src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import jalview.analysis.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31
  32 public class PDBCanvas
  33     extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener
  34 {
  35   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  36   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  37   boolean redrawneeded = true;
  38   int omx = 0;
  39   int mx = 0;
  40   int omy = 0;
  41   int my = 0;
  42   public PDBfile pdb;
  43   int bsize;
  44   Image img;
  45   Graphics ig;
  46   Dimension prefsize;
  47   float[] centre = new float[3];
  48   float[] width = new float[3];
  49   float maxwidth;
  50   float scale;
  51   String inStr;
  52   String inType;
  53   boolean bysequence = true;
  54   boolean depthcue = true;
  55   boolean wire = false;
  56   boolean bymolecule = false;
  57   boolean zbuffer = true;
  58   boolean dragging;
  59   int xstart;
  60   int xend;
  61   int ystart;
  62   int yend;
  63   int xmid;
  64   int ymid;
  65   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  66   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
  67   public Sequence sequence;
  68   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  69   PDBChain mainchain;
  70   Vector highlightRes;
  71   boolean pdbAction = false;
  72   boolean seqColoursReady = false;
  73   jalview.gui.FeatureRenderer fr;
  74   Color backgroundColour = Color.black;
  75
  76   public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)
  77   {
  78     this.seqcanvas = seqcanvas;
  79     this.sequence = seq;
  80   }
  81
  82   public void setPDBFile(PDBfile pdb)
  83   {
  84     int max = -10;
  85     int maxchain = -1;
  86     int pdbstart = 0;
  87     int pdbend = 0;
  88     int seqstart = 0;
  89     int seqend = 0;
  90     AlignSeq maxAlignseq = null;
  91
  92     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
  93     {
  94
  95       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
  96                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
  97                             getSequenceAsString());
  98       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
  99                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
 100                             "\n\n");
 101
 102       // Now lets compare the sequences to get
 103       // the start and end points.
 104       // Align the sequence to the pdb
 105       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 106                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 107                                  AlignSeq.PEP);
 108       as.calcScoreMatrix();
 109       as.traceAlignment();
 110       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 111       {
 112         public void print(String x)
 113         {
 114           mappingDetails.append(x);
 115         }
 116
 117         public void println()
 118         {
 119           mappingDetails.append("\n");
 120         }
 121       };
 122
 123       as.printAlignment(ps);
 124
 125       if (as.maxscore > max)
 126       {
 127         max = as.maxscore;
 128         maxchain = i;
 129         pdbstart = as.seq2start;
 130         pdbend = as.seq2end;
 131         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 132         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 133         maxAlignseq = as;
 134       }
 135
 136       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 137       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 138     }
 139
 140     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 141
 142     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 143     mainchain.pdbend = pdbend;
 144     mainchain.seqstart = seqstart;
 145     mainchain.seqend = seqend;
 146     mainchain.isVisible = true;
 147     mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 148     mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 149     seqcanvas.getFeatureRenderer().featuresAdded();
 150     this.pdb = pdb;
 151     this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());
 152
 153     //Initialize the matrices to identity
 154     for (int i = 0; i < 3; i++)
 155     {
 156       for (int j = 0; j < 3; j++)
 157       {
 158         if (i != j)
 159         {
 160           idmat.addElement(i, j, 0);
 161           objmat.addElement(i, j, 0);
 162         }
 163         else
 164         {
 165           idmat.addElement(i, j, 1);
 166           objmat.addElement(i, j, 1);
 167         }
 168       }
 169     }
 170
 171     addMouseMotionListener(this);
 172     addMouseListener(this);
 173
 174     addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()
 175     {
 176       public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 177       {
 178         if (e.getWheelRotation() > 0)
 179         {
 180           scale = (float) (scale * 1.1);
 181           redrawneeded = true;
 182           repaint();
 183         }
 184
 185         else
 186         {
 187           scale = (float) (scale * 0.9);
 188           redrawneeded = true;
 189           repaint();
 190         }
 191       }
 192     });
 193
 194     findCentre();
 195     findWidth();
 196
 197     setupBonds();
 198
 199     scale = findScale();
 200
 201     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 202     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 203     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 204   }
 205
 206   Vector visiblebonds;
 207   void setupBonds()
 208   {
 209     seqColoursReady = false;
 210     // Sort the bonds by z coord
 211     visiblebonds = new Vector();
 212
 213     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 214     {
 215       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 216       {
 217         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 218
 219         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 220         {
 221           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 222         }
 223       }
 224     }
 225
 226     updateSeqColours();
 227     seqColoursReady = true;
 228     redrawneeded = true;
 229     repaint();
 230   }
 231
 232   public void findWidth()
 233   {
 234     float[] max = new float[3];
 235     float[] min = new float[3];
 236
 237     max[0] = (float) - 1e30;
 238     max[1] = (float) - 1e30;
 239     max[2] = (float) - 1e30;
 240
 241     min[0] = (float) 1e30;
 242     min[1] = (float) 1e30;
 243     min[2] = (float) 1e30;
 244
 245     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 246     {
 247       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 248       {
 249         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 250
 251         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 252         {
 253           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 254
 255           if (tmp.start[0] >= max[0])
 256           {
 257             max[0] = tmp.start[0];
 258           }
 259
 260           if (tmp.start[1] >= max[1])
 261           {
 262             max[1] = tmp.start[1];
 263           }
 264
 265           if (tmp.start[2] >= max[2])
 266           {
 267             max[2] = tmp.start[2];
 268           }
 269
 270           if (tmp.start[0] <= min[0])
 271           {
 272             min[0] = tmp.start[0];
 273           }
 274
 275           if (tmp.start[1] <= min[1])
 276           {
 277             min[1] = tmp.start[1];
 278           }
 279
 280           if (tmp.start[2] <= min[2])
 281           {
 282             min[2] = tmp.start[2];
 283           }
 284
 285           if (tmp.end[0] >= max[0])
 286           {
 287             max[0] = tmp.end[0];
 288           }
 289
 290           if (tmp.end[1] >= max[1])
 291           {
 292             max[1] = tmp.end[1];
 293           }
 294
 295           if (tmp.end[2] >= max[2])
 296           {
 297             max[2] = tmp.end[2];
 298           }
 299
 300           if (tmp.end[0] <= min[0])
 301           {
 302             min[0] = tmp.end[0];
 303           }
 304
 305           if (tmp.end[1] <= min[1])
 306           {
 307             min[1] = tmp.end[1];
 308           }
 309
 310           if (tmp.end[2] <= min[2])
 311           {
 312             min[2] = tmp.end[2];
 313           }
 314         }
 315       }
 316     }
 317     /*
 318              System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 319              System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 320              System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/
 321
 322     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 323     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 324     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 325
 326     maxwidth = width[0];
 327
 328     if (width[1] > width[0])
 329     {
 330       maxwidth = width[1];
 331     }
 332
 333     if (width[2] > width[1])
 334     {
 335       maxwidth = width[2];
 336     }
 337
 338     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 339   }
 340
 341   public float findScale()
 342   {
 343     int dim;
 344     int width;
 345     int height;
 346
 347     if (getWidth() != 0)
 348     {
 349       width = getWidth();
 350       height = getHeight();
 351     }
 352     else
 353     {
 354       width = prefsize.width;
 355       height = prefsize.height;
 356     }
 357
 358     if (width < height)
 359     {
 360       dim = width;
 361     }
 362     else
 363     {
 364       dim = height;
 365     }
 366
 367     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 368   }
 369
 370   public void findCentre()
 371   {
 372     float xtot = 0;
 373     float ytot = 0;
 374     float ztot = 0;
 375
 376     int bsize = 0;
 377
 378     //Find centre coordinate
 379     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 380     {
 381       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 382       {
 383         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 384
 385         bsize += bonds.size();
 386
 387         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 388         {
 389           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 390               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 391
 392           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 393               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 394
 395           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 396               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 397         }
 398       }
 399     }
 400
 401     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 402     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 403     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 404   }
 405
 406   public void paintComponent(Graphics g)
 407   {
 408     super.paintComponent(g);
 409
 410     if (!seqColoursReady)
 411     {
 412       g.setColor(Color.black);
 413       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 414       g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight() / 2);
 415       return;
 416     }
 417
 418     //Only create the image at the beginning -
 419     //this saves much memory usage
 420     if ( (img == null)
 421         || (prefsize.width != getWidth())
 422         || (prefsize.height != getHeight()))
 423
 424     {
 425       prefsize.width = getWidth();
 426       prefsize.height = getHeight();
 427
 428       scale = findScale();
 429       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 430       ig = img.getGraphics();
 431       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 432
 433       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 434                            RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 435
 436       redrawneeded = true;
 437     }
 438
 439     if (redrawneeded)
 440     {
 441       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 442       redrawneeded = false;
 443     }
 444
 445     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 446
 447     pdbAction = false;
 448   }
 449
 450   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 451   {
 452     g.setColor(backgroundColour);
 453     g.fillRect(0, 0, width, height);
 454     drawScene(g);
 455     drawLabels(g);
 456   }
 457
 458   public void updateSeqColours()
 459   {
 460     if (pdbAction)
 461     {
 462       return;
 463     }
 464
 465     // System.out.println("update seq colours");
 466     if (bysequence && pdb != null)
 467     {
 468       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 469       {
 470         colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));
 471       }
 472     }
 473
 474     redrawneeded = true;
 475     repaint();
 476   }
 477
 478   int findTrueIndex(int pos)
 479   {
 480     // returns the alignment position for a residue
 481     int j = sequence.getStart(); // first position in PDB atom coordinate sequence
 482     int i = 0;
 483
 484     while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= pos + 1))
 485     {
 486       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))
 487       {
 488         j++;
 489       }
 490
 491       i++;
 492     }
 493
 494     if (i > 1)
 495     {
 496       i--;
 497     }
 498
 499     if (j < pos)
 500     {
 501       return sequence.getEnd() + 1;
 502     }
 503     else
 504     {
 505       return i;
 506     }
 507   }
 508
 509   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 510   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 511   void colourBySequence(PDBChain chain)
 512   {
 513     // System.out.println("colour by seq");
 514     boolean showFeatures = false;
 515
 516  //NO LONGER USED SINCE APPJMOL
 517 // if (seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())
 518     {
 519       showFeatures = true;
 520       if (fr == null)
 521       {
 522     //NO LONGER USED SINCE APPJMOL
 523 //    fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());
 524       }
 525
 526       fr.transferSettings(seqcanvas.getFeatureRenderer());
 527     }
 528
 529     Bond tmp;
 530     for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 531     {
 532       tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 533
 534       if (chain != mainchain)
 535       {
 536         continue;
 537       }
 538
 539       //if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 540       //    (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))
 541       {
 542         int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 543         //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 544         if (index != -1)
 545         {
 546           tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 547               getResidueBoxColour(sequence, index);
 548
 549           if (showFeatures)
 550           {
 551             tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);
 552           }
 553
 554           if (tmp.startCol == null)
 555           {
 556             tmp.startCol = Color.white;
 557           }
 558         }
 559       }
 560
 561       //if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 562       //    (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))
 563       {
 564
 565         int index = findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);
 566         //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );
 567         if (index != -1)
 568         {
 569           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 570               getResidueBoxColour(sequence, index);
 571
 572           if (showFeatures)
 573           {
 574             tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);
 575           }
 576
 577           if (tmp.endCol == null)
 578           {
 579             tmp.endCol = Color.white;
 580           }
 581         }
 582       }
 583     }
 584   }
 585
 586   Zsort zsort;
 587   public void drawScene(Graphics g)
 588   {
 589     if (zbuffer)
 590     {
 591       if (zsort == null)
 592       {
 593         zsort = new Zsort();
 594       }
 595
 596       zsort.Zsort(visiblebonds);
 597     }
 598
 599     Bond tmpBond = null;
 600     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 601     {
 602       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 603
 604       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 605                       (getWidth() / 2));
 606       ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 607                       (getHeight() / 2));
 608
 609       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 610                     (getWidth() / 2));
 611       yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 612                     (getHeight() / 2));
 613
 614       xmid = (xend + xstart) / 2;
 615       ymid = (yend + ystart) / 2;
 616       if (depthcue && !bymolecule)
 617       {
 618         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 619         {
 620
 621           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 622           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 623           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 624           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 625
 626         }
 627         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 628         {
 629           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 630           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 631
 632           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 633           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 634         }
 635         else
 636         {
 637           g.setColor(tmpBond.startCol);
 638           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 639
 640           g.setColor(tmpBond.endCol);
 641           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 642         }
 643       }
 644       else if (depthcue && bymolecule)
 645       {
 646         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 647         {
 648           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 649           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 650         }
 651         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 652         {
 653           g.setColor(Color.green.darker());
 654           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 655         }
 656         else
 657         {
 658           g.setColor(Color.green);
 659           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 660         }
 661       }
 662       else if (!depthcue && !bymolecule)
 663       {
 664         g.setColor(tmpBond.startCol);
 665         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 666         g.setColor(tmpBond.endCol);
 667         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 668       }
 669       else
 670       {
 671         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 672       }
 673
 674       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 675       {
 676         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 677         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 678       }
 679
 680       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 681       {
 682         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 683         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 684       }
 685
 686     }
 687
 688   }
 689
 690   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 691   {
 692     if (!wire)
 693     {
 694       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 695       {
 696         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 697         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 698         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 699       }
 700       else
 701       {
 702         g.setColor(g.getColor().brighter());
 703         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 704         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 705         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 706       }
 707     }
 708     else
 709     {
 710       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 711     }
 712   }
 713
 714   public Dimension minimumsize()
 715   {
 716     return prefsize;
 717   }
 718
 719   public Dimension preferredsize()
 720   {
 721     return prefsize;
 722   }
 723
 724   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 725   {
 726     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 727     {
 728       scale = (float) (scale * 1.1);
 729       redrawneeded = true;
 730       repaint();
 731     }
 732     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 733     {
 734       scale = (float) (scale * 0.9);
 735       redrawneeded = true;
 736       repaint();
 737     }
 738   }
 739
 740   public void mousePressed(MouseEvent e)
 741   {
 742     pdbAction = true;
 743     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 744     if (fatom != null)
 745     {
 746       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 747
 748       redrawneeded = true;
 749       repaint();
 750       if (foundchain != -1)
 751       {
 752         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 753         if (chain == mainchain)
 754         {
 755           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 756           {
 757             if (highlightRes == null)
 758             {
 759               highlightRes = new Vector();
 760             }
 761
 762             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + ""))
 763             {
 764               highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");
 765             }
 766             else
 767             {
 768               highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");
 769             }
 770           }
 771         }
 772       }
 773
 774     }
 775     mx = e.getX();
 776     my = e.getY();
 777     omx = mx;
 778     omy = my;
 779     dragging = false;
 780   }
 781
 782   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 783   {
 784     pdbAction = true;
 785     if (highlightBond1 != null)
 786     {
 787       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 788       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 789       highlightBond1 = null;
 790       highlightBond2 = null;
 791     }
 792
 793     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 794
 795     PDBChain chain = null;
 796     if (foundchain != -1)
 797     {
 798       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 799       if (chain == mainchain)
 800       {
 801         highlightSeqcanvas(fatom.alignmentMapping);
 802       }
 803     }
 804
 805     if (fatom != null)
 806     {
 807       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " +
 808                           fatom.resName);
 809     }
 810     else
 811     {
 812       highlightSeqcanvas( -1);
 813       this.setToolTipText(null);
 814     }
 815   }
 816
 817   void highlightSeqcanvas(int pos)
 818   {
 819     SearchResults searchResults = new SearchResults();
 820     if (highlightRes != null)
 821     {
 822       for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)
 823       {
 824         int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(
 825             i).toString()) + 1;
 826
 827         searchResults.addResult(sequence, a, a);
 828       }
 829     }
 830
 831     if (pos != -1)
 832     {
 833       searchResults.addResult(sequence, pos + 1, pos + 1);
 834     }
 835
 836     seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);
 837   }
 838
 839   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 840   {}
 841
 842   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 843   {}
 844
 845   public void mouseExited(MouseEvent e)
 846   {}
 847
 848   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 849   {
 850     int x = evt.getX();
 851     int y = evt.getY();
 852     mx = x;
 853     my = y;
 854
 855     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 856     objmat.setIdentity();
 857
 858     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 859     {
 860       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
 861     }
 862     else
 863     {
 864       objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));
 865       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
 866     }
 867
 868     //Alter the bonds
 869     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 870     {
 871       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 872
 873       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 874       {
 875         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 876
 877         //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 878         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 879
 880         //Now apply the rotation matrix
 881         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 882         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 883
 884         //Now translate back again
 885         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 886       }
 887     }
 888
 889     objmat = null;
 890
 891     omx = mx;
 892     omy = my;
 893
 894     dragging = true;
 895
 896     redrawneeded = true;
 897
 898     repaint();
 899   }
 900
 901   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 902   {
 903     dragging = false;
 904     return;
 905   }
 906
 907   void drawLabels(Graphics g)
 908   {
 909
 910     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 911     {
 912       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 913
 914       if (chain.isVisible)
 915       {
 916         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 917
 918         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 919         {
 920           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 921
 922           if (tmpBond.at1.isSelected)
 923           {
 924             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 925           }
 926
 927           if (tmpBond.at2.isSelected)
 928           {
 929
 930             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 931           }
 932         }
 933       }
 934     }
 935   }
 936
 937   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 938   {
 939     g.setFont(font);
 940     g.setColor(Color.red);
 941     if (n == 1)
 942     {
 943       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 944                           (getWidth() / 2));
 945       int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 946                           (getHeight() / 2));
 947
 948       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 949     }
 950
 951     if (n == 2)
 952     {
 953       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 954                           (getWidth() / 2));
 955       int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 956                           (getHeight() / 2));
 957
 958       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 959     }
 960   }
 961
 962   int foundchain = -1;
 963   public Atom findAtom(int x, int y)
 964   {
 965     Atom fatom = null;
 966
 967     foundchain = -1;
 968
 969     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 970     {
 971       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 972       int truex;
 973       Bond tmpBond = null;
 974
 975       if (chain.isVisible)
 976       {
 977         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 978
 979         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 980         {
 981           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 982
 983           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 984                          (getWidth() / 2));
 985
 986           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 987           {
 988             int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 989                                (getHeight() / 2));
 990
 991             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 992             {
 993               fatom = tmpBond.at1;
 994               foundchain = ii;
 995               break;
 996             }
 997           }
 998         }
 999
1000         // Still here? Maybe its the last bond
1001
1002         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
1003                        (getWidth() / 2));
1004
1005         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1006         {
1007           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
1008                              (getHeight() / 2));
1009
1010           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1011           {
1012             fatom = tmpBond.at2;
1013             foundchain = ii;
1014             break;
1015           }
1016         }
1017
1018       }
1019
1020       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
1021       {
1022         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1023       }
1024     }
1025
1026     return fatom;
1027   }
1028
1029   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1030   public void highlightRes(int ii)
1031   {
1032     if (!seqColoursReady)
1033     {
1034       return;
1035     }
1036
1037     if (highlightRes != null
1038         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
1039     {
1040       return;
1041     }
1042
1043     int index = -1;
1044     Bond tmpBond;
1045     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1046     {
1047       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1048       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1049       {
1050         if (highlightBond1 != null)
1051         {
1052           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1053         }
1054
1055         if (highlightBond2 != null)
1056         {
1057           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1058         }
1059
1060         highlightBond1 = null;
1061         highlightBond2 = null;
1062
1063         if (index > 0)
1064         {
1065           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1066           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1067         }
1068
1069         if (index != mainchain.bonds.size())
1070         {
1071           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1072           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1073         }
1074
1075         break;
1076       }
1077     }
1078
1079     redrawneeded = true;
1080     repaint();
1081   }
1082
1083   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1084   {
1085     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1086     {
1087       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1088       chain.isVisible = b;
1089     }
1090     mainchain.isVisible = true;
1091     findCentre();
1092     setupBonds();
1093   }
1094 }