src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import javax.swing.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.gui.*;
  31 import jalview.structure.*;
  32
  33 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  34         MouseMotionListener, StructureListener
  35 {
  36   boolean redrawneeded = true;
  37
  38   int omx = 0;
  39
  40   int mx = 0;
  41
  42   int omy = 0;
  43
  44   int my = 0;
  45
  46   public PDBfile pdb;
  47
  48   PDBEntry pdbentry;
  49
  50   int bsize;
  51
  52   Image img;
  53
  54   Graphics ig;
  55
  56   Dimension prefsize;
  57
  58   float[] centre = new float[3];
  59
  60   float[] width = new float[3];
  61
  62   float maxwidth;
  63
  64   float scale;
  65
  66   String inStr;
  67
  68   String inType;
  69
  70   boolean bysequence = true;
  71
  72   boolean depthcue = true;
  73
  74   boolean wire = false;
  75
  76   boolean bymolecule = false;
  77
  78   boolean zbuffer = true;
  79
  80   boolean dragging;
  81
  82   int xstart;
  83
  84   int xend;
  85
  86   int ystart;
  87
  88   int yend;
  89
  90   int xmid;
  91
  92   int ymid;
  93
  94   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  95
  96   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
  97
  98   public SequenceI[] sequence;
  99
 100   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 101
 102   PDBChain mainchain;
 103
 104   Vector highlightRes;
 105
 106   boolean pdbAction = false;
 107
 108   boolean seqColoursReady = false;
 109
 110   jalview.gui.FeatureRenderer fr;
 111
 112   Color backgroundColour = Color.black;
 113
 114   AlignmentPanel ap;
 115
 116   StructureSelectionManager ssm;
 117
 118   String errorMessage;
 119
 120   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 121           AlignmentPanel ap, String protocol)
 122   {
 123     this.ap = ap;
 124     this.pdbentry = pdbentry;
 125     this.sequence = seq;
 126
 127     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 128
 129     try
 130     {
 131       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 132
 133       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 134         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 135
 136     } catch (Exception ex)
 137     {
 138       ex.printStackTrace();
 139       return;
 140     }
 141
 142     if (pdb == null)
 143     {
 144       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 145       return;
 146     }
 147     pdbentry.setId(pdb.id);
 148
 149     ssm.addStructureViewerListener(this);
 150
 151     colourBySequence();
 152
 153     int max = -10;
 154     int maxchain = -1;
 155     int pdbstart = 0;
 156     int pdbend = 0;
 157     int seqstart = 0;
 158     int seqend = 0;
 159
 160     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 161     SequenceI sequence = seq[0];
 162
 163     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 164     {
 165
 166       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 167               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 168                       .getSequenceAsString());
 169       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 170               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 171               + "\n\n");
 172
 173       // Now lets compare the sequences to get
 174       // the start and end points.
 175       // Align the sequence to the pdb
 176       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 177               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");
 178       as.calcScoreMatrix();
 179       as.traceAlignment();
 180       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 181       {
 182         public void print(String x)
 183         {
 184           mappingDetails.append(x);
 185         }
 186
 187         public void println()
 188         {
 189           mappingDetails.append("\n");
 190         }
 191       };
 192
 193       as.printAlignment(ps);
 194
 195       if (as.maxscore > max)
 196       {
 197         max = as.maxscore;
 198         maxchain = i;
 199
 200         pdbstart = as.seq2start;
 201         pdbend = as.seq2end;
 202         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 203         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 204       }
 205
 206       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 207       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 208     }
 209
 210     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 211
 212     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 213     mainchain.pdbend = pdbend;
 214     mainchain.seqstart = seqstart;
 215     mainchain.seqend = seqend;
 216     mainchain.isVisible = true;
 217
 218     this.pdb = pdb;
 219     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 220
 221     addMouseMotionListener(this);
 222     addMouseListener(this);
 223
 224     addKeyListener(new KeyAdapter()
 225     {
 226       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 227       {
 228         keyPressed(evt);
 229       }
 230     });
 231
 232     findCentre();
 233     findWidth();
 234
 235     setupBonds();
 236
 237     scale = findScale();
 238
 239     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 240     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 241     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 242   }
 243
 244   Vector visiblebonds;
 245
 246   void setupBonds()
 247   {
 248     seqColoursReady = false;
 249     // Sort the bonds by z coord
 250     visiblebonds = new Vector();
 251
 252     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 253     {
 254       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 255       {
 256         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 257
 258         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 259         {
 260           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 261         }
 262       }
 263     }
 264
 265     updateSeqColours();
 266     seqColoursReady = true;
 267     redrawneeded = true;
 268     repaint();
 269   }
 270
 271   public void findWidth()
 272   {
 273     float[] max = new float[3];
 274     float[] min = new float[3];
 275
 276     max[0] = (float) -1e30;
 277     max[1] = (float) -1e30;
 278     max[2] = (float) -1e30;
 279
 280     min[0] = (float) 1e30;
 281     min[1] = (float) 1e30;
 282     min[2] = (float) 1e30;
 283
 284     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 285     {
 286       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 287       {
 288         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 289
 290         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 291         {
 292           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 293
 294           if (tmp.start[0] >= max[0])
 295           {
 296             max[0] = tmp.start[0];
 297           }
 298
 299           if (tmp.start[1] >= max[1])
 300           {
 301             max[1] = tmp.start[1];
 302           }
 303
 304           if (tmp.start[2] >= max[2])
 305           {
 306             max[2] = tmp.start[2];
 307           }
 308
 309           if (tmp.start[0] <= min[0])
 310           {
 311             min[0] = tmp.start[0];
 312           }
 313
 314           if (tmp.start[1] <= min[1])
 315           {
 316             min[1] = tmp.start[1];
 317           }
 318
 319           if (tmp.start[2] <= min[2])
 320           {
 321             min[2] = tmp.start[2];
 322           }
 323
 324           if (tmp.end[0] >= max[0])
 325           {
 326             max[0] = tmp.end[0];
 327           }
 328
 329           if (tmp.end[1] >= max[1])
 330           {
 331             max[1] = tmp.end[1];
 332           }
 333
 334           if (tmp.end[2] >= max[2])
 335           {
 336             max[2] = tmp.end[2];
 337           }
 338
 339           if (tmp.end[0] <= min[0])
 340           {
 341             min[0] = tmp.end[0];
 342           }
 343
 344           if (tmp.end[1] <= min[1])
 345           {
 346             min[1] = tmp.end[1];
 347           }
 348
 349           if (tmp.end[2] <= min[2])
 350           {
 351             min[2] = tmp.end[2];
 352           }
 353         }
 354       }
 355     }
 356     /*
 357      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 358      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 359      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 360      */
 361
 362     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 363     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 364     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 365
 366     maxwidth = width[0];
 367
 368     if (width[1] > width[0])
 369     {
 370       maxwidth = width[1];
 371     }
 372
 373     if (width[2] > width[1])
 374     {
 375       maxwidth = width[2];
 376     }
 377
 378     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 379   }
 380
 381   public float findScale()
 382   {
 383     int dim;
 384     int width;
 385     int height;
 386
 387     if (getWidth() != 0)
 388     {
 389       width = getWidth();
 390       height = getHeight();
 391     }
 392     else
 393     {
 394       width = prefsize.width;
 395       height = prefsize.height;
 396     }
 397
 398     if (width < height)
 399     {
 400       dim = width;
 401     }
 402     else
 403     {
 404       dim = height;
 405     }
 406
 407     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 408   }
 409
 410   public void findCentre()
 411   {
 412     float xtot = 0;
 413     float ytot = 0;
 414     float ztot = 0;
 415
 416     int bsize = 0;
 417
 418     // Find centre coordinate
 419     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 420     {
 421       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 422       {
 423         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 424
 425         bsize += bonds.size();
 426
 427         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 428         {
 429           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 430                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 431
 432           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 433                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 434
 435           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 436                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 437         }
 438       }
 439     }
 440
 441     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 442     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 443     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 444   }
 445
 446   public void paintComponent(Graphics g)
 447   {
 448     super.paintComponent(g);
 449
 450     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 451     {
 452       g.setColor(Color.black);
 453       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 454       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 455               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 456       return;
 457     }
 458
 459     // Only create the image at the beginning -
 460     // this saves much memory usage
 461     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 462             || (prefsize.height != getHeight()))
 463
 464     {
 465       prefsize.width = getWidth();
 466       prefsize.height = getHeight();
 467
 468       scale = findScale();
 469       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 470       ig = img.getGraphics();
 471       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 472
 473       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 474               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 475
 476       redrawneeded = true;
 477     }
 478
 479     if (redrawneeded)
 480     {
 481       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 482       redrawneeded = false;
 483     }
 484
 485     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 486
 487     pdbAction = false;
 488   }
 489
 490   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 491   {
 492     g.setColor(backgroundColour);
 493     g.fillRect(0, 0, width, height);
 494     drawScene(g);
 495     drawLabels(g);
 496   }
 497
 498   public void updateSeqColours()
 499   {
 500     if (pdbAction)
 501     {
 502       return;
 503     }
 504
 505     colourBySequence();
 506
 507     redrawneeded = true;
 508     repaint();
 509   }
 510
 511   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 512   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 513   void colourBySequence()
 514   {
 515     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 516
 517     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 518
 519     boolean showFeatures = false;
 520     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 521     {
 522       if (fr == null)
 523       {
 524         fr = new FeatureRenderer(ap);
 525       }
 526
 527       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 528
 529       showFeatures = true;
 530     }
 531
 532     PDBChain chain;
 533     if (bysequence && pdb != null)
 534     {
 535       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 536       {
 537         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 538
 539         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 540         {
 541           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 542           tmp.startCol = Color.lightGray;
 543           tmp.endCol = Color.lightGray;
 544           if (chain != mainchain)
 545           {
 546             continue;
 547           }
 548
 549           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 550           {
 551             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 552             {
 553               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 554               {
 555                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 556                 if (pos > 0)
 557                 {
 558                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 559                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 560                   if (showFeatures)
 561                   {
 562                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 563                             sequence[s], pos);
 564                   }
 565                 }
 566                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 567                 if (pos > 0)
 568                 {
 569                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 570                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 571                   if (showFeatures)
 572                   {
 573                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 574                             sequence[s], pos);
 575                   }
 576                 }
 577
 578               }
 579             }
 580           }
 581         }
 582       }
 583     }
 584   }
 585
 586   Zsort zsort;
 587
 588   public void drawScene(Graphics g)
 589   {
 590     if (zbuffer)
 591     {
 592       if (zsort == null)
 593       {
 594         zsort = new Zsort();
 595       }
 596
 597       zsort.Zsort(visiblebonds);
 598     }
 599
 600     Bond tmpBond = null;
 601     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 602     {
 603       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 604
 605       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 606       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 607
 608       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 609       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 610
 611       xmid = (xend + xstart) / 2;
 612       ymid = (yend + ystart) / 2;
 613       if (depthcue && !bymolecule)
 614       {
 615         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 616         {
 617
 618           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 619           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 620           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 621           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 622
 623         }
 624         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 625         {
 626           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 627           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 628
 629           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 630           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 631         }
 632         else
 633         {
 634           g.setColor(tmpBond.startCol);
 635           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 636
 637           g.setColor(tmpBond.endCol);
 638           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 639         }
 640       }
 641       else if (depthcue && bymolecule)
 642       {
 643         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 644         {
 645           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 646           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 647         }
 648         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 649         {
 650           g.setColor(Color.green.darker());
 651           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 652         }
 653         else
 654         {
 655           g.setColor(Color.green);
 656           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 657         }
 658       }
 659       else if (!depthcue && !bymolecule)
 660       {
 661         g.setColor(tmpBond.startCol);
 662         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 663         g.setColor(tmpBond.endCol);
 664         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 665       }
 666       else
 667       {
 668         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 669       }
 670
 671       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 672       {
 673         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 674                 .brighter());
 675         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 676       }
 677
 678       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 679       {
 680         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 681                 .brighter());
 682         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 683       }
 684
 685     }
 686
 687   }
 688
 689   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 690   {
 691     if (!wire)
 692     {
 693       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 694       {
 695         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 696         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 697         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 698       }
 699       else
 700       {
 701         g.setColor(g.getColor().brighter());
 702         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 703         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 704         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 705       }
 706     }
 707     else
 708     {
 709       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 710     }
 711   }
 712
 713   public Dimension minimumsize()
 714   {
 715     return prefsize;
 716   }
 717
 718   public Dimension preferredsize()
 719   {
 720     return prefsize;
 721   }
 722
 723   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 724   {
 725     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 726     {
 727       scale = (float) (scale * 1.1);
 728       redrawneeded = true;
 729       repaint();
 730     }
 731     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 732     {
 733       scale = (float) (scale * 0.9);
 734       redrawneeded = true;
 735       repaint();
 736     }
 737   }
 738
 739   public void mousePressed(MouseEvent e)
 740   {
 741     pdbAction = true;
 742     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 743     if (fatom != null)
 744     {
 745       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 746
 747       redrawneeded = true;
 748       repaint();
 749       if (foundchain != -1)
 750       {
 751         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 752         if (chain == mainchain)
 753         {
 754           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 755           {
 756             if (highlightRes == null)
 757             {
 758               highlightRes = new Vector();
 759             }
 760
 761             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + ""))
 762             {
 763               highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");
 764             }
 765             else
 766             {
 767               highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");
 768             }
 769           }
 770         }
 771       }
 772
 773     }
 774     mx = e.getX();
 775     my = e.getY();
 776     omx = mx;
 777     omy = my;
 778     dragging = false;
 779   }
 780
 781   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 782   {
 783     pdbAction = true;
 784     if (highlightBond1 != null)
 785     {
 786       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 787       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 788       highlightBond1 = null;
 789       highlightBond2 = null;
 790     }
 791
 792     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 793
 794     PDBChain chain = null;
 795     if (foundchain != -1)
 796     {
 797       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 798       if (chain == mainchain)
 799       {
 800         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 801       }
 802     }
 803
 804     if (fatom != null)
 805     {
 806       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 807               + fatom.resName);
 808     }
 809     else
 810     {
 811       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 812       this.setToolTipText(null);
 813     }
 814   }
 815
 816   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 817   {
 818   }
 819
 820   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 821   {
 822   }
 823
 824   public void mouseExited(MouseEvent e)
 825   {
 826   }
 827
 828   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 829   {
 830     int x = evt.getX();
 831     int y = evt.getY();
 832     mx = x;
 833     my = y;
 834
 835     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 836     objmat.setIdentity();
 837
 838     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 839     {
 840       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 841     }
 842     else
 843     {
 844       objmat.rotatex((float) ((my - omy)));
 845       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 846     }
 847
 848     // Alter the bonds
 849     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 850     {
 851       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 852
 853       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 854       {
 855         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 856
 857         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 858         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 859
 860         // Now apply the rotation matrix
 861         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 862         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 863
 864         // Now translate back again
 865         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 866       }
 867     }
 868
 869     objmat = null;
 870
 871     omx = mx;
 872     omy = my;
 873
 874     dragging = true;
 875
 876     redrawneeded = true;
 877
 878     repaint();
 879   }
 880
 881   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 882   {
 883     dragging = false;
 884     return;
 885   }
 886
 887   void drawLabels(Graphics g)
 888   {
 889
 890     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 891     {
 892       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 893
 894       if (chain.isVisible)
 895       {
 896         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 897
 898         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 899         {
 900           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 901
 902           if (tmpBond.at1.isSelected)
 903           {
 904             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 905           }
 906
 907           if (tmpBond.at2.isSelected)
 908           {
 909
 910             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 911           }
 912         }
 913       }
 914     }
 915   }
 916
 917   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 918   {
 919     g.setFont(font);
 920     g.setColor(Color.red);
 921     if (n == 1)
 922     {
 923       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 924       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 925
 926       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 927     }
 928
 929     if (n == 2)
 930     {
 931       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 932       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 933
 934       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 935     }
 936   }
 937
 938   int foundchain = -1;
 939
 940   public Atom findAtom(int x, int y)
 941   {
 942     Atom fatom = null;
 943
 944     foundchain = -1;
 945
 946     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 947     {
 948       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 949       int truex;
 950       Bond tmpBond = null;
 951
 952       if (chain.isVisible)
 953       {
 954         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 955
 956         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 957         {
 958           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 959
 960           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 961
 962           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 963           {
 964             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 965
 966             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 967             {
 968               fatom = tmpBond.at1;
 969               foundchain = ii;
 970               break;
 971             }
 972           }
 973         }
 974
 975         // Still here? Maybe its the last bond
 976
 977         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 978
 979         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 980         {
 981           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 982
 983           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 984           {
 985             fatom = tmpBond.at2;
 986             foundchain = ii;
 987             break;
 988           }
 989         }
 990
 991       }
 992
 993       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
 994       {
 995         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 996       }
 997     }
 998
 999     return fatom;
1000   }
1001
1002   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1003
1004   public void highlightRes(int ii)
1005   {
1006     if (!seqColoursReady)
1007     {
1008       return;
1009     }
1010
1011     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1012     {
1013       return;
1014     }
1015
1016     int index = -1;
1017     Bond tmpBond;
1018     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1019     {
1020       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1021       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1022       {
1023         if (highlightBond1 != null)
1024         {
1025           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1026         }
1027
1028         if (highlightBond2 != null)
1029         {
1030           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1031         }
1032
1033         highlightBond1 = null;
1034         highlightBond2 = null;
1035
1036         if (index > 0)
1037         {
1038           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1039           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1040         }
1041
1042         if (index != mainchain.bonds.size())
1043         {
1044           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1045           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1046         }
1047
1048         break;
1049       }
1050     }
1051
1052     redrawneeded = true;
1053     repaint();
1054   }
1055
1056   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1057   {
1058     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1059     {
1060       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1061       chain.isVisible = b;
1062     }
1063     mainchain.isVisible = true;
1064     findCentre();
1065     setupBonds();
1066   }
1067
1068   // ////////////////////////////////
1069   // /StructureListener
1070   public String[] getPdbFile()
1071   {
1072     return new String[]
1073     { pdbentry.getFile() };
1074   }
1075
1076   String lastMessage;
1077
1078   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1079   {
1080     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1081       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1082
1083     lastMessage = pdbResNum + chain;
1084   }
1085
1086   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1087
1088   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1089
1090   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1091           String pdbfile)
1092   {
1093     if (!seqColoursReady)
1094     {
1095       return;
1096     }
1097
1098     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1099     {
1100       return;
1101     }
1102
1103     int index = -1;
1104     Bond tmpBond;
1105     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1106     {
1107       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1108       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1109       {
1110         if (highlightBond1 != null)
1111         {
1112           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1113         }
1114
1115         if (highlightBond2 != null)
1116         {
1117           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1118         }
1119
1120         highlightBond1 = null;
1121         highlightBond2 = null;
1122
1123         if (index > 0)
1124         {
1125           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1126           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1127         }
1128
1129         if (index != mainchain.bonds.size())
1130         {
1131           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1132           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1133         }
1134
1135         break;
1136       }
1137     }
1138
1139     redrawneeded = true;
1140     repaint();
1141   }
1142
1143   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1144           String pdbfile)
1145   {
1146     return Color.white;
1147     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1148     // return null;
1149
1150     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1151   }
1152
1153   public void updateColours(Object source)
1154   {
1155     colourBySequence();
1156     redrawneeded = true;
1157     repaint();
1158   }
1159
1160   @Override
1161   public void releaseReferences(Object svl)
1162   {
1163     // TODO Auto-generated method stub
1164
1165   }
1166
1167 }