src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SequenceRenderer sr;\r
  70     jalview.gui.FeatureRenderer  fr;\r
  71     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  72     Sequence sequence;\r
  73     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  74 \r
  75     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  76     {\r
  77       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  78       this.sequence = seq;\r
  79       sr = seqcanvas.getSequenceRenderer();\r
  80       fr = seqcanvas.getFeatureRenderer();\r
  81 \r
  82       seqcanvas.setPDBViewer(this);\r
  83     }\r
  84 \r
  85   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  86    {\r
  87         this.sr = sr;\r
  88         this.fr = fr;\r
  89         int max = -10;\r
  90         int maxchain = -1;\r
  91         int pdbstart = 0;\r
  92         int pdbend = 0;\r
  93         int seqstart = 0;\r
  94         int seqend = 0;\r
  95 \r
  96         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  97         {\r
  98 \r
  99           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 100           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 101 \r
 102             // Now lets compare the sequences to get\r
 103             // the start and end points.\r
 104             // Align the sequence to the pdb\r
 105             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 106                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 107             as.calcScoreMatrix();\r
 108             as.traceAlignment();\r
 109             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 110            {\r
 111               public void print(String x) {\r
 112                    mappingDetails.append(x);\r
 113                }\r
 114                public void println()\r
 115                {\r
 116                  mappingDetails.append("\n");\r
 117                }\r
 118             };\r
 119 \r
 120             as.printAlignment(ps);\r
 121 \r
 122             if (as.maxscore > max) {\r
 123                 max = as.maxscore;\r
 124                 maxchain = i;\r
 125 \r
 126                 pdbstart = as.seq2start;\r
 127                 pdbend = as.seq2end;\r
 128                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 129                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 130             }\r
 131 \r
 132             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 133             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 137         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 138         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 139         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 140         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 141         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 142 \r
 143         this.pdb = pdb;\r
 144         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 145 \r
 146         //Initialize the matrices to identity\r
 147         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 148             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 149                 if (i != j) {\r
 150                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 151                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 152                 } else {\r
 153                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 154                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 155                 }\r
 156             }\r
 157         }\r
 158 \r
 159         addMouseMotionListener(this);\r
 160         addMouseListener(this);\r
 161 \r
 162         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 163         {\r
 164           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 165           {\r
 166             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 167             {\r
 168               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 169               redrawneeded = true;\r
 170               repaint();\r
 171             }\r
 172 \r
 173             else\r
 174             {\r
 175               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 176               redrawneeded = true;\r
 177               repaint();\r
 178             }\r
 179           }\r
 180        });\r
 181 \r
 182       /*\r
 183        SequenceGroup sg = new SequenceGroup("PDB",\r
 184                                             null, true,true,false,\r
 185                                             sequence.findIndex(seqstart-1),\r
 186                                             sequence.findIndex(seqend-1));\r
 187        sg.addSequence(sequence, false);\r
 188        sg.setOutlineColour(Color.black);\r
 189        seqcanvas.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);\r
 190        */\r
 191 \r
 192         findCentre();\r
 193         findWidth();\r
 194 \r
 195         scale = findScale();\r
 196 \r
 197 \r
 198         updateSeqColours();\r
 199         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 200         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 201         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 202 \r
 203     }\r
 204 \r
 205     public void deleteBonds() {\r
 206         scale = 0;\r
 207         maxwidth = 0;\r
 208 \r
 209         width[0] = 0;\r
 210         width[1] = 0;\r
 211         width[2] = 0;\r
 212 \r
 213         centre[0] = 0;\r
 214         centre[1] = 0;\r
 215         centre[2] = 0;\r
 216 \r
 217         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 218             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 219         }\r
 220     }\r
 221 \r
 222     public void findWidth() {\r
 223         float[] max = new float[3];\r
 224         float[] min = new float[3];\r
 225 \r
 226         max[0] = (float) -1e30;\r
 227         max[1] = (float) -1e30;\r
 228         max[2] = (float) -1e30;\r
 229 \r
 230         min[0] = (float) 1e30;\r
 231         min[1] = (float) 1e30;\r
 232         min[2] = (float) 1e30;\r
 233 \r
 234         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 235             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 236                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 237 \r
 238                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 239                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 240 \r
 241                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 242                         max[0] = tmp.start[0];\r
 243                     }\r
 244 \r
 245                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 246                         max[1] = tmp.start[1];\r
 247                     }\r
 248 \r
 249                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 250                         max[2] = tmp.start[2];\r
 251                     }\r
 252 \r
 253                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 254                         min[0] = tmp.start[0];\r
 255                     }\r
 256 \r
 257                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 258                         min[1] = tmp.start[1];\r
 259                     }\r
 260 \r
 261                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 262                         min[2] = tmp.start[2];\r
 263                     }\r
 264 \r
 265                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 266                         max[0] = tmp.end[0];\r
 267                     }\r
 268 \r
 269                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 270                         max[1] = tmp.end[1];\r
 271                     }\r
 272 \r
 273                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 274                         max[2] = tmp.end[2];\r
 275                     }\r
 276 \r
 277                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 278                         min[0] = tmp.end[0];\r
 279                     }\r
 280 \r
 281                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 282                         min[1] = tmp.end[1];\r
 283                     }\r
 284 \r
 285                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 286                         min[2] = tmp.end[2];\r
 287                     }\r
 288                 }\r
 289             }\r
 290         }\r
 291         /*\r
 292         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 293         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 294         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 295 \r
 296         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 297         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 298         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 299 \r
 300         maxwidth = width[0];\r
 301 \r
 302         if (width[1] > width[0]) {\r
 303             maxwidth = width[1];\r
 304         }\r
 305 \r
 306         if (width[2] > width[1]) {\r
 307             maxwidth = width[2];\r
 308         }\r
 309 \r
 310        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 311     }\r
 312 \r
 313     public float findScale() {\r
 314         int dim;\r
 315         int width;\r
 316         int height;\r
 317 \r
 318         if (getWidth() != 0) {\r
 319             width = getWidth();\r
 320             height = getHeight();\r
 321         } else {\r
 322             width = prefsize.width;\r
 323             height = prefsize.height;\r
 324         }\r
 325 \r
 326         if (width < height) {\r
 327             dim = width;\r
 328         } else {\r
 329             dim = height;\r
 330         }\r
 331 \r
 332         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 333     }\r
 334 \r
 335     public void findCentre() {\r
 336         float xtot = 0;\r
 337         float ytot = 0;\r
 338         float ztot = 0;\r
 339 \r
 340         int bsize = 0;\r
 341 \r
 342         //Find centre coordinate\r
 343         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 344             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 345                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 346 \r
 347                 bsize += bonds.size();\r
 348 \r
 349                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 350                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 351                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 352 \r
 353                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 354                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 355 \r
 356                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 357                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 358                 }\r
 359             }\r
 360         }\r
 361 \r
 362         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 363         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 364         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 365     }\r
 366 \r
 367     public void paintComponent(Graphics g) {\r
 368 \r
 369       super.paintComponent(g);\r
 370 \r
 371       if(pdb==null)\r
 372       {\r
 373         g.setColor(Color.black);\r
 374         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 375         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 376         return;\r
 377       }\r
 378 \r
 379 \r
 380         //Only create the image at the beginning -\r
 381         //this saves much memory usage\r
 382         if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 383                 (prefsize.height != getHeight())) {\r
 384             prefsize.width = getWidth();\r
 385             prefsize.height = getHeight();\r
 386 \r
 387             scale = findScale();\r
 388             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 389             ig = img.getGraphics();\r
 390             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 391 \r
 392             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 393                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 394 \r
 395 \r
 396             redrawneeded = true;\r
 397         }\r
 398 \r
 399 \r
 400         if (redrawneeded)\r
 401         {\r
 402           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 403           redrawneeded = false;\r
 404         }\r
 405 \r
 406         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 407     }\r
 408 \r
 409     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 410     {\r
 411       g.setColor(Color.black);\r
 412       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 413       drawScene(g);\r
 414       drawLabels(g);\r
 415     }\r
 416 \r
 417 \r
 418     public void updateSeqColours()\r
 419     {\r
 420       if(bysequence && pdb!=null)\r
 421       {\r
 422         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 423         {\r
 424           ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).colourBySequence(sr, fr);\r
 425         }\r
 426       }\r
 427 \r
 428       redrawneeded=true;\r
 429       repaint();\r
 430 \r
 431     }\r
 432 \r
 433     public void drawScene(Graphics g) {\r
 434         // Sort the bonds by z coord\r
 435         Vector bonds = new Vector();\r
 436 \r
 437         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 438         {\r
 439           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 440           {\r
 441             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 442 \r
 443             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 444             {\r
 445               bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 446             }\r
 447           }\r
 448         }\r
 449 \r
 450         if (zbuffer) {\r
 451             Zsort.Zsort(bonds);\r
 452         }\r
 453 \r
 454         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 455             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 456 \r
 457             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 458                 (getWidth() / 2));\r
 459             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 460                 (getHeight() / 2));\r
 461 \r
 462             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 463                 (getWidth() / 2));\r
 464             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 465                 (getHeight() / 2));\r
 466 \r
 467             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 468             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 469 \r
 470             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 471                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 472                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 473                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 474 \r
 475                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 476                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 477                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 478                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 479                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 480 \r
 481                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 482                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 483                 } else {\r
 484                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 485                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 486 \r
 487                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 488                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 489                 }\r
 490             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 491                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 492                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 493                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 494                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 495                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 496                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 497                 } else {\r
 498                     g.setColor(Color.green);\r
 499                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 500                 }\r
 501             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 502                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 503                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 504                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 505                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 506             } else {\r
 507                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 508             }\r
 509         }\r
 510     }\r
 511 \r
 512     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 513         if (!wire) {\r
 514             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 515                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 516                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 517                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 518             } else {\r
 519                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 520                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 521                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 522                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 523             }\r
 524         } else {\r
 525             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 526         }\r
 527     }\r
 528 \r
 529     public Dimension minimumsize() {\r
 530         return prefsize;\r
 531     }\r
 532 \r
 533     public Dimension preferredsize() {\r
 534         return prefsize;\r
 535     }\r
 536 \r
 537     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 538     {\r
 539       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 540       {\r
 541         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 542         redrawneeded = true;\r
 543         repaint();\r
 544       }\r
 545       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 546       {\r
 547         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 548         redrawneeded = true;\r
 549         repaint();\r
 550       }\r
 551     }\r
 552 \r
 553     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 554         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 555         if(fatom!=null)\r
 556         {\r
 557           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 558           redrawneeded = true;\r
 559           repaint();\r
 560         }\r
 561         mx = e.getX();\r
 562         my = e.getY();\r
 563         omx = mx;\r
 564         omy = my;\r
 565         dragging = false;\r
 566     }\r
 567 \r
 568     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 569 \r
 570         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 571 \r
 572         if(foundchain!=-1)\r
 573         {\r
 574           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 575           int pos = chain.seqstart +\r
 576               (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset)+1;\r
 577 \r
 578           int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 579 \r
 580           seqcanvas.highlightSearchResults(new int[]{index, pos, pos});\r
 581         }\r
 582         else\r
 583           seqcanvas.highlightSearchResults(null);\r
 584 \r
 585         if (fatom != null) {\r
 586             this.setToolTipText(fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 587         } else {\r
 588             this.setToolTipText("");\r
 589         }\r
 590     }\r
 591 \r
 592     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 593     }\r
 594 \r
 595     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 596     }\r
 597 \r
 598     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 599     }\r
 600 \r
 601     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 602         int x = evt.getX();\r
 603         int y = evt.getY();\r
 604         mx = x;\r
 605         my = y;\r
 606 \r
 607         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 608         objmat.setIdentity();\r
 609 \r
 610         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 611             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 612         } else {\r
 613             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 614             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 615         }\r
 616 \r
 617         //Alter the bonds\r
 618         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 619             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 620 \r
 621             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 622                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 623 \r
 624                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 625                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 626 \r
 627                 //Now apply the rotation matrix\r
 628                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 629                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 630 \r
 631                 //Now translate back again\r
 632                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 633             }\r
 634         }\r
 635 \r
 636         objmat = null;\r
 637 \r
 638         omx = mx;\r
 639         omy = my;\r
 640 \r
 641         dragging = true;\r
 642 \r
 643         redrawneeded = true;\r
 644 \r
 645         repaint();\r
 646     }\r
 647 \r
 648     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 649         dragging = false;\r
 650         return;\r
 651     }\r
 652 \r
 653     void drawLabels(Graphics g) {\r
 654 \r
 655         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 656         {\r
 657             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 658 \r
 659             if (chain.isVisible)\r
 660             {\r
 661                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 662 \r
 663                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 664                 {\r
 665                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 666 \r
 667                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 668                     {\r
 669                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 670                     }\r
 671 \r
 672                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 673                     {\r
 674 \r
 675                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 676                     }\r
 677                 }\r
 678             }\r
 679         }\r
 680     }\r
 681 \r
 682     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 683         g.setFont(font);\r
 684 \r
 685         if (n == 1) {\r
 686             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 687                 (getWidth() / 2));\r
 688             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 689                 (getHeight() / 2));\r
 690 \r
 691             g.setColor(Color.red);\r
 692             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 693         }\r
 694 \r
 695         if (n == 2) {\r
 696             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 697                 (getWidth() / 2));\r
 698             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 699                 (getHeight() / 2));\r
 700 \r
 701             g.setColor(Color.red);\r
 702             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 703         }\r
 704     }\r
 705 \r
 706     int foundchain = -1;\r
 707     public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 708         myAtom fatom = null;\r
 709 \r
 710         foundchain = -1;\r
 711 \r
 712         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 713             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 714 \r
 715             if (chain.isVisible) {\r
 716                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 717 \r
 718                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 719                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 720 \r
 721                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 722                         (getWidth() / 2));\r
 723 \r
 724                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 725                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 726                             (getHeight() / 2));\r
 727 \r
 728                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 729                         {\r
 730                             fatom = tmpBond.at1;\r
 731                             foundchain = ii;\r
 732                             break;\r
 733                         }\r
 734                     }\r
 735                 }\r
 736             }\r
 737 \r
 738             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 739              {\r
 740                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 741             }\r
 742         }\r
 743 \r
 744         return fatom;\r
 745     }\r
 746 }\r