src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SequenceRenderer sr;\r
  70     jalview.gui.FeatureRenderer  fr;\r
  71 \r
  72     public PDBCanvas()\r
  73     {\r
  74 \r
  75     }\r
  76 \r
  77   public void setPDBFile(PDBfile pdb, Sequence sequence,\r
  78                      jalview.gui.SequenceRenderer sr,\r
  79                      jalview.gui.FeatureRenderer fr)\r
  80    {\r
  81 \r
  82 \r
  83         this.sr = sr;\r
  84         this.fr = fr;\r
  85         int max = -10;\r
  86         int maxchain = -1;\r
  87         int pdbstart = 0;\r
  88         int pdbend = 0;\r
  89         int seqstart = 0;\r
  90         int seqend = 0;\r
  91 \r
  92         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
  93             // Now lets compare the sequences to get\r
  94             // the start and end points.\r
  95             // Align the sequence to the pdb\r
  96             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
  97                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
  98             as.calcScoreMatrix();\r
  99             as.traceAlignment();\r
 100             as.printAlignment();\r
 101 \r
 102 \r
 103             if (as.maxscore > max) {\r
 104                 max = as.maxscore;\r
 105                 maxchain = i;\r
 106 \r
 107                 pdbstart = as.seq2start;\r
 108                 pdbend = as.seq2end;\r
 109                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 110                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 111             }\r
 112 \r
 113             System.out.println("PDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 114             System.out.println("SEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 115         }\r
 116 \r
 117         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 118         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 119         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 120         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 121         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 122         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 123 \r
 124         this.pdb = pdb;\r
 125         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 126 \r
 127         //Initialize the matrices to identity\r
 128         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 129             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 130                 if (i != j) {\r
 131                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 132                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 133                 } else {\r
 134                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 135                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 136                 }\r
 137             }\r
 138         }\r
 139 \r
 140         addMouseMotionListener(this);\r
 141         addMouseListener(this);\r
 142 \r
 143         findCentre();\r
 144         findWidth();\r
 145 \r
 146         scale = findScale();\r
 147 \r
 148         System.out.println("Scale factor = " + scale);\r
 149 \r
 150         updateSeqColours();\r
 151         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 152         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 153         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 154 \r
 155     }\r
 156 \r
 157     public void deleteBonds() {\r
 158         scale = 0;\r
 159         maxwidth = 0;\r
 160 \r
 161         width[0] = 0;\r
 162         width[1] = 0;\r
 163         width[2] = 0;\r
 164 \r
 165         centre[0] = 0;\r
 166         centre[1] = 0;\r
 167         centre[2] = 0;\r
 168 \r
 169         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 170             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 171         }\r
 172     }\r
 173 \r
 174     public void findWidth() {\r
 175         float[] max = new float[3];\r
 176         float[] min = new float[3];\r
 177 \r
 178         max[0] = (float) -1e30;\r
 179         max[1] = (float) -1e30;\r
 180         max[2] = (float) -1e30;\r
 181 \r
 182         min[0] = (float) 1e30;\r
 183         min[1] = (float) 1e30;\r
 184         min[2] = (float) 1e30;\r
 185 \r
 186         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 187             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 188                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 189 \r
 190                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 191                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 192 \r
 193                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 194                         max[0] = tmp.start[0];\r
 195                     }\r
 196 \r
 197                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 198                         max[1] = tmp.start[1];\r
 199                     }\r
 200 \r
 201                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 202                         max[2] = tmp.start[2];\r
 203                     }\r
 204 \r
 205                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 206                         min[0] = tmp.start[0];\r
 207                     }\r
 208 \r
 209                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 210                         min[1] = tmp.start[1];\r
 211                     }\r
 212 \r
 213                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 214                         min[2] = tmp.start[2];\r
 215                     }\r
 216 \r
 217                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 218                         max[0] = tmp.end[0];\r
 219                     }\r
 220 \r
 221                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 222                         max[1] = tmp.end[1];\r
 223                     }\r
 224 \r
 225                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 226                         max[2] = tmp.end[2];\r
 227                     }\r
 228 \r
 229                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 230                         min[0] = tmp.end[0];\r
 231                     }\r
 232 \r
 233                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 234                         min[1] = tmp.end[1];\r
 235                     }\r
 236 \r
 237                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 238                         min[2] = tmp.end[2];\r
 239                     }\r
 240                 }\r
 241             }\r
 242         }\r
 243 \r
 244         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 245         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 246         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 247 \r
 248         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 249         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 250         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 251 \r
 252         maxwidth = width[0];\r
 253 \r
 254         if (width[1] > width[0]) {\r
 255             maxwidth = width[1];\r
 256         }\r
 257 \r
 258         if (width[2] > width[1]) {\r
 259             maxwidth = width[2];\r
 260         }\r
 261 \r
 262         System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 263     }\r
 264 \r
 265     public float findScale() {\r
 266         int dim;\r
 267         int width;\r
 268         int height;\r
 269 \r
 270         if (getWidth() != 0) {\r
 271             width = getWidth();\r
 272             height = getHeight();\r
 273         } else {\r
 274             width = prefsize.width;\r
 275             height = prefsize.height;\r
 276         }\r
 277 \r
 278         if (width < height) {\r
 279             dim = width;\r
 280         } else {\r
 281             dim = height;\r
 282         }\r
 283 \r
 284         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 285     }\r
 286 \r
 287     public void findCentre() {\r
 288         float xtot = 0;\r
 289         float ytot = 0;\r
 290         float ztot = 0;\r
 291 \r
 292         int bsize = 0;\r
 293 \r
 294         //Find centre coordinate\r
 295         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 296             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 297                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 298 \r
 299                 bsize += bonds.size();\r
 300 \r
 301                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 302                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 303                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 304 \r
 305                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 306                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 307 \r
 308                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 309                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 310                 }\r
 311             }\r
 312         }\r
 313 \r
 314         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 315         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 316         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 317     }\r
 318 \r
 319     public void paintComponent(Graphics g) {\r
 320 \r
 321       if(pdb==null)\r
 322       {\r
 323         g.setColor(Color.black);\r
 324         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 325         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 326 \r
 327         return;\r
 328       }\r
 329 \r
 330 \r
 331         //Only create the image at the beginning -\r
 332         //this saves much memory usage\r
 333         if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 334                 (prefsize.height != getHeight())) {\r
 335             prefsize.width = getWidth();\r
 336             prefsize.height = getHeight();\r
 337 \r
 338             scale = findScale();\r
 339             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 340             ig = img.getGraphics();\r
 341             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 342 \r
 343             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 344                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 345 \r
 346 \r
 347             redrawneeded = true;\r
 348         }\r
 349 \r
 350 \r
 351         if (redrawneeded)\r
 352         {\r
 353           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 354           redrawneeded = false;\r
 355         }\r
 356 \r
 357         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 358     }\r
 359 \r
 360     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 361     {\r
 362       g.setColor(Color.black);\r
 363       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 364       drawScene(g);\r
 365       drawLabels(g);\r
 366     }\r
 367 \r
 368 \r
 369     public void updateSeqColours()\r
 370     {\r
 371       if(bysequence)\r
 372       {\r
 373         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 374         {\r
 375           ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).colourBySequence(sr, fr);\r
 376         }\r
 377       }\r
 378 \r
 379       redrawneeded=true;\r
 380       repaint();\r
 381 \r
 382     }\r
 383 \r
 384     public void drawScene(Graphics g) {\r
 385         // Sort the bonds by z coord\r
 386         Vector bonds = new Vector();\r
 387 \r
 388         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 389         {\r
 390           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 391           {\r
 392             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 393 \r
 394             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 395             {\r
 396               bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 397             }\r
 398           }\r
 399         }\r
 400 \r
 401         if (zbuffer) {\r
 402             Zsort.Zsort(bonds);\r
 403         }\r
 404 \r
 405         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 406             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 407 \r
 408             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 409                 (getWidth() / 2));\r
 410             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 411                 (getHeight() / 2));\r
 412 \r
 413             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 414                 (getWidth() / 2));\r
 415             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 416                 (getHeight() / 2));\r
 417 \r
 418             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 419             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 420 \r
 421             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 422                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 423                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 424                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 425 \r
 426                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 427                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 428                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 429                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 430                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 431 \r
 432                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 433                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 434                 } else {\r
 435                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 436                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 437 \r
 438                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 439                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 440                 }\r
 441             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 442                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 443                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 444                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 445                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 446                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 447                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 448                 } else {\r
 449                     g.setColor(Color.green);\r
 450                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 451                 }\r
 452             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 453                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 454                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 455                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 456                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 457             } else {\r
 458                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 459             }\r
 460         }\r
 461     }\r
 462 \r
 463     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 464         if (!wire) {\r
 465             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 466                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 467                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 468                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 469             } else {\r
 470                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 471                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 472                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 473                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 474             }\r
 475         } else {\r
 476             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 477         }\r
 478     }\r
 479 \r
 480     public Dimension minimumsize() {\r
 481         return prefsize;\r
 482     }\r
 483 \r
 484     public Dimension preferredsize() {\r
 485         return prefsize;\r
 486     }\r
 487 \r
 488     public void keyPressed(KeyEvent evt) {\r
 489       int key = evt.getKeyChar();\r
 490       System.out.println(key);\r
 491       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 492       {\r
 493         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 494         redrawneeded = true;\r
 495         repaint();\r
 496       }\r
 497       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 498       {\r
 499         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 500         redrawneeded = true;\r
 501         repaint();\r
 502       }\r
 503     }\r
 504 \r
 505     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 506         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 507         if(fatom!=null)\r
 508         {\r
 509           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 510           redrawneeded = true;\r
 511           repaint();\r
 512         }\r
 513         mx = e.getX();\r
 514         my = e.getY();\r
 515         omx = mx;\r
 516         omy = my;\r
 517         dragging = false;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 521 \r
 522         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 523 \r
 524         if (fatom != null) {\r
 525             this.setToolTipText(fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 526         } else {\r
 527             this.setToolTipText("");\r
 528         }\r
 529     }\r
 530 \r
 531     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 532     }\r
 533 \r
 534     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 535     }\r
 536 \r
 537     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 538     }\r
 539 \r
 540     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 541         int x = evt.getX();\r
 542         int y = evt.getY();\r
 543         mx = x;\r
 544         my = y;\r
 545 \r
 546         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 547         objmat.setIdentity();\r
 548 \r
 549         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 550             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 551         } else {\r
 552             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 553             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 554         }\r
 555 \r
 556         //Alter the bonds\r
 557         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 558             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 559 \r
 560             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 561                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 562 \r
 563                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 564                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 565 \r
 566                 //Now apply the rotation matrix\r
 567                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 568                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 569 \r
 570                 //Now translate back again\r
 571                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 572             }\r
 573         }\r
 574 \r
 575         objmat = null;\r
 576 \r
 577         omx = mx;\r
 578         omy = my;\r
 579 \r
 580         dragging = true;\r
 581 \r
 582         redrawneeded = true;\r
 583 \r
 584         repaint();\r
 585     }\r
 586 \r
 587     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 588         dragging = false;\r
 589         return;\r
 590     }\r
 591 \r
 592     void drawLabels(Graphics g) {\r
 593 \r
 594         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 595             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 596 \r
 597             if (chain.isVisible) {\r
 598                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 599 \r
 600                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 601                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 602 \r
 603                     if (tmpBond.at1.isSelected) {\r
 604                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 605                     }\r
 606 \r
 607                     if (tmpBond.at2.isSelected) {\r
 608                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 609                     }\r
 610                 }\r
 611             }\r
 612         }\r
 613     }\r
 614 \r
 615     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 616         g.setFont(font);\r
 617 \r
 618         if (n == 1) {\r
 619             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 620                 (getWidth() / 2));\r
 621             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 622                 (getHeight() / 2));\r
 623 \r
 624             g.setColor(Color.red);\r
 625             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 626         }\r
 627 \r
 628         if (n == 2) {\r
 629             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 630                 (getWidth() / 2));\r
 631             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 632                 (getHeight() / 2));\r
 633 \r
 634             g.setColor(Color.red);\r
 635             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 636         }\r
 637     }\r
 638 \r
 639     public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 640         myAtom fatom = null;\r
 641 \r
 642         int foundchain = -1;\r
 643 \r
 644         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 645             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 646 \r
 647             if (chain.isVisible) {\r
 648                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 649 \r
 650                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 651                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 652 \r
 653                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 654                         (getWidth() / 2));\r
 655 \r
 656                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 657                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 658                             (getHeight() / 2));\r
 659 \r
 660                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 661                         {\r
 662                             fatom = tmpBond.at1;\r
 663                             foundchain = ii;\r
 664                         }\r
 665                     }\r
 666                 }\r
 667             }\r
 668 \r
 669             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 670              {\r
 671                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 672 \r
 673                 // SMJS TODO\r
 674                 // int tmp = chain.ds.seqstart + fatom.resNumber - chain.offset;\r
 675                 // int pos = chain.ds.findIndex(tmp);\r
 676                 // System.out.println("Found seq " + chain.ds.name + " "  + tmp + " " + pos);\r
 677             }\r
 678         }\r
 679 \r
 680         return fatom;\r
 681     }\r
 682 \r
 683     public void update(Graphics g) {\r
 684         paint(g);\r
 685     }\r
 686 }\r