src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SequenceRenderer sr;\r
  70     jalview.gui.FeatureRenderer  fr;\r
  71     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  72     Sequence sequence;\r
  73     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  74 \r
  75     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  76     {\r
  77       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  78       this.sequence = seq;\r
  79       sr = seqcanvas.getSequenceRenderer();\r
  80       fr = seqcanvas.getFeatureRenderer();\r
  81 \r
  82       seqcanvas.setPDBViewer(this);\r
  83     }\r
  84 \r
  85   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  86    {\r
  87         this.sr = sr;\r
  88         this.fr = fr;\r
  89         int max = -10;\r
  90         int maxchain = -1;\r
  91         int pdbstart = 0;\r
  92         int pdbend = 0;\r
  93         int seqstart = 0;\r
  94         int seqend = 0;\r
  95 \r
  96         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  97         {\r
  98 \r
  99           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 100           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 101 \r
 102             // Now lets compare the sequences to get\r
 103             // the start and end points.\r
 104             // Align the sequence to the pdb\r
 105             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 106                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 107             as.calcScoreMatrix();\r
 108             as.traceAlignment();\r
 109             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 110            {\r
 111               public void print(String x) {\r
 112                    mappingDetails.append(x);\r
 113                }\r
 114                public void println()\r
 115                {\r
 116                  mappingDetails.append("\n");\r
 117                }\r
 118             };\r
 119 \r
 120             as.printAlignment(ps);\r
 121 \r
 122             if (as.maxscore > max) {\r
 123                 max = as.maxscore;\r
 124                 maxchain = i;\r
 125 \r
 126                 pdbstart = as.seq2start;\r
 127                 pdbend = as.seq2end;\r
 128                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 129                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 130             }\r
 131 \r
 132             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 133             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 137         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 138         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 139         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 140         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 141         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 142 \r
 143         this.pdb = pdb;\r
 144         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 145 \r
 146         //Initialize the matrices to identity\r
 147         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 148             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 149                 if (i != j) {\r
 150                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 151                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 152                 } else {\r
 153                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 154                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 155                 }\r
 156             }\r
 157         }\r
 158 \r
 159         addMouseMotionListener(this);\r
 160         addMouseListener(this);\r
 161 \r
 162         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 163         {\r
 164           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 165           {\r
 166             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 167             {\r
 168               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 169               redrawneeded = true;\r
 170               repaint();\r
 171             }\r
 172 \r
 173             else\r
 174             {\r
 175               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 176               redrawneeded = true;\r
 177               repaint();\r
 178             }\r
 179           }\r
 180        });\r
 181 \r
 182 \r
 183         findCentre();\r
 184         findWidth();\r
 185 \r
 186         scale = findScale();\r
 187 \r
 188 \r
 189         updateSeqColours();\r
 190         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 191         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 192         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 193 \r
 194     }\r
 195 \r
 196     public void deleteBonds() {\r
 197         scale = 0;\r
 198         maxwidth = 0;\r
 199 \r
 200         width[0] = 0;\r
 201         width[1] = 0;\r
 202         width[2] = 0;\r
 203 \r
 204         centre[0] = 0;\r
 205         centre[1] = 0;\r
 206         centre[2] = 0;\r
 207 \r
 208         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 209             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 210         }\r
 211     }\r
 212 \r
 213     public void findWidth() {\r
 214         float[] max = new float[3];\r
 215         float[] min = new float[3];\r
 216 \r
 217         max[0] = (float) -1e30;\r
 218         max[1] = (float) -1e30;\r
 219         max[2] = (float) -1e30;\r
 220 \r
 221         min[0] = (float) 1e30;\r
 222         min[1] = (float) 1e30;\r
 223         min[2] = (float) 1e30;\r
 224 \r
 225         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 226             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 227                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 228 \r
 229                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 230                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 231 \r
 232                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 233                         max[0] = tmp.start[0];\r
 234                     }\r
 235 \r
 236                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 237                         max[1] = tmp.start[1];\r
 238                     }\r
 239 \r
 240                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 241                         max[2] = tmp.start[2];\r
 242                     }\r
 243 \r
 244                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 245                         min[0] = tmp.start[0];\r
 246                     }\r
 247 \r
 248                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 249                         min[1] = tmp.start[1];\r
 250                     }\r
 251 \r
 252                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 253                         min[2] = tmp.start[2];\r
 254                     }\r
 255 \r
 256                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 257                         max[0] = tmp.end[0];\r
 258                     }\r
 259 \r
 260                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 261                         max[1] = tmp.end[1];\r
 262                     }\r
 263 \r
 264                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 265                         max[2] = tmp.end[2];\r
 266                     }\r
 267 \r
 268                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 269                         min[0] = tmp.end[0];\r
 270                     }\r
 271 \r
 272                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 273                         min[1] = tmp.end[1];\r
 274                     }\r
 275 \r
 276                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 277                         min[2] = tmp.end[2];\r
 278                     }\r
 279                 }\r
 280             }\r
 281         }\r
 282         /*\r
 283         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 284         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 285         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 286 \r
 287         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 288         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 289         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 290 \r
 291         maxwidth = width[0];\r
 292 \r
 293         if (width[1] > width[0]) {\r
 294             maxwidth = width[1];\r
 295         }\r
 296 \r
 297         if (width[2] > width[1]) {\r
 298             maxwidth = width[2];\r
 299         }\r
 300 \r
 301        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 302     }\r
 303 \r
 304     public float findScale() {\r
 305         int dim;\r
 306         int width;\r
 307         int height;\r
 308 \r
 309         if (getWidth() != 0) {\r
 310             width = getWidth();\r
 311             height = getHeight();\r
 312         } else {\r
 313             width = prefsize.width;\r
 314             height = prefsize.height;\r
 315         }\r
 316 \r
 317         if (width < height) {\r
 318             dim = width;\r
 319         } else {\r
 320             dim = height;\r
 321         }\r
 322 \r
 323         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 324     }\r
 325 \r
 326     public void findCentre() {\r
 327         float xtot = 0;\r
 328         float ytot = 0;\r
 329         float ztot = 0;\r
 330 \r
 331         int bsize = 0;\r
 332 \r
 333         //Find centre coordinate\r
 334         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 335             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 336                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 337 \r
 338                 bsize += bonds.size();\r
 339 \r
 340                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 341                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 342                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 343 \r
 344                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 345                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 346 \r
 347                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 348                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 349                 }\r
 350             }\r
 351         }\r
 352 \r
 353         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 354         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 355         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 356     }\r
 357 \r
 358     public void paintComponent(Graphics g) {\r
 359 \r
 360       super.paintComponent(g);\r
 361 \r
 362       if(pdb==null)\r
 363       {\r
 364         g.setColor(Color.black);\r
 365         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 366         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 367         return;\r
 368       }\r
 369 \r
 370 \r
 371         //Only create the image at the beginning -\r
 372         //this saves much memory usage\r
 373         if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 374                 (prefsize.height != getHeight())) {\r
 375             prefsize.width = getWidth();\r
 376             prefsize.height = getHeight();\r
 377 \r
 378             scale = findScale();\r
 379             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 380             ig = img.getGraphics();\r
 381             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 382 \r
 383             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 384                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 385 \r
 386 \r
 387             redrawneeded = true;\r
 388         }\r
 389 \r
 390 \r
 391         if (redrawneeded)\r
 392         {\r
 393           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 394           redrawneeded = false;\r
 395         }\r
 396 \r
 397         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 398     }\r
 399 \r
 400     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 401     {\r
 402       g.setColor(Color.black);\r
 403       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 404       drawScene(g);\r
 405       drawLabels(g);\r
 406     }\r
 407 \r
 408 \r
 409     public void updateSeqColours()\r
 410     {\r
 411       if(bysequence && pdb!=null)\r
 412       {\r
 413         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 414         {\r
 415           ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).colourBySequence(sr, fr);\r
 416         }\r
 417       }\r
 418 \r
 419       redrawneeded=true;\r
 420       repaint();\r
 421 \r
 422     }\r
 423 \r
 424     public void drawScene(Graphics g) {\r
 425         // Sort the bonds by z coord\r
 426         Vector bonds = new Vector();\r
 427 \r
 428         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 429         {\r
 430           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 431           {\r
 432             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 433 \r
 434             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 435             {\r
 436               bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 437             }\r
 438           }\r
 439         }\r
 440 \r
 441         if (zbuffer) {\r
 442             Zsort.Zsort(bonds);\r
 443         }\r
 444 \r
 445         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 446             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 447 \r
 448             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 449                 (getWidth() / 2));\r
 450             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 451                 (getHeight() / 2));\r
 452 \r
 453             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 454                 (getWidth() / 2));\r
 455             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 456                 (getHeight() / 2));\r
 457 \r
 458             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 459             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 460 \r
 461             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 462                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 463                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 464                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 465 \r
 466                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 467                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 468                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 469                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 470                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 471 \r
 472                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 473                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 474                 } else {\r
 475                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 476                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 477 \r
 478                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 479                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 480                 }\r
 481             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 482                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 483                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 484                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 485                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 486                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 487                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 488                 } else {\r
 489                     g.setColor(Color.green);\r
 490                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 491                 }\r
 492             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 493                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 494                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 495                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 496                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 497             } else {\r
 498                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 499             }\r
 500         }\r
 501     }\r
 502 \r
 503     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 504         if (!wire) {\r
 505             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 506                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 507                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 508                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 509             } else {\r
 510                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 511                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 512                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 513                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 514             }\r
 515         } else {\r
 516             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 517         }\r
 518     }\r
 519 \r
 520     public Dimension minimumsize() {\r
 521         return prefsize;\r
 522     }\r
 523 \r
 524     public Dimension preferredsize() {\r
 525         return prefsize;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 529     {\r
 530       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 531       {\r
 532         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 533         redrawneeded = true;\r
 534         repaint();\r
 535       }\r
 536       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 537       {\r
 538         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 539         redrawneeded = true;\r
 540         repaint();\r
 541       }\r
 542     }\r
 543 \r
 544     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 545         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 546         if(fatom!=null)\r
 547         {\r
 548           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 549           redrawneeded = true;\r
 550           repaint();\r
 551         }\r
 552         mx = e.getX();\r
 553         my = e.getY();\r
 554         omx = mx;\r
 555         omy = my;\r
 556         dragging = false;\r
 557     }\r
 558 \r
 559     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 560 \r
 561         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 562 \r
 563         if(foundchain!=-1)\r
 564         {\r
 565           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 566           int pos = chain.seqstart +\r
 567               (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset)+1;\r
 568 \r
 569           int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 570 \r
 571           seqcanvas.highlightSearchResults(new int[]{index, pos, pos});\r
 572         }\r
 573         else\r
 574           seqcanvas.highlightSearchResults(null);\r
 575 \r
 576         if (fatom != null) {\r
 577             this.setToolTipText(fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 578         } else {\r
 579             this.setToolTipText("");\r
 580         }\r
 581     }\r
 582 \r
 583     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 584     }\r
 585 \r
 586     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 587     }\r
 588 \r
 589     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 590     }\r
 591 \r
 592     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 593         int x = evt.getX();\r
 594         int y = evt.getY();\r
 595         mx = x;\r
 596         my = y;\r
 597 \r
 598         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 599         objmat.setIdentity();\r
 600 \r
 601         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 602             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 603         } else {\r
 604             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 605             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 606         }\r
 607 \r
 608         //Alter the bonds\r
 609         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 610             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 611 \r
 612             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 613                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 614 \r
 615                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 616                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 617 \r
 618                 //Now apply the rotation matrix\r
 619                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 620                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 621 \r
 622                 //Now translate back again\r
 623                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 624             }\r
 625         }\r
 626 \r
 627         objmat = null;\r
 628 \r
 629         omx = mx;\r
 630         omy = my;\r
 631 \r
 632         dragging = true;\r
 633 \r
 634         redrawneeded = true;\r
 635 \r
 636         repaint();\r
 637     }\r
 638 \r
 639     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 640         dragging = false;\r
 641         return;\r
 642     }\r
 643 \r
 644     void drawLabels(Graphics g) {\r
 645 \r
 646         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 647             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 648 \r
 649             if (chain.isVisible) {\r
 650                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 651 \r
 652                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 653                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 654 \r
 655                     if (tmpBond.at1.isSelected) {\r
 656                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 657                     }\r
 658 \r
 659                     if (tmpBond.at2.isSelected) {\r
 660                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 661                     }\r
 662                 }\r
 663             }\r
 664         }\r
 665     }\r
 666 \r
 667     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 668         g.setFont(font);\r
 669 \r
 670         if (n == 1) {\r
 671             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 672                 (getWidth() / 2));\r
 673             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 674                 (getHeight() / 2));\r
 675 \r
 676             g.setColor(Color.red);\r
 677             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 678         }\r
 679 \r
 680         if (n == 2) {\r
 681             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 682                 (getWidth() / 2));\r
 683             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 684                 (getHeight() / 2));\r
 685 \r
 686             g.setColor(Color.red);\r
 687             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 688         }\r
 689     }\r
 690 \r
 691     int foundchain = -1;\r
 692     public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 693         myAtom fatom = null;\r
 694 \r
 695         foundchain = -1;\r
 696 \r
 697         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 698             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 699 \r
 700             if (chain.isVisible) {\r
 701                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 702 \r
 703                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 704                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 705 \r
 706                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 707                         (getWidth() / 2));\r
 708 \r
 709                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 710                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 711                             (getHeight() / 2));\r
 712 \r
 713                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 714                         {\r
 715                             fatom = tmpBond.at1;\r
 716                             foundchain = ii;\r
 717                             break;\r
 718                         }\r
 719                     }\r
 720                 }\r
 721             }\r
 722 \r
 723             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 724              {\r
 725                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 726             }\r
 727         }\r
 728 \r
 729         return fatom;\r
 730     }\r
 731 }\r