src/MCview/PDBChain.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  29 \r
  30 \r
  31 public class PDBChain {\r
  32     public String id;\r
  33     public Vector bonds = new Vector();\r
  34     public Vector atoms = new Vector();\r
  35     public Vector residues = new Vector();\r
  36     public int offset;\r
  37     public Sequence sequence;\r
  38     public boolean isVisible = true;\r
  39     public int pdbstart = 0;\r
  40     public int pdbend = 0;\r
  41     public int seqstart = 0;\r
  42     public int seqend = 0;\r
  43 \r
  44     //public DrawableSequence ds;\r
  45     public PDBChain(String id) {\r
  46         this.id = id;\r
  47     }\r
  48 \r
  49     public String print() {\r
  50         String tmp = "";\r
  51 \r
  52         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
  53             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +\r
  54                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +\r
  55                 "\n";\r
  56         }\r
  57 \r
  58         return tmp;\r
  59     }\r
  60 \r
  61     void makeExactMapping(AlignSeq as, Sequence s1)\r
  62     {\r
  63         int pdbpos =   as.getSeq2Start()-2;\r
  64         int alignpos = s1.getStart() + as.getSeq1Start()-3;\r
  65 \r
  66         for(int i=0; i<as.astr1.length(); i++)\r
  67         {\r
  68             if (as.astr1.charAt(i) != '-')\r
  69             {\r
  70               alignpos++;\r
  71             }\r
  72 \r
  73             if (as.astr2.charAt(i) != '-')\r
  74             {\r
  75               pdbpos++;\r
  76             }\r
  77 \r
  78             if (as.astr1.charAt(i) == as.astr2.charAt(i))\r
  79             {\r
  80                 Residue res = (Residue) residues.elementAt(pdbpos);\r
  81                 Enumeration en = res.atoms.elements();\r
  82                 while (en.hasMoreElements())\r
  83                 {\r
  84                   Atom atom = (Atom) en.nextElement();\r
  85                   atom.alignmentMapping = alignpos;\r
  86                 }\r
  87             }\r
  88         }\r
  89 \r
  90     }\r
  91 \r
  92 \r
  93     public void makeCaBondList()\r
  94     {\r
  95         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)\r
  96         {\r
  97             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);\r
  98             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);\r
  99             Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
 100             Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
 101 \r
 102             if ((at1 != null) && (at2 != null))\r
 103             {\r
 104                 if (at1.chain.equals(at2.chain))\r
 105                 {\r
 106                     makeBond(at1, at2);\r
 107                 }\r
 108             }\r
 109         }\r
 110     }\r
 111 \r
 112     public void makeBond(Atom at1, Atom at2) {\r
 113         float[] start = new float[3];\r
 114         float[] end = new float[3];\r
 115 \r
 116         start[0] = at1.x;\r
 117         start[1] = at1.y;\r
 118         start[2] = at1.z;\r
 119 \r
 120         end[0] = at2.x;\r
 121         end[1] = at2.y;\r
 122         end[2] = at2.z;\r
 123 \r
 124         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));\r
 125     }\r
 126 \r
 127     public void makeResidueList() {\r
 128         int count = 0;\r
 129         StringBuffer seq = new StringBuffer();\r
 130 \r
 131         int i, iSize = atoms.size()-1;\r
 132         for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 133         {\r
 134             Atom tmp = (Atom) atoms.elementAt(i);\r
 135             int resNumber = tmp.resNumber;\r
 136             int res = resNumber;\r
 137 \r
 138             if (i == 0) {\r
 139                 offset = resNumber;\r
 140             }\r
 141 \r
 142             Vector resAtoms = new Vector();\r
 143 \r
 144             resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));\r
 145             i++;\r
 146             resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 147 \r
 148             //Add atoms to a vector while the residue number\r
 149             //remains the same\r
 150             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 151                 resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));\r
 152                 i++;\r
 153 \r
 154                 if (i < atoms.size()) {\r
 155                     resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 156                 } else {\r
 157                     resNumber++;\r
 158                 }\r
 159             }\r
 160 \r
 161             //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 162             i--;\r
 163 \r
 164             //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 165             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));\r
 166             count++;\r
 167 \r
 168             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();\r
 169             Atom tmpat = (Atom) tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 170 \r
 171             // Keep totting up the sequence\r
 172             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null)\r
 173             {\r
 174                 seq.append("X") ;\r
 175                //  System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +\r
 176                //     tmpat.resName);\r
 177             } else {\r
 178 \r
 179                 seq.append(ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()\r
 180                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()]);\r
 181             }\r
 182         }\r
 183 \r
 184         if(id.length()<1 || id.equals(" "))\r
 185            id = "_";\r
 186 \r
 187         sequence = new Sequence(id, seq.toString(), 1, seq.length());\r
 188       //  System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);\r
 189      //   System.out.println("No of residues = " + residues.size());\r
 190     }\r
 191 \r
 192     public void setChargeColours() {\r
 193         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 194             try {\r
 195                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 196 \r
 197                 if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("ASP") ||\r
 198                         b.at1.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 199                     b.startCol = Color.red;\r
 200                 } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("LYS") ||\r
 201                         b.at1.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 202                     b.startCol = Color.blue;\r
 203                 } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 204                     b.startCol = Color.yellow;\r
 205                 } else {\r
 206                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 207                     b.startCol = Color.lightGray;\r
 208                 }\r
 209 \r
 210                 if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("ASP") ||\r
 211                         b.at2.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 212                     b.endCol = Color.red;\r
 213                 } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("LYS") ||\r
 214                         b.at2.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 215                     b.endCol = Color.blue;\r
 216                 } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 217                     b.endCol = Color.yellow;\r
 218                 } else {\r
 219                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 220                     b.endCol = Color.lightGray;\r
 221                 }\r
 222             } catch (Exception e) {\r
 223                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 224                 b.startCol = Color.gray;\r
 225                 b.endCol = Color.gray;\r
 226             }\r
 227         }\r
 228     }\r
 229 \r
 230     public void setHydrophobicityColours() {\r
 231         float hydmin = (float) ResidueProperties.getHydmin();\r
 232         float hydmax = (float) ResidueProperties.getHydmax();\r
 233         double[] hyd = ResidueProperties.getHyd();\r
 234 \r
 235         Hashtable AA3Hash = ResidueProperties.getAA3Hash();\r
 236 \r
 237         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 238             try {\r
 239                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 240 \r
 241                 int atno = ((Integer) AA3Hash.get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 242                 float red = ((float) hyd[atno] - hydmin) / (hydmax - hydmin);\r
 243 \r
 244                 if (red > (float) 1.0) {\r
 245                     red = (float) 1.0;\r
 246                 }\r
 247 \r
 248                 if (red < (float) 0.0) {\r
 249                     red = (float) 0.0;\r
 250                 }\r
 251 \r
 252                 b.startCol = new Color(red, (float) 0.0, (float) 1.0 - red);\r
 253                 atno = ((Integer) AA3Hash.get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 254 \r
 255                 red = ((float) hyd[atno] - hydmin) / (hydmax - hydmin);\r
 256 \r
 257                 if (red > (float) 1.0) {\r
 258                     red = (float) 1.0;\r
 259                 }\r
 260 \r
 261                 if (red < (float) 0.0) {\r
 262                     red = (float) 0.0;\r
 263                 }\r
 264 \r
 265                 b.endCol = new Color(red, (float) 0.2, (float) 1.0 - red);\r
 266             } catch (Exception e) {\r
 267                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 268                 b.startCol = Color.gray;\r
 269                 b.endCol = Color.gray;\r
 270             }\r
 271         }\r
 272     }\r
 273 \r
 274 \r
 275 \r
 276     public void setChainColours(Color col)\r
 277     {\r
 278         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 279         {\r
 280             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 281             tmp.startCol = col;\r
 282             tmp.endCol = col;\r
 283         }\r
 284     }\r
 285 }\r