src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SequenceRenderer sr;\r
  70     jalview.gui.FeatureRenderer  fr;\r
  71     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  72     Sequence sequence;\r
  73     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  74 \r
  75     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  76     {\r
  77       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  78       this.sequence = seq;\r
  79       sr = seqcanvas.getSequenceRenderer();\r
  80       fr = seqcanvas.getFeatureRenderer();\r
  81 \r
  82       seqcanvas.setPDBViewer(this);\r
  83     }\r
  84 \r
  85   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  86    {\r
  87         this.sr = sr;\r
  88         this.fr = fr;\r
  89         int max = -10;\r
  90         int maxchain = -1;\r
  91         int pdbstart = 0;\r
  92         int pdbend = 0;\r
  93         int seqstart = 0;\r
  94         int seqend = 0;\r
  95 \r
  96         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  97         {\r
  98 \r
  99           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 100           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 101 \r
 102             // Now lets compare the sequences to get\r
 103             // the start and end points.\r
 104             // Align the sequence to the pdb\r
 105             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 106                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 107             as.calcScoreMatrix();\r
 108             as.traceAlignment();\r
 109             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 110            {\r
 111               public void print(String x) {\r
 112                    mappingDetails.append(x);\r
 113                }\r
 114                public void println()\r
 115                {\r
 116                  mappingDetails.append("\n");\r
 117                }\r
 118             };\r
 119 \r
 120             as.printAlignment(ps);\r
 121 \r
 122             if (as.maxscore > max) {\r
 123                 max = as.maxscore;\r
 124                 maxchain = i;\r
 125 \r
 126                 pdbstart = as.seq2start;\r
 127                 pdbend = as.seq2end;\r
 128                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 129                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 130             }\r
 131 \r
 132             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 133             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 137         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 138         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 139         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 140         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 141         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 142 \r
 143         this.pdb = pdb;\r
 144         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 145 \r
 146         //Initialize the matrices to identity\r
 147         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 148             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 149                 if (i != j) {\r
 150                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 151                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 152                 } else {\r
 153                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 154                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 155                 }\r
 156             }\r
 157         }\r
 158 \r
 159         addMouseMotionListener(this);\r
 160         addMouseListener(this);\r
 161 \r
 162         findCentre();\r
 163         findWidth();\r
 164 \r
 165         scale = findScale();\r
 166 \r
 167 \r
 168         updateSeqColours();\r
 169         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 170         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 171         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 172 \r
 173     }\r
 174 \r
 175     public void deleteBonds() {\r
 176         scale = 0;\r
 177         maxwidth = 0;\r
 178 \r
 179         width[0] = 0;\r
 180         width[1] = 0;\r
 181         width[2] = 0;\r
 182 \r
 183         centre[0] = 0;\r
 184         centre[1] = 0;\r
 185         centre[2] = 0;\r
 186 \r
 187         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 188             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 189         }\r
 190     }\r
 191 \r
 192     public void findWidth() {\r
 193         float[] max = new float[3];\r
 194         float[] min = new float[3];\r
 195 \r
 196         max[0] = (float) -1e30;\r
 197         max[1] = (float) -1e30;\r
 198         max[2] = (float) -1e30;\r
 199 \r
 200         min[0] = (float) 1e30;\r
 201         min[1] = (float) 1e30;\r
 202         min[2] = (float) 1e30;\r
 203 \r
 204         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 205             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 206                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 207 \r
 208                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 209                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 210 \r
 211                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 212                         max[0] = tmp.start[0];\r
 213                     }\r
 214 \r
 215                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 216                         max[1] = tmp.start[1];\r
 217                     }\r
 218 \r
 219                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 220                         max[2] = tmp.start[2];\r
 221                     }\r
 222 \r
 223                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 224                         min[0] = tmp.start[0];\r
 225                     }\r
 226 \r
 227                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 228                         min[1] = tmp.start[1];\r
 229                     }\r
 230 \r
 231                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 232                         min[2] = tmp.start[2];\r
 233                     }\r
 234 \r
 235                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 236                         max[0] = tmp.end[0];\r
 237                     }\r
 238 \r
 239                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 240                         max[1] = tmp.end[1];\r
 241                     }\r
 242 \r
 243                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 244                         max[2] = tmp.end[2];\r
 245                     }\r
 246 \r
 247                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 248                         min[0] = tmp.end[0];\r
 249                     }\r
 250 \r
 251                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 252                         min[1] = tmp.end[1];\r
 253                     }\r
 254 \r
 255                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 256                         min[2] = tmp.end[2];\r
 257                     }\r
 258                 }\r
 259             }\r
 260         }\r
 261         /*\r
 262         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 263         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 264         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 265 \r
 266         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 267         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 268         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 269 \r
 270         maxwidth = width[0];\r
 271 \r
 272         if (width[1] > width[0]) {\r
 273             maxwidth = width[1];\r
 274         }\r
 275 \r
 276         if (width[2] > width[1]) {\r
 277             maxwidth = width[2];\r
 278         }\r
 279 \r
 280        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 281     }\r
 282 \r
 283     public float findScale() {\r
 284         int dim;\r
 285         int width;\r
 286         int height;\r
 287 \r
 288         if (getWidth() != 0) {\r
 289             width = getWidth();\r
 290             height = getHeight();\r
 291         } else {\r
 292             width = prefsize.width;\r
 293             height = prefsize.height;\r
 294         }\r
 295 \r
 296         if (width < height) {\r
 297             dim = width;\r
 298         } else {\r
 299             dim = height;\r
 300         }\r
 301 \r
 302         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 303     }\r
 304 \r
 305     public void findCentre() {\r
 306         float xtot = 0;\r
 307         float ytot = 0;\r
 308         float ztot = 0;\r
 309 \r
 310         int bsize = 0;\r
 311 \r
 312         //Find centre coordinate\r
 313         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 314             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 315                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 316 \r
 317                 bsize += bonds.size();\r
 318 \r
 319                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 320                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 321                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 322 \r
 323                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 324                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 325 \r
 326                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 327                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 328                 }\r
 329             }\r
 330         }\r
 331 \r
 332         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 333         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 334         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 335     }\r
 336 \r
 337     public void paintComponent(Graphics g) {\r
 338 \r
 339       super.paintComponent(g);\r
 340 \r
 341       if(pdb==null)\r
 342       {\r
 343         g.setColor(Color.black);\r
 344         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 345         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 346         return;\r
 347       }\r
 348 \r
 349 \r
 350         //Only create the image at the beginning -\r
 351         //this saves much memory usage\r
 352         if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 353                 (prefsize.height != getHeight())) {\r
 354             prefsize.width = getWidth();\r
 355             prefsize.height = getHeight();\r
 356 \r
 357             scale = findScale();\r
 358             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 359             ig = img.getGraphics();\r
 360             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 361 \r
 362             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 363                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 364 \r
 365 \r
 366             redrawneeded = true;\r
 367         }\r
 368 \r
 369 \r
 370         if (redrawneeded)\r
 371         {\r
 372           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 373           redrawneeded = false;\r
 374         }\r
 375 \r
 376         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 377     }\r
 378 \r
 379     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 380     {\r
 381       g.setColor(Color.black);\r
 382       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 383       drawScene(g);\r
 384       drawLabels(g);\r
 385     }\r
 386 \r
 387 \r
 388     public void updateSeqColours()\r
 389     {\r
 390       if(bysequence && pdb!=null)\r
 391       {\r
 392         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 393         {\r
 394           ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).colourBySequence(sr, fr);\r
 395         }\r
 396       }\r
 397 \r
 398       redrawneeded=true;\r
 399       repaint();\r
 400 \r
 401     }\r
 402 \r
 403     public void drawScene(Graphics g) {\r
 404         // Sort the bonds by z coord\r
 405         Vector bonds = new Vector();\r
 406 \r
 407         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 408         {\r
 409           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 410           {\r
 411             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 412 \r
 413             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 414             {\r
 415               bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 416             }\r
 417           }\r
 418         }\r
 419 \r
 420         if (zbuffer) {\r
 421             Zsort.Zsort(bonds);\r
 422         }\r
 423 \r
 424         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 425             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 426 \r
 427             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 428                 (getWidth() / 2));\r
 429             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 430                 (getHeight() / 2));\r
 431 \r
 432             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 433                 (getWidth() / 2));\r
 434             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 435                 (getHeight() / 2));\r
 436 \r
 437             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 438             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 439 \r
 440             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 441                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 442                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 443                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 444 \r
 445                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 446                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 447                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 448                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 449                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 450 \r
 451                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 452                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 453                 } else {\r
 454                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 455                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 456 \r
 457                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 458                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 459                 }\r
 460             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 461                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 462                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 463                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 464                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 465                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 466                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 467                 } else {\r
 468                     g.setColor(Color.green);\r
 469                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 470                 }\r
 471             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 472                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 473                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 474                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 475                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 476             } else {\r
 477                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 478             }\r
 479         }\r
 480     }\r
 481 \r
 482     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 483         if (!wire) {\r
 484             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 485                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 486                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 487                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 488             } else {\r
 489                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 490                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 491                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 492                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 493             }\r
 494         } else {\r
 495             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 496         }\r
 497     }\r
 498 \r
 499     public Dimension minimumsize() {\r
 500         return prefsize;\r
 501     }\r
 502 \r
 503     public Dimension preferredsize() {\r
 504         return prefsize;\r
 505     }\r
 506 \r
 507     public void keyPressed(KeyEvent evt) {\r
 508       int key = evt.getKeyChar();\r
 509       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 510       {\r
 511         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 512         redrawneeded = true;\r
 513         repaint();\r
 514       }\r
 515       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 516       {\r
 517         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 518         redrawneeded = true;\r
 519         repaint();\r
 520       }\r
 521     }\r
 522 \r
 523     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 524         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 525         if(fatom!=null)\r
 526         {\r
 527           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 528           redrawneeded = true;\r
 529           repaint();\r
 530         }\r
 531         mx = e.getX();\r
 532         my = e.getY();\r
 533         omx = mx;\r
 534         omy = my;\r
 535         dragging = false;\r
 536     }\r
 537 \r
 538     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 539 \r
 540         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 541 \r
 542         if(foundchain!=-1)\r
 543         {\r
 544           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 545           int pos = chain.seqstart +\r
 546               (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset)+1;\r
 547 \r
 548           int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 549 \r
 550           seqcanvas.highlightSearchResults(new int[]{index, pos, pos});\r
 551         }\r
 552         else\r
 553           seqcanvas.highlightSearchResults(null);\r
 554 \r
 555         if (fatom != null) {\r
 556             this.setToolTipText(fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 557         } else {\r
 558             this.setToolTipText("");\r
 559         }\r
 560     }\r
 561 \r
 562     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 563     }\r
 564 \r
 565     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 566     }\r
 567 \r
 568     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 569     }\r
 570 \r
 571     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 572         int x = evt.getX();\r
 573         int y = evt.getY();\r
 574         mx = x;\r
 575         my = y;\r
 576 \r
 577         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 578         objmat.setIdentity();\r
 579 \r
 580         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 581             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 582         } else {\r
 583             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 584             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 585         }\r
 586 \r
 587         //Alter the bonds\r
 588         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 589             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 590 \r
 591             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 592                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 593 \r
 594                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 595                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 596 \r
 597                 //Now apply the rotation matrix\r
 598                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 599                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 600 \r
 601                 //Now translate back again\r
 602                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 603             }\r
 604         }\r
 605 \r
 606         objmat = null;\r
 607 \r
 608         omx = mx;\r
 609         omy = my;\r
 610 \r
 611         dragging = true;\r
 612 \r
 613         redrawneeded = true;\r
 614 \r
 615         repaint();\r
 616     }\r
 617 \r
 618     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 619         dragging = false;\r
 620         return;\r
 621     }\r
 622 \r
 623     void drawLabels(Graphics g) {\r
 624 \r
 625         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 626             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 627 \r
 628             if (chain.isVisible) {\r
 629                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 630 \r
 631                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 632                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 633 \r
 634                     if (tmpBond.at1.isSelected) {\r
 635                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 636                     }\r
 637 \r
 638                     if (tmpBond.at2.isSelected) {\r
 639                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 640                     }\r
 641                 }\r
 642             }\r
 643         }\r
 644     }\r
 645 \r
 646     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 647         g.setFont(font);\r
 648 \r
 649         if (n == 1) {\r
 650             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 651                 (getWidth() / 2));\r
 652             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 653                 (getHeight() / 2));\r
 654 \r
 655             g.setColor(Color.red);\r
 656             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 657         }\r
 658 \r
 659         if (n == 2) {\r
 660             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 661                 (getWidth() / 2));\r
 662             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 663                 (getHeight() / 2));\r
 664 \r
 665             g.setColor(Color.red);\r
 666             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 667         }\r
 668     }\r
 669 \r
 670     int foundchain = -1;\r
 671     public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 672         myAtom fatom = null;\r
 673 \r
 674         foundchain = -1;\r
 675 \r
 676         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 677             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 678 \r
 679             if (chain.isVisible) {\r
 680                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 681 \r
 682                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 683                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 684 \r
 685                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 686                         (getWidth() / 2));\r
 687 \r
 688                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 689                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 690                             (getHeight() / 2));\r
 691 \r
 692                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 693                         {\r
 694                             fatom = tmpBond.at1;\r
 695                             foundchain = ii;\r
 696                             break;\r
 697                         }\r
 698                     }\r
 699                 }\r
 700             }\r
 701 \r
 702             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 703              {\r
 704                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 705             }\r
 706         }\r
 707 \r
 708         return fatom;\r
 709     }\r
 710 }\r