src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.StructureFile;
  30 import jalview.structure.AtomSpec;
  31 import jalview.structure.StructureListener;
  32 import jalview.structure.StructureMapping;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Event;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Graphics2D;
  41 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  42 import java.awt.Image;
  43 import java.awt.RenderingHints;
  44 import java.awt.event.KeyAdapter;
  45 import java.awt.event.KeyEvent;
  46 import java.awt.event.MouseEvent;
  47 import java.awt.event.MouseListener;
  48 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  49 import java.io.PrintStream;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Vector;
  52
  53 import javax.swing.JPanel;
  54 import javax.swing.ToolTipManager;
  55
  56 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  57         MouseMotionListener, StructureListener
  58 {
  59   boolean redrawneeded = true;
  60
  61   int omx = 0;
  62
  63   int mx = 0;
  64
  65   int omy = 0;
  66
  67   int my = 0;
  68
  69   public StructureFile pdb;
  70
  71   PDBEntry pdbentry;
  72
  73   int bsize;
  74
  75   Image img;
  76
  77   Graphics ig;
  78
  79   Dimension prefsize;
  80
  81   float[] centre = new float[3];
  82
  83   float[] width = new float[3];
  84
  85   float maxwidth;
  86
  87   float scale;
  88
  89   String inStr;
  90
  91   String inType;
  92
  93   boolean bysequence = true;
  94
  95   boolean depthcue = true;
  96
  97   boolean wire = false;
  98
  99   boolean bymolecule = false;
 100
 101   boolean zbuffer = true;
 102
 103   boolean dragging;
 104
 105   int xstart;
 106
 107   int xend;
 108
 109   int ystart;
 110
 111   int yend;
 112
 113   int xmid;
 114
 115   int ymid;
 116
 117   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 118
 119   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 120
 121   public SequenceI[] sequence;
 122
 123   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 124
 125   PDBChain mainchain;
 126
 127   Vector<String> highlightRes;
 128
 129   boolean pdbAction = false;
 130
 131   boolean seqColoursReady = false;
 132
 133   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 134
 135   Color backgroundColour = Color.black;
 136
 137   AlignmentPanel ap;
 138
 139   StructureSelectionManager ssm;
 140
 141   String errorMessage;
 142
 143   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 144           AlignmentPanel ap, String protocol)
 145   {
 146     this.ap = ap;
 147     this.pdbentry = pdbentry;
 148     this.sequence = seq;
 149
 150     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 151
 152     try
 153     {
 154       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol,
 155               ap.alignFrame);
 156
 157       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 158       {
 159         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 160       }
 161
 162     } catch (Exception ex)
 163     {
 164       ex.printStackTrace();
 165       return;
 166     }
 167
 168     if (pdb == null)
 169     {
 170       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 171       return;
 172     }
 173     pdbentry.setId(pdb.getId());
 174
 175     ssm.addStructureViewerListener(this);
 176
 177     colourBySequence();
 178
 179     int max = -10;
 180     int maxchain = -1;
 181     int pdbstart = 0;
 182     int pdbend = 0;
 183     int seqstart = 0;
 184     int seqend = 0;
 185
 186     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 187     SequenceI sequence = seq[0];
 188
 189     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 190     {
 191
 192       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 193               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence.getSequenceAsString());
 194       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 195               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 196
 197       // Now lets compare the sequences to get
 198       // the start and end points.
 199       // Align the sequence to the pdb
 200       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 201               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 202       as.calcScoreMatrix();
 203       as.traceAlignment();
 204       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 205       {
 206         @Override
 207         public void print(String x)
 208         {
 209           mappingDetails.append(x);
 210         }
 211
 212         @Override
 213         public void println()
 214         {
 215           mappingDetails.append("\n");
 216         }
 217       };
 218
 219       as.printAlignment(ps);
 220
 221       if (as.maxscore > max)
 222       {
 223         max = as.maxscore;
 224         maxchain = i;
 225
 226         pdbstart = as.seq2start;
 227         pdbend = as.seq2end;
 228         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 229         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 230       }
 231
 232       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 233       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 234     }
 235
 236     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 237
 238     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 239     mainchain.pdbend = pdbend;
 240     mainchain.seqstart = seqstart;
 241     mainchain.seqend = seqend;
 242     mainchain.isVisible = true;
 243
 244     this.pdb = pdb;
 245     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 246
 247     addMouseMotionListener(this);
 248     addMouseListener(this);
 249
 250     addKeyListener(new KeyAdapter()
 251     {
 252       @Override
 253       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 254       {
 255         keyPressed(evt);
 256       }
 257     });
 258
 259     findCentre();
 260     findWidth();
 261
 262     setupBonds();
 263
 264     scale = findScale();
 265
 266     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 267     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 268     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 269   }
 270
 271   Vector<Bond> visiblebonds;
 272
 273   void setupBonds()
 274   {
 275     seqColoursReady = false;
 276     // Sort the bonds by z coord
 277     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 278
 279     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 280     {
 281       if (chain.isVisible)
 282       {
 283         for (Bond bond : chain.bonds)
 284         {
 285           visiblebonds.addElement(bond);
 286         }
 287       }
 288     }
 289
 290     updateSeqColours();
 291     seqColoursReady = true;
 292     redrawneeded = true;
 293     repaint();
 294   }
 295
 296   public void findWidth()
 297   {
 298     float[] max = new float[3];
 299     float[] min = new float[3];
 300
 301     max[0] = (float) -1e30;
 302     max[1] = (float) -1e30;
 303     max[2] = (float) -1e30;
 304
 305     min[0] = (float) 1e30;
 306     min[1] = (float) 1e30;
 307     min[2] = (float) 1e30;
 308
 309     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 310     {
 311       if (chain.isVisible)
 312       {
 313         for (Bond tmp : chain.bonds)
 314         {
 315           if (tmp.start[0] >= max[0])
 316           {
 317             max[0] = tmp.start[0];
 318           }
 319
 320           if (tmp.start[1] >= max[1])
 321           {
 322             max[1] = tmp.start[1];
 323           }
 324
 325           if (tmp.start[2] >= max[2])
 326           {
 327             max[2] = tmp.start[2];
 328           }
 329
 330           if (tmp.start[0] <= min[0])
 331           {
 332             min[0] = tmp.start[0];
 333           }
 334
 335           if (tmp.start[1] <= min[1])
 336           {
 337             min[1] = tmp.start[1];
 338           }
 339
 340           if (tmp.start[2] <= min[2])
 341           {
 342             min[2] = tmp.start[2];
 343           }
 344
 345           if (tmp.end[0] >= max[0])
 346           {
 347             max[0] = tmp.end[0];
 348           }
 349
 350           if (tmp.end[1] >= max[1])
 351           {
 352             max[1] = tmp.end[1];
 353           }
 354
 355           if (tmp.end[2] >= max[2])
 356           {
 357             max[2] = tmp.end[2];
 358           }
 359
 360           if (tmp.end[0] <= min[0])
 361           {
 362             min[0] = tmp.end[0];
 363           }
 364
 365           if (tmp.end[1] <= min[1])
 366           {
 367             min[1] = tmp.end[1];
 368           }
 369
 370           if (tmp.end[2] <= min[2])
 371           {
 372             min[2] = tmp.end[2];
 373           }
 374         }
 375       }
 376     }
 377     /*
 378      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 379      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 380      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 381      */
 382
 383     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 384     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 385     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 386
 387     maxwidth = width[0];
 388
 389     if (width[1] > width[0])
 390     {
 391       maxwidth = width[1];
 392     }
 393
 394     if (width[2] > width[1])
 395     {
 396       maxwidth = width[2];
 397     }
 398
 399     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 400   }
 401
 402   public float findScale()
 403   {
 404     int dim;
 405     int width;
 406     int height;
 407
 408     if (getWidth() != 0)
 409     {
 410       width = getWidth();
 411       height = getHeight();
 412     }
 413     else
 414     {
 415       width = prefsize.width;
 416       height = prefsize.height;
 417     }
 418
 419     if (width < height)
 420     {
 421       dim = width;
 422     }
 423     else
 424     {
 425       dim = height;
 426     }
 427
 428     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 429   }
 430
 431   public void findCentre()
 432   {
 433     float xtot = 0;
 434     float ytot = 0;
 435     float ztot = 0;
 436
 437     int bsize = 0;
 438
 439     // Find centre coordinate
 440     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 441     {
 442       if (chain.isVisible)
 443       {
 444         bsize += chain.bonds.size();
 445
 446         for (Bond bond : chain.bonds)
 447         {
 448           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 449           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 450           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 451         }
 452       }
 453     }
 454
 455     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 456     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 457     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 458   }
 459
 460   @Override
 461   public void paintComponent(Graphics g)
 462   {
 463     super.paintComponent(g);
 464
 465     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 466     {
 467       g.setColor(Color.black);
 468       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 469       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 470               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 471       return;
 472     }
 473
 474     // Only create the image at the beginning -
 475     // this saves much memory usage
 476     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 477             || (prefsize.height != getHeight()))
 478
 479     {
 480       prefsize.width = getWidth();
 481       prefsize.height = getHeight();
 482
 483       scale = findScale();
 484       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 485       ig = img.getGraphics();
 486       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 487
 488       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 489               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 490
 491       redrawneeded = true;
 492     }
 493
 494     if (redrawneeded)
 495     {
 496       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 497       redrawneeded = false;
 498     }
 499
 500     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 501
 502     pdbAction = false;
 503   }
 504
 505   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 506   {
 507     g.setColor(backgroundColour);
 508     g.fillRect(0, 0, width, height);
 509     drawScene(g);
 510     drawLabels(g);
 511   }
 512
 513   public void updateSeqColours()
 514   {
 515     if (pdbAction)
 516     {
 517       return;
 518     }
 519
 520     colourBySequence();
 521
 522     redrawneeded = true;
 523     repaint();
 524   }
 525
 526   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 527   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 528   void colourBySequence()
 529   {
 530     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 531
 532     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 533
 534     boolean showFeatures = false;
 535     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 536     {
 537       if (fr == null)
 538       {
 539         fr = new FeatureRenderer(ap);
 540       }
 541
 542       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 543
 544       showFeatures = true;
 545     }
 546
 547     PDBChain chain;
 548     if (bysequence && pdb != null)
 549     {
 550       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 551       {
 552         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 553
 554         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 555         {
 556           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 557           tmp.startCol = Color.lightGray;
 558           tmp.endCol = Color.lightGray;
 559           if (chain != mainchain)
 560           {
 561             continue;
 562           }
 563
 564           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 565           {
 566             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 567             {
 568               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 569               {
 570                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 571                 if (pos > 0)
 572                 {
 573                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 574                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 575                   if (showFeatures)
 576                   {
 577                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 578                             sequence[s], pos);
 579                   }
 580                 }
 581                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 582                 if (pos > 0)
 583                 {
 584                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 585                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 586                   if (showFeatures)
 587                   {
 588                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 589                             sequence[s], pos);
 590                   }
 591                 }
 592
 593               }
 594             }
 595           }
 596         }
 597       }
 598     }
 599   }
 600
 601   Zsort zsort;
 602
 603   public void drawScene(Graphics g)
 604   {
 605     if (zbuffer)
 606     {
 607       if (zsort == null)
 608       {
 609         zsort = new Zsort();
 610       }
 611
 612       zsort.sort(visiblebonds);
 613     }
 614
 615     Bond tmpBond = null;
 616     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 617     {
 618       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 619
 620       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 621       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 622
 623       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 624       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 625
 626       xmid = (xend + xstart) / 2;
 627       ymid = (yend + ystart) / 2;
 628       if (depthcue && !bymolecule)
 629       {
 630         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 631         {
 632
 633           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 634           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 635           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 636           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 637
 638         }
 639         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 640         {
 641           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 642           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 643
 644           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 645           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 646         }
 647         else
 648         {
 649           g.setColor(tmpBond.startCol);
 650           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 651
 652           g.setColor(tmpBond.endCol);
 653           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 654         }
 655       }
 656       else if (depthcue && bymolecule)
 657       {
 658         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 659         {
 660           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 661           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 662         }
 663         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 664         {
 665           g.setColor(Color.green.darker());
 666           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 667         }
 668         else
 669         {
 670           g.setColor(Color.green);
 671           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 672         }
 673       }
 674       else if (!depthcue && !bymolecule)
 675       {
 676         g.setColor(tmpBond.startCol);
 677         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 678         g.setColor(tmpBond.endCol);
 679         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 680       }
 681       else
 682       {
 683         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 684       }
 685
 686       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 687       {
 688         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 689                 .brighter());
 690         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 691       }
 692
 693       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 694       {
 695         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 696                 .brighter());
 697         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 698       }
 699
 700     }
 701
 702   }
 703
 704   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 705   {
 706     if (!wire)
 707     {
 708       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 709       {
 710         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 711         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 712         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 713       }
 714       else
 715       {
 716         g.setColor(g.getColor().brighter());
 717         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 718         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 719         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 720       }
 721     }
 722     else
 723     {
 724       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 725     }
 726   }
 727
 728   public Dimension minimumsize()
 729   {
 730     return prefsize;
 731   }
 732
 733   public Dimension preferredsize()
 734   {
 735     return prefsize;
 736   }
 737
 738   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 739   {
 740     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 741     {
 742       scale = (float) (scale * 1.1);
 743       redrawneeded = true;
 744       repaint();
 745     }
 746     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 747     {
 748       scale = (float) (scale * 0.9);
 749       redrawneeded = true;
 750       repaint();
 751     }
 752   }
 753
 754   @Override
 755   public void mousePressed(MouseEvent e)
 756   {
 757     pdbAction = true;
 758     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 759     if (fatom != null)
 760     {
 761       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 762
 763       redrawneeded = true;
 764       repaint();
 765       if (foundchain != -1)
 766       {
 767         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 768         if (chain == mainchain)
 769         {
 770           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 771           {
 772             if (highlightRes == null)
 773             {
 774               highlightRes = new Vector<String>();
 775             }
 776
 777             final String atomString = Integer
 778                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 779             if (highlightRes.contains(atomString))
 780             {
 781               highlightRes.remove(atomString);
 782             }
 783             else
 784             {
 785               highlightRes.add(atomString);
 786             }
 787           }
 788         }
 789       }
 790
 791     }
 792     mx = e.getX();
 793     my = e.getY();
 794     omx = mx;
 795     omy = my;
 796     dragging = false;
 797   }
 798
 799   @Override
 800   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 801   {
 802     pdbAction = true;
 803     if (highlightBond1 != null)
 804     {
 805       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 806       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 807       highlightBond1 = null;
 808       highlightBond2 = null;
 809     }
 810
 811     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 812
 813     PDBChain chain = null;
 814     if (foundchain != -1)
 815     {
 816       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 817       if (chain == mainchain)
 818       {
 819         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 820       }
 821     }
 822
 823     if (fatom != null)
 824     {
 825       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 826               + fatom.resName);
 827     }
 828     else
 829     {
 830       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 831       this.setToolTipText(null);
 832     }
 833   }
 834
 835   @Override
 836   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 837   {
 838   }
 839
 840   @Override
 841   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 842   {
 843   }
 844
 845   @Override
 846   public void mouseExited(MouseEvent e)
 847   {
 848   }
 849
 850   @Override
 851   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 852   {
 853     int x = evt.getX();
 854     int y = evt.getY();
 855     mx = x;
 856     my = y;
 857
 858     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 859     objmat.setIdentity();
 860
 861     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 862     {
 863       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 864     }
 865     else
 866     {
 867       objmat.rotatex(((my - omy)));
 868       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 869     }
 870
 871     // Alter the bonds
 872     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 873     {
 874       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 875       {
 876         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 877         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 878
 879         // Now apply the rotation matrix
 880         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 881         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 882
 883         // Now translate back again
 884         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 885       }
 886     }
 887
 888     objmat = null;
 889
 890     omx = mx;
 891     omy = my;
 892
 893     dragging = true;
 894
 895     redrawneeded = true;
 896
 897     repaint();
 898   }
 899
 900   @Override
 901   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 902   {
 903     dragging = false;
 904     return;
 905   }
 906
 907   void drawLabels(Graphics g)
 908   {
 909
 910     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 911     {
 912       if (chain.isVisible)
 913       {
 914         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 915         {
 916           if (tmpBond.at1.isSelected)
 917           {
 918             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 919           }
 920
 921           if (tmpBond.at2.isSelected)
 922           {
 923             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 924           }
 925         }
 926       }
 927     }
 928   }
 929
 930   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 931   {
 932     g.setFont(font);
 933     g.setColor(Color.red);
 934     if (n == 1)
 935     {
 936       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 937       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 938
 939       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 940     }
 941
 942     if (n == 2)
 943     {
 944       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 945       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 946
 947       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 948     }
 949   }
 950
 951   int foundchain = -1;
 952
 953   public Atom findAtom(int x, int y)
 954   {
 955     Atom fatom = null;
 956
 957     foundchain = -1;
 958
 959     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 960     {
 961       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 962       int truex;
 963       Bond tmpBond = null;
 964
 965       if (chain.isVisible)
 966       {
 967         for (Bond bond : chain.bonds)
 968         {
 969           tmpBond = bond;
 970
 971           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 972
 973           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 974           {
 975             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 976
 977             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 978             {
 979               fatom = tmpBond.at1;
 980               foundchain = ii;
 981               break;
 982             }
 983           }
 984         }
 985
 986         // Still here? Maybe its the last bond
 987
 988         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 989
 990         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 991         {
 992           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 993
 994           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 995           {
 996             fatom = tmpBond.at2;
 997             foundchain = ii;
 998             break;
 999           }
1000         }
1001
1002       }
1003
1004       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1005       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1006         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1007       }
1008     }
1009
1010     return fatom;
1011   }
1012
1013   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1014
1015   public void highlightRes(int ii)
1016   {
1017     if (!seqColoursReady)
1018     {
1019       return;
1020     }
1021
1022     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1023     {
1024       return;
1025     }
1026
1027     int index = -1;
1028     Bond tmpBond;
1029     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1030     {
1031       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1032       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1033       {
1034         if (highlightBond1 != null)
1035         {
1036           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1037         }
1038
1039         if (highlightBond2 != null)
1040         {
1041           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1042         }
1043
1044         highlightBond1 = null;
1045         highlightBond2 = null;
1046
1047         if (index > 0)
1048         {
1049           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1050           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1051         }
1052
1053         if (index != mainchain.bonds.size())
1054         {
1055           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1056           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1057         }
1058
1059         break;
1060       }
1061     }
1062
1063     redrawneeded = true;
1064     repaint();
1065   }
1066
1067   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1068   {
1069     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1070     {
1071       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1072       chain.isVisible = b;
1073     }
1074     mainchain.isVisible = true;
1075     findCentre();
1076     setupBonds();
1077   }
1078
1079   // ////////////////////////////////
1080   // /StructureListener
1081   @Override
1082   public String[] getPdbFile()
1083   {
1084     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1085   }
1086
1087   String lastMessage;
1088
1089   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1090   {
1091     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1092     {
1093       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1094     }
1095
1096     lastMessage = pdbResNum + chain;
1097   }
1098
1099   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1100
1101   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1102
1103   /**
1104    * Highlight the specified atoms in the structure.
1105    *
1106    * @param atoms
1107    */
1108   @Override
1109   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1110   {
1111     if (!seqColoursReady)
1112     {
1113       return;
1114     }
1115
1116     for (AtomSpec atom : atoms)
1117     {
1118       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1119       if (highlightRes != null
1120               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1121       {
1122         continue;
1123       }
1124
1125       highlightAtom(atomIndex);
1126     }
1127
1128     redrawneeded = true;
1129     repaint();
1130   }
1131
1132   /**
1133    * Highlight the atom at the specified index.
1134    *
1135    * @param atomIndex
1136    */
1137   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1138   {
1139     int index = -1;
1140     Bond tmpBond;
1141     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1142     {
1143       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1144       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1145       {
1146         if (highlightBond1 != null)
1147         {
1148           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1149         }
1150
1151         if (highlightBond2 != null)
1152         {
1153           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1154         }
1155
1156         highlightBond1 = null;
1157         highlightBond2 = null;
1158
1159         if (index > 0)
1160         {
1161           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1162           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1163         }
1164
1165         if (index != mainchain.bonds.size())
1166         {
1167           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1168           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1169         }
1170
1171         break;
1172       }
1173     }
1174   }
1175
1176   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1177           String pdbfile)
1178   {
1179     return Color.white;
1180     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1181     // return null;
1182
1183     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1184   }
1185
1186   @Override
1187   public void updateColours(Object source)
1188   {
1189     colourBySequence();
1190     redrawneeded = true;
1191     repaint();
1192   }
1193
1194   @Override
1195   public void releaseReferences(Object svl)
1196   {
1197     // TODO Auto-generated method stub
1198
1199   }
1200
1201   @Override
1202   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1203   {
1204     if (sequence != null)
1205     {
1206       for (SequenceI s : sequence)
1207       {
1208         if (s == seq)
1209         {
1210           return true;
1211         }
1212       }
1213     }
1214     return false;
1215   }
1216 }