src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     PDBChain mainchain;\r
  73     Vector highlightRes;\r
  74     boolean pdbAction = false;\r
  75 \r
  76     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  77     {\r
  78       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  79       this.sequence = seq;\r
  80       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  81     }\r
  82 \r
  83   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  84    {\r
  85         int max = -10;\r
  86         int maxchain = -1;\r
  87         int pdbstart = 0;\r
  88         int pdbend = 0;\r
  89         int seqstart = 0;\r
  90         int seqend = 0;\r
  91         AlignSeq maxAlignseq = null;;\r
  92 \r
  93         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  94         {\r
  95 \r
  96           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
  97           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
  98 \r
  99             // Now lets compare the sequences to get\r
 100             // the start and end points.\r
 101             // Align the sequence to the pdb\r
 102             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 103                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 104             as.calcScoreMatrix();\r
 105             as.traceAlignment();\r
 106             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 107            {\r
 108               public void print(String x) {\r
 109                    mappingDetails.append(x);\r
 110                }\r
 111                public void println()\r
 112                {\r
 113                  mappingDetails.append("\n");\r
 114                }\r
 115             };\r
 116 \r
 117             as.printAlignment(ps);\r
 118 \r
 119 \r
 120 \r
 121             if (as.maxscore > max)\r
 122             {\r
 123                 max = as.maxscore;\r
 124                 maxchain = i;\r
 125                 pdbstart = as.seq2start;\r
 126                 pdbend = as.seq2end;\r
 127                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 128                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 129                 maxAlignseq = as;\r
 130             }\r
 131 \r
 132             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 133             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 137 \r
 138         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 139         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 140         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 141         mainchain.seqend = seqend;\r
 142         mainchain.isVisible = true;\r
 143         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 144 \r
 145       //  mainchain.sequence = sequence;\r
 146 \r
 147       this.pdb = pdb;\r
 148         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 149 \r
 150         //Initialize the matrices to identity\r
 151         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 152             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 153                 if (i != j) {\r
 154                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 155                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 156                 } else {\r
 157                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 158                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 159                 }\r
 160             }\r
 161         }\r
 162 \r
 163         addMouseMotionListener(this);\r
 164         addMouseListener(this);\r
 165 \r
 166         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 167         {\r
 168           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 169           {\r
 170             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 171             {\r
 172               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 173               redrawneeded = true;\r
 174               repaint();\r
 175             }\r
 176 \r
 177             else\r
 178             {\r
 179               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 180               redrawneeded = true;\r
 181               repaint();\r
 182             }\r
 183           }\r
 184        });\r
 185 \r
 186 \r
 187         findCentre();\r
 188         findWidth();\r
 189 \r
 190         setupBonds();\r
 191 \r
 192         scale = findScale();\r
 193 \r
 194 \r
 195         updateSeqColours();\r
 196         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 197         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 198         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 199     }\r
 200 \r
 201 \r
 202     Vector visiblebonds;\r
 203     void setupBonds()\r
 204     {\r
 205       // Sort the bonds by z coord\r
 206       visiblebonds = new Vector();\r
 207 \r
 208       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 209       {\r
 210         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 211         {\r
 212           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 213 \r
 214           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 215           {\r
 216             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 217           }\r
 218         }\r
 219       }\r
 220     }\r
 221 \r
 222    public void deleteBonds() {\r
 223         scale = 0;\r
 224         maxwidth = 0;\r
 225 \r
 226         width[0] = 0;\r
 227         width[1] = 0;\r
 228         width[2] = 0;\r
 229 \r
 230         centre[0] = 0;\r
 231         centre[1] = 0;\r
 232         centre[2] = 0;\r
 233 \r
 234         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 235             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 236         }\r
 237     }\r
 238 \r
 239     public void findWidth() {\r
 240         float[] max = new float[3];\r
 241         float[] min = new float[3];\r
 242 \r
 243         max[0] = (float) -1e30;\r
 244         max[1] = (float) -1e30;\r
 245         max[2] = (float) -1e30;\r
 246 \r
 247         min[0] = (float) 1e30;\r
 248         min[1] = (float) 1e30;\r
 249         min[2] = (float) 1e30;\r
 250 \r
 251         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 252             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 253                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 254 \r
 255                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 256                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 257 \r
 258                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 259                         max[0] = tmp.start[0];\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 263                         max[1] = tmp.start[1];\r
 264                     }\r
 265 \r
 266                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 267                         max[2] = tmp.start[2];\r
 268                     }\r
 269 \r
 270                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 271                         min[0] = tmp.start[0];\r
 272                     }\r
 273 \r
 274                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 275                         min[1] = tmp.start[1];\r
 276                     }\r
 277 \r
 278                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 279                         min[2] = tmp.start[2];\r
 280                     }\r
 281 \r
 282                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 283                         max[0] = tmp.end[0];\r
 284                     }\r
 285 \r
 286                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 287                         max[1] = tmp.end[1];\r
 288                     }\r
 289 \r
 290                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 291                         max[2] = tmp.end[2];\r
 292                     }\r
 293 \r
 294                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 295                         min[0] = tmp.end[0];\r
 296                     }\r
 297 \r
 298                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 299                         min[1] = tmp.end[1];\r
 300                     }\r
 301 \r
 302                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 303                         min[2] = tmp.end[2];\r
 304                     }\r
 305                 }\r
 306             }\r
 307         }\r
 308         /*\r
 309         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 310         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 311         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 312 \r
 313         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 314         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 315         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 316 \r
 317         maxwidth = width[0];\r
 318 \r
 319         if (width[1] > width[0]) {\r
 320             maxwidth = width[1];\r
 321         }\r
 322 \r
 323         if (width[2] > width[1]) {\r
 324             maxwidth = width[2];\r
 325         }\r
 326 \r
 327        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 328     }\r
 329 \r
 330     public float findScale() {\r
 331         int dim;\r
 332         int width;\r
 333         int height;\r
 334 \r
 335         if (getWidth() != 0) {\r
 336             width = getWidth();\r
 337             height = getHeight();\r
 338         } else {\r
 339             width = prefsize.width;\r
 340             height = prefsize.height;\r
 341         }\r
 342 \r
 343         if (width < height) {\r
 344             dim = width;\r
 345         } else {\r
 346             dim = height;\r
 347         }\r
 348 \r
 349         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 350     }\r
 351 \r
 352     public void findCentre() {\r
 353         float xtot = 0;\r
 354         float ytot = 0;\r
 355         float ztot = 0;\r
 356 \r
 357         int bsize = 0;\r
 358 \r
 359         //Find centre coordinate\r
 360         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 361             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 362                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 363 \r
 364                 bsize += bonds.size();\r
 365 \r
 366                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 367                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 368                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 369 \r
 370                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 371                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 372 \r
 373                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 374                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 375                 }\r
 376             }\r
 377         }\r
 378 \r
 379         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 380         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 381         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 382     }\r
 383 \r
 384     public void paintComponent(Graphics g)\r
 385     {\r
 386       super.paintComponent(g);\r
 387 \r
 388       if(visiblebonds==null)\r
 389       {\r
 390         g.setColor(Color.black);\r
 391         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 392         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 393         return;\r
 394       }\r
 395 \r
 396 \r
 397         //Only create the image at the beginning -\r
 398         //this saves much memory usage\r
 399         if ((img == null)\r
 400             || (prefsize.width != getWidth())\r
 401             || (prefsize.height != getHeight()))\r
 402 \r
 403       {\r
 404             prefsize.width = getWidth();\r
 405             prefsize.height = getHeight();\r
 406 \r
 407             scale = findScale();\r
 408             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 409             ig = img.getGraphics();\r
 410             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 411 \r
 412             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 413                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 414 \r
 415             redrawneeded = true;\r
 416         }\r
 417 \r
 418 \r
 419         if (redrawneeded)\r
 420         {\r
 421           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 422           redrawneeded = false;\r
 423         }\r
 424 \r
 425         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 426 \r
 427         pdbAction = false;\r
 428     }\r
 429 \r
 430     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 431     {\r
 432       g.setColor(Color.black);\r
 433       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 434       drawScene(g);\r
 435       drawLabels(g);\r
 436     }\r
 437 \r
 438 \r
 439     public void updateSeqColours()\r
 440     {\r
 441       if(pdbAction)\r
 442       {\r
 443         return;\r
 444       }\r
 445 \r
 446      // System.out.println("update seq colours");\r
 447       if(bysequence && pdb!=null)\r
 448       {\r
 449         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 450         {\r
 451           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii) );\r
 452         }\r
 453       }\r
 454 \r
 455       redrawneeded=true;\r
 456       repaint();\r
 457     }\r
 458 \r
 459     int findTrueIndex(int pos)\r
 460     {\r
 461       // returns the alignment position for a residue\r
 462       int j = sequence.getStart();\r
 463       int i = 0;\r
 464 \r
 465       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 466       {\r
 467         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 468         {\r
 469           j++;\r
 470         }\r
 471 \r
 472         i++;\r
 473       }\r
 474 \r
 475       if(i>1)\r
 476          i--;\r
 477 \r
 478       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 479       {\r
 480         return sequence.getEnd() + 1;\r
 481       }\r
 482       else\r
 483       {\r
 484         return i;\r
 485       }\r
 486     }\r
 487 \r
 488     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 489     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 490     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 491     {\r
 492      // System.out.println("colour by seq");\r
 493       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 494       {\r
 495         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 496         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 497         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 498 \r
 499         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 500             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 501         {\r
 502             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 503                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 504             if (index != -1)\r
 505             {\r
 506               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 507                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 508 \r
 509               tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 510                   findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 511             }\r
 512         }\r
 513 \r
 514         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 515             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 516         {\r
 517 \r
 518             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 519                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 520             if (index != -1)\r
 521             {\r
 522               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 523                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 524               tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 525                   findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 526             }\r
 527         }\r
 528       }\r
 529     }\r
 530 \r
 531 \r
 532     public void drawScene(Graphics g)\r
 533     {\r
 534 \r
 535 \r
 536         if (zbuffer)\r
 537         {\r
 538             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 539         }\r
 540 \r
 541         Bond tmpBond=null;\r
 542         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 543         {\r
 544             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 545 \r
 546             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 547                 (getWidth() / 2));\r
 548             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 549                 (getHeight() / 2));\r
 550 \r
 551             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 552                 (getWidth() / 2));\r
 553             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 554                 (getHeight() / 2));\r
 555 \r
 556             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 557             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 558 \r
 559             if (depthcue && !bymolecule)\r
 560             {\r
 561                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 562                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 563                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 564 \r
 565                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 566                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 567                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 568                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 569                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 570 \r
 571                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 572                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 573                 } else {\r
 574                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 575                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 576 \r
 577                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 578                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 579                 }\r
 580             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 581                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 582                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 583                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 584                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 585                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 586                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 587                 } else {\r
 588                     g.setColor(Color.green);\r
 589                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 590                 }\r
 591             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 592                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 593                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 594                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 595                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 596             } else {\r
 597                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 598             }\r
 599 \r
 600             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 601             {\r
 602               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 603               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 604             }\r
 605 \r
 606             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 607             {\r
 608               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 609               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 610             }\r
 611 \r
 612         }\r
 613 \r
 614 \r
 615     }\r
 616 \r
 617     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 618         if (!wire) {\r
 619             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 620                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 621                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 622                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 623             } else {\r
 624                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 625                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 626                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 627                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 628             }\r
 629         } else {\r
 630             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 631         }\r
 632     }\r
 633 \r
 634     public Dimension minimumsize() {\r
 635         return prefsize;\r
 636     }\r
 637 \r
 638     public Dimension preferredsize() {\r
 639         return prefsize;\r
 640     }\r
 641 \r
 642     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 643     {\r
 644       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 645       {\r
 646         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 647         redrawneeded = true;\r
 648         repaint();\r
 649       }\r
 650       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 651       {\r
 652         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 653         redrawneeded = true;\r
 654         repaint();\r
 655       }\r
 656     }\r
 657 \r
 658     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 659     {\r
 660         pdbAction = true;\r
 661         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 662         if(fatom!=null)\r
 663         {\r
 664           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 665 \r
 666           redrawneeded = true;\r
 667           repaint();\r
 668           if (foundchain != -1)\r
 669           {\r
 670             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 671             if (chain == mainchain)\r
 672             {\r
 673               if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 674               {\r
 675                 if (highlightRes == null)\r
 676                   highlightRes = new Vector();\r
 677 \r
 678                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 679                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");\r
 680                 else\r
 681                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");\r
 682               }\r
 683             }\r
 684           }\r
 685 \r
 686         }\r
 687         mx = e.getX();\r
 688         my = e.getY();\r
 689         omx = mx;\r
 690         omy = my;\r
 691         dragging = false;\r
 692     }\r
 693 \r
 694     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 695     {\r
 696       pdbAction = true;\r
 697       if(highlightBond1!=null)\r
 698       {\r
 699         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 700         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 701         highlightBond1 = null;\r
 702         highlightBond2 = null;\r
 703       }\r
 704 \r
 705         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 706 \r
 707         PDBChain chain = null;\r
 708         if(foundchain!=-1)\r
 709         {\r
 710           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 711           if(chain == mainchain)\r
 712           {\r
 713             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 714           }\r
 715         }\r
 716 \r
 717         if (fatom != null)\r
 718         {\r
 719             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 720         } else\r
 721         {\r
 722             highlightSeqcanvas( -1);\r
 723             this.setToolTipText(null);\r
 724         }\r
 725     }\r
 726 \r
 727 \r
 728     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 729     {\r
 730       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 731 \r
 732       int size = pos==-1?0:3;\r
 733 \r
 734       if(highlightRes!=null)\r
 735         size += highlightRes.size()*3;\r
 736 \r
 737       int [] array = new int[size];\r
 738       int i=0;\r
 739       if(highlightRes!=null)\r
 740       {\r
 741         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 742         {\r
 743           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 744               i).toString())+1;\r
 745           array[i * 3] = index;\r
 746           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 747           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 748         }\r
 749       }\r
 750 \r
 751       if(pos!=-1)\r
 752       {\r
 753         array[i * 3] = index;\r
 754         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 755         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 756       }\r
 757 \r
 758       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 759     }\r
 760 \r
 761 \r
 762     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
 763 \r
 764     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
 765 \r
 766     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 767 \r
 768     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 769     {\r
 770         int x = evt.getX();\r
 771         int y = evt.getY();\r
 772         mx = x;\r
 773         my = y;\r
 774 \r
 775 \r
 776         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 777         objmat.setIdentity();\r
 778 \r
 779         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 780             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 781         } else {\r
 782             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 783             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 784         }\r
 785 \r
 786         //Alter the bonds\r
 787         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 788             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 789 \r
 790             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 791                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 792 \r
 793                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 794                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 795 \r
 796                 //Now apply the rotation matrix\r
 797                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 798                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 799 \r
 800                 //Now translate back again\r
 801                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 802             }\r
 803         }\r
 804 \r
 805         objmat = null;\r
 806 \r
 807         omx = mx;\r
 808         omy = my;\r
 809 \r
 810         dragging = true;\r
 811 \r
 812         redrawneeded = true;\r
 813 \r
 814         repaint();\r
 815     }\r
 816 \r
 817     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 818     {\r
 819         dragging = false;\r
 820         return;\r
 821     }\r
 822 \r
 823     void drawLabels(Graphics g) {\r
 824 \r
 825         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 826         {\r
 827             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 828 \r
 829             if (chain.isVisible)\r
 830             {\r
 831 \r
 832                 for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 833                 {\r
 834                     Bond tmpBond = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 835 \r
 836                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 837                     {\r
 838                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 839                     }\r
 840                     else if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 841                     {\r
 842                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 843                     }\r
 844                 }\r
 845             }\r
 846         }\r
 847     }\r
 848 \r
 849     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 850         g.setFont(font);\r
 851         g.setColor(Color.red);\r
 852         if (n == 1)\r
 853         {\r
 854             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 855                 (getWidth() / 2));\r
 856             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 857                 (getHeight() / 2));\r
 858 \r
 859             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 860         }\r
 861 \r
 862         if (n == 2) {\r
 863             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 864                 (getWidth() / 2));\r
 865             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 866                 (getHeight() / 2));\r
 867 \r
 868             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 869         }\r
 870     }\r
 871 \r
 872     int foundchain = -1;\r
 873     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 874         Atom fatom = null;\r
 875 \r
 876         foundchain = -1;\r
 877 \r
 878         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 879         {\r
 880             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 881             int truex;\r
 882             Bond tmpBond=null;\r
 883 \r
 884             if (chain.isVisible)\r
 885             {\r
 886                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 887 \r
 888                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 889                 {\r
 890                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 891 \r
 892                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 893                         (getWidth() / 2));\r
 894 \r
 895                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 896                     {\r
 897                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 898                             (getHeight() / 2));\r
 899 \r
 900                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 901                         {\r
 902                             fatom = tmpBond.at1;\r
 903                             foundchain = ii;\r
 904                             break;\r
 905                         }\r
 906                     }\r
 907                 }\r
 908 \r
 909                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 910 \r
 911                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 912                                (getWidth() / 2));\r
 913 \r
 914                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 915                 {\r
 916                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 917                                      (getHeight() / 2));\r
 918 \r
 919                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 920                   {\r
 921                     fatom = tmpBond.at2;\r
 922                     foundchain = ii;\r
 923                     break;\r
 924                   }\r
 925                 }\r
 926 \r
 927             }\r
 928 \r
 929             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 930              {\r
 931                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 932             }\r
 933         }\r
 934 \r
 935         return fatom;\r
 936     }\r
 937 \r
 938    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 939    String alignMouseOver;\r
 940    public void highlightRes(int ii)\r
 941   {\r
 942 \r
 943     if (highlightRes != null\r
 944         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 945     {\r
 946       return;\r
 947     }\r
 948 \r
 949     int index = -1;\r
 950     Bond tmpBond;\r
 951     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 952     {\r
 953       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 954       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 955       {\r
 956         if (highlightBond1 != null)\r
 957           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 958 \r
 959         if (highlightBond2 != null)\r
 960           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 961 \r
 962         highlightBond1 = null;\r
 963         highlightBond2 = null;\r
 964 \r
 965         if (index > 0)\r
 966         {\r
 967           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 968           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 969         }\r
 970 \r
 971         if (index != mainchain.bonds.size())\r
 972         {\r
 973           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 974           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 975         }\r
 976 \r
 977         break;\r
 978       }\r
 979     }\r
 980 \r
 981     redrawneeded = true;\r
 982     repaint();\r
 983   }\r
 984 \r
 985     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 986     {\r
 987       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 988       {\r
 989         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 990         chain.isVisible = b;\r
 991       }\r
 992       mainchain.isVisible = true;\r
 993       findCentre();\r
 994       setupBonds();\r
 995       redrawneeded = true;\r
 996       repaint();\r
 997     }\r
 998 }\r