src/MCview/PDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import jalview.gui.*;\r
  25 import jalview.io.EBIFetchClient;\r
  26 import java.awt.event.ActionListener;\r
  27 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  28 \r
  29 public class PDBViewer extends JInternalFrame implements Runnable\r
  30 {\r
  31   PDBEntry pdb;\r
  32   Sequence sequence;\r
  33   PDBCanvas pdbcanvas;\r
  34 \r
  35 \r
  36   public PDBViewer(PDBEntry entry,\r
  37                    Sequence seq,\r
  38                    SeqCanvas seqcanvas)\r
  39   {\r
  40 \r
  41     pdb = entry;\r
  42     sequence = seq;\r
  43 \r
  44     Thread worker = new Thread(this);\r
  45     worker.start();\r
  46 \r
  47     try\r
  48     {\r
  49       jbInit();\r
  50     }\r
  51     catch (Exception ex)\r
  52     {\r
  53       ex.printStackTrace();\r
  54     }\r
  55 \r
  56     pdbcanvas = new PDBCanvas(seqcanvas, seq);\r
  57 \r
  58     setContentPane(pdbcanvas);\r
  59     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence.getName() + ":" + pdb.getId());\r
  60     if(pdb.getProperty()!=null)\r
  61     {\r
  62       title.append( " Method: " );\r
  63       title.append(pdb.getProperty().get("method"));\r
  64       title.append( " Chain:" );\r
  65       title.append( pdb.getProperty().get("chains"));\r
  66     }\r
  67 \r
  68      Desktop.addInternalFrame(this,title.toString(),400, 400);\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void run()\r
  72   {\r
  73     try\r
  74     {\r
  75       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
  76       String[] result = ebi.fetchData("pdb:" + pdb.getId(), "default","raw");\r
  77 \r
  78       PDBfile pdbfile = new PDBfile(result);\r
  79 \r
  80       pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);\r
  81 \r
  82     }\r
  83     catch (Exception ex)\r
  84     {\r
  85       ex.printStackTrace();\r
  86     }\r
  87   }\r
  88 \r
  89   private void jbInit()\r
  90       throws Exception\r
  91   {\r
  92     this.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  93         {\r
  94             public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  95             {\r
  96               pdbcanvas.keyPressed(evt);\r
  97             }\r
  98         });\r
  99 \r
 100     this.setJMenuBar(jMenuBar1);\r
 101     fileMenu.setText("File");\r
 102     coloursMenu.setText("Colours");\r
 103     saveMenu.setActionCommand("Save Image");\r
 104     saveMenu.setText("Save As");\r
 105     png.setText("PNG");\r
 106     png.addActionListener(new ActionListener()\r
 107     {\r
 108       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 109       {\r
 110         png_actionPerformed(e);\r
 111       }\r
 112     });\r
 113     eps.setText("EPS");\r
 114     eps.addActionListener(new ActionListener()\r
 115     {\r
 116       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 117       {\r
 118         eps_actionPerformed(e);\r
 119       }\r
 120     });\r
 121     mapping.setText("View Mapping");\r
 122     mapping.addActionListener(new ActionListener()\r
 123     {\r
 124       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 125       {\r
 126         mapping_actionPerformed(e);\r
 127       }\r
 128     });\r
 129     wire.setText("Wireframe");\r
 130     wire.addActionListener(new ActionListener()\r
 131     {\r
 132       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 133       {\r
 134         wire_actionPerformed(e);\r
 135       }\r
 136     });\r
 137     depth.setSelected(true);\r
 138     depth.setText("Depthcue");\r
 139     depth.addActionListener(new ActionListener()\r
 140     {\r
 141       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 142       {\r
 143         depth_actionPerformed(e);\r
 144       }\r
 145     });\r
 146     zbuffer.setSelected(true);\r
 147     zbuffer.setText("Z Buffering");\r
 148     zbuffer.addActionListener(new ActionListener()\r
 149     {\r
 150       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 151       {\r
 152         zbuffer_actionPerformed(e);\r
 153       }\r
 154     });\r
 155     charge.setText("Charge & Cysteine");\r
 156     charge.addActionListener(new ActionListener()\r
 157     {\r
 158       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 159       {\r
 160         charge_actionPerformed(e);\r
 161       }\r
 162     });\r
 163     hydro.setText("Hydrophobicity");\r
 164     hydro.addActionListener(new ActionListener()\r
 165     {\r
 166       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 167       {\r
 168         hydro_actionPerformed(e);\r
 169       }\r
 170     });\r
 171     chain.setText("By Chain");\r
 172     chain.addActionListener(new ActionListener()\r
 173     {\r
 174       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 175       {\r
 176         chain_actionPerformed(e);\r
 177       }\r
 178     });\r
 179     seqButton.setSelected(true);\r
 180     seqButton.setText("By Sequence");\r
 181     seqButton.addActionListener(new ActionListener()\r
 182     {\r
 183       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 184       {\r
 185         seqButton_actionPerformed(e);\r
 186       }\r
 187     });\r
 188     molecule.setText("By Molecule");\r
 189     molecule.addActionListener(new ActionListener()\r
 190     {\r
 191       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 192       {\r
 193         molecule_actionPerformed(e);\r
 194       }\r
 195     });\r
 196     allchains.setSelected(true);\r
 197     allchains.setText("Show All Chains");\r
 198     allchains.addItemListener(new ItemListener()\r
 199     {\r
 200       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 201       {\r
 202         allchains_itemStateChanged(e);\r
 203       }\r
 204     });\r
 205     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 206     jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 207     fileMenu.add(saveMenu);\r
 208     fileMenu.add(mapping);\r
 209     saveMenu.add(png);\r
 210     saveMenu.add(eps);\r
 211     coloursMenu.add(seqButton);\r
 212     coloursMenu.add(chain);\r
 213     coloursMenu.add(hydro);\r
 214     coloursMenu.add(charge);\r
 215     coloursMenu.addSeparator();\r
 216     coloursMenu.add(wire);\r
 217     coloursMenu.add(depth);\r
 218     coloursMenu.add(zbuffer);\r
 219     coloursMenu.add(molecule);\r
 220     coloursMenu.add(allchains);\r
 221     ButtonGroup bg = new ButtonGroup();\r
 222     bg.add(seqButton);\r
 223     bg.add(chain);\r
 224     bg.add(hydro);\r
 225     bg.add(charge);\r
 226   }\r
 227 \r
 228   JMenuBar jMenuBar1 = new JMenuBar();\r
 229   JMenu fileMenu = new JMenu();\r
 230   JMenu coloursMenu = new JMenu();\r
 231   JMenu saveMenu = new JMenu();\r
 232   JMenuItem png = new JMenuItem();\r
 233   JMenuItem eps = new JMenuItem();\r
 234   JMenuItem mapping = new JMenuItem();\r
 235   JCheckBoxMenuItem wire = new JCheckBoxMenuItem();\r
 236   JCheckBoxMenuItem depth = new JCheckBoxMenuItem();\r
 237   JCheckBoxMenuItem zbuffer = new JCheckBoxMenuItem();\r
 238   JRadioButtonMenuItem charge = new JRadioButtonMenuItem();\r
 239   JRadioButtonMenuItem hydro = new JRadioButtonMenuItem();\r
 240   JRadioButtonMenuItem chain = new JRadioButtonMenuItem();\r
 241   JRadioButtonMenuItem seqButton = new JRadioButtonMenuItem();\r
 242   JCheckBoxMenuItem molecule = new JCheckBoxMenuItem();\r
 243   JCheckBoxMenuItem allchains = new JCheckBoxMenuItem();\r
 244 \r
 245   /**\r
 246    * DOCUMENT ME!\r
 247    *\r
 248    * @param e DOCUMENT ME!\r
 249    */\r
 250   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 251   {\r
 252     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);\r
 253   }\r
 254 \r
 255   /**\r
 256    * DOCUMENT ME!\r
 257    *\r
 258    * @param e DOCUMENT ME!\r
 259    */\r
 260   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 261   {\r
 262      makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);\r
 263   }\r
 264 \r
 265   void makePDBImage(int type)\r
 266   {\r
 267     int width = pdbcanvas.getWidth();\r
 268     int height = pdbcanvas.getHeight();\r
 269 \r
 270     jalview.util.ImageMaker im;\r
 271 \r
 272     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 273       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 274                                        jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 275                                        "Make PNG image from view",\r
 276                                        width, height,\r
 277                                        null, null);\r
 278     else\r
 279       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 280                                        jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 281                                        "Make EPS file from view",\r
 282                                        width, height,\r
 283                                        null, this.getTitle());\r
 284 \r
 285     if (im.getGraphics() != null)\r
 286     {\r
 287       pdbcanvas.drawAll(im.getGraphics(), width, height);\r
 288       im.writeImage();\r
 289     }\r
 290   }\r
 291   public void charge_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 292   {\r
 293     clearButtonGroup();\r
 294     pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
 295     pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 296     pdbcanvas.repaint();\r
 297   }\r
 298 \r
 299   public void hydro_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 300   {\r
 301     clearButtonGroup();\r
 302     pdbcanvas.pdb.setHydrophobicityColours();\r
 303     pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 304     pdbcanvas.repaint();\r
 305   }\r
 306 \r
 307   public void chain_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 308   {\r
 309     clearButtonGroup();\r
 310     pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
 311     pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 312     pdbcanvas.repaint();\r
 313   }\r
 314 \r
 315   public void zbuffer_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 316   {\r
 317     pdbcanvas.zbuffer = ! pdbcanvas.zbuffer;\r
 318     pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 319     pdbcanvas.repaint();\r
 320   }\r
 321 \r
 322   public void molecule_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 323   {\r
 324     pdbcanvas.bymolecule = ! pdbcanvas.bymolecule;\r
 325     pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 326     pdbcanvas.repaint();\r
 327   }\r
 328 \r
 329   public void depth_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 330   {\r
 331   pdbcanvas.depthcue = ! pdbcanvas.depthcue;\r
 332   pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 333     pdbcanvas.repaint();\r
 334   }\r
 335 \r
 336   public void wire_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 337   {\r
 338     pdbcanvas.wire = ! pdbcanvas.wire;\r
 339     pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 340     pdbcanvas.repaint();\r
 341   }\r
 342 \r
 343   public void seqButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 344   {\r
 345     clearButtonGroup();\r
 346     pdbcanvas.bysequence = seqButton.isSelected();\r
 347     pdbcanvas.updateSeqColours();\r
 348   }\r
 349 \r
 350   void clearButtonGroup()\r
 351   {\r
 352    pdbcanvas.bysequence = false;\r
 353    pdbcanvas.bymolecule = false;\r
 354   }\r
 355 \r
 356   public void mapping_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 357   {\r
 358     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();\r
 359     Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping", 550, 600);\r
 360     cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
 361   }\r
 362 \r
 363   public void allchains_itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 364   {\r
 365     pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 366   }\r
 367 }\r