
 943       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 944     }
 945   }
 946
 947   int foundchain = -1;
 948
 949   public Atom findAtom(int x, int y)
 950   {
 951     Atom fatom = null;
 952
 953     foundchain = -1;
 954
 955     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 956     {
 957       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 958       int truex;
 959       Bond tmpBond = null;
 960
 961       if (chain.isVisible)
 962       {
 963         for (Bond bond : chain.bonds)
 964         {
 965           tmpBond = bond;
 966
 967           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 968
 969           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 970           {
 971             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 972
 973             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 974             {
 975               fatom = tmpBond.at1;
 976               foundchain = ii;
 977               break;
 978             }
 979           }
 980         }
 981
 982         // Still here? Maybe its the last bond
 983
 984         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 985
 986         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 987         {
 988           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 989
 990           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 991           {
 992             fatom = tmpBond.at2;
 993             foundchain = ii;
 994             break;
 995           }
 996         }
 997
 998       }
 999
1000       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1001       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1002         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1003       }
1004     }
1005
1006     return fatom;
1007   }
1008
1009   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1010
1011   public void highlightRes(int ii)
1012   {
1013     if (!seqColoursReady)
1014     {
1015       return;
1016     }
1017
1018     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1019     {
1020       return;
1021     }
1022
1023     int index = -1;
1024     Bond tmpBond;
1025     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1026     {
1027       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1028       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1029       {
1030         if (highlightBond1 != null)
1031         {
1032           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1033         }
1034
1035         if (highlightBond2 != null)
1036         {
1037           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1038         }
1039
1040         highlightBond1 = null;
1041         highlightBond2 = null;
1042
1043         if (index > 0)
1044         {
1045           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1046           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1047         }
1048
1049         if (index != mainchain.bonds.size())
1050         {
1051           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1052           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1053         }
1054
1055         break;
1056       }
1057     }
1058
1059     redrawneeded = true;
1060     repaint();
1061   }
1062
1063   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1064   {
1065     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1066     {
1067       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1068       chain.isVisible = b;
1069     }
1070     mainchain.isVisible = true;
1071     findCentre();
1072     setupBonds();
1073   }
1074
1075   // ////////////////////////////////
1076   // /StructureListener
1077   @Override
1078   public String[] getPdbFile()
1079   {
1080     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1081   }
1082
1083   String lastMessage;
1084
1085   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1086   {
1087     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1088     {
1089       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1090     }
1091
1092     lastMessage = pdbResNum + chain;
1093   }
1094
1095   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1096
1097   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1098
1099   /**
1100    * Highlight the specified atoms in the structure.
1101    *
1102    * @param atoms
1103    */
1104   @Override
1105   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1106   {
1107     if (!seqColoursReady)
1108     {
1109       return;
1110     }
1111
1112     for (AtomSpec atom : atoms)
1113     {
1114       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1115       if (highlightRes != null
1116               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1117       {
1118         continue;
1119       }
1120
1121       highlightAtom(atomIndex);
1122     }
1123
1124     redrawneeded = true;
1125     repaint();
1126   }
1127
1128   /**
1129    * Highlight the atom at the specified index.
1130    *
1131    * @param atomIndex
1132    */
1133   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1134   {
1135     int index = -1;
1136     Bond tmpBond;
1137     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1138     {
1139       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1140       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1141       {
1142         if (highlightBond1 != null)
1143         {
1144           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1145         }
1146
1147         if (highlightBond2 != null)
1148         {
1149           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1150         }
1151
1152         highlightBond1 = null;
1153         highlightBond2 = null;
1154
1155         if (index > 0)
1156         {
1157           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1158           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1159         }
1160
1161         if (index != mainchain.bonds.size())
1162         {
1163           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1164           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1165         }
1166
1167         break;
1168       }
1169     }
1170   }
1171
1172   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1173           String pdbfile)
1174   {
1175     return Color.white;
1176     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1177     // return null;
1178
1179     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1180   }
1181
1182   @Override
1183   public void updateColours(Object source)
1184   {
1185     colourBySequence();
1186     redrawneeded = true;
1187     repaint();
1188   }
1189
1190   @Override
1191   public void releaseReferences(Object svl)
1192   {
1193     // TODO Auto-generated method stub
1194
1195   }
1196
1197   @Override
1198   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1199   {
1200     if (sequence != null)
1201     {
1202       for (SequenceI s : sequence)
1203       {
1204         if (s == seq)
1205         {
1206           return true;
1207         }
1208       }
1209     }
1210     return false;
1211   }
1212 }