src/MCview/PDBChain.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  29 \r
  30 \r
  31 public class PDBChain {\r
  32     public String id;\r
  33     public Vector bonds = new Vector();\r
  34     public Vector atoms = new Vector();\r
  35     public Vector residues = new Vector();\r
  36     public int offset;\r
  37     public Sequence sequence;\r
  38     public boolean isVisible = true;\r
  39     public int pdbstart = 0;\r
  40     public int pdbend = 0;\r
  41     public int seqstart = 0;\r
  42     public int seqend = 0;\r
  43 \r
  44     public PDBChain(String id) {\r
  45         this.id = id;\r
  46     }\r
  47 \r
  48     public String print() {\r
  49         String tmp = "";\r
  50 \r
  51         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
  52             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +\r
  53                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +\r
  54                 "\n";\r
  55         }\r
  56 \r
  57         return tmp;\r
  58     }\r
  59 \r
  60     void makeExactMapping(AlignSeq as, Sequence s1)\r
  61     {\r
  62         int pdbpos =   as.getSeq2Start()-2;\r
  63         int alignpos = s1.getStart() + as.getSeq1Start()-3;\r
  64 \r
  65         for(int i=0; i<as.astr1.length(); i++)\r
  66         {\r
  67             if (as.astr1.charAt(i) != '-')\r
  68             {\r
  69               alignpos++;\r
  70             }\r
  71 \r
  72             if (as.astr2.charAt(i) != '-')\r
  73             {\r
  74               pdbpos++;\r
  75             }\r
  76 \r
  77             if (as.astr1.charAt(i) == as.astr2.charAt(i))\r
  78             {\r
  79                 Residue res = (Residue) residues.elementAt(pdbpos);\r
  80                 Enumeration en = res.atoms.elements();\r
  81                 while (en.hasMoreElements())\r
  82                 {\r
  83                   Atom atom = (Atom) en.nextElement();\r
  84                   atom.alignmentMapping = alignpos;\r
  85                 }\r
  86             }\r
  87         }\r
  88 \r
  89     }\r
  90 \r
  91 \r
  92     public void makeCaBondList()\r
  93     {\r
  94         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)\r
  95         {\r
  96             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);\r
  97             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);\r
  98             Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
  99             Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
 100 \r
 101             if ((at1 != null) && (at2 != null))\r
 102             {\r
 103                 if (at1.chain.equals(at2.chain))\r
 104                 {\r
 105                     makeBond(at1, at2);\r
 106                 }\r
 107             }\r
 108         }\r
 109     }\r
 110 \r
 111     public void makeBond(Atom at1, Atom at2) {\r
 112         float[] start = new float[3];\r
 113         float[] end = new float[3];\r
 114 \r
 115         start[0] = at1.x;\r
 116         start[1] = at1.y;\r
 117         start[2] = at1.z;\r
 118 \r
 119         end[0] = at2.x;\r
 120         end[1] = at2.y;\r
 121         end[2] = at2.z;\r
 122 \r
 123         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));\r
 124     }\r
 125 \r
 126     public void makeResidueList() {\r
 127         int count = 0;\r
 128         StringBuffer seq = new StringBuffer();\r
 129 \r
 130         int i, iSize = atoms.size()-1;\r
 131         for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 132         {\r
 133             Atom tmp = (Atom) atoms.elementAt(i);\r
 134             int resNumber = tmp.resNumber;\r
 135             int res = resNumber;\r
 136 \r
 137             if (i == 0) {\r
 138                 offset = resNumber;\r
 139             }\r
 140 \r
 141             Vector resAtoms = new Vector();\r
 142 \r
 143             resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));\r
 144             i++;\r
 145             resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 146 \r
 147             //Add atoms to a vector while the residue number\r
 148             //remains the same\r
 149             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 150                 resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));\r
 151                 i++;\r
 152 \r
 153                 if (i < atoms.size()) {\r
 154                     resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 155                 } else {\r
 156                     resNumber++;\r
 157                 }\r
 158             }\r
 159 \r
 160             //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 161             i--;\r
 162 \r
 163             //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 164             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));\r
 165             count++;\r
 166 \r
 167             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();\r
 168             Atom tmpat = (Atom) tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 169 \r
 170             // Keep totting up the sequence\r
 171             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null)\r
 172             {\r
 173                 seq.append("X") ;\r
 174                //  System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +\r
 175                //     tmpat.resName);\r
 176             } else {\r
 177 \r
 178                 seq.append(ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()\r
 179                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()]);\r
 180             }\r
 181         }\r
 182 \r
 183         if(id.length()<1 || id.equals(" "))\r
 184            id = "_";\r
 185 \r
 186         sequence = new Sequence(id, seq.toString(), 1, seq.length());\r
 187       //  System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);\r
 188      //   System.out.println("No of residues = " + residues.size());\r
 189     }\r
 190 \r
 191     public void setChargeColours() {\r
 192         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 193             try {\r
 194                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 195 \r
 196                 if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("ASP") ||\r
 197                         b.at1.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 198                     b.startCol = Color.red;\r
 199                 } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("LYS") ||\r
 200                         b.at1.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 201                     b.startCol = Color.blue;\r
 202                 } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 203                     b.startCol = Color.yellow;\r
 204                 } else {\r
 205                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 206                     b.startCol = Color.lightGray;\r
 207                 }\r
 208 \r
 209                 if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("ASP") ||\r
 210                         b.at2.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 211                     b.endCol = Color.red;\r
 212                 } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("LYS") ||\r
 213                         b.at2.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 214                     b.endCol = Color.blue;\r
 215                 } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 216                     b.endCol = Color.yellow;\r
 217                 } else {\r
 218                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 219                     b.endCol = Color.lightGray;\r
 220                 }\r
 221             } catch (Exception e) {\r
 222                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 223                 b.startCol = Color.gray;\r
 224                 b.endCol = Color.gray;\r
 225             }\r
 226         }\r
 227     }\r
 228 \r
 229     public void setHydrophobicityColours() {\r
 230         float hydmin = (float) ResidueProperties.getHydmin();\r
 231         float hydmax = (float) ResidueProperties.getHydmax();\r
 232         double[] hyd = ResidueProperties.getHyd();\r
 233 \r
 234         Hashtable AA3Hash = ResidueProperties.getAA3Hash();\r
 235 \r
 236         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 237             try {\r
 238                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 239 \r
 240                 int atno = ((Integer) AA3Hash.get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 241                 float red = ((float) hyd[atno] - hydmin) / (hydmax - hydmin);\r
 242 \r
 243                 if (red > (float) 1.0) {\r
 244                     red = (float) 1.0;\r
 245                 }\r
 246 \r
 247                 if (red < (float) 0.0) {\r
 248                     red = (float) 0.0;\r
 249                 }\r
 250 \r
 251                 b.startCol = new Color(red, (float) 0.0, (float) 1.0 - red);\r
 252                 atno = ((Integer) AA3Hash.get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 253 \r
 254                 red = ((float) hyd[atno] - hydmin) / (hydmax - hydmin);\r
 255 \r
 256                 if (red > (float) 1.0) {\r
 257                     red = (float) 1.0;\r
 258                 }\r
 259 \r
 260                 if (red < (float) 0.0) {\r
 261                     red = (float) 0.0;\r
 262                 }\r
 263 \r
 264                 b.endCol = new Color(red, (float) 0.2, (float) 1.0 - red);\r
 265             } catch (Exception e) {\r
 266                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 267                 b.startCol = Color.gray;\r
 268                 b.endCol = Color.gray;\r
 269             }\r
 270         }\r
 271     }\r
 272 \r
 273 \r
 274 \r
 275     public void setChainColours(Color col)\r
 276     {\r
 277         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 278         {\r
 279             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 280             tmp.startCol = col;\r
 281             tmp.endCol = col;\r
 282         }\r
 283     }\r
 284 }\r