src/MCview/PDBChain.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class PDBChain {\r
  31     public String id;\r
  32     public Vector bonds = new Vector();\r
  33     public Vector atoms = new Vector();\r
  34     public Vector residues = new Vector();\r
  35     public int offset;\r
  36     public Sequence sequence;\r
  37     public boolean isVisible = true;\r
  38     public int pdbstart = 0;\r
  39     public int pdbend = 0;\r
  40     public int seqstart = 0;\r
  41     public int seqend = 0;\r
  42     public int [] seqMapping;\r
  43 \r
  44     //public DrawableSequence ds;\r
  45     public PDBChain(String id) {\r
  46         this.id = id;\r
  47     }\r
  48 \r
  49     public String print() {\r
  50         String tmp = "";\r
  51 \r
  52         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
  53             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +\r
  54                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +\r
  55                 "\n";\r
  56         }\r
  57 \r
  58         return tmp;\r
  59     }\r
  60 \r
  61     public void makeCaBondList()\r
  62     {\r
  63         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)\r
  64         {\r
  65             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);\r
  66             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);\r
  67             Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
  68             Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
  69 \r
  70             if ((at1 != null) && (at2 != null))\r
  71             {\r
  72                 if (at1.chain.equals(at2.chain))\r
  73                 {\r
  74                     makeBond(at1, at2);\r
  75                 }\r
  76             }\r
  77         }\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public void makeBond(Atom at1, Atom at2) {\r
  81         float[] start = new float[3];\r
  82         float[] end = new float[3];\r
  83 \r
  84         start[0] = at1.x;\r
  85         start[1] = at1.y;\r
  86         start[2] = at1.z;\r
  87 \r
  88         end[0] = at2.x;\r
  89         end[1] = at2.y;\r
  90         end[2] = at2.z;\r
  91 \r
  92         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));\r
  93     }\r
  94 \r
  95     public void makeResidueList() {\r
  96         int count = 0;\r
  97         StringBuffer seq = new StringBuffer();\r
  98 \r
  99         int i, iSize = atoms.size()-1;\r
 100         for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 101         {\r
 102             Atom tmp = (Atom) atoms.elementAt(i);\r
 103             int resNumber = tmp.resNumber;\r
 104             int res = resNumber;\r
 105 \r
 106             if (i == 0) {\r
 107                 offset = resNumber;\r
 108             }\r
 109 \r
 110             Vector resAtoms = new Vector();\r
 111 \r
 112             resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));\r
 113             i++;\r
 114             resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 115 \r
 116             //Add atoms to a vector while the residue number\r
 117             //remains the same\r
 118             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 119                 resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));\r
 120                 i++;\r
 121 \r
 122                 if (i < atoms.size()) {\r
 123                     resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 124                 } else {\r
 125                     resNumber++;\r
 126                 }\r
 127             }\r
 128 \r
 129             //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 130             i--;\r
 131 \r
 132             //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 133             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));\r
 134             count++;\r
 135 \r
 136             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();\r
 137             Atom tmpat = (Atom) tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 138 \r
 139             // Keep totting up the sequence\r
 140             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null)\r
 141             {\r
 142                 seq.append("X") ;\r
 143                //  System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +\r
 144                //     tmpat.resName);\r
 145             } else {\r
 146 \r
 147                 seq.append(ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()\r
 148                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()]);\r
 149             }\r
 150         }\r
 151 \r
 152         if(id.length()<1 || id.equals(" "))\r
 153            id = "_";\r
 154 \r
 155         sequence = new Sequence(id, seq.toString(), 1, seq.length());\r
 156       //  System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);\r
 157      //   System.out.println("No of residues = " + residues.size());\r
 158     }\r
 159 \r
 160     public void setChargeColours() {\r
 161         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 162             try {\r
 163                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 164 \r
 165                 if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("ASP") ||\r
 166                         b.at1.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 167                     b.startCol = Color.red;\r
 168                 } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("LYS") ||\r
 169                         b.at1.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 170                     b.startCol = Color.blue;\r
 171                 } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 172                     b.startCol = Color.yellow;\r
 173                 } else {\r
 174                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 175                     b.startCol = Color.lightGray;\r
 176                 }\r
 177 \r
 178                 if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("ASP") ||\r
 179                         b.at2.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 180                     b.endCol = Color.red;\r
 181                 } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("LYS") ||\r
 182                         b.at2.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 183                     b.endCol = Color.blue;\r
 184                 } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 185                     b.endCol = Color.yellow;\r
 186                 } else {\r
 187                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 188                     b.endCol = Color.lightGray;\r
 189                 }\r
 190             } catch (Exception e) {\r
 191                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 192                 b.startCol = Color.gray;\r
 193                 b.endCol = Color.gray;\r
 194             }\r
 195         }\r
 196     }\r
 197 \r
 198     public void setHydrophobicityColours() {\r
 199         float hydmin = (float) ResidueProperties.getHydmin();\r
 200         float hydmax = (float) ResidueProperties.getHydmax();\r
 201         double[] hyd = ResidueProperties.getHyd();\r
 202 \r
 203         Hashtable AA3Hash = ResidueProperties.getAA3Hash();\r
 204 \r
 205         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 206             try {\r
 207                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 208 \r
 209                 int atno = ((Integer) AA3Hash.get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 210                 float red = ((float) hyd[atno] - hydmin) / (hydmax - hydmin);\r
 211 \r
 212                 if (red > (float) 1.0) {\r
 213                     red = (float) 1.0;\r
 214                 }\r
 215 \r
 216                 if (red < (float) 0.0) {\r
 217                     red = (float) 0.0;\r
 218                 }\r
 219 \r
 220                 b.startCol = new Color(red, (float) 0.0, (float) 1.0 - red);\r
 221                 atno = ((Integer) AA3Hash.get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 222 \r
 223                 red = ((float) hyd[atno] - hydmin) / (hydmax - hydmin);\r
 224 \r
 225                 if (red > (float) 1.0) {\r
 226                     red = (float) 1.0;\r
 227                 }\r
 228 \r
 229                 if (red < (float) 0.0) {\r
 230                     red = (float) 0.0;\r
 231                 }\r
 232 \r
 233                 b.endCol = new Color(red, (float) 0.2, (float) 1.0 - red);\r
 234             } catch (Exception e) {\r
 235                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 236                 b.startCol = Color.gray;\r
 237                 b.endCol = Color.gray;\r
 238             }\r
 239         }\r
 240     }\r
 241 \r
 242 \r
 243 \r
 244     public void setChainColours(Color col)\r
 245     {\r
 246         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 247         {\r
 248             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 249             tmp.startCol = col;\r
 250             tmp.endCol = col;\r
 251         }\r
 252     }\r
 253 }\r