src/MCview/PDBChain.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package MCview;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.util.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PDBChain {\r
  30 \r
  31   public String id;\r
  32   public Vector bonds = new Vector();\r
  33   public Vector atoms = new Vector();\r
  34   public Vector residues = new Vector();\r
  35   public int offset;\r
  36 \r
  37   public Sequence sequence;\r
  38   public boolean isVisible = false;\r
  39 \r
  40   public int pdbstart=0, pdbend=0, seqstart=0, seqend=0;\r
  41 \r
  42   //public DrawableSequence ds;\r
  43 \r
  44   public PDBChain(String id) {\r
  45     this.id = id;\r
  46   }\r
  47 \r
  48 \r
  49   public String print() {\r
  50     String tmp = "";\r
  51     for (int i=0; i < bonds.size() ;i++) {\r
  52       tmp = tmp + ((Bond)bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " + ((Bond)bonds.elementAt(i)).at1.resNumber +" " + offset+ "\n";\r
  53     }\r
  54     return tmp;\r
  55   }\r
  56   public void makeCaBondList() {\r
  57     for (int i = 0; i < (residues.size() - 1) ; i++) {\r
  58       Residue tmpres = (Residue)residues.elementAt(i);\r
  59       Residue tmpres2 = (Residue)residues.elementAt(i+1);\r
  60       myAtom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
  61       myAtom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
  62       if ((at1 != null) && (at2 != null)) {\r
  63         if (at1.chain.equals(at2.chain)) {\r
  64           makeBond(at1,at2);\r
  65         }\r
  66       }\r
  67     }\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public void makeBond(myAtom at1, myAtom at2) {\r
  71     float[] start = new float[3];\r
  72     float[] end = new float[3];\r
  73 \r
  74     start[0] = at1.x;\r
  75     start[1] = at1.y;\r
  76     start[2] = at1.z;\r
  77 \r
  78     end[0] = at2.x;\r
  79     end[1] = at2.y;\r
  80     end[2] = at2.z;\r
  81 \r
  82     bonds.addElement(new Bond(start, end, at1,at2));\r
  83   }\r
  84 \r
  85   public void makeResidueList() {\r
  86     int count = 0;\r
  87     String seq = "";\r
  88     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++) {\r
  89 \r
  90       myAtom tmp = (myAtom)atoms.elementAt(i);\r
  91       String resName = tmp.resName;\r
  92       int resNumber = tmp.resNumber;\r
  93       int res = resNumber;\r
  94 \r
  95       if (i ==0) {\r
  96         offset = resNumber;\r
  97       }\r
  98       Vector resAtoms = new Vector();\r
  99 \r
 100       resAtoms.addElement((myAtom)atoms.elementAt(i));\r
 101       i++;\r
 102       resNumber = ((myAtom)atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 103 \r
 104       //Add atoms to a vector while the residue number\r
 105       //remains the same\r
 106       while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 107 \r
 108         resAtoms.addElement((myAtom)atoms.elementAt(i));\r
 109         i++;\r
 110         if (i < atoms.size()) {\r
 111           resNumber = ((myAtom)atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 112         } else {\r
 113           resNumber++;\r
 114         }\r
 115       }\r
 116 \r
 117       //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 118       i--;\r
 119 \r
 120       //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 121       residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1,count));\r
 122       count++;\r
 123       Residue tmpres = (Residue)residues.lastElement();\r
 124       myAtom tmpat = (myAtom)tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 125 \r
 126       // Keep totting up the sequence\r
 127       if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null) {\r
 128         System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " + tmpat.resName);\r
 129       } else {\r
 130         String tmpres2 =\r
 131           ResidueProperties.aa[((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName)).intValue()];\r
 132         seq = seq + tmpres2;\r
 133       }\r
 134       //      System.out.println(tmpat.resName + " " + tmpres2);\r
 135     }\r
 136     sequence = new Sequence("PDB_seq",seq,1,seq.length());\r
 137     System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);\r
 138     System.out.println("No of residues = " +residues.size());\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void setChargeColours() {\r
 142     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 143       try {\r
 144         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 145 \r
 146         if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("ASP") || b.at1.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 147           b.startCol = Color.red;\r
 148         } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("LYS") || b.at1.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 149           b.startCol = Color.blue;\r
 150         } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 151           b.startCol = Color.yellow;\r
 152         } else {\r
 153           int atno = ((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 154           b.startCol = Color.lightGray;\r
 155         }\r
 156         if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("ASP") || b.at2.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 157           b.endCol = Color.red;\r
 158         } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("LYS") || b.at2.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 159           b.endCol = Color.blue;\r
 160         } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 161           b.endCol = Color.yellow;\r
 162         } else {\r
 163           int atno = ((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 164           b.endCol = Color.lightGray;\r
 165         }\r
 166       } catch (Exception e) {\r
 167         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 168         b.startCol = Color.gray;\r
 169         b.endCol = Color.gray;\r
 170       }\r
 171     }\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void setHydrophobicityColours() {\r
 175     float hydmin = (float)ResidueProperties.getHydmin();\r
 176     float hydmax = (float)ResidueProperties.getHydmax();\r
 177     double[] hyd  = ResidueProperties.getHyd();\r
 178 \r
 179     Hashtable AA3Hash = ResidueProperties.getAA3Hash();\r
 180 \r
 181     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 182       try {\r
 183         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 184 \r
 185         int   atno = ((Integer)AA3Hash.get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 186         float red  = ((float)hyd[atno] - hydmin)/(hydmax - hydmin);\r
 187 \r
 188         if (red > (float)1.0) {\r
 189           red = (float)1.0;\r
 190         }\r
 191         if (red < (float)0.0) {\r
 192           red = (float)0.0;\r
 193         }\r
 194 \r
 195         b.startCol = new Color(red,(float)0.0,(float)1.0-red);\r
 196         atno = ((Integer)AA3Hash.get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 197 \r
 198         red = ((float)hyd[atno] - hydmin)/(hydmax - hydmin);\r
 199 \r
 200         if (red > (float)1.0) {\r
 201           red = (float)1.0;\r
 202         }\r
 203         if (red < (float)0.0) {\r
 204           red = (float)0.0;\r
 205         }\r
 206 \r
 207         b.endCol = new Color(red,(float)0.2,(float)1.0-red);\r
 208       } catch (Exception e) {\r
 209         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 210         b.startCol = Color.gray;\r
 211         b.endCol = Color.gray;\r
 212       }\r
 213     }\r
 214   }\r
 215 \r
 216 \r
 217   public void colourBySequence(jalview.gui.AlignViewport av, Sequence seq) {\r
 218 jalview.gui.SequenceRenderer sr = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);\r
 219 \r
 220 \r
 221     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 222       Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 223       try {\r
 224 \r
 225         if (tmp.at1.resNumber >= (offset + pdbstart - 1) && tmp.at1.resNumber <= (offset + pdbend - 1)) {\r
 226 \r
 227           int pos   = seqstart + (tmp.at1.resNumber - pdbstart - offset) ;\r
 228           int index = seq.findIndex(pos);\r
 229 \r
 230 \r
 231           tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, index);\r
 232 \r
 233         } else {\r
 234           tmp.startCol = Color.gray;\r
 235         }\r
 236 \r
 237         if (tmp.at2.resNumber >= (offset + pdbstart -1) && tmp.at2.resNumber <= (pdbend+offset-1)) {\r
 238 \r
 239           int pos    = seqstart + (tmp.at2.resNumber - pdbstart-offset);\r
 240           int index  = seq.findIndex(pos);\r
 241 \r
 242           tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, index);\r
 243 \r
 244         } else {\r
 245           tmp.endCol = Color.gray;\r
 246         }\r
 247       } catch (Exception e) {\r
 248         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 249         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 250       }\r
 251     }\r
 252   }\r
 253 \r
 254   public void setChainColours() {\r
 255     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 256       Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 257       try {\r
 258         tmp.startCol = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 259         tmp.endCol   = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 260       } catch (Exception e) {\r
 261         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 262         tmp.endCol   = Color.lightGray;\r
 263       }\r
 264     }\r
 265   }\r
 266 }\r
 267 \r
 268 \r