src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.event.InputEvent;import java.awt.Font;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.Graphics2D;
  42 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  43 import java.awt.Image;
  44 import java.awt.RenderingHints;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.io.PrintStream;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Vector;
  53
  54 import javax.swing.JPanel;
  55 import javax.swing.ToolTipManager;
  56
  57 public class PDBCanvas extends JPanel
  58         implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener
  59 {
  60   boolean redrawneeded = true;
  61
  62   int omx = 0;
  63
  64   int mx = 0;
  65
  66   int omy = 0;
  67
  68   int my = 0;
  69
  70   public StructureFile pdb;
  71
  72   PDBEntry pdbentry;
  73
  74   int bsize;
  75
  76   Image img;
  77
  78   Graphics ig;
  79
  80   Dimension prefsize;
  81
  82   float[] centre = new float[3];
  83
  84   float[] width = new float[3];
  85
  86   float maxwidth;
  87
  88   float scale;
  89
  90   String inStr;
  91
  92   String inType;
  93
  94   boolean bysequence = true;
  95
  96   boolean depthcue = true;
  97
  98   boolean wire = false;
  99
 100   boolean bymolecule = false;
 101
 102   boolean zbuffer = true;
 103
 104   boolean dragging;
 105
 106   int xstart;
 107
 108   int xend;
 109
 110   int ystart;
 111
 112   int yend;
 113
 114   int xmid;
 115
 116   int ymid;
 117
 118   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 119
 120   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 121
 122   public SequenceI[] sequence;
 123
 124   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 125
 126   PDBChain mainchain;
 127
 128   Vector<String> highlightRes;
 129
 130   boolean pdbAction = false;
 131
 132   boolean seqColoursReady = false;
 133
 134   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 135
 136   Color backgroundColour = Color.black;
 137
 138   AlignmentPanel ap;
 139
 140   StructureSelectionManager ssm;
 141
 142   String errorMessage;
 143
 144   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 145           AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 146   {
 147     this.ap = ap;
 148     this.pdbentry = pdbentry;
 149     this.sequence = seq;
 150
 151     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 152
 153     try
 154     {
 155       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol,
 156               ap.alignFrame);
 157
 158       if (protocol.equals(jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 159       {
 160         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 161       }
 162
 163     } catch (Exception ex)
 164     {
 165       ex.printStackTrace();
 166       return;
 167     }
 168
 169     if (pdb == null)
 170     {
 171       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 172       return;
 173     }
 174     pdbentry.setId(pdb.getId());
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     float max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 194               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 195                       .getSequenceAsString());
 196       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 197               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 198
 199       // Now lets compare the sequences to get
 200       // the start and end points.
 201       // Align the sequence to the pdb
 202       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 203               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 204       as.calcScoreMatrix();
 205       as.traceAlignment();
 206       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 207       {
 208         @Override
 209         public void print(String x)
 210         {
 211           mappingDetails.append(x);
 212         }
 213
 214         @Override
 215         public void println()
 216         {
 217           mappingDetails.append("\n");
 218         }
 219       };
 220
 221       as.printAlignment(ps);
 222
 223       if (as.maxscore > max)
 224       {
 225         max = as.maxscore;
 226         maxchain = i;
 227
 228         pdbstart = as.seq2start;
 229         pdbend = as.seq2end;
 230         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 231         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 232       }
 233
 234       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 235       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 236     }
 237
 238     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 239
 240     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 241     mainchain.pdbend = pdbend;
 242     mainchain.seqstart = seqstart;
 243     mainchain.seqend = seqend;
 244     mainchain.isVisible = true;
 245
 246     this.pdb = pdb;
 247     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 248
 249     addMouseMotionListener(this);
 250     addMouseListener(this);
 251
 252     addKeyListener(new KeyAdapter()
 253     {
 254       @Override
 255       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 256       {
 257         keyPressed(evt);
 258       }
 259     });
 260
 261     findCentre();
 262     findWidth();
 263
 264     setupBonds();
 265
 266     scale = findScale();
 267
 268     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 269     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 270     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 271   }
 272
 273   Vector<Bond> visiblebonds;
 274
 275   void setupBonds()
 276   {
 277     seqColoursReady = false;
 278     // Sort the bonds by z coord
 279     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 280
 281     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 282     {
 283       if (chain.isVisible)
 284       {
 285         for (Bond bond : chain.bonds)
 286         {
 287           visiblebonds.addElement(bond);
 288         }
 289       }
 290     }
 291
 292     updateSeqColours();
 293     seqColoursReady = true;
 294     redrawneeded = true;
 295     repaint();
 296   }
 297
 298   public void findWidth()
 299   {
 300     float[] max = new float[3];
 301     float[] min = new float[3];
 302
 303     max[0] = (float) -1e30;
 304     max[1] = (float) -1e30;
 305     max[2] = (float) -1e30;
 306
 307     min[0] = (float) 1e30;
 308     min[1] = (float) 1e30;
 309     min[2] = (float) 1e30;
 310
 311     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 312     {
 313       if (chain.isVisible)
 314       {
 315         for (Bond tmp : chain.bonds)
 316         {
 317           if (tmp.start[0] >= max[0])
 318           {
 319             max[0] = tmp.start[0];
 320           }
 321
 322           if (tmp.start[1] >= max[1])
 323           {
 324             max[1] = tmp.start[1];
 325           }
 326
 327           if (tmp.start[2] >= max[2])
 328           {
 329             max[2] = tmp.start[2];
 330           }
 331
 332           if (tmp.start[0] <= min[0])
 333           {
 334             min[0] = tmp.start[0];
 335           }
 336
 337           if (tmp.start[1] <= min[1])
 338           {
 339             min[1] = tmp.start[1];
 340           }
 341
 342           if (tmp.start[2] <= min[2])
 343           {
 344             min[2] = tmp.start[2];
 345           }
 346
 347           if (tmp.end[0] >= max[0])
 348           {
 349             max[0] = tmp.end[0];
 350           }
 351
 352           if (tmp.end[1] >= max[1])
 353           {
 354             max[1] = tmp.end[1];
 355           }
 356
 357           if (tmp.end[2] >= max[2])
 358           {
 359             max[2] = tmp.end[2];
 360           }
 361
 362           if (tmp.end[0] <= min[0])
 363           {
 364             min[0] = tmp.end[0];
 365           }
 366
 367           if (tmp.end[1] <= min[1])
 368           {
 369             min[1] = tmp.end[1];
 370           }
 371
 372           if (tmp.end[2] <= min[2])
 373           {
 374             min[2] = tmp.end[2];
 375           }
 376         }
 377       }
 378     }
 379     /*
 380      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 381      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 382      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 383      */
 384
 385     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 386     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 387     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 388
 389     maxwidth = width[0];
 390
 391     if (width[1] > width[0])
 392     {
 393       maxwidth = width[1];
 394     }
 395
 396     if (width[2] > width[1])
 397     {
 398       maxwidth = width[2];
 399     }
 400
 401     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 402   }
 403
 404   public float findScale()
 405   {
 406     int dim;
 407     int width;
 408     int height;
 409
 410     if (getWidth() != 0)
 411     {
 412       width = getWidth();
 413       height = getHeight();
 414     }
 415     else
 416     {
 417       width = prefsize.width;
 418       height = prefsize.height;
 419     }
 420
 421     if (width < height)
 422     {
 423       dim = width;
 424     }
 425     else
 426     {
 427       dim = height;
 428     }
 429
 430     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 431   }
 432
 433   public void findCentre()
 434   {
 435     float xtot = 0;
 436     float ytot = 0;
 437     float ztot = 0;
 438
 439     int bsize = 0;
 440
 441     // Find centre coordinate
 442     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 443     {
 444       if (chain.isVisible)
 445       {
 446         bsize += chain.bonds.size();
 447
 448         for (Bond bond : chain.bonds)
 449         {
 450           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 451           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 452           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 453         }
 454       }
 455     }
 456
 457     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 458     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 459     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 460   }
 461
 462   @Override
 463   public void paintComponent(Graphics g)
 464   {
 465     super.paintComponent(g);
 466
 467     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 468     {
 469       g.setColor(Color.black);
 470       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 471       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 472               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 473       return;
 474     }
 475
 476     // Only create the image at the beginning -
 477     // this saves much memory usage
 478     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 479             || (prefsize.height != getHeight()))
 480
 481     {
 482       prefsize.width = getWidth();
 483       prefsize.height = getHeight();
 484
 485       scale = findScale();
 486       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 487       ig = img.getGraphics();
 488       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 489
 490       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 491               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 492
 493       redrawneeded = true;
 494     }
 495
 496     if (redrawneeded)
 497     {
 498       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 499       redrawneeded = false;
 500     }
 501
 502     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 503
 504     pdbAction = false;
 505   }
 506
 507   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 508   {
 509     g.setColor(backgroundColour);
 510     g.fillRect(0, 0, width, height);
 511     drawScene(g);
 512     drawLabels(g);
 513   }
 514
 515   public void updateSeqColours()
 516   {
 517     if (pdbAction)
 518     {
 519       return;
 520     }
 521
 522     colourBySequence();
 523
 524     redrawneeded = true;
 525     repaint();
 526   }
 527
 528   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 529   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 530   void colourBySequence()
 531   {
 532     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 533
 534     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 535
 536     boolean showFeatures = false;
 537     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 538     {
 539       if (fr == null)
 540       {
 541         fr = new FeatureRenderer(ap);
 542       }
 543
 544       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 545
 546       showFeatures = true;
 547     }
 548
 549     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 550     PDBChain chain;
 551     if (bysequence && pdb != null)
 552     {
 553       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 554       {
 555         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 556
 557         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 558         {
 559           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 560           tmp.startCol = Color.lightGray;
 561           tmp.endCol = Color.lightGray;
 562           if (chain != mainchain)
 563           {
 564             continue;
 565           }
 566
 567           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 568           {
 569             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 570             {
 571               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 572               {
 573                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 574                 if (pos > 0)
 575                 {
 576                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 577                   tmp.startCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 578                           finder);
 579                 }
 580                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 581                 if (pos > 0)
 582                 {
 583                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 584                   tmp.endCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 585                           finder);
 586                 }
 587
 588               }
 589             }
 590           }
 591         }
 592       }
 593     }
 594   }
 595
 596   Zsort zsort;
 597
 598   public void drawScene(Graphics g)
 599   {
 600     if (zbuffer)
 601     {
 602       if (zsort == null)
 603       {
 604         zsort = new Zsort();
 605       }
 606
 607       zsort.sort(visiblebonds);
 608     }
 609
 610     Bond tmpBond = null;
 611     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 612     {
 613       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 614
 615       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale)
 616               + (getWidth() / 2));
 617       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale)
 618               + (getHeight() / 2));
 619
 620       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale)
 621               + (getWidth() / 2));
 622       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale)
 623               + (getHeight() / 2));
 624
 625       xmid = (xend + xstart) / 2;
 626       ymid = (yend + ystart) / 2;
 627       if (depthcue && !bymolecule)
 628       {
 629         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 630         {
 631
 632           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 633           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 634           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 635           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 636
 637         }
 638         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 639         {
 640           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 641           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 642
 643           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 644           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 645         }
 646         else
 647         {
 648           g.setColor(tmpBond.startCol);
 649           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 650
 651           g.setColor(tmpBond.endCol);
 652           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 653         }
 654       }
 655       else if (depthcue && bymolecule)
 656       {
 657         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 658         {
 659           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 660           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 661         }
 662         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 663         {
 664           g.setColor(Color.green.darker());
 665           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 666         }
 667         else
 668         {
 669           g.setColor(Color.green);
 670           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 671         }
 672       }
 673       else if (!depthcue && !bymolecule)
 674       {
 675         g.setColor(tmpBond.startCol);
 676         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 677         g.setColor(tmpBond.endCol);
 678         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 679       }
 680       else
 681       {
 682         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 683       }
 684
 685       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 686       {
 687         g.setColor(
 688                 tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 689         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 690       }
 691
 692       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 693       {
 694         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 695                 .brighter());
 696         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 697       }
 698
 699     }
 700
 701   }
 702
 703   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 704   {
 705     if (!wire)
 706     {
 707       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 708       {
 709         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 710         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 711         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 712       }
 713       else
 714       {
 715         g.setColor(g.getColor().brighter());
 716         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 717         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 718         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 719       }
 720     }
 721     else
 722     {
 723       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 724     }
 725   }
 726
 727   public Dimension minimumsize()
 728   {
 729     return prefsize;
 730   }
 731
 732   public Dimension preferredsize()
 733   {
 734     return prefsize;
 735   }
 736
 737   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 738   {
 739     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 740     {
 741       scale = (float) (scale * 1.1);
 742       redrawneeded = true;
 743       repaint();
 744     }
 745     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 746     {
 747       scale = (float) (scale * 0.9);
 748       redrawneeded = true;
 749       repaint();
 750     }
 751   }
 752
 753   @Override
 754   public void mousePressed(MouseEvent e)
 755   {
 756     pdbAction = true;
 757     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 758     if (fatom != null)
 759     {
 760       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 761
 762       redrawneeded = true;
 763       repaint();
 764       if (foundchain != -1)
 765       {
 766         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 767         if (chain == mainchain)
 768         {
 769           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 770           {
 771             if (highlightRes == null)
 772             {
 773               highlightRes = new Vector<String>();
 774             }
 775
 776             final String atomString = Integer
 777                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 778             if (highlightRes.contains(atomString))
 779             {
 780               highlightRes.remove(atomString);
 781             }
 782             else
 783             {
 784               highlightRes.add(atomString);
 785             }
 786           }
 787         }
 788       }
 789
 790     }
 791     mx = e.getX();
 792     my = e.getY();
 793     omx = mx;
 794     omy = my;
 795     dragging = false;
 796   }
 797
 798   @Override
 799   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 800   {
 801     pdbAction = true;
 802     if (highlightBond1 != null)
 803     {
 804       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 805       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 806       highlightBond1 = null;
 807       highlightBond2 = null;
 808     }
 809
 810     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 811
 812     PDBChain chain = null;
 813     if (foundchain != -1)
 814     {
 815       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 816       if (chain == mainchain)
 817       {
 818         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 819       }
 820     }
 821
 822     if (fatom != null)
 823     {
 824       this.setToolTipText(
 825               chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " + fatom.resName);
 826     }
 827     else
 828     {
 829       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 830       this.setToolTipText(null);
 831     }
 832   }
 833
 834   @Override
 835   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 836   {
 837   }
 838
 839   @Override
 840   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 841   {
 842   }
 843
 844   @Override
 845   public void mouseExited(MouseEvent e)
 846   {
 847   }
 848
 849   @Override
 850   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 851   {
 852     int x = evt.getX();
 853     int y = evt.getY();
 854     mx = x;
 855     my = y;
 856
 857     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 858     objmat.setIdentity();
 859
 860     if ((evt.getModifiersEx() & InputEvent.META_DOWN_MASK) != 0)
 861     {
 862       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 863     }
 864     else
 865     {
 866       objmat.rotatex(((my - omy)));
 867       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 868     }
 869
 870     // Alter the bonds
 871     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 872     {
 873       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 874       {
 875         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 876         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 877
 878         // Now apply the rotation matrix
 879         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 880         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 881
 882         // Now translate back again
 883         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 884       }
 885     }
 886
 887     objmat = null;
 888
 889     omx = mx;
 890     omy = my;
 891
 892     dragging = true;
 893
 894     redrawneeded = true;
 895
 896     repaint();
 897   }
 898
 899   @Override
 900   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 901   {
 902     dragging = false;
 903     return;
 904   }
 905
 906   void drawLabels(Graphics g)
 907   {
 908
 909     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 910     {
 911       if (chain.isVisible)
 912       {
 913         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 914         {
 915           if (tmpBond.at1.isSelected)
 916           {
 917             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 918           }
 919
 920           if (tmpBond.at2.isSelected)
 921           {
 922             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 923           }
 924         }
 925       }
 926     }
 927   }
 928
 929   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 930   {
 931     g.setFont(font);
 932     g.setColor(Color.red);
 933     if (n == 1)
 934     {
 935       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale)
 936               + (getWidth() / 2));
 937       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale)
 938               + (getHeight() / 2));
 939
 940       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 941     }
 942
 943     if (n == 2)
 944     {
 945       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale)
 946               + (getWidth() / 2));
 947       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale)
 948               + (getHeight() / 2));
 949
 950       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 951     }
 952   }
 953
 954   int foundchain = -1;
 955
 956   public Atom findAtom(int x, int y)
 957   {
 958     Atom fatom = null;
 959
 960     foundchain = -1;
 961
 962     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 963     {
 964       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 965       int truex;
 966       Bond tmpBond = null;
 967
 968       if (chain.isVisible)
 969       {
 970         for (Bond bond : chain.bonds)
 971         {
 972           tmpBond = bond;
 973
 974           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale)
 975                   + (getWidth() / 2));
 976
 977           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 978           {
 979             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale)
 980                     + (getHeight() / 2));
 981
 982             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 983             {
 984               fatom = tmpBond.at1;
 985               foundchain = ii;
 986               break;
 987             }
 988           }
 989         }
 990
 991         // Still here? Maybe its the last bond
 992
 993         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale)
 994                 + (getWidth() / 2));
 995
 996         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 997         {
 998           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale)
 999                   + (getHeight() / 2));
1000
1001           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1002           {
1003             fatom = tmpBond.at2;
1004             foundchain = ii;
1005             break;
1006           }
1007         }
1008
1009       }
1010
1011       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1012       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1013         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1014       }
1015     }
1016
1017     return fatom;
1018   }
1019
1020   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1021
1022   public void highlightRes(int ii)
1023   {
1024     if (!seqColoursReady)
1025     {
1026       return;
1027     }
1028
1029     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1030     {
1031       return;
1032     }
1033
1034     int index = -1;
1035     Bond tmpBond;
1036     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1037     {
1038       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1039       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1040       {
1041         if (highlightBond1 != null)
1042         {
1043           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1044         }
1045
1046         if (highlightBond2 != null)
1047         {
1048           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1049         }
1050
1051         highlightBond1 = null;
1052         highlightBond2 = null;
1053
1054         if (index > 0)
1055         {
1056           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1057           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1058         }
1059
1060         if (index != mainchain.bonds.size())
1061         {
1062           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1063           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1064         }
1065
1066         break;
1067       }
1068     }
1069
1070     redrawneeded = true;
1071     repaint();
1072   }
1073
1074   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1075   {
1076     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1077     {
1078       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1079       chain.isVisible = b;
1080     }
1081     mainchain.isVisible = true;
1082     findCentre();
1083     setupBonds();
1084   }
1085
1086   // ////////////////////////////////
1087   // /StructureListener
1088   @Override
1089   public String[] getStructureFiles()
1090   {
1091     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1092   }
1093
1094   String lastMessage;
1095
1096   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1097   {
1098     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1099     {
1100       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1101     }
1102
1103     lastMessage = pdbResNum + chain;
1104   }
1105
1106   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1107
1108   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1109
1110   /**
1111    * Highlight the specified atoms in the structure.
1112    *
1113    * @param atoms
1114    */
1115   @Override
1116   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1117   {
1118     if (!seqColoursReady)
1119     {
1120       return;
1121     }
1122
1123     for (AtomSpec atom : atoms)
1124     {
1125       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1126       if (highlightRes != null
1127               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1128       {
1129         continue;
1130       }
1131
1132       highlightAtom(atomIndex);
1133     }
1134
1135     redrawneeded = true;
1136     repaint();
1137   }
1138
1139   /**
1140    * Highlight the atom at the specified index.
1141    *
1142    * @param atomIndex
1143    */
1144   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1145   {
1146     int index = -1;
1147     Bond tmpBond;
1148     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1149     {
1150       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1151       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1152       {
1153         if (highlightBond1 != null)
1154         {
1155           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1156         }
1157
1158         if (highlightBond2 != null)
1159         {
1160           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1161         }
1162
1163         highlightBond1 = null;
1164         highlightBond2 = null;
1165
1166         if (index > 0)
1167         {
1168           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1169           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1170         }
1171
1172         if (index != mainchain.bonds.size())
1173         {
1174           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1175           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1176         }
1177
1178         break;
1179       }
1180     }
1181   }
1182
1183   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1184           String pdbfile)
1185   {
1186     return Color.white;
1187     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1188     // return null;
1189
1190     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1191   }
1192
1193   @Override
1194   public void updateColours(Object source)
1195   {
1196     colourBySequence();
1197     redrawneeded = true;
1198     repaint();
1199   }
1200
1201   @Override
1202   public void releaseReferences(Object svl)
1203   {
1204     // TODO Auto-generated method stub
1205
1206   }
1207
1208   @Override
1209   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1210   {
1211     if (sequence != null)
1212     {
1213       for (SequenceI s : sequence)
1214       {
1215         if (s == seq)
1216         {
1217           return true;
1218         }
1219       }
1220     }
1221     return false;
1222   }
1223 }