src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     PDBChain mainchain;\r
  73     Vector highlightRes;\r
  74     boolean pdbAction = false;\r
  75     boolean seqColoursReady = false;\r
  76     jalview.gui.FeatureRenderer fr;\r
  77     Color backgroundColour = Color.black;\r
  78 \r
  79     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  80     {\r
  81       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  82       this.sequence = seq;\r
  83       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  84     }\r
  85 \r
  86   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  87    {\r
  88         int max = -10;\r
  89         int maxchain = -1;\r
  90         int pdbstart = 0;\r
  91         int pdbend = 0;\r
  92         int seqstart = 0;\r
  93         int seqend = 0;\r
  94         AlignSeq maxAlignseq = null;\r
  95 \r
  96         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  97         {\r
  98 \r
  99           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 100           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 101 \r
 102             // Now lets compare the sequences to get\r
 103             // the start and end points.\r
 104             // Align the sequence to the pdb\r
 105             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 106                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 107             as.calcScoreMatrix();\r
 108             as.traceAlignment();\r
 109             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 110            {\r
 111               public void print(String x) {\r
 112                    mappingDetails.append(x);\r
 113                }\r
 114                public void println()\r
 115                {\r
 116                  mappingDetails.append("\n");\r
 117                }\r
 118             };\r
 119 \r
 120             as.printAlignment(ps);\r
 121 \r
 122 \r
 123 \r
 124             if (as.maxscore > max)\r
 125             {\r
 126                 max = as.maxscore;\r
 127                 maxchain = i;\r
 128                 pdbstart = as.seq2start;\r
 129                 pdbend = as.seq2end;\r
 130                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 131                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 132                 maxAlignseq = as;\r
 133             }\r
 134 \r
 135             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 136             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 137         }\r
 138 \r
 139         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 140 \r
 141         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 142         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 143         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 144         mainchain.seqend = seqend;\r
 145         mainchain.isVisible = true;\r
 146         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 147 \r
 148         this.pdb = pdb;\r
 149         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 150 \r
 151         //Initialize the matrices to identity\r
 152         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 153             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 154                 if (i != j) {\r
 155                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 156                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 157                 } else {\r
 158                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 159                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 160                 }\r
 161             }\r
 162         }\r
 163 \r
 164         addMouseMotionListener(this);\r
 165         addMouseListener(this);\r
 166 \r
 167         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 168         {\r
 169           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 170           {\r
 171             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 172             {\r
 173               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 174               redrawneeded = true;\r
 175               repaint();\r
 176             }\r
 177 \r
 178             else\r
 179             {\r
 180               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 181               redrawneeded = true;\r
 182               repaint();\r
 183             }\r
 184           }\r
 185        });\r
 186 \r
 187 \r
 188         findCentre();\r
 189         findWidth();\r
 190 \r
 191         setupBonds();\r
 192 \r
 193         scale = findScale();\r
 194 \r
 195         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 196         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 197         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 198     }\r
 199 \r
 200 \r
 201     Vector visiblebonds;\r
 202     void setupBonds()\r
 203     {\r
 204       seqColoursReady = false;\r
 205       // Sort the bonds by z coord\r
 206       visiblebonds = new Vector();\r
 207 \r
 208       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 209       {\r
 210         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 211         {\r
 212           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 213 \r
 214           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 215           {\r
 216             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 217           }\r
 218         }\r
 219       }\r
 220 \r
 221       updateSeqColours();\r
 222       seqColoursReady = true;\r
 223       redrawneeded = true;\r
 224       repaint();\r
 225     }\r
 226 \r
 227 \r
 228     public void findWidth() {\r
 229         float[] max = new float[3];\r
 230         float[] min = new float[3];\r
 231 \r
 232         max[0] = (float) -1e30;\r
 233         max[1] = (float) -1e30;\r
 234         max[2] = (float) -1e30;\r
 235 \r
 236         min[0] = (float) 1e30;\r
 237         min[1] = (float) 1e30;\r
 238         min[2] = (float) 1e30;\r
 239 \r
 240         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 241             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 242                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 243 \r
 244                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 245                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 246 \r
 247                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 248                         max[0] = tmp.start[0];\r
 249                     }\r
 250 \r
 251                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 252                         max[1] = tmp.start[1];\r
 253                     }\r
 254 \r
 255                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 256                         max[2] = tmp.start[2];\r
 257                     }\r
 258 \r
 259                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 260                         min[0] = tmp.start[0];\r
 261                     }\r
 262 \r
 263                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 264                         min[1] = tmp.start[1];\r
 265                     }\r
 266 \r
 267                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 268                         min[2] = tmp.start[2];\r
 269                     }\r
 270 \r
 271                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 272                         max[0] = tmp.end[0];\r
 273                     }\r
 274 \r
 275                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 276                         max[1] = tmp.end[1];\r
 277                     }\r
 278 \r
 279                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 280                         max[2] = tmp.end[2];\r
 281                     }\r
 282 \r
 283                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 284                         min[0] = tmp.end[0];\r
 285                     }\r
 286 \r
 287                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 288                         min[1] = tmp.end[1];\r
 289                     }\r
 290 \r
 291                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 292                         min[2] = tmp.end[2];\r
 293                     }\r
 294                 }\r
 295             }\r
 296         }\r
 297         /*\r
 298         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 299         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 300         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 301 \r
 302         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 303         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 304         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 305 \r
 306         maxwidth = width[0];\r
 307 \r
 308         if (width[1] > width[0]) {\r
 309             maxwidth = width[1];\r
 310         }\r
 311 \r
 312         if (width[2] > width[1]) {\r
 313             maxwidth = width[2];\r
 314         }\r
 315 \r
 316        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 317     }\r
 318 \r
 319     public float findScale() {\r
 320         int dim;\r
 321         int width;\r
 322         int height;\r
 323 \r
 324         if (getWidth() != 0) {\r
 325             width = getWidth();\r
 326             height = getHeight();\r
 327         } else {\r
 328             width = prefsize.width;\r
 329             height = prefsize.height;\r
 330         }\r
 331 \r
 332         if (width < height) {\r
 333             dim = width;\r
 334         } else {\r
 335             dim = height;\r
 336         }\r
 337 \r
 338         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 339     }\r
 340 \r
 341     public void findCentre() {\r
 342         float xtot = 0;\r
 343         float ytot = 0;\r
 344         float ztot = 0;\r
 345 \r
 346         int bsize = 0;\r
 347 \r
 348         //Find centre coordinate\r
 349         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 350             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 351                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 352 \r
 353                 bsize += bonds.size();\r
 354 \r
 355                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 356                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 357                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 358 \r
 359                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 360                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 361 \r
 362                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 363                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 364                 }\r
 365             }\r
 366         }\r
 367 \r
 368         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 369         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 370         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 371     }\r
 372 \r
 373     public void paintComponent(Graphics g)\r
 374     {\r
 375       super.paintComponent(g);\r
 376 \r
 377       if(!seqColoursReady)\r
 378       {\r
 379         g.setColor(Color.black);\r
 380         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 381         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 382         return;\r
 383       }\r
 384 \r
 385 \r
 386         //Only create the image at the beginning -\r
 387         //this saves much memory usage\r
 388         if ((img == null)\r
 389             || (prefsize.width != getWidth())\r
 390             || (prefsize.height != getHeight()))\r
 391 \r
 392       {\r
 393             prefsize.width = getWidth();\r
 394             prefsize.height = getHeight();\r
 395 \r
 396             scale = findScale();\r
 397             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 398             ig = img.getGraphics();\r
 399             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 400 \r
 401             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 402                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 403 \r
 404             redrawneeded = true;\r
 405         }\r
 406 \r
 407 \r
 408         if (redrawneeded)\r
 409         {\r
 410           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 411           redrawneeded = false;\r
 412         }\r
 413 \r
 414         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 415 \r
 416         pdbAction = false;\r
 417     }\r
 418 \r
 419     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 420     {\r
 421       g.setColor(backgroundColour);\r
 422       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 423       drawScene(g);\r
 424       drawLabels(g);\r
 425     }\r
 426 \r
 427 \r
 428     public void updateSeqColours()\r
 429     {\r
 430       if(pdbAction)\r
 431       {\r
 432         return;\r
 433       }\r
 434 \r
 435      // System.out.println("update seq colours");\r
 436       if(bysequence && pdb!=null)\r
 437       {\r
 438         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 439         {\r
 440           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 441         }\r
 442       }\r
 443 \r
 444       redrawneeded=true;\r
 445       repaint();\r
 446     }\r
 447 \r
 448     int findTrueIndex(int pos)\r
 449     {\r
 450       // returns the alignment position for a residue\r
 451       int j = sequence.getStart();\r
 452       int i = 0;\r
 453 \r
 454       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 455       {\r
 456         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 457         {\r
 458           j++;\r
 459         }\r
 460 \r
 461         i++;\r
 462       }\r
 463 \r
 464       if(i>1)\r
 465          i--;\r
 466 \r
 467       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 468       {\r
 469         return sequence.getEnd() + 1;\r
 470       }\r
 471       else\r
 472       {\r
 473         return i;\r
 474       }\r
 475     }\r
 476 \r
 477     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 478     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 479     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 480     {\r
 481      // System.out.println("colour by seq");\r
 482      boolean showFeatures = false;\r
 483      if(seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())\r
 484      {\r
 485        showFeatures = true;\r
 486        if (fr == null)\r
 487          fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());\r
 488 \r
 489        fr.transferSettings( seqcanvas.getFeatureRenderer() );\r
 490      }\r
 491 \r
 492       Bond tmp;\r
 493       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 494       {\r
 495         tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 496 \r
 497         if(chain!=mainchain)\r
 498           continue;\r
 499 \r
 500         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 501             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 502         {\r
 503             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 504                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 505             if (index != -1)\r
 506             {\r
 507               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 508                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 509 \r
 510               if(showFeatures)\r
 511                 tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 512 \r
 513               if(tmp.startCol==null)\r
 514                 tmp.startCol = Color.white;\r
 515             }\r
 516         }\r
 517 \r
 518         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 519             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 520         {\r
 521 \r
 522             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 523                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 524             if (index != -1)\r
 525             {\r
 526               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 527                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 528 \r
 529               if(showFeatures)\r
 530                 tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 531 \r
 532               if(tmp.endCol==null)\r
 533                 tmp.endCol = Color.white;\r
 534             }\r
 535         }\r
 536       }\r
 537     }\r
 538 \r
 539 \r
 540     Zsort zsort;\r
 541     public void drawScene(Graphics g)\r
 542     {\r
 543       if (zbuffer)\r
 544       {\r
 545         if (zsort == null)\r
 546           zsort = new Zsort();\r
 547 \r
 548         zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 549       }\r
 550 \r
 551       Bond tmpBond = null;\r
 552       for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 553       {\r
 554         tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 555 \r
 556         xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 557                         (getWidth() / 2));\r
 558         ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 559                         (getHeight() / 2));\r
 560 \r
 561         xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 562                       (getWidth() / 2));\r
 563         yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 564                       (getHeight() / 2));\r
 565 \r
 566         xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 567         ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 568         if (depthcue && !bymolecule)\r
 569         {\r
 570           if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))\r
 571           {\r
 572 \r
 573             g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 574             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 575             g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 576             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 577 \r
 578           }\r
 579           else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))\r
 580           {\r
 581             g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 582             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 583 \r
 584             g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 585             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 586           }\r
 587           else\r
 588           {\r
 589             g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 590             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 591 \r
 592             g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 593             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 594           }\r
 595         }\r
 596         else if (depthcue && bymolecule)\r
 597         {\r
 598           if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))\r
 599           {\r
 600             g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 601             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 602           }\r
 603           else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))\r
 604           {\r
 605             g.setColor(Color.green.darker());\r
 606             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 607           }\r
 608           else\r
 609           {\r
 610             g.setColor(Color.green);\r
 611             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 612           }\r
 613         }\r
 614         else if (!depthcue && !bymolecule)\r
 615         {\r
 616           g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 617           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 618           g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 619           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 620         }\r
 621         else\r
 622         {\r
 623           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 624         }\r
 625 \r
 626         if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)\r
 627         {\r
 628           g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 629           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 630         }\r
 631 \r
 632         if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)\r
 633         {\r
 634           g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 635           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 636         }\r
 637 \r
 638       }\r
 639 \r
 640 \r
 641     }\r
 642 \r
 643     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 644         if (!wire) {\r
 645             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 646                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 647                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 648                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 649             } else {\r
 650                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 651                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 652                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 653                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 654             }\r
 655         } else {\r
 656             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 657         }\r
 658     }\r
 659 \r
 660     public Dimension minimumsize() {\r
 661         return prefsize;\r
 662     }\r
 663 \r
 664     public Dimension preferredsize() {\r
 665         return prefsize;\r
 666     }\r
 667 \r
 668     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 669     {\r
 670       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 671       {\r
 672         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 673         redrawneeded = true;\r
 674         repaint();\r
 675       }\r
 676       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 677       {\r
 678         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 679         redrawneeded = true;\r
 680         repaint();\r
 681       }\r
 682     }\r
 683 \r
 684     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 685     {\r
 686         pdbAction = true;\r
 687         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 688         if(fatom!=null)\r
 689         {\r
 690           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 691 \r
 692           redrawneeded = true;\r
 693           repaint();\r
 694           if (foundchain != -1)\r
 695           {\r
 696             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 697             if (chain == mainchain)\r
 698             {\r
 699               if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 700               {\r
 701                 if (highlightRes == null)\r
 702                   highlightRes = new Vector();\r
 703 \r
 704                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+""))\r
 705                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");\r
 706                 else\r
 707                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");\r
 708               }\r
 709             }\r
 710           }\r
 711 \r
 712         }\r
 713         mx = e.getX();\r
 714         my = e.getY();\r
 715         omx = mx;\r
 716         omy = my;\r
 717         dragging = false;\r
 718     }\r
 719 \r
 720     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 721     {\r
 722       pdbAction = true;\r
 723       if(highlightBond1!=null)\r
 724       {\r
 725         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 726         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 727         highlightBond1 = null;\r
 728         highlightBond2 = null;\r
 729       }\r
 730 \r
 731         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 732 \r
 733         PDBChain chain = null;\r
 734         if(foundchain!=-1)\r
 735         {\r
 736           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 737           if(chain == mainchain)\r
 738           {\r
 739             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 740           }\r
 741         }\r
 742 \r
 743         if (fatom != null)\r
 744         {\r
 745             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 746         } else\r
 747         {\r
 748             highlightSeqcanvas( -1);\r
 749             this.setToolTipText(null);\r
 750         }\r
 751     }\r
 752 \r
 753 \r
 754     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 755     {\r
 756       SearchResults searchResults = new SearchResults();\r
 757       if(highlightRes!=null)\r
 758       {\r
 759         for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 760         {\r
 761           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 762               i).toString())+1;\r
 763 \r
 764           searchResults.addResult(sequence, a, a);\r
 765         }\r
 766       }\r
 767 \r
 768       if(pos!=-1)\r
 769       {\r
 770         searchResults.addResult(sequence, pos+1, pos+1);\r
 771       }\r
 772 \r
 773       seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);\r
 774     }\r
 775 \r
 776 \r
 777     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
 778 \r
 779     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
 780 \r
 781     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 782 \r
 783     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 784     {\r
 785         int x = evt.getX();\r
 786         int y = evt.getY();\r
 787         mx = x;\r
 788         my = y;\r
 789 \r
 790 \r
 791         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 792         objmat.setIdentity();\r
 793 \r
 794         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 795             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 796         } else {\r
 797             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 798             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 799         }\r
 800 \r
 801         //Alter the bonds\r
 802         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 803             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 804 \r
 805             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 806                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 807 \r
 808                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 809                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 810 \r
 811                 //Now apply the rotation matrix\r
 812                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 813                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 814 \r
 815                 //Now translate back again\r
 816                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 817             }\r
 818         }\r
 819 \r
 820         objmat = null;\r
 821 \r
 822         omx = mx;\r
 823         omy = my;\r
 824 \r
 825         dragging = true;\r
 826 \r
 827         redrawneeded = true;\r
 828 \r
 829         repaint();\r
 830     }\r
 831 \r
 832     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 833     {\r
 834         dragging = false;\r
 835         return;\r
 836     }\r
 837 \r
 838     void drawLabels(Graphics g) {\r
 839 \r
 840         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 841         {\r
 842             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 843 \r
 844             if (chain.isVisible)\r
 845             {\r
 846               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 847 \r
 848               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 849               {\r
 850                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 851 \r
 852                   if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 853                   {\r
 854                       labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 855                   }\r
 856 \r
 857                   if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 858                   {\r
 859 \r
 860                       labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 861                   }\r
 862                 }\r
 863             }\r
 864         }\r
 865     }\r
 866 \r
 867     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 868         g.setFont(font);\r
 869         g.setColor(Color.red);\r
 870         if (n == 1)\r
 871         {\r
 872             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 873                 (getWidth() / 2));\r
 874             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 875                 (getHeight() / 2));\r
 876 \r
 877             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 878         }\r
 879 \r
 880         if (n == 2) {\r
 881             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 882                 (getWidth() / 2));\r
 883             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 884                 (getHeight() / 2));\r
 885 \r
 886             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 887         }\r
 888     }\r
 889 \r
 890     int foundchain = -1;\r
 891     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 892         Atom fatom = null;\r
 893 \r
 894         foundchain = -1;\r
 895 \r
 896         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 897         {\r
 898             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 899             int truex;\r
 900             Bond tmpBond=null;\r
 901 \r
 902             if (chain.isVisible)\r
 903             {\r
 904                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 905 \r
 906                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 907                 {\r
 908                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 909 \r
 910                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 911                         (getWidth() / 2));\r
 912 \r
 913                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 914                     {\r
 915                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 916                             (getHeight() / 2));\r
 917 \r
 918                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 919                         {\r
 920                             fatom = tmpBond.at1;\r
 921                             foundchain = ii;\r
 922                             break;\r
 923                         }\r
 924                     }\r
 925                 }\r
 926 \r
 927                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 928 \r
 929                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 930                                (getWidth() / 2));\r
 931 \r
 932                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 933                 {\r
 934                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 935                                      (getHeight() / 2));\r
 936 \r
 937                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 938                   {\r
 939                     fatom = tmpBond.at2;\r
 940                     foundchain = ii;\r
 941                     break;\r
 942                   }\r
 943                 }\r
 944 \r
 945             }\r
 946 \r
 947             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 948              {\r
 949                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 950             }\r
 951         }\r
 952 \r
 953         return fatom;\r
 954     }\r
 955 \r
 956    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 957    public void highlightRes(int ii)\r
 958   {\r
 959     if( !seqColoursReady )\r
 960       return;\r
 961 \r
 962     if (highlightRes != null\r
 963         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 964     {\r
 965       return;\r
 966     }\r
 967 \r
 968     int index = -1;\r
 969     Bond tmpBond;\r
 970     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 971     {\r
 972       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 973       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 974       {\r
 975         if (highlightBond1 != null)\r
 976           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 977 \r
 978         if (highlightBond2 != null)\r
 979           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 980 \r
 981         highlightBond1 = null;\r
 982         highlightBond2 = null;\r
 983 \r
 984         if (index > 0)\r
 985         {\r
 986           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 987           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 988         }\r
 989 \r
 990         if (index != mainchain.bonds.size())\r
 991         {\r
 992           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 993           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 994         }\r
 995 \r
 996         break;\r
 997       }\r
 998     }\r
 999 \r
1000     redrawneeded = true;\r
1001     repaint();\r
1002   }\r
1003 \r
1004     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
1005     {\r
1006       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
1007       {\r
1008         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
1009         chain.isVisible = b;\r
1010       }\r
1011       mainchain.isVisible = true;\r
1012       findCentre();\r
1013       setupBonds();\r
1014     }\r
1015 }\r