parseResult takes the title as string. usually null
[jalview.git] / src / MCview / PDBCanvas.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package MCview;\r
20 \r
21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
22 \r
23 import jalview.datamodel.*;\r
24 \r
25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
26 import java.awt.*;\r
27 import java.awt.event.*;\r
28 \r
29 import java.io.*;\r
30 \r
31 import java.util.*;\r
32 \r
33 import javax.swing.*;\r
34 \r
35 \r
36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
37 {\r
38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
40     boolean redrawneeded = true;\r
41     int omx = 0;\r
42     int mx = 0;\r
43     int omy = 0;\r
44     int my = 0;\r
45     public PDBfile pdb;\r
46     int bsize;\r
47     Image img;\r
48     Graphics ig;\r
49     Dimension prefsize;\r
50     float[] centre = new float[3];\r
51     float[] width = new float[3];\r
52     float maxwidth;\r
53     float scale;\r
54     String inStr;\r
55     String inType;\r
56     boolean bysequence = true;\r
57     boolean depthcue = true;\r
58     boolean wire = false;\r
59     boolean bymolecule = false;\r
60     boolean zbuffer = true;\r
61     boolean dragging;\r
62     int xstart;\r
63     int xend;\r
64     int ystart;\r
65     int yend;\r
66     int xmid;\r
67     int ymid;\r
68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
70     public Sequence sequence;\r
71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
72     PDBChain mainchain;\r
73     Vector highlightRes;\r
74     boolean pdbAction = false;\r
75     boolean seqColoursReady = false;\r
76 \r
77     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
78     {\r
79       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
80       this.sequence = seq;\r
81       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
82     }\r
83 \r
84   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
85    {\r
86         int max = -10;\r
87         int maxchain = -1;\r
88         int pdbstart = 0;\r
89         int pdbend = 0;\r
90         int seqstart = 0;\r
91         int seqend = 0;\r
92         AlignSeq maxAlignseq = null;\r
93 \r
94         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
95         {\r
96 \r
97           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
98           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
99 \r
100             // Now lets compare the sequences to get\r
101             // the start and end points.\r
102             // Align the sequence to the pdb\r
103             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
104                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
105             as.calcScoreMatrix();\r
106             as.traceAlignment();\r
107             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
108            {\r
109               public void print(String x) {\r
110                    mappingDetails.append(x);\r
111                }\r
112                public void println()\r
113                {\r
114                  mappingDetails.append("\n");\r
115                }\r
116             };\r
117 \r
118             as.printAlignment(ps);\r
119 \r
120 \r
121 \r
122             if (as.maxscore > max)\r
123             {\r
124                 max = as.maxscore;\r
125                 maxchain = i;\r
126                 pdbstart = as.seq2start;\r
127                 pdbend = as.seq2end;\r
128                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
129                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
130                 maxAlignseq = as;\r
131             }\r
132 \r
133             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
134             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
135         }\r
136 \r
137         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
138 \r
139         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
140         mainchain.pdbend = pdbend;\r
141         mainchain.seqstart = seqstart;\r
142         mainchain.seqend = seqend;\r
143         mainchain.isVisible = true;\r
144         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
145 \r
146         this.pdb = pdb;\r
147         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
148 \r
149         //Initialize the matrices to identity\r
150         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
151             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
152                 if (i != j) {\r
153                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
154                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
155                 } else {\r
156                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
157                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
158                 }\r
159             }\r
160         }\r
161 \r
162         addMouseMotionListener(this);\r
163         addMouseListener(this);\r
164 \r
165         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
166         {\r
167           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
168           {\r
169             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
170             {\r
171               scale = (float) (scale * 1.1);\r
172               redrawneeded = true;\r
173               repaint();\r
174             }\r
175 \r
176             else\r
177             {\r
178               scale = (float) (scale * 0.9);\r
179               redrawneeded = true;\r
180               repaint();\r
181             }\r
182           }\r
183        });\r
184 \r
185 \r
186         findCentre();\r
187         findWidth();\r
188 \r
189         setupBonds();\r
190 \r
191         scale = findScale();\r
192 \r
193         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
194         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
195         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
196     }\r
197 \r
198 \r
199     Vector visiblebonds;\r
200     void setupBonds()\r
201     {\r
202       seqColoursReady = false;\r
203       // Sort the bonds by z coord\r
204       visiblebonds = new Vector();\r
205 \r
206       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
207       {\r
208         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
209         {\r
210           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
211 \r
212           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
213           {\r
214             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
215           }\r
216         }\r
217       }\r
218 \r
219       updateSeqColours();\r
220       seqColoursReady = true;\r
221       redrawneeded = true;\r
222       repaint();\r
223     }\r
224 \r
225 \r
226     public void findWidth() {\r
227         float[] max = new float[3];\r
228         float[] min = new float[3];\r
229 \r
230         max[0] = (float) -1e30;\r
231         max[1] = (float) -1e30;\r
232         max[2] = (float) -1e30;\r
233 \r
234         min[0] = (float) 1e30;\r
235         min[1] = (float) 1e30;\r
236         min[2] = (float) 1e30;\r
237 \r
238         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
239             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
240                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
241 \r
242                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
243                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
244 \r
245                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
246                         max[0] = tmp.start[0];\r
247                     }\r
248 \r
249                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
250                         max[1] = tmp.start[1];\r
251                     }\r
252 \r
253                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
254                         max[2] = tmp.start[2];\r
255                     }\r
256 \r
257                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
258                         min[0] = tmp.start[0];\r
259                     }\r
260 \r
261                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
262                         min[1] = tmp.start[1];\r
263                     }\r
264 \r
265                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
266                         min[2] = tmp.start[2];\r
267                     }\r
268 \r
269                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
270                         max[0] = tmp.end[0];\r
271                     }\r
272 \r
273                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
274                         max[1] = tmp.end[1];\r
275                     }\r
276 \r
277                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
278                         max[2] = tmp.end[2];\r
279                     }\r
280 \r
281                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
282                         min[0] = tmp.end[0];\r
283                     }\r
284 \r
285                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
286                         min[1] = tmp.end[1];\r
287                     }\r
288 \r
289                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
290                         min[2] = tmp.end[2];\r
291                     }\r
292                 }\r
293             }\r
294         }\r
295         /*\r
296         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
297         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
298         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
299 \r
300         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
301         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
302         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
303 \r
304         maxwidth = width[0];\r
305 \r
306         if (width[1] > width[0]) {\r
307             maxwidth = width[1];\r
308         }\r
309 \r
310         if (width[2] > width[1]) {\r
311             maxwidth = width[2];\r
312         }\r
313 \r
314        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
315     }\r
316 \r
317     public float findScale() {\r
318         int dim;\r
319         int width;\r
320         int height;\r
321 \r
322         if (getWidth() != 0) {\r
323             width = getWidth();\r
324             height = getHeight();\r
325         } else {\r
326             width = prefsize.width;\r
327             height = prefsize.height;\r
328         }\r
329 \r
330         if (width < height) {\r
331             dim = width;\r
332         } else {\r
333             dim = height;\r
334         }\r
335 \r
336         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
337     }\r
338 \r
339     public void findCentre() {\r
340         float xtot = 0;\r
341         float ytot = 0;\r
342         float ztot = 0;\r
343 \r
344         int bsize = 0;\r
345 \r
346         //Find centre coordinate\r
347         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
348             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
349                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
350 \r
351                 bsize += bonds.size();\r
352 \r
353                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
354                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
355                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
356 \r
357                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
358                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
359 \r
360                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
361                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
362                 }\r
363             }\r
364         }\r
365 \r
366         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
367         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
368         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
369     }\r
370 \r
371     public void paintComponent(Graphics g)\r
372     {\r
373       super.paintComponent(g);\r
374 \r
375       if(!seqColoursReady)\r
376       {\r
377         g.setColor(Color.black);\r
378         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
379         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
380         return;\r
381       }\r
382 \r
383 \r
384         //Only create the image at the beginning -\r
385         //this saves much memory usage\r
386         if ((img == null)\r
387             || (prefsize.width != getWidth())\r
388             || (prefsize.height != getHeight()))\r
389 \r
390       {\r
391             prefsize.width = getWidth();\r
392             prefsize.height = getHeight();\r
393 \r
394             scale = findScale();\r
395             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
396             ig = img.getGraphics();\r
397             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
398 \r
399             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
400                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
401 \r
402             redrawneeded = true;\r
403         }\r
404 \r
405 \r
406         if (redrawneeded)\r
407         {\r
408           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
409           redrawneeded = false;\r
410         }\r
411 \r
412         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
413 \r
414         pdbAction = false;\r
415     }\r
416 \r
417     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
418     {\r
419       g.setColor(Color.black);\r
420       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
421       drawScene(g);\r
422       drawLabels(g);\r
423     }\r
424 \r
425 \r
426     public void updateSeqColours()\r
427     {\r
428       if(pdbAction)\r
429       {\r
430         return;\r
431       }\r
432 \r
433      // System.out.println("update seq colours");\r
434       if(bysequence && pdb!=null)\r
435       {\r
436         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
437         {\r
438           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
439         }\r
440       }\r
441 \r
442       redrawneeded=true;\r
443       repaint();\r
444     }\r
445 \r
446     int findTrueIndex(int pos)\r
447     {\r
448       // returns the alignment position for a residue\r
449       int j = sequence.getStart();\r
450       int i = 0;\r
451 \r
452       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
453       {\r
454         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
455         {\r
456           j++;\r
457         }\r
458 \r
459         i++;\r
460       }\r
461 \r
462       if(i>1)\r
463          i--;\r
464 \r
465       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
466       {\r
467         return sequence.getEnd() + 1;\r
468       }\r
469       else\r
470       {\r
471         return i;\r
472       }\r
473     }\r
474 \r
475     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
476     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
477     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
478     {\r
479      // System.out.println("colour by seq");\r
480       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
481       {\r
482         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
483         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
484         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
485 \r
486         if(chain!=mainchain)\r
487           continue;\r
488 \r
489         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
490             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
491         {\r
492             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
493                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
494             if (index != -1)\r
495             {\r
496               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
497                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
498               if(tmp.startCol==null)\r
499                 tmp.startCol = Color.white;\r
500 \r
501               tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
502                   findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
503             }\r
504         }\r
505 \r
506         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
507             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
508         {\r
509 \r
510             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
511                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
512             if (index != -1)\r
513             {\r
514               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
515                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
516               if(tmp.endCol==null)\r
517                 tmp.endCol = Color.white;\r
518               tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
519                   findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
520             }\r
521         }\r
522       }\r
523     }\r
524 \r
525 \r
526     public void drawScene(Graphics g)\r
527     {\r
528         if (zbuffer)\r
529         {\r
530             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
531         }\r
532 \r
533         Bond tmpBond=null;\r
534         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
535         {\r
536             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
537 \r
538             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
539                 (getWidth() / 2));\r
540             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
541                 (getHeight() / 2));\r
542 \r
543             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
544                 (getWidth() / 2));\r
545             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
546                 (getHeight() / 2));\r
547 \r
548             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
549             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
550 \r
551             if (depthcue && !bymolecule)\r
552             {\r
553                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
554                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
555                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
556                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
557                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
558                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
559                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
560                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
561 \r
562                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
563                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
564                 } else {\r
565                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
566                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
567 \r
568                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
569                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
570                 }\r
571             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
572                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
573                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
574                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
575                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
576                     g.setColor(Color.green.darker());\r
577                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
578                 } else {\r
579                     g.setColor(Color.green);\r
580                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
581                 }\r
582             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
583                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
584                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
585                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
586                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
587             } else {\r
588                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
589             }\r
590 \r
591             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
592             {\r
593               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
594               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
595             }\r
596 \r
597             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
598             {\r
599               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
600               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
601             }\r
602 \r
603         }\r
604 \r
605 \r
606     }\r
607 \r
608     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
609         if (!wire) {\r
610             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
611                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
612                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
613                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
614             } else {\r
615                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
616                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
617                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
618                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
619             }\r
620         } else {\r
621             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
622         }\r
623     }\r
624 \r
625     public Dimension minimumsize() {\r
626         return prefsize;\r
627     }\r
628 \r
629     public Dimension preferredsize() {\r
630         return prefsize;\r
631     }\r
632 \r
633     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
634     {\r
635       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
636       {\r
637         scale = (float) (scale * 1.1);\r
638         redrawneeded = true;\r
639         repaint();\r
640       }\r
641       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
642       {\r
643         scale = (float) (scale * 0.9);\r
644         redrawneeded = true;\r
645         repaint();\r
646       }\r
647     }\r
648 \r
649     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
650     {\r
651         pdbAction = true;\r
652         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
653         if(fatom!=null)\r
654         {\r
655           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
656 \r
657           redrawneeded = true;\r
658           repaint();\r
659           if (foundchain != -1)\r
660           {\r
661             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
662             if (chain == mainchain)\r
663             {\r
664               if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
665               {\r
666                 if (highlightRes == null)\r
667                   highlightRes = new Vector();\r
668 \r
669                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
670                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");\r
671                 else\r
672                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");\r
673               }\r
674             }\r
675           }\r
676 \r
677         }\r
678         mx = e.getX();\r
679         my = e.getY();\r
680         omx = mx;\r
681         omy = my;\r
682         dragging = false;\r
683     }\r
684 \r
685     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
686     {\r
687       pdbAction = true;\r
688       if(highlightBond1!=null)\r
689       {\r
690         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
691         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
692         highlightBond1 = null;\r
693         highlightBond2 = null;\r
694       }\r
695 \r
696         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
697 \r
698         PDBChain chain = null;\r
699         if(foundchain!=-1)\r
700         {\r
701           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
702           if(chain == mainchain)\r
703           {\r
704             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
705           }\r
706         }\r
707 \r
708         if (fatom != null)\r
709         {\r
710             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
711         } else\r
712         {\r
713             highlightSeqcanvas( -1);\r
714             this.setToolTipText(null);\r
715         }\r
716     }\r
717 \r
718 \r
719     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
720     {\r
721       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
722 \r
723       int size = pos==-1?0:3;\r
724 \r
725       if(highlightRes!=null)\r
726         size += highlightRes.size()*3;\r
727 \r
728       int [] array = new int[size];\r
729       int i=0;\r
730       if(highlightRes!=null)\r
731       {\r
732         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
733         {\r
734           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
735               i).toString())+1;\r
736           array[i * 3] = index;\r
737           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
738           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
739         }\r
740       }\r
741 \r
742       if(pos!=-1)\r
743       {\r
744         array[i * 3] = index;\r
745         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
746         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
747       }\r
748 \r
749       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
750     }\r
751 \r
752 \r
753     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
754 \r
755     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
756 \r
757     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
758 \r
759     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
760     {\r
761         int x = evt.getX();\r
762         int y = evt.getY();\r
763         mx = x;\r
764         my = y;\r
765 \r
766 \r
767         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
768         objmat.setIdentity();\r
769 \r
770         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
771             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
772         } else {\r
773             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
774             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
775         }\r
776 \r
777         //Alter the bonds\r
778         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
779             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
780 \r
781             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
782                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
783 \r
784                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
785                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
786 \r
787                 //Now apply the rotation matrix\r
788                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
789                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
790 \r
791                 //Now translate back again\r
792                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
793             }\r
794         }\r
795 \r
796         objmat = null;\r
797 \r
798         omx = mx;\r
799         omy = my;\r
800 \r
801         dragging = true;\r
802 \r
803         redrawneeded = true;\r
804 \r
805         repaint();\r
806     }\r
807 \r
808     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
809     {\r
810         dragging = false;\r
811         return;\r
812     }\r
813 \r
814     void drawLabels(Graphics g) {\r
815 \r
816         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
817         {\r
818             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
819 \r
820             if (chain.isVisible)\r
821             {\r
822               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
823 \r
824               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
825               {\r
826                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
827 \r
828                   if (tmpBond.at1.isSelected)\r
829                   {\r
830                       labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
831                   }\r
832 \r
833                   if (tmpBond.at2.isSelected)\r
834                   {\r
835 \r
836                       labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
837                   }\r
838                 }\r
839             }\r
840         }\r
841     }\r
842 \r
843     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
844         g.setFont(font);\r
845         g.setColor(Color.red);\r
846         if (n == 1)\r
847         {\r
848             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
849                 (getWidth() / 2));\r
850             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
851                 (getHeight() / 2));\r
852 \r
853             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
854         }\r
855 \r
856         if (n == 2) {\r
857             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
858                 (getWidth() / 2));\r
859             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
860                 (getHeight() / 2));\r
861 \r
862             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
863         }\r
864     }\r
865 \r
866     int foundchain = -1;\r
867     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
868         Atom fatom = null;\r
869 \r
870         foundchain = -1;\r
871 \r
872         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
873         {\r
874             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
875             int truex;\r
876             Bond tmpBond=null;\r
877 \r
878             if (chain.isVisible)\r
879             {\r
880                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
881 \r
882                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
883                 {\r
884                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
885 \r
886                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
887                         (getWidth() / 2));\r
888 \r
889                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
890                     {\r
891                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
892                             (getHeight() / 2));\r
893 \r
894                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
895                         {\r
896                             fatom = tmpBond.at1;\r
897                             foundchain = ii;\r
898                             break;\r
899                         }\r
900                     }\r
901                 }\r
902 \r
903                 // Still here? Maybe its the last bond\r
904 \r
905                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
906                                (getWidth() / 2));\r
907 \r
908                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
909                 {\r
910                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
911                                      (getHeight() / 2));\r
912 \r
913                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
914                   {\r
915                     fatom = tmpBond.at2;\r
916                     foundchain = ii;\r
917                     break;\r
918                   }\r
919                 }\r
920 \r
921             }\r
922 \r
923             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
924              {\r
925                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
926             }\r
927         }\r
928 \r
929         return fatom;\r
930     }\r
931 \r
932    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
933    public void highlightRes(int ii)\r
934   {\r
935     if( !seqColoursReady )\r
936       return;\r
937 \r
938     if (highlightRes != null\r
939         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
940     {\r
941       return;\r
942     }\r
943 \r
944     int index = -1;\r
945     Bond tmpBond;\r
946     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
947     {\r
948       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
949       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
950       {\r
951         if (highlightBond1 != null)\r
952           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
953 \r
954         if (highlightBond2 != null)\r
955           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
956 \r
957         highlightBond1 = null;\r
958         highlightBond2 = null;\r
959 \r
960         if (index > 0)\r
961         {\r
962           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
963           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
964         }\r
965 \r
966         if (index != mainchain.bonds.size())\r
967         {\r
968           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
969           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
970         }\r
971 \r
972         break;\r
973       }\r
974     }\r
975 \r
976     redrawneeded = true;\r
977     repaint();\r
978   }\r
979 \r
980     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
981     {\r
982       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
983       {\r
984         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
985         chain.isVisible = b;\r
986       }\r
987       mainchain.isVisible = true;\r
988       findCentre();\r
989       setupBonds();\r
990     }\r
991 }\r