src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  26
  27 import org.xml.sax.SAXException;
  28
  29 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  30 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  31 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  32 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  33
  34 import jalview.datamodel.*;
  35 import jalview.io.FileParse;
  36 import jalview.io.RnamlFile;
  37 import jalview.ws.jws1.Annotate3D;
  38
  39 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  40 {
  41   public Vector chains;
  42
  43   public String id;
  44
  45   /**
  46    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  47    */
  48   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  49
  50   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  51   {
  52     super(inFile, inType);
  53   }
  54
  55   public PDBfile(FileParse source) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  56   {
  57     super(source);
  58   }
  59
  60   public String print()
  61   {
  62     return null;
  63   }
  64
  65   public void parse() throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException
  66   {
  67     // TODO set the filename sensibly - try using data source name.
  68     id = safeName(getDataName());
  69
  70     chains = new Vector();
  71
  72     PDBChain tmpchain;
  73     String line = null;
  74     boolean modelFlag = false;
  75     boolean terFlag = false;
  76     String lastID = "";
  77
  78     int index = 0;
  79     String atomnam = null;
  80     try
  81     {
  82       while ((line = nextLine()) != null)
  83       {
  84         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  85         {
  86           if (line.length() > 62)
  87           {
  88             String tid;
  89             if (line.length() > 67)
  90             {
  91               tid = line.substring(62, 67).trim();
  92             }
  93             else
  94             {
  95               tid = line.substring(62).trim();
  96             }
  97             if (tid.length() > 0)
  98             {
  99               id = tid;
 100             }
 101             continue;
 102           }
 103         }
 104         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
 105         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
 106         {
 107         }
 108
 109         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
 110         {
 111           modelFlag = true;
 112         }
 113
 114         if (line.indexOf("TER") == 0)
 115         {
 116           terFlag = true;
 117         }
 118
 119         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
 120         {
 121           break;
 122         }
 123         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 124                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 125         {
 126           terFlag = false;
 127
 128           // Jalview is only interested in CA bonds????
 129           atomnam = line.substring(12, 15).trim();
 130           if (!atomnam.equals("CA") && !atomnam.equals("P"))
 131           {
 132             continue;
 133           }
 134
 135           Atom tmpatom = new Atom(line);
 136           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 137           if (tmpchain != null)
 138           {
 139             if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 140             {
 141               // phosphorylated protein - seen both CA and P..
 142               continue;
 143             }
 144             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 145           }
 146           else
 147           {
 148             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 149             chains.addElement(tmpchain);
 150             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 151           }
 152           lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 153         }
 154         index++;
 155       }
 156
 157       makeResidueList();
 158       makeCaBondList();
 159
 160       if (id == null)
 161       {
 162         id = inFile.getName();
 163       }
 164       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 165       {
 166         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 167         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 168         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 169         entry.setId(id);
 170         if (inFile != null)
 171         {
 172           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 173         }
 174         else
 175         {
 176           // TODO: decide if we should dump the datasource to disk
 177           entry.setFile(getDataName());
 178         }
 179         dataset.addPDBId(entry);
 180         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 181         // maintain reference to
 182         // dataset
 183         seqs.addElement(chainseq);
 184        if(isRNA(chainseq)==true)
 185        {
 186            String path =inFile.getPath();
 187            System.out.println("this is a PDB format and RNA sequence");
 188            Annotate3D an3d = new Annotate3D(path);
 189            System.out.println(id);
 190            //BufferedWriter r = an3d.getReader();
 191
 192           // BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader("temp.rnaml"));
 193
 194            //String str;
 195           // while ((str = in.readLine()) != null) {
 196                     // System.out.println(str);
 197                     // System.out.println("toto");
 198
 199                     // }
 200            //String type = "File";
 201            //RnamlFile rnaml =new RnamlFile("temp.rnaml",type);
 202            System.out.println("Create rnamfile object");
 203            //rnaml.parse("temp");
 204            //this.annotations =rnaml.getAnnot();
 205
 206        }
 207
 208         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 209
 210         if (chainannot != null)
 211         {
 212           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 213           {
 214
 215             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 216             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 217           }
 218         }
 219       }
 220     } catch (OutOfMemoryError er)
 221     {
 222       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 223       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 224     } catch (NumberFormatException ex)
 225     {
 226       if (line != null)
 227       {
 228         System.err.println("Couldn't read number from line:");
 229         System.err.println(line);
 230       }
 231     }
 232   }
 233
 234   /**
 235    * make a friendly ID string.
 236    *
 237    * @param dataName
 238    * @return truncated dataName to after last '/'
 239    */
 240   private String safeName(String dataName)
 241   {
 242     int p = 0;
 243     while ((p = dataName.indexOf("/")) > -1 && p < dataName.length())
 244     {
 245       dataName = dataName.substring(p + 1);
 246     }
 247     return dataName;
 248   }
 249
 250   public void makeResidueList()
 251   {
 252     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 253     {
 254       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 255     }
 256   }
 257
 258   public void makeCaBondList()
 259   {
 260     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 261     {
 262       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 263     }
 264   }
 265
 266   public PDBChain findChain(String id)
 267   {
 268     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 269     {
 270       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 271       {
 272         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 273       }
 274     }
 275
 276     return null;
 277   }
 278
 279   public void setChargeColours()
 280   {
 281     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 282     {
 283       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 284     }
 285   }
 286
 287   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 288   {
 289     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 290     {
 291       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 292     }
 293   }
 294
 295   public void setChainColours()
 296   {
 297     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 298     {
 299       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 300               1.0f / (float) i, .4f, 1.0f));
 301     }
 302   }
 303   public boolean isRNA(SequenceI seqs)
 304   {
 305           for (int i=0;i<seqs.getLength();i++){
 306                   if((seqs.getCharAt(i)!='A') &&(seqs.getCharAt(i)!='C')&&(seqs.getCharAt(i)!='G')&&(seqs.getCharAt(i)!='U'))
 307                   {
 308                           return false;
 309                   }
 310           }
 311
 312                   return true;
 313
 314
 315   }
 316 }