src/MCview/PDBChain.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  24
  25 import java.awt.*;
  26
  27 import java.util.*;
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;
  29
  30
  31 public class PDBChain {
  32     public String id;
  33     public Vector bonds = new Vector();
  34     public Vector atoms = new Vector();
  35     public Vector residues = new Vector();
  36     public int offset;
  37     public Sequence sequence;
  38     public boolean isVisible = true;
  39     public int pdbstart = 0;
  40     public int pdbend = 0;
  41     public int seqstart = 0;
  42     public int seqend = 0;
  43
  44     public PDBChain(String id) {
  45         this.id = id;
  46     }
  47
  48     public String print() {
  49         String tmp = "";
  50
  51         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
  52             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +
  53                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +
  54                 "\n";
  55         }
  56
  57         return tmp;
  58     }
  59
  60     void makeExactMapping(AlignSeq as, Sequence s1)
  61     {
  62         int pdbpos =   as.getSeq2Start()-2;
  63         int alignpos = s1.getStart() + as.getSeq1Start()-3;
  64
  65         for(int i=0; i<as.astr1.length(); i++)
  66         {
  67             if (as.astr1.charAt(i) != '-')
  68             {
  69               alignpos++;
  70             }
  71
  72             if (as.astr2.charAt(i) != '-')
  73             {
  74               pdbpos++;
  75             }
  76
  77             if (as.astr1.charAt(i) == as.astr2.charAt(i))
  78             {
  79                 Residue res = (Residue) residues.elementAt(pdbpos);
  80                 Enumeration en = res.atoms.elements();
  81                 while (en.hasMoreElements())
  82                 {
  83                   Atom atom = (Atom) en.nextElement();
  84                   atom.alignmentMapping = alignpos;
  85                 }
  86             }
  87         }
  88
  89     }
  90
  91
  92     public void makeCaBondList()
  93     {
  94         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)
  95         {
  96             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);
  97             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);
  98             Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");
  99             Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");
 100
 101             if ((at1 != null) && (at2 != null))
 102             {
 103                 if (at1.chain.equals(at2.chain))
 104                 {
 105                     makeBond(at1, at2);
 106                 }
 107             }
 108             else
 109               System.out.println("not found "+i);
 110         }
 111     }
 112
 113     public void makeBond(Atom at1, Atom at2) {
 114         float[] start = new float[3];
 115         float[] end = new float[3];
 116
 117         start[0] = at1.x;
 118         start[1] = at1.y;
 119         start[2] = at1.z;
 120
 121         end[0] = at2.x;
 122         end[1] = at2.y;
 123         end[2] = at2.z;
 124
 125         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));
 126     }
 127
 128     public void makeResidueList() {
 129         int count = 0;
 130         StringBuffer seq = new StringBuffer();
 131
 132         int i, iSize = atoms.size()-1;
 133         for (i = 0; i < iSize; i++)
 134         {
 135             Atom tmp = (Atom) atoms.elementAt(i);
 136             int resNumber = tmp.resNumber;
 137             int res = resNumber;
 138
 139             if (i == 0) {
 140                 offset = resNumber;
 141             }
 142
 143             Vector resAtoms = new Vector();
 144
 145             resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));
 146             i++;
 147             resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;
 148
 149             //Add atoms to a vector while the residue number
 150             //remains the same
 151             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {
 152                 resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));
 153                 i++;
 154
 155                 if (i < atoms.size()) {
 156                     resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;
 157                 } else {
 158                     resNumber++;
 159                 }
 160             }
 161
 162             //We need this to keep in step with the outer for i = loop
 163             i--;
 164
 165             //Make a new Residue object with the new atoms vector
 166             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));
 167             count++;
 168
 169             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();
 170             Atom tmpat = (Atom) tmpres.atoms.elementAt(0);
 171
 172             // Keep totting up the sequence
 173             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null)
 174             {
 175                 seq.append("X") ;
 176                //  System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +
 177                //     tmpat.resName);
 178             } else {
 179
 180                 seq.append(ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()
 181                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()]);
 182             }
 183         }
 184
 185         if(id.length()<1 || id.equals(" "))
 186            id = "_";
 187
 188         sequence = new Sequence(id, seq.toString(), 1, seq.length());
 189       //  System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);
 190      //   System.out.println("No of residues = " + residues.size());
 191     }
 192
 193     public void setChargeColours() {
 194         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 195             try {
 196                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 197
 198                 if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||
 199                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {
 200                     b.startCol = Color.red;
 201                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||
 202                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {
 203                     b.startCol = Color.blue;
 204                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {
 205                     b.startCol = Color.yellow;
 206                 } else {
 207                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();
 208                     b.startCol = Color.lightGray;
 209                 }
 210
 211                 if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||
 212                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {
 213                     b.endCol = Color.red;
 214                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||
 215                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {
 216                     b.endCol = Color.blue;
 217                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {
 218                     b.endCol = Color.yellow;
 219                 } else {
 220                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();
 221                     b.endCol = Color.lightGray;
 222                 }
 223             } catch (Exception e) {
 224                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 225                 b.startCol = Color.gray;
 226                 b.endCol = Color.gray;
 227             }
 228         }
 229     }
 230
 231
 232     public void setChainColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 233     {
 234         Bond b;
 235         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 236             try {
 237               b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 238
 239               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).startCol = cs.findColour(
 240                   ResidueProperties.aa[ ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.
 241                                          get(b.at1.resName)).intValue()]
 242                   );
 243
 244               b.endCol = cs.findColour(
 245                   ResidueProperties.aa[ ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.
 246                                          get(b.at2.resName)).intValue()]
 247                   );
 248
 249             } catch (Exception e)
 250             {
 251                 b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 252                 b.startCol = Color.gray;
 253                 b.endCol = Color.gray;
 254             }
 255         }
 256     }
 257
 258
 259
 260     public void setChainColours(Color col)
 261     {
 262         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 263         {
 264             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 265             tmp.startCol = col;
 266             tmp.endCol = col;
 267         }
 268     }
 269 }