src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     PDBChain mainchain;\r
  73     Vector highlightRes;\r
  74     boolean pdbAction = false;\r
  75 \r
  76     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  77     {\r
  78       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  79       this.sequence = seq;\r
  80       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  81     }\r
  82 \r
  83   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  84    {\r
  85         int max = -10;\r
  86         int maxchain = -1;\r
  87         int pdbstart = 0;\r
  88         int pdbend = 0;\r
  89         int seqstart = 0;\r
  90         int seqend = 0;\r
  91         int [] mapping = null;\r
  92 \r
  93         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  94         {\r
  95 \r
  96           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
  97           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
  98 \r
  99             // Now lets compare the sequences to get\r
 100             // the start and end points.\r
 101             // Align the sequence to the pdb\r
 102             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 103                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 104             as.calcScoreMatrix();\r
 105             as.traceAlignment();\r
 106             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 107            {\r
 108               public void print(String x) {\r
 109                    mappingDetails.append(x);\r
 110                }\r
 111                public void println()\r
 112                {\r
 113                  mappingDetails.append("\n");\r
 114                }\r
 115             };\r
 116 \r
 117             as.printAlignment(ps);\r
 118 \r
 119 \r
 120 \r
 121             if (as.maxscore > max)\r
 122             {\r
 123                 max = as.maxscore;\r
 124                 maxchain = i;\r
 125                 pdbstart = as.seq2start;\r
 126                 pdbend = as.seq2end;\r
 127                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 128                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 129                 mapping = as.getExactMapping();\r
 130             }\r
 131 \r
 132             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 133             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 137 \r
 138         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 139         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 140         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 141         mainchain.seqend = seqend;\r
 142         mainchain.isVisible = true;\r
 143         mainchain.seqMapping = mapping;\r
 144       //  mainchain.sequence = sequence;\r
 145 \r
 146       this.pdb = pdb;\r
 147         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 148 \r
 149         //Initialize the matrices to identity\r
 150         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 151             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 152                 if (i != j) {\r
 153                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 154                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 155                 } else {\r
 156                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 157                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 158                 }\r
 159             }\r
 160         }\r
 161 \r
 162         addMouseMotionListener(this);\r
 163         addMouseListener(this);\r
 164 \r
 165         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 166         {\r
 167           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 168           {\r
 169             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 170             {\r
 171               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 172               redrawneeded = true;\r
 173               repaint();\r
 174             }\r
 175 \r
 176             else\r
 177             {\r
 178               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 179               redrawneeded = true;\r
 180               repaint();\r
 181             }\r
 182           }\r
 183        });\r
 184 \r
 185       /*\r
 186        SequenceGroup sg = new SequenceGroup("PDB",\r
 187                                             null, true,true,false,\r
 188                                             sequence.findIndex(seqstart-1),\r
 189                                             sequence.findIndex(seqend-1));\r
 190        sg.addSequence(sequence, false);\r
 191        sg.setOutlineColour(Color.black);\r
 192        seqcanvas.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);\r
 193        */\r
 194 \r
 195         findCentre();\r
 196         findWidth();\r
 197 \r
 198         setupBonds();\r
 199 \r
 200         scale = findScale();\r
 201 \r
 202 \r
 203         updateSeqColours();\r
 204         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 205         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 206         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 207     }\r
 208 \r
 209     Vector visiblebonds;\r
 210     void setupBonds()\r
 211     {\r
 212       // Sort the bonds by z coord\r
 213       visiblebonds = new Vector();\r
 214 \r
 215       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 216       {\r
 217         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 218         {\r
 219           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 220 \r
 221           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 222           {\r
 223             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 224           }\r
 225         }\r
 226       }\r
 227     }\r
 228 \r
 229    public void deleteBonds() {\r
 230         scale = 0;\r
 231         maxwidth = 0;\r
 232 \r
 233         width[0] = 0;\r
 234         width[1] = 0;\r
 235         width[2] = 0;\r
 236 \r
 237         centre[0] = 0;\r
 238         centre[1] = 0;\r
 239         centre[2] = 0;\r
 240 \r
 241         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 242             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 243         }\r
 244     }\r
 245 \r
 246     public void findWidth() {\r
 247         float[] max = new float[3];\r
 248         float[] min = new float[3];\r
 249 \r
 250         max[0] = (float) -1e30;\r
 251         max[1] = (float) -1e30;\r
 252         max[2] = (float) -1e30;\r
 253 \r
 254         min[0] = (float) 1e30;\r
 255         min[1] = (float) 1e30;\r
 256         min[2] = (float) 1e30;\r
 257 \r
 258         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 259             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 260                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 261 \r
 262                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 263                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 264 \r
 265                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 266                         max[0] = tmp.start[0];\r
 267                     }\r
 268 \r
 269                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 270                         max[1] = tmp.start[1];\r
 271                     }\r
 272 \r
 273                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 274                         max[2] = tmp.start[2];\r
 275                     }\r
 276 \r
 277                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 278                         min[0] = tmp.start[0];\r
 279                     }\r
 280 \r
 281                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 282                         min[1] = tmp.start[1];\r
 283                     }\r
 284 \r
 285                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 286                         min[2] = tmp.start[2];\r
 287                     }\r
 288 \r
 289                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 290                         max[0] = tmp.end[0];\r
 291                     }\r
 292 \r
 293                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 294                         max[1] = tmp.end[1];\r
 295                     }\r
 296 \r
 297                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 298                         max[2] = tmp.end[2];\r
 299                     }\r
 300 \r
 301                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 302                         min[0] = tmp.end[0];\r
 303                     }\r
 304 \r
 305                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 306                         min[1] = tmp.end[1];\r
 307                     }\r
 308 \r
 309                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 310                         min[2] = tmp.end[2];\r
 311                     }\r
 312                 }\r
 313             }\r
 314         }\r
 315         /*\r
 316         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 317         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 318         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 319 \r
 320         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 321         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 322         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 323 \r
 324         maxwidth = width[0];\r
 325 \r
 326         if (width[1] > width[0]) {\r
 327             maxwidth = width[1];\r
 328         }\r
 329 \r
 330         if (width[2] > width[1]) {\r
 331             maxwidth = width[2];\r
 332         }\r
 333 \r
 334        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 335     }\r
 336 \r
 337     public float findScale() {\r
 338         int dim;\r
 339         int width;\r
 340         int height;\r
 341 \r
 342         if (getWidth() != 0) {\r
 343             width = getWidth();\r
 344             height = getHeight();\r
 345         } else {\r
 346             width = prefsize.width;\r
 347             height = prefsize.height;\r
 348         }\r
 349 \r
 350         if (width < height) {\r
 351             dim = width;\r
 352         } else {\r
 353             dim = height;\r
 354         }\r
 355 \r
 356         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 357     }\r
 358 \r
 359     public void findCentre() {\r
 360         float xtot = 0;\r
 361         float ytot = 0;\r
 362         float ztot = 0;\r
 363 \r
 364         int bsize = 0;\r
 365 \r
 366         //Find centre coordinate\r
 367         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 368             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 369                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 370 \r
 371                 bsize += bonds.size();\r
 372 \r
 373                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 374                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 375                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 376 \r
 377                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 378                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 379 \r
 380                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 381                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 382                 }\r
 383             }\r
 384         }\r
 385 \r
 386         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 387         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 388         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 389     }\r
 390 \r
 391     public void paintComponent(Graphics g)\r
 392     {\r
 393       super.paintComponent(g);\r
 394 \r
 395       if(pdb==null)\r
 396       {\r
 397         g.setColor(Color.black);\r
 398         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 399         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 400         return;\r
 401       }\r
 402 \r
 403 \r
 404         //Only create the image at the beginning -\r
 405         //this saves much memory usage\r
 406         if ((img == null)\r
 407             || (prefsize.width != getWidth())\r
 408             || (prefsize.height != getHeight()))\r
 409 \r
 410       {\r
 411             prefsize.width = getWidth();\r
 412             prefsize.height = getHeight();\r
 413 \r
 414             scale = findScale();\r
 415             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 416             ig = img.getGraphics();\r
 417             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 418 \r
 419             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 420                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 421 \r
 422             redrawneeded = true;\r
 423         }\r
 424 \r
 425 \r
 426         if (redrawneeded)\r
 427         {\r
 428           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 429           redrawneeded = false;\r
 430         }\r
 431 \r
 432         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 433 \r
 434         pdbAction = false;\r
 435     }\r
 436 \r
 437     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 438     {\r
 439       g.setColor(Color.black);\r
 440       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 441       drawScene(g);\r
 442       drawLabels(g);\r
 443     }\r
 444 \r
 445 \r
 446     public void updateSeqColours()\r
 447     {\r
 448       if(pdbAction)\r
 449       {\r
 450         return;\r
 451       }\r
 452 \r
 453      // System.out.println("update seq colours");\r
 454       if(bysequence && pdb!=null)\r
 455       {\r
 456         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 457         {\r
 458           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii) );\r
 459         }\r
 460       }\r
 461 \r
 462       redrawneeded=true;\r
 463       repaint();\r
 464     }\r
 465 \r
 466     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 467     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 468     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 469     {\r
 470      // System.out.println("colour by seq");\r
 471       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 472       {\r
 473         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 474         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 475         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 476 \r
 477         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 478             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 479         {\r
 480 \r
 481           int pos = // chain.seqstart + Don't include seqstart here, start from 0\r
 482               (tmp.at1.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset)+1;\r
 483 \r
 484             int index = chain.seqMapping[pos];\r
 485             if (index != -1)\r
 486             {\r
 487               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().findSequenceColour(\r
 488                   Color.lightGray, sequence, index);\r
 489 \r
 490               tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().findFeatureColour(tmp.\r
 491                   startCol, sequence, index);\r
 492             }\r
 493         }\r
 494 \r
 495         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 496             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 497         {\r
 498           int pos = // chain.seqstart + Don't include seqstart here, start from 0\r
 499               (tmp.at2.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset)+1;\r
 500 \r
 501             int index = chain.seqMapping[pos];\r
 502             if (index != -1)\r
 503             {\r
 504               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().findSequenceColour(\r
 505                   tmp.endCol, sequence, index);\r
 506               tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().findFeatureColour(tmp.\r
 507                   endCol, sequence, index);\r
 508             }\r
 509         }\r
 510       }\r
 511     }\r
 512 \r
 513 \r
 514     public void drawScene(Graphics g)\r
 515     {\r
 516 \r
 517 \r
 518         if (zbuffer)\r
 519         {\r
 520             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 521         }\r
 522 \r
 523         Bond tmpBond=null;\r
 524         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 525         {\r
 526             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 527 \r
 528             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 529                 (getWidth() / 2));\r
 530             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 531                 (getHeight() / 2));\r
 532 \r
 533             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 534                 (getWidth() / 2));\r
 535             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 536                 (getHeight() / 2));\r
 537 \r
 538             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 539             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 540 \r
 541             if (depthcue && !bymolecule)\r
 542             {\r
 543                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 544                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 545                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 546 \r
 547                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 548                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 549                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 550                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 551                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 552 \r
 553                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 554                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 555                 } else {\r
 556                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 557                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 558 \r
 559                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 560                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 561                 }\r
 562             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 563                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 564                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 565                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 566                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 567                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 568                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 569                 } else {\r
 570                     g.setColor(Color.green);\r
 571                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 572                 }\r
 573             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 574                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 575                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 576                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 577                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 578             } else {\r
 579                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 580             }\r
 581 \r
 582             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 583             {\r
 584               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 585               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 586             }\r
 587 \r
 588             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 589             {\r
 590               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 591               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 592             }\r
 593 \r
 594         }\r
 595 \r
 596 \r
 597     }\r
 598 \r
 599     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 600         if (!wire) {\r
 601             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 602                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 603                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 604                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 605             } else {\r
 606                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 607                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 608                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 609                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 610             }\r
 611         } else {\r
 612             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 613         }\r
 614     }\r
 615 \r
 616     public Dimension minimumsize() {\r
 617         return prefsize;\r
 618     }\r
 619 \r
 620     public Dimension preferredsize() {\r
 621         return prefsize;\r
 622     }\r
 623 \r
 624     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 625     {\r
 626       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 627       {\r
 628         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 629         redrawneeded = true;\r
 630         repaint();\r
 631       }\r
 632       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 633       {\r
 634         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 635         redrawneeded = true;\r
 636         repaint();\r
 637       }\r
 638     }\r
 639 \r
 640     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 641     {\r
 642         pdbAction = true;\r
 643         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 644         if(fatom!=null)\r
 645         {\r
 646           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 647 \r
 648           redrawneeded = true;\r
 649           repaint();\r
 650           if (foundchain != -1)\r
 651           {\r
 652             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 653             if (chain == mainchain)\r
 654             {\r
 655               int pos = // chain.seqstart + Don't include seqstart here, start from 0\r
 656                   (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset) +1 ;\r
 657 \r
 658               if (chain.seqMapping[pos] != -1)\r
 659               {\r
 660                 if (highlightRes == null)\r
 661                   highlightRes = new Vector();\r
 662 \r
 663                 if (highlightRes.contains((chain.seqMapping[pos]) + ""))\r
 664                   highlightRes.remove((chain.seqMapping[pos]) + "");\r
 665                 else\r
 666                   highlightRes.add((chain.seqMapping[pos]) + "");\r
 667               }\r
 668             }\r
 669           }\r
 670 \r
 671         }\r
 672         mx = e.getX();\r
 673         my = e.getY();\r
 674         omx = mx;\r
 675         omy = my;\r
 676         dragging = false;\r
 677     }\r
 678 \r
 679     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 680     {\r
 681       pdbAction = true;\r
 682       if(highlightBond1!=null)\r
 683       {\r
 684         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 685         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 686         highlightBond1 = null;\r
 687         highlightBond2 = null;\r
 688       }\r
 689 \r
 690         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 691 \r
 692         PDBChain chain = null;\r
 693         if(foundchain!=-1)\r
 694         {\r
 695           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 696           if(chain == mainchain)\r
 697           {\r
 698            int pos = // chain.seqstart + Don't include seqstart here, start from 0\r
 699                (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset) +1 ;\r
 700 \r
 701             highlightSeqcanvas( chain.seqMapping[pos] );\r
 702           }\r
 703         }\r
 704 \r
 705         if (fatom != null)\r
 706         {\r
 707             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 708         } else\r
 709         {\r
 710             highlightSeqcanvas( -1);\r
 711             this.setToolTipText(null);\r
 712         }\r
 713     }\r
 714 \r
 715 \r
 716     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 717     {\r
 718       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 719 \r
 720       int size = pos==-1?0:3;\r
 721 \r
 722       if(highlightRes!=null)\r
 723         size += highlightRes.size()*3;\r
 724 \r
 725       int [] array = new int[size];\r
 726       int i=0;\r
 727       if(highlightRes!=null)\r
 728       {\r
 729         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 730         {\r
 731           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 732               i).toString())+1;\r
 733           array[i * 3] = index;\r
 734           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 735           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 736         }\r
 737       }\r
 738 \r
 739       if(pos!=-1)\r
 740       {\r
 741         array[i * 3] = index;\r
 742         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 743         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 744       }\r
 745 \r
 746       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 747     }\r
 748 \r
 749 \r
 750     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
 751 \r
 752     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
 753 \r
 754     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 755 \r
 756     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 757     {\r
 758         int x = evt.getX();\r
 759         int y = evt.getY();\r
 760         mx = x;\r
 761         my = y;\r
 762 \r
 763 \r
 764         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 765         objmat.setIdentity();\r
 766 \r
 767         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 768             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 769         } else {\r
 770             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 771             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 772         }\r
 773 \r
 774         //Alter the bonds\r
 775         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 776             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 777 \r
 778             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 779                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 780 \r
 781                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 782                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 783 \r
 784                 //Now apply the rotation matrix\r
 785                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 786                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 787 \r
 788                 //Now translate back again\r
 789                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 790             }\r
 791         }\r
 792 \r
 793         objmat = null;\r
 794 \r
 795         omx = mx;\r
 796         omy = my;\r
 797 \r
 798         dragging = true;\r
 799 \r
 800         redrawneeded = true;\r
 801 \r
 802         repaint();\r
 803     }\r
 804 \r
 805     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 806     {\r
 807         dragging = false;\r
 808         return;\r
 809     }\r
 810 \r
 811     void drawLabels(Graphics g) {\r
 812 \r
 813         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 814         {\r
 815             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 816 \r
 817             if (chain.isVisible)\r
 818             {\r
 819 \r
 820                 for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 821                 {\r
 822                     Bond tmpBond = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 823 \r
 824                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 825                     {\r
 826                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 827                     }\r
 828                     else if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 829                     {\r
 830                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 831                     }\r
 832                 }\r
 833             }\r
 834         }\r
 835     }\r
 836 \r
 837     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 838         g.setFont(font);\r
 839         g.setColor(Color.red);\r
 840         if (n == 1)\r
 841         {\r
 842             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 843                 (getWidth() / 2));\r
 844             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 845                 (getHeight() / 2));\r
 846 \r
 847             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 848         }\r
 849 \r
 850         if (n == 2) {\r
 851             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 852                 (getWidth() / 2));\r
 853             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 854                 (getHeight() / 2));\r
 855 \r
 856             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 857         }\r
 858     }\r
 859 \r
 860     int foundchain = -1;\r
 861     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 862         Atom fatom = null;\r
 863 \r
 864         foundchain = -1;\r
 865 \r
 866         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 867         {\r
 868             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 869             int truex;\r
 870             Bond tmpBond=null;\r
 871 \r
 872             if (chain.isVisible)\r
 873             {\r
 874                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 875 \r
 876                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 877                 {\r
 878                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 879 \r
 880                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 881                         (getWidth() / 2));\r
 882 \r
 883                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 884                     {\r
 885                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 886                             (getHeight() / 2));\r
 887 \r
 888                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 889                         {\r
 890                             fatom = tmpBond.at1;\r
 891                             foundchain = ii;\r
 892                             break;\r
 893                         }\r
 894                     }\r
 895                 }\r
 896 \r
 897                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 898 \r
 899                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 900                                (getWidth() / 2));\r
 901 \r
 902                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 903                 {\r
 904                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 905                                      (getHeight() / 2));\r
 906 \r
 907                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 908                   {\r
 909                     fatom = tmpBond.at2;\r
 910                     foundchain = ii;\r
 911                     break;\r
 912                   }\r
 913                 }\r
 914 \r
 915             }\r
 916 \r
 917             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 918              {\r
 919                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 920             }\r
 921         }\r
 922 \r
 923         return fatom;\r
 924     }\r
 925 \r
 926    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 927    String alignMouseOver;\r
 928    public void highlightRes(int ii)\r
 929   {\r
 930 \r
 931     int index = ii - mainchain.seqstart;\r
 932 \r
 933     if (highlightRes!=null\r
 934         && highlightRes.contains( mainchain.seqMapping[index]+ ""))\r
 935     {\r
 936        return;\r
 937     }\r
 938 \r
 939     if(highlightBond1!=null)\r
 940       highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 941 \r
 942     if(highlightBond2!=null)\r
 943       highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 944 \r
 945     highlightBond1 = null;\r
 946     highlightBond2 = null;\r
 947 \r
 948 \r
 949 \r
 950     if(index <0 )\r
 951       return;\r
 952 \r
 953     if(index<=mainchain.bonds.size())\r
 954     {\r
 955       if(index>0)\r
 956       {\r
 957         highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 958         highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 959        // highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 960       }\r
 961 \r
 962       if(index!=mainchain.bonds.size())\r
 963       {\r
 964         highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 965         highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 966      //   highlightBond2.at2.isSelected = true;\r
 967       }\r
 968     }\r
 969 \r
 970     redrawneeded = true;\r
 971     repaint();\r
 972   }\r
 973 \r
 974     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 975     {\r
 976       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 977       {\r
 978         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 979         chain.isVisible = b;\r
 980       }\r
 981       mainchain.isVisible = true;\r
 982       findCentre();\r
 983       setupBonds();\r
 984       redrawneeded = true;\r
 985       repaint();\r
 986     }\r
 987 }\r