src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 \r
  24 import java.io.*;\r
  25 \r
  26 import java.net.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 import java.awt.Color;\r
  30 \r
  31 \r
  32 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile {\r
  33     public Vector chains;\r
  34     public String id;\r
  35 \r
  36     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException\r
  37     {\r
  38         super(inFile, inType);\r
  39     }\r
  40 \r
  41     public String print()\r
  42     {\r
  43       return null;\r
  44     }\r
  45 \r
  46     public void parse() throws IOException\r
  47     {\r
  48         chains = new Vector();\r
  49 \r
  50         PDBChain tmpchain;\r
  51         String line;\r
  52         boolean modelFlag = false;\r
  53         boolean terFlag = false;\r
  54 \r
  55 \r
  56         int index = 0;\r
  57         while((line = nextLine())!=null)\r
  58         {\r
  59            if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
  60            {\r
  61              id = line.substring(62, 67).trim();\r
  62              continue;\r
  63            }\r
  64 \r
  65            if(line.indexOf("MODEL")==0)\r
  66              modelFlag = true;\r
  67 \r
  68            if(line.indexOf("TER")==0)\r
  69              terFlag = true;\r
  70 \r
  71            if(modelFlag && line.indexOf("ENDMDL")==0)\r
  72              break;\r
  73 \r
  74            if (    line.indexOf("ATOM")==0\r
  75                || (line.indexOf("HETATM")==0 && !terFlag)\r
  76              )\r
  77             {\r
  78               terFlag = false;\r
  79 \r
  80 \r
  81               //Jalview is only interested in CA bonds????\r
  82               if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))\r
  83               {\r
  84                 continue;\r
  85               }\r
  86 \r
  87               Atom tmpatom = new Atom(line);\r
  88               tmpchain = findChain(tmpatom.chain);\r
  89               if (tmpchain != null)\r
  90               {\r
  91                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  92               }\r
  93               else\r
  94               {\r
  95                 tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  96                 chains.addElement(tmpchain);\r
  97                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  98               }\r
  99           }\r
 100           index ++;\r
 101         }\r
 102 \r
 103        makeResidueList();\r
 104        makeCaBondList();\r
 105 \r
 106        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 107        {\r
 108          SequenceI seq = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).\r
 109              sequence;\r
 110          seq.setName(id + "|" + seq.getName());\r
 111          Sequence dataset = new Sequence(seq.\r
 112              getName(),\r
 113              seq.getSequence().toString(), seq.getStart(), seq.getEnd());\r
 114 \r
 115          PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
 116          entry.setId(id);\r
 117          entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());\r
 118 \r
 119          seq.setDatasetSequence(dataset);\r
 120          dataset.addPDBId(entry);\r
 121 \r
 122          getSeqs().addElement(seq);\r
 123        }\r
 124     }\r
 125 \r
 126     public void makeResidueList() {\r
 127         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 128             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 129         }\r
 130     }\r
 131 \r
 132     public void makeCaBondList() {\r
 133         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 134             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 135         }\r
 136     }\r
 137 \r
 138     public PDBChain findChain(String id) {\r
 139         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 140             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 141                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 142             }\r
 143         }\r
 144 \r
 145         return null;\r
 146     }\r
 147 \r
 148     public void setChargeColours() {\r
 149         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 150             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 151         }\r
 152     }\r
 153 \r
 154     public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs) {\r
 155         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 156             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);\r
 157         }\r
 158     }\r
 159 \r
 160     public void setChainColours()\r
 161     {\r
 162        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 163        {\r
 164             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 165                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 166                 );\r
 167         }\r
 168     }\r
 169 }\r