parseResult takes the title as string. usually null
[jalview.git] / src / MCview / PDBfile.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package MCview;\r
20 \r
21 import java.io.*;\r
22 \r
23 import java.net.*;\r
24 \r
25 import java.util.*;\r
26 import java.awt.Color;\r
27 \r
28 \r
29 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
30     public Vector chains = new Vector();\r
31     Vector lineArray = new Vector();\r
32     String id;\r
33 \r
34     public PDBfile(String[] lines) {\r
35         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
36             lineArray.addElement(lines[i]);\r
37 \r
38         noLines = lineArray.size();\r
39         parse();\r
40     }\r
41 \r
42     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
43         super(inFile, inType);\r
44 \r
45         String line;\r
46         this.lineArray = new Vector();\r
47 \r
48         BufferedReader dataIn;\r
49 \r
50         if (inType.equals("File")) {\r
51             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
52         }\r
53         else if(inType.equals("Paste"))\r
54         {\r
55             dataIn = new BufferedReader(new StringReader(inFile));\r
56         }\r
57         else {\r
58             URL url = new URL(inFile);\r
59             this.fileSize = 0;\r
60             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
61         }\r
62 \r
63         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
64             lineArray.addElement(line);\r
65         }\r
66 \r
67         noLines = lineArray.size();\r
68 \r
69         parse();\r
70         lineArray = null;\r
71     }\r
72 \r
73     public void parse()\r
74     {\r
75         PDBChain tmpchain;\r
76         String line;\r
77         boolean modelFlag = false;\r
78         boolean terFlag = false;\r
79 \r
80 \r
81         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++)\r
82         {\r
83 \r
84            line = lineArray.elementAt(i).toString();\r
85 \r
86 \r
87            if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
88            {\r
89              id = line.substring(62, 67).trim();\r
90              continue;\r
91            }\r
92 \r
93            if(line.indexOf("MODEL")==0)\r
94              modelFlag = true;\r
95 \r
96            if(line.indexOf("TER")==0)\r
97              terFlag = true;\r
98 \r
99            if(modelFlag && line.indexOf("ENDMDL")==0)\r
100              break;\r
101 \r
102            if (    line.indexOf("ATOM")==0\r
103                || (line.indexOf("HETATM")==0 && !terFlag)\r
104              )\r
105             {\r
106               terFlag = false;\r
107 \r
108 \r
109               //Jalview is only interested in CA bonds????\r
110               if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))\r
111               {\r
112                 continue;\r
113               }\r
114 \r
115               Atom tmpatom = new Atom(line);\r
116 \r
117               tmpchain = findChain(tmpatom.chain);\r
118               if (tmpchain != null)\r
119               {\r
120                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
121               }\r
122               else\r
123               {\r
124                 tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
125                 chains.addElement(tmpchain);\r
126                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
127               }\r
128 \r
129           }\r
130         }\r
131 \r
132        makeResidueList();\r
133        makeCaBondList();\r
134     }\r
135 \r
136     public void makeResidueList() {\r
137         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
138             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
139         }\r
140     }\r
141 \r
142     public void makeCaBondList() {\r
143         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
144             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
145         }\r
146     }\r
147 \r
148     public PDBChain findChain(String id) {\r
149         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
150             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
151                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
152             }\r
153         }\r
154 \r
155         return null;\r
156     }\r
157 \r
158     public void setChargeColours() {\r
159         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
160             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
161         }\r
162     }\r
163 \r
164     public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs) {\r
165         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
166             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);\r
167         }\r
168     }\r
169 \r
170     public void setChainColours()\r
171     {\r
172        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
173        {\r
174             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
175                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
176                 );\r
177         }\r
178     }\r
179 }\r