src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     PDBChain mainchain;\r
  73     Vector highlightRes;\r
  74     boolean pdbAction = false;\r
  75 \r
  76     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  77     {\r
  78       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  79       this.sequence = seq;\r
  80       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  81     }\r
  82 \r
  83   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  84    {\r
  85         int max = -10;\r
  86         int maxchain = -1;\r
  87         int pdbstart = 0;\r
  88         int pdbend = 0;\r
  89         int seqstart = 0;\r
  90         int seqend = 0;\r
  91         AlignSeq maxAlignseq = null;\r
  92 \r
  93         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  94         {\r
  95 \r
  96           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
  97           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
  98 \r
  99             // Now lets compare the sequences to get\r
 100             // the start and end points.\r
 101             // Align the sequence to the pdb\r
 102             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 103                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 104             as.calcScoreMatrix();\r
 105             as.traceAlignment();\r
 106             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 107            {\r
 108               public void print(String x) {\r
 109                    mappingDetails.append(x);\r
 110                }\r
 111                public void println()\r
 112                {\r
 113                  mappingDetails.append("\n");\r
 114                }\r
 115             };\r
 116 \r
 117             as.printAlignment(ps);\r
 118 \r
 119 \r
 120 \r
 121             if (as.maxscore > max)\r
 122             {\r
 123                 max = as.maxscore;\r
 124                 maxchain = i;\r
 125                 pdbstart = as.seq2start;\r
 126                 pdbend = as.seq2end;\r
 127                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 128                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 129                 maxAlignseq = as;\r
 130             }\r
 131 \r
 132             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 133             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 137 \r
 138         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 139         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 140         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 141         mainchain.seqend = seqend;\r
 142         mainchain.isVisible = true;\r
 143         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 144 \r
 145         this.pdb = pdb;\r
 146         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 147 \r
 148         //Initialize the matrices to identity\r
 149         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 150             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 151                 if (i != j) {\r
 152                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 153                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 154                 } else {\r
 155                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 156                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 157                 }\r
 158             }\r
 159         }\r
 160 \r
 161         addMouseMotionListener(this);\r
 162         addMouseListener(this);\r
 163 \r
 164         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 165         {\r
 166           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 167           {\r
 168             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 169             {\r
 170               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 171               redrawneeded = true;\r
 172               repaint();\r
 173             }\r
 174 \r
 175             else\r
 176             {\r
 177               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 178               redrawneeded = true;\r
 179               repaint();\r
 180             }\r
 181           }\r
 182        });\r
 183 \r
 184 \r
 185         findCentre();\r
 186         findWidth();\r
 187 \r
 188         setupBonds();\r
 189 \r
 190         scale = findScale();\r
 191 \r
 192 \r
 193         updateSeqColours();\r
 194         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 195         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 196         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 197     }\r
 198 \r
 199 \r
 200     Vector visiblebonds;\r
 201     void setupBonds()\r
 202     {\r
 203       // Sort the bonds by z coord\r
 204       visiblebonds = new Vector();\r
 205 \r
 206       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 207       {\r
 208         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 209         {\r
 210           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 211 \r
 212           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 213           {\r
 214             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 215           }\r
 216         }\r
 217       }\r
 218     }\r
 219 \r
 220 \r
 221     public void findWidth() {\r
 222         float[] max = new float[3];\r
 223         float[] min = new float[3];\r
 224 \r
 225         max[0] = (float) -1e30;\r
 226         max[1] = (float) -1e30;\r
 227         max[2] = (float) -1e30;\r
 228 \r
 229         min[0] = (float) 1e30;\r
 230         min[1] = (float) 1e30;\r
 231         min[2] = (float) 1e30;\r
 232 \r
 233         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 234             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 235                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 236 \r
 237                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 238                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 239 \r
 240                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 241                         max[0] = tmp.start[0];\r
 242                     }\r
 243 \r
 244                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 245                         max[1] = tmp.start[1];\r
 246                     }\r
 247 \r
 248                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 249                         max[2] = tmp.start[2];\r
 250                     }\r
 251 \r
 252                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 253                         min[0] = tmp.start[0];\r
 254                     }\r
 255 \r
 256                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 257                         min[1] = tmp.start[1];\r
 258                     }\r
 259 \r
 260                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 261                         min[2] = tmp.start[2];\r
 262                     }\r
 263 \r
 264                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 265                         max[0] = tmp.end[0];\r
 266                     }\r
 267 \r
 268                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 269                         max[1] = tmp.end[1];\r
 270                     }\r
 271 \r
 272                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 273                         max[2] = tmp.end[2];\r
 274                     }\r
 275 \r
 276                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 277                         min[0] = tmp.end[0];\r
 278                     }\r
 279 \r
 280                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 281                         min[1] = tmp.end[1];\r
 282                     }\r
 283 \r
 284                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 285                         min[2] = tmp.end[2];\r
 286                     }\r
 287                 }\r
 288             }\r
 289         }\r
 290         /*\r
 291         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 292         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 293         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 294 \r
 295         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 296         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 297         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 298 \r
 299         maxwidth = width[0];\r
 300 \r
 301         if (width[1] > width[0]) {\r
 302             maxwidth = width[1];\r
 303         }\r
 304 \r
 305         if (width[2] > width[1]) {\r
 306             maxwidth = width[2];\r
 307         }\r
 308 \r
 309        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 310     }\r
 311 \r
 312     public float findScale() {\r
 313         int dim;\r
 314         int width;\r
 315         int height;\r
 316 \r
 317         if (getWidth() != 0) {\r
 318             width = getWidth();\r
 319             height = getHeight();\r
 320         } else {\r
 321             width = prefsize.width;\r
 322             height = prefsize.height;\r
 323         }\r
 324 \r
 325         if (width < height) {\r
 326             dim = width;\r
 327         } else {\r
 328             dim = height;\r
 329         }\r
 330 \r
 331         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 332     }\r
 333 \r
 334     public void findCentre() {\r
 335         float xtot = 0;\r
 336         float ytot = 0;\r
 337         float ztot = 0;\r
 338 \r
 339         int bsize = 0;\r
 340 \r
 341         //Find centre coordinate\r
 342         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 343             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 344                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 345 \r
 346                 bsize += bonds.size();\r
 347 \r
 348                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 349                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 350                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 351 \r
 352                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 353                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 354 \r
 355                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 356                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 357                 }\r
 358             }\r
 359         }\r
 360 \r
 361         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 362         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 363         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 364     }\r
 365 \r
 366     public void paintComponent(Graphics g)\r
 367     {\r
 368       super.paintComponent(g);\r
 369 \r
 370       if(visiblebonds==null)\r
 371       {\r
 372         g.setColor(Color.black);\r
 373         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 374         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 375         return;\r
 376       }\r
 377 \r
 378 \r
 379         //Only create the image at the beginning -\r
 380         //this saves much memory usage\r
 381         if ((img == null)\r
 382             || (prefsize.width != getWidth())\r
 383             || (prefsize.height != getHeight()))\r
 384 \r
 385       {\r
 386             prefsize.width = getWidth();\r
 387             prefsize.height = getHeight();\r
 388 \r
 389             scale = findScale();\r
 390             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 391             ig = img.getGraphics();\r
 392             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 393 \r
 394             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 395                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 396 \r
 397             redrawneeded = true;\r
 398         }\r
 399 \r
 400 \r
 401         if (redrawneeded)\r
 402         {\r
 403           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 404           redrawneeded = false;\r
 405         }\r
 406 \r
 407         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 408 \r
 409         pdbAction = false;\r
 410     }\r
 411 \r
 412     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 413     {\r
 414       g.setColor(Color.black);\r
 415       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 416       drawScene(g);\r
 417       drawLabels(g);\r
 418     }\r
 419 \r
 420 \r
 421     public void updateSeqColours()\r
 422     {\r
 423       if(pdbAction)\r
 424       {\r
 425         return;\r
 426       }\r
 427 \r
 428      // System.out.println("update seq colours");\r
 429       if(bysequence && pdb!=null)\r
 430       {\r
 431         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 432         {\r
 433           colourBySequence( mainchain );\r
 434         }\r
 435       }\r
 436 \r
 437       redrawneeded=true;\r
 438       repaint();\r
 439     }\r
 440 \r
 441     int findTrueIndex(int pos)\r
 442     {\r
 443       // returns the alignment position for a residue\r
 444       int j = sequence.getStart();\r
 445       int i = 0;\r
 446 \r
 447       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 448       {\r
 449         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 450         {\r
 451           j++;\r
 452         }\r
 453 \r
 454         i++;\r
 455       }\r
 456 \r
 457       if(i>1)\r
 458          i--;\r
 459 \r
 460       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 461       {\r
 462         return sequence.getEnd() + 1;\r
 463       }\r
 464       else\r
 465       {\r
 466         return i;\r
 467       }\r
 468     }\r
 469 \r
 470     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 471     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 472     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 473     {\r
 474      // System.out.println("colour by seq");\r
 475       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 476       {\r
 477         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 478         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 479         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 480 \r
 481         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 482             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 483         {\r
 484             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 485                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 486             if (index != -1)\r
 487             {\r
 488               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 489                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 490 \r
 491               tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 492                   findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 493             }\r
 494         }\r
 495 \r
 496         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 497             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 498         {\r
 499 \r
 500             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 501                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 502             if (index != -1)\r
 503             {\r
 504               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 505                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 506               tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 507                   findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 508             }\r
 509         }\r
 510       }\r
 511     }\r
 512 \r
 513 \r
 514     public void drawScene(Graphics g)\r
 515     {\r
 516 \r
 517 \r
 518         if (zbuffer)\r
 519         {\r
 520             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 521         }\r
 522 \r
 523         Bond tmpBond=null;\r
 524         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 525         {\r
 526             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 527 \r
 528             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 529                 (getWidth() / 2));\r
 530             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 531                 (getHeight() / 2));\r
 532 \r
 533             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 534                 (getWidth() / 2));\r
 535             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 536                 (getHeight() / 2));\r
 537 \r
 538             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 539             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 540 \r
 541             if (depthcue && !bymolecule)\r
 542             {\r
 543                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 544                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 545                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 546 \r
 547                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 548                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 549                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 550                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 551                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 552 \r
 553                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 554                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 555                 } else {\r
 556                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 557                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 558 \r
 559                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 560                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 561                 }\r
 562             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 563                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 564                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 565                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 566                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 567                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 568                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 569                 } else {\r
 570                     g.setColor(Color.green);\r
 571                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 572                 }\r
 573             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 574                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 575                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 576                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 577                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 578             } else {\r
 579                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 580             }\r
 581 \r
 582             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 583             {\r
 584               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 585               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 586             }\r
 587 \r
 588             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 589             {\r
 590               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 591               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 592             }\r
 593 \r
 594         }\r
 595 \r
 596 \r
 597     }\r
 598 \r
 599     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 600         if (!wire) {\r
 601             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 602                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 603                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 604                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 605             } else {\r
 606                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 607                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 608                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 609                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 610             }\r
 611         } else {\r
 612             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 613         }\r
 614     }\r
 615 \r
 616     public Dimension minimumsize() {\r
 617         return prefsize;\r
 618     }\r
 619 \r
 620     public Dimension preferredsize() {\r
 621         return prefsize;\r
 622     }\r
 623 \r
 624     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 625     {\r
 626       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 627       {\r
 628         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 629         redrawneeded = true;\r
 630         repaint();\r
 631       }\r
 632       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 633       {\r
 634         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 635         redrawneeded = true;\r
 636         repaint();\r
 637       }\r
 638     }\r
 639 \r
 640     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 641     {\r
 642         pdbAction = true;\r
 643         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 644         if(fatom!=null)\r
 645         {\r
 646           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 647 \r
 648           redrawneeded = true;\r
 649           repaint();\r
 650           if (foundchain != -1)\r
 651           {\r
 652             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 653             if (chain == mainchain)\r
 654             {\r
 655               if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 656               {\r
 657                 if (highlightRes == null)\r
 658                   highlightRes = new Vector();\r
 659 \r
 660                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 661                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");\r
 662                 else\r
 663                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");\r
 664               }\r
 665             }\r
 666           }\r
 667 \r
 668         }\r
 669         mx = e.getX();\r
 670         my = e.getY();\r
 671         omx = mx;\r
 672         omy = my;\r
 673         dragging = false;\r
 674     }\r
 675 \r
 676     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 677     {\r
 678       pdbAction = true;\r
 679       if(highlightBond1!=null)\r
 680       {\r
 681         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 682         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 683         highlightBond1 = null;\r
 684         highlightBond2 = null;\r
 685       }\r
 686 \r
 687         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 688 \r
 689         PDBChain chain = null;\r
 690         if(foundchain!=-1)\r
 691         {\r
 692           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 693           if(chain == mainchain)\r
 694           {\r
 695             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 696           }\r
 697         }\r
 698 \r
 699         if (fatom != null)\r
 700         {\r
 701             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 702         } else\r
 703         {\r
 704             highlightSeqcanvas( -1);\r
 705             this.setToolTipText(null);\r
 706         }\r
 707     }\r
 708 \r
 709 \r
 710     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 711     {\r
 712       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 713 \r
 714       int size = pos==-1?0:3;\r
 715 \r
 716       if(highlightRes!=null)\r
 717         size += highlightRes.size()*3;\r
 718 \r
 719       int [] array = new int[size];\r
 720       int i=0;\r
 721       if(highlightRes!=null)\r
 722       {\r
 723         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 724         {\r
 725           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 726               i).toString())+1;\r
 727           array[i * 3] = index;\r
 728           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 729           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 730         }\r
 731       }\r
 732 \r
 733       if(pos!=-1)\r
 734       {\r
 735         array[i * 3] = index;\r
 736         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 737         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 738       }\r
 739 \r
 740       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 741     }\r
 742 \r
 743 \r
 744     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
 745 \r
 746     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
 747 \r
 748     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 749 \r
 750     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 751     {\r
 752         int x = evt.getX();\r
 753         int y = evt.getY();\r
 754         mx = x;\r
 755         my = y;\r
 756 \r
 757 \r
 758         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 759         objmat.setIdentity();\r
 760 \r
 761         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 762             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 763         } else {\r
 764             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 765             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 766         }\r
 767 \r
 768         //Alter the bonds\r
 769         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 770             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 771 \r
 772             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 773                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 774 \r
 775                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 776                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 777 \r
 778                 //Now apply the rotation matrix\r
 779                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 780                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 781 \r
 782                 //Now translate back again\r
 783                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 784             }\r
 785         }\r
 786 \r
 787         objmat = null;\r
 788 \r
 789         omx = mx;\r
 790         omy = my;\r
 791 \r
 792         dragging = true;\r
 793 \r
 794         redrawneeded = true;\r
 795 \r
 796         repaint();\r
 797     }\r
 798 \r
 799     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 800     {\r
 801         dragging = false;\r
 802         return;\r
 803     }\r
 804 \r
 805     void drawLabels(Graphics g) {\r
 806 \r
 807         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 808         {\r
 809             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 810 \r
 811             if (chain.isVisible)\r
 812             {\r
 813               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 814 \r
 815               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 816               {\r
 817                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 818 \r
 819                   if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 820                   {\r
 821                       labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 822                   }\r
 823 \r
 824                   if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 825                   {\r
 826 \r
 827                       labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 828                   }\r
 829                 }\r
 830             }\r
 831         }\r
 832     }\r
 833 \r
 834     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 835         g.setFont(font);\r
 836         g.setColor(Color.red);\r
 837         if (n == 1)\r
 838         {\r
 839             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 840                 (getWidth() / 2));\r
 841             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 842                 (getHeight() / 2));\r
 843 \r
 844             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 845         }\r
 846 \r
 847         if (n == 2) {\r
 848             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 849                 (getWidth() / 2));\r
 850             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 851                 (getHeight() / 2));\r
 852 \r
 853             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 854         }\r
 855     }\r
 856 \r
 857     int foundchain = -1;\r
 858     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 859         Atom fatom = null;\r
 860 \r
 861         foundchain = -1;\r
 862 \r
 863         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 864         {\r
 865             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 866             int truex;\r
 867             Bond tmpBond=null;\r
 868 \r
 869             if (chain.isVisible)\r
 870             {\r
 871                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 872 \r
 873                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 874                 {\r
 875                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 876 \r
 877                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 878                         (getWidth() / 2));\r
 879 \r
 880                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 881                     {\r
 882                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 883                             (getHeight() / 2));\r
 884 \r
 885                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 886                         {\r
 887                             fatom = tmpBond.at1;\r
 888                             foundchain = ii;\r
 889                             break;\r
 890                         }\r
 891                     }\r
 892                 }\r
 893 \r
 894                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 895 \r
 896                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 897                                (getWidth() / 2));\r
 898 \r
 899                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 900                 {\r
 901                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 902                                      (getHeight() / 2));\r
 903 \r
 904                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 905                   {\r
 906                     fatom = tmpBond.at2;\r
 907                     foundchain = ii;\r
 908                     break;\r
 909                   }\r
 910                 }\r
 911 \r
 912             }\r
 913 \r
 914             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 915              {\r
 916                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 917             }\r
 918         }\r
 919 \r
 920         return fatom;\r
 921     }\r
 922 \r
 923    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 924    public void highlightRes(int ii)\r
 925   {\r
 926 \r
 927     if (highlightRes != null\r
 928         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 929     {\r
 930       return;\r
 931     }\r
 932 \r
 933     int index = -1;\r
 934     Bond tmpBond;\r
 935     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 936     {\r
 937       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 938       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 939       {\r
 940         if (highlightBond1 != null)\r
 941           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 942 \r
 943         if (highlightBond2 != null)\r
 944           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 945 \r
 946         highlightBond1 = null;\r
 947         highlightBond2 = null;\r
 948 \r
 949         if (index > 0)\r
 950         {\r
 951           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 952           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 953         }\r
 954 \r
 955         if (index != mainchain.bonds.size())\r
 956         {\r
 957           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 958           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 959         }\r
 960 \r
 961         break;\r
 962       }\r
 963     }\r
 964 \r
 965     redrawneeded = true;\r
 966     repaint();\r
 967   }\r
 968 \r
 969     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 970     {\r
 971       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 972       {\r
 973         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 974         chain.isVisible = b;\r
 975       }\r
 976       mainchain.isVisible = true;\r
 977       findCentre();\r
 978       setupBonds();\r
 979       redrawneeded = true;\r
 980       repaint();\r
 981     }\r
 982 }\r