src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.StructureFile;
  30 import jalview.schemes.Colour;
  31 import jalview.structure.AtomSpec;
  32 import jalview.structure.StructureListener;
  33 import jalview.structure.StructureMapping;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.ColorUtils;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.Event;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Graphics2D;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.RenderingHints;
  46 import java.awt.event.KeyAdapter;
  47 import java.awt.event.KeyEvent;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.io.PrintStream;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.ToolTipManager;
  57
  58 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  59         MouseMotionListener, StructureListener
  60 {
  61   boolean redrawneeded = true;
  62
  63   int omx = 0;
  64
  65   int mx = 0;
  66
  67   int omy = 0;
  68
  69   int my = 0;
  70
  71   public StructureFile pdb;
  72
  73   PDBEntry pdbentry;
  74
  75   int bsize;
  76
  77   Image img;
  78
  79   Graphics ig;
  80
  81   Dimension prefsize;
  82
  83   float[] centre = new float[3];
  84
  85   float[] width = new float[3];
  86
  87   float maxwidth;
  88
  89   float scale;
  90
  91   String inStr;
  92
  93   String inType;
  94
  95   boolean bysequence = true;
  96
  97   boolean depthcue = true;
  98
  99   boolean wire = false;
 100
 101   boolean bymolecule = false;
 102
 103   boolean zbuffer = true;
 104
 105   boolean dragging;
 106
 107   int xstart;
 108
 109   int xend;
 110
 111   int ystart;
 112
 113   int yend;
 114
 115   int xmid;
 116
 117   int ymid;
 118
 119   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 120
 121   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 122
 123   public SequenceI[] sequence;
 124
 125   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 126
 127   PDBChain mainchain;
 128
 129   Vector<String> highlightRes;
 130
 131   boolean pdbAction = false;
 132
 133   boolean seqColoursReady = false;
 134
 135   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 136
 137   Color backgroundColour = Color.black;
 138
 139   AlignmentPanel ap;
 140
 141   StructureSelectionManager ssm;
 142
 143   String errorMessage;
 144
 145   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 146           AlignmentPanel ap, String protocol)
 147   {
 148     this.ap = ap;
 149     this.pdbentry = pdbentry;
 150     this.sequence = seq;
 151
 152     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 153
 154     try
 155     {
 156       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 157
 158       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 159       {
 160         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 161       }
 162
 163     } catch (Exception ex)
 164     {
 165       ex.printStackTrace();
 166       return;
 167     }
 168
 169     if (pdb == null)
 170     {
 171       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 172       return;
 173     }
 174     pdbentry.setId(pdb.getId());
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     int max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 194               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence.getSequenceAsString());
 195       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 196               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 197
 198       // Now lets compare the sequences to get
 199       // the start and end points.
 200       // Align the sequence to the pdb
 201       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 202               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 203       as.calcScoreMatrix();
 204       as.traceAlignment();
 205       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 206       {
 207         @Override
 208         public void print(String x)
 209         {
 210           mappingDetails.append(x);
 211         }
 212
 213         @Override
 214         public void println()
 215         {
 216           mappingDetails.append("\n");
 217         }
 218       };
 219
 220       as.printAlignment(ps);
 221
 222       if (as.maxscore > max)
 223       {
 224         max = as.maxscore;
 225         maxchain = i;
 226
 227         pdbstart = as.seq2start;
 228         pdbend = as.seq2end;
 229         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 230         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 231       }
 232
 233       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 234       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 235     }
 236
 237     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 238
 239     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 240     mainchain.pdbend = pdbend;
 241     mainchain.seqstart = seqstart;
 242     mainchain.seqend = seqend;
 243     mainchain.isVisible = true;
 244
 245     this.pdb = pdb;
 246     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 247
 248     addMouseMotionListener(this);
 249     addMouseListener(this);
 250
 251     addKeyListener(new KeyAdapter()
 252     {
 253       @Override
 254       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 255       {
 256         keyPressed(evt);
 257       }
 258     });
 259
 260     findCentre();
 261     findWidth();
 262
 263     setupBonds();
 264
 265     scale = findScale();
 266
 267     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 268     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 269     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 270   }
 271
 272   Vector<Bond> visiblebonds;
 273
 274   void setupBonds()
 275   {
 276     seqColoursReady = false;
 277     // Sort the bonds by z coord
 278     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 279
 280     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 281     {
 282       if (chain.isVisible)
 283       {
 284         for (Bond bond : chain.bonds)
 285         {
 286           visiblebonds.addElement(bond);
 287         }
 288       }
 289     }
 290
 291     updateSeqColours();
 292     seqColoursReady = true;
 293     redrawneeded = true;
 294     repaint();
 295   }
 296
 297   public void findWidth()
 298   {
 299     float[] max = new float[3];
 300     float[] min = new float[3];
 301
 302     max[0] = (float) -1e30;
 303     max[1] = (float) -1e30;
 304     max[2] = (float) -1e30;
 305
 306     min[0] = (float) 1e30;
 307     min[1] = (float) 1e30;
 308     min[2] = (float) 1e30;
 309
 310     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 311     {
 312       if (chain.isVisible)
 313       {
 314         for (Bond tmp : chain.bonds)
 315         {
 316           if (tmp.start[0] >= max[0])
 317           {
 318             max[0] = tmp.start[0];
 319           }
 320
 321           if (tmp.start[1] >= max[1])
 322           {
 323             max[1] = tmp.start[1];
 324           }
 325
 326           if (tmp.start[2] >= max[2])
 327           {
 328             max[2] = tmp.start[2];
 329           }
 330
 331           if (tmp.start[0] <= min[0])
 332           {
 333             min[0] = tmp.start[0];
 334           }
 335
 336           if (tmp.start[1] <= min[1])
 337           {
 338             min[1] = tmp.start[1];
 339           }
 340
 341           if (tmp.start[2] <= min[2])
 342           {
 343             min[2] = tmp.start[2];
 344           }
 345
 346           if (tmp.end[0] >= max[0])
 347           {
 348             max[0] = tmp.end[0];
 349           }
 350
 351           if (tmp.end[1] >= max[1])
 352           {
 353             max[1] = tmp.end[1];
 354           }
 355
 356           if (tmp.end[2] >= max[2])
 357           {
 358             max[2] = tmp.end[2];
 359           }
 360
 361           if (tmp.end[0] <= min[0])
 362           {
 363             min[0] = tmp.end[0];
 364           }
 365
 366           if (tmp.end[1] <= min[1])
 367           {
 368             min[1] = tmp.end[1];
 369           }
 370
 371           if (tmp.end[2] <= min[2])
 372           {
 373             min[2] = tmp.end[2];
 374           }
 375         }
 376       }
 377     }
 378     /*
 379      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 380      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 381      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 382      */
 383
 384     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 385     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 386     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 387
 388     maxwidth = width[0];
 389
 390     if (width[1] > width[0])
 391     {
 392       maxwidth = width[1];
 393     }
 394
 395     if (width[2] > width[1])
 396     {
 397       maxwidth = width[2];
 398     }
 399
 400     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 401   }
 402
 403   public float findScale()
 404   {
 405     int dim;
 406     int width;
 407     int height;
 408
 409     if (getWidth() != 0)
 410     {
 411       width = getWidth();
 412       height = getHeight();
 413     }
 414     else
 415     {
 416       width = prefsize.width;
 417       height = prefsize.height;
 418     }
 419
 420     if (width < height)
 421     {
 422       dim = width;
 423     }
 424     else
 425     {
 426       dim = height;
 427     }
 428
 429     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 430   }
 431
 432   public void findCentre()
 433   {
 434     float xtot = 0;
 435     float ytot = 0;
 436     float ztot = 0;
 437
 438     int bsize = 0;
 439
 440     // Find centre coordinate
 441     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 442     {
 443       if (chain.isVisible)
 444       {
 445         bsize += chain.bonds.size();
 446
 447         for (Bond bond : chain.bonds)
 448         {
 449           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 450           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 451           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 452         }
 453       }
 454     }
 455
 456     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 457     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 458     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 459   }
 460
 461   @Override
 462   public void paintComponent(Graphics g)
 463   {
 464     super.paintComponent(g);
 465
 466     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 467     {
 468       g.setColor(Color.black);
 469       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 470       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 471               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 472       return;
 473     }
 474
 475     // Only create the image at the beginning -
 476     // this saves much memory usage
 477     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 478             || (prefsize.height != getHeight()))
 479
 480     {
 481       prefsize.width = getWidth();
 482       prefsize.height = getHeight();
 483
 484       scale = findScale();
 485       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 486       ig = img.getGraphics();
 487       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 488
 489       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 490               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 491
 492       redrawneeded = true;
 493     }
 494
 495     if (redrawneeded)
 496     {
 497       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 498       redrawneeded = false;
 499     }
 500
 501     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 502
 503     pdbAction = false;
 504   }
 505
 506   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 507   {
 508     g.setColor(backgroundColour);
 509     g.fillRect(0, 0, width, height);
 510     drawScene(g);
 511     drawLabels(g);
 512   }
 513
 514   public void updateSeqColours()
 515   {
 516     if (pdbAction)
 517     {
 518       return;
 519     }
 520
 521     colourBySequence();
 522
 523     redrawneeded = true;
 524     repaint();
 525   }
 526
 527   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 528   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 529   void colourBySequence()
 530   {
 531     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 532
 533     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 534
 535     boolean showFeatures = false;
 536     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 537     {
 538       if (fr == null)
 539       {
 540         fr = new FeatureRenderer(ap);
 541       }
 542
 543       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 544
 545       showFeatures = true;
 546     }
 547
 548     PDBChain chain;
 549     if (bysequence && pdb != null)
 550     {
 551       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 552       {
 553         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 554
 555         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 556         {
 557           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 558           tmp.startCol = Colour.lightGray;
 559           tmp.endCol = Colour.lightGray;
 560           if (chain != mainchain)
 561           {
 562             continue;
 563           }
 564
 565           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 566           {
 567             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 568             {
 569               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 570               {
 571                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 572                 if (pos > 0)
 573                 {
 574                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 575                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 576                   if (showFeatures)
 577                   {
 578                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 579                             sequence[s], pos);
 580                   }
 581                 }
 582                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 583                 if (pos > 0)
 584                 {
 585                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 586                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 587                   if (showFeatures)
 588                   {
 589                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 590                             sequence[s], pos);
 591                   }
 592                 }
 593
 594               }
 595             }
 596           }
 597         }
 598       }
 599     }
 600   }
 601
 602   Zsort zsort;
 603
 604   public void drawScene(Graphics g)
 605   {
 606     if (zbuffer)
 607     {
 608       if (zsort == null)
 609       {
 610         zsort = new Zsort();
 611       }
 612
 613       zsort.sort(visiblebonds);
 614     }
 615
 616     Bond tmpBond = null;
 617     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 618     {
 619       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 620
 621       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 622       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 623
 624       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 625       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 626
 627       xmid = (xend + xstart) / 2;
 628       ymid = (yend + ystart) / 2;
 629       if (depthcue && !bymolecule)
 630       {
 631         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 632         {
 633
 634           g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.startCol).darker()
 635                   .darker());
 636           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 637           g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.endCol).darker().darker());
 638           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 639
 640         }
 641         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 642         {
 643           g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.startCol).darker());
 644           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 645
 646           g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.endCol).darker());
 647           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 648         }
 649         else
 650         {
 651           g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.startCol));
 652           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 653
 654           g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.endCol));
 655           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 656         }
 657       }
 658       else if (depthcue && bymolecule)
 659       {
 660         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 661         {
 662           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 663           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 664         }
 665         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 666         {
 667           g.setColor(Color.green.darker());
 668           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 669         }
 670         else
 671         {
 672           g.setColor(Color.green);
 673           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 674         }
 675       }
 676       else if (!depthcue && !bymolecule)
 677       {
 678         g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.startCol));
 679         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 680         g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.endCol));
 681         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 682       }
 683       else
 684       {
 685         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 686       }
 687
 688       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 689       {
 690         g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.endCol).brighter()
 691                 .brighter().brighter()
 692                 .brighter());
 693         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 694       }
 695
 696       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 697       {
 698         g.setColor(ColorUtils.getColor(tmpBond.startCol).brighter()
 699                 .brighter().brighter()
 700                 .brighter());
 701         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 702       }
 703
 704     }
 705
 706   }
 707
 708   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 709   {
 710     if (!wire)
 711     {
 712       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 713       {
 714         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 715         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 716         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 717       }
 718       else
 719       {
 720         g.setColor(g.getColor().brighter());
 721         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 722         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 723         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 724       }
 725     }
 726     else
 727     {
 728       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 729     }
 730   }
 731
 732   public Dimension minimumsize()
 733   {
 734     return prefsize;
 735   }
 736
 737   public Dimension preferredsize()
 738   {
 739     return prefsize;
 740   }
 741
 742   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 743   {
 744     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 745     {
 746       scale = (float) (scale * 1.1);
 747       redrawneeded = true;
 748       repaint();
 749     }
 750     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 751     {
 752       scale = (float) (scale * 0.9);
 753       redrawneeded = true;
 754       repaint();
 755     }
 756   }
 757
 758   @Override
 759   public void mousePressed(MouseEvent e)
 760   {
 761     pdbAction = true;
 762     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 763     if (fatom != null)
 764     {
 765       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 766
 767       redrawneeded = true;
 768       repaint();
 769       if (foundchain != -1)
 770       {
 771         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 772         if (chain == mainchain)
 773         {
 774           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 775           {
 776             if (highlightRes == null)
 777             {
 778               highlightRes = new Vector<String>();
 779             }
 780
 781             final String atomString = Integer
 782                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 783             if (highlightRes.contains(atomString))
 784             {
 785               highlightRes.remove(atomString);
 786             }
 787             else
 788             {
 789               highlightRes.add(atomString);
 790             }
 791           }
 792         }
 793       }
 794
 795     }
 796     mx = e.getX();
 797     my = e.getY();
 798     omx = mx;
 799     omy = my;
 800     dragging = false;
 801   }
 802
 803   @Override
 804   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 805   {
 806     pdbAction = true;
 807     if (highlightBond1 != null)
 808     {
 809       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 810       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 811       highlightBond1 = null;
 812       highlightBond2 = null;
 813     }
 814
 815     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 816
 817     PDBChain chain = null;
 818     if (foundchain != -1)
 819     {
 820       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 821       if (chain == mainchain)
 822       {
 823         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 824       }
 825     }
 826
 827     if (fatom != null)
 828     {
 829       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 830               + fatom.resName);
 831     }
 832     else
 833     {
 834       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 835       this.setToolTipText(null);
 836     }
 837   }
 838
 839   @Override
 840   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 841   {
 842   }
 843
 844   @Override
 845   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 846   {
 847   }
 848
 849   @Override
 850   public void mouseExited(MouseEvent e)
 851   {
 852   }
 853
 854   @Override
 855   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 856   {
 857     int x = evt.getX();
 858     int y = evt.getY();
 859     mx = x;
 860     my = y;
 861
 862     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 863     objmat.setIdentity();
 864
 865     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 866     {
 867       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 868     }
 869     else
 870     {
 871       objmat.rotatex(((my - omy)));
 872       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 873     }
 874
 875     // Alter the bonds
 876     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 877     {
 878       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 879       {
 880         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 881         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 882
 883         // Now apply the rotation matrix
 884         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 885         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 886
 887         // Now translate back again
 888         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 889       }
 890     }
 891
 892     objmat = null;
 893
 894     omx = mx;
 895     omy = my;
 896
 897     dragging = true;
 898
 899     redrawneeded = true;
 900
 901     repaint();
 902   }
 903
 904   @Override
 905   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 906   {
 907     dragging = false;
 908     return;
 909   }
 910
 911   void drawLabels(Graphics g)
 912   {
 913
 914     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 915     {
 916       if (chain.isVisible)
 917       {
 918         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 919         {
 920           if (tmpBond.at1.isSelected)
 921           {
 922             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 923           }
 924
 925           if (tmpBond.at2.isSelected)
 926           {
 927             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 928           }
 929         }
 930       }
 931     }
 932   }
 933
 934   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 935   {
 936     g.setFont(font);
 937     g.setColor(Color.red);
 938     if (n == 1)
 939     {
 940       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 941       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 942
 943       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 944     }
 945
 946     if (n == 2)
 947     {
 948       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 949       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 950
 951       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 952     }
 953   }
 954
 955   int foundchain = -1;
 956
 957   public Atom findAtom(int x, int y)
 958   {
 959     Atom fatom = null;
 960
 961     foundchain = -1;
 962
 963     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 964     {
 965       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 966       int truex;
 967       Bond tmpBond = null;
 968
 969       if (chain.isVisible)
 970       {
 971         for (Bond bond : chain.bonds)
 972         {
 973           tmpBond = bond;
 974
 975           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 976
 977           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 978           {
 979             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 980
 981             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 982             {
 983               fatom = tmpBond.at1;
 984               foundchain = ii;
 985               break;
 986             }
 987           }
 988         }
 989
 990         // Still here? Maybe its the last bond
 991
 992         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 993
 994         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 995         {
 996           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 997
 998           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 999           {
1000             fatom = tmpBond.at2;
1001             foundchain = ii;
1002             break;
1003           }
1004         }
1005
1006       }
1007
1008       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1009       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1010         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1011       }
1012     }
1013
1014     return fatom;
1015   }
1016
1017   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1018
1019   public void highlightRes(int ii)
1020   {
1021     if (!seqColoursReady)
1022     {
1023       return;
1024     }
1025
1026     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1027     {
1028       return;
1029     }
1030
1031     int index = -1;
1032     Bond tmpBond;
1033     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1034     {
1035       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1036       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1037       {
1038         if (highlightBond1 != null)
1039         {
1040           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1041         }
1042
1043         if (highlightBond2 != null)
1044         {
1045           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1046         }
1047
1048         highlightBond1 = null;
1049         highlightBond2 = null;
1050
1051         if (index > 0)
1052         {
1053           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1054           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1055         }
1056
1057         if (index != mainchain.bonds.size())
1058         {
1059           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1060           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1061         }
1062
1063         break;
1064       }
1065     }
1066
1067     redrawneeded = true;
1068     repaint();
1069   }
1070
1071   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1072   {
1073     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1074     {
1075       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1076       chain.isVisible = b;
1077     }
1078     mainchain.isVisible = true;
1079     findCentre();
1080     setupBonds();
1081   }
1082
1083   // ////////////////////////////////
1084   // /StructureListener
1085   @Override
1086   public String[] getPdbFile()
1087   {
1088     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1089   }
1090
1091   String lastMessage;
1092
1093   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1094   {
1095     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1096     {
1097       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1098     }
1099
1100     lastMessage = pdbResNum + chain;
1101   }
1102
1103   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1104
1105   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1106
1107   /**
1108    * Highlight the specified atoms in the structure.
1109    *
1110    * @param atoms
1111    */
1112   @Override
1113   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1114   {
1115     if (!seqColoursReady)
1116     {
1117       return;
1118     }
1119
1120     for (AtomSpec atom : atoms)
1121     {
1122       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1123       if (highlightRes != null
1124               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1125       {
1126         continue;
1127       }
1128
1129       highlightAtom(atomIndex);
1130     }
1131
1132     redrawneeded = true;
1133     repaint();
1134   }
1135
1136   /**
1137    * Highlight the atom at the specified index.
1138    *
1139    * @param atomIndex
1140    */
1141   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1142   {
1143     int index = -1;
1144     Bond tmpBond;
1145     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1146     {
1147       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1148       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1149       {
1150         if (highlightBond1 != null)
1151         {
1152           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1153         }
1154
1155         if (highlightBond2 != null)
1156         {
1157           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1158         }
1159
1160         highlightBond1 = null;
1161         highlightBond2 = null;
1162
1163         if (index > 0)
1164         {
1165           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1166           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1167         }
1168
1169         if (index != mainchain.bonds.size())
1170         {
1171           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1172           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1173         }
1174
1175         break;
1176       }
1177     }
1178   }
1179
1180   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1181           String pdbfile)
1182   {
1183     return Color.white;
1184     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1185     // return null;
1186
1187     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1188   }
1189
1190   @Override
1191   public void updateColours(Object source)
1192   {
1193     colourBySequence();
1194     redrawneeded = true;
1195     repaint();
1196   }
1197
1198   @Override
1199   public void releaseReferences(Object svl)
1200   {
1201     // TODO Auto-generated method stub
1202
1203   }
1204
1205   @Override
1206   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1207   {
1208     if (sequence != null)
1209     {
1210       for (SequenceI s : sequence)
1211       {
1212         if (s == seq)
1213         {
1214           return true;
1215         }
1216       }
1217     }
1218     return false;
1219   }
1220 }