src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.io.FileParse;
  27
  28 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  29 {
  30   public Vector chains;
  31
  32   public String id;
  33
  34   /**
  35    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  36    */
  37   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  38
  39   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException
  40   {
  41     super(inFile, inType);
  42   }
  43
  44   public PDBfile(FileParse source) throws IOException
  45   {
  46     super(source);
  47   }
  48
  49   public String print()
  50   {
  51     return null;
  52   }
  53
  54   public void parse() throws IOException
  55   {
  56     // TODO set the filename sensibly - try using data source name.
  57     id = safeName(getDataName());
  58
  59       chains = new Vector();
  60
  61       PDBChain tmpchain;
  62       String line=null;
  63       boolean modelFlag = false;
  64       boolean terFlag = false;
  65       String lastID = "";
  66
  67       int index = 0;
  68       String atomnam = null;
  69       try
  70       {
  71       while ((line = nextLine()) != null)
  72       {
  73         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  74         {
  75           if (line.length() > 62)
  76           {
  77             String tid;
  78             if (line.length() > 67)
  79             {
  80               tid = line.substring(62, 67).trim();
  81             }
  82             else
  83             {
  84               tid = line.substring(62).trim();
  85             }
  86             if (tid.length() > 0)
  87             {
  88               id = tid;
  89             }
  90             continue;
  91           }
  92         }
  93         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  94         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  95         {
  96         }
  97
  98         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  99         {
 100           modelFlag = true;
 101         }
 102
 103         if (line.indexOf("TER") == 0)
 104         {
 105           terFlag = true;
 106         }
 107
 108         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
 109         {
 110           break;
 111         }
 112         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 113                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 114         {
 115           terFlag = false;
 116
 117           // Jalview is only interested in CA bonds????
 118           atomnam = line.substring(12, 15).trim();
 119           if (!atomnam.equals("CA") && !atomnam.equals("P"))
 120           {
 121             continue;
 122           }
 123
 124           Atom tmpatom = new Atom(line);
 125           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 126           if (tmpchain != null)
 127           {
 128             if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 129             {
 130               // phosphorylated protein - seen both CA and P..
 131               continue;
 132             }
 133             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 134           }
 135           else
 136           {
 137             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 138             chains.addElement(tmpchain);
 139             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 140           }
 141           lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 142         }
 143         index++;
 144       }
 145
 146       makeResidueList();
 147       makeCaBondList();
 148
 149       if (id == null)
 150       {
 151         id = inFile.getName();
 152       }
 153       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 154       {
 155         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 156         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 157         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 158         entry.setId(id);
 159         if (inFile != null)
 160         {
 161           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 162         }
 163         else
 164         {
 165           // TODO: decide if we should dump the datasource to disk
 166           entry.setFile(getDataName());
 167         }
 168         dataset.addPDBId(entry);
 169         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 170         // maintain reference to
 171         // dataset
 172         seqs.addElement(chainseq);
 173         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 174         if (chainannot != null)
 175         {
 176           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 177           {
 178             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 179             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 180           }
 181         }
 182       }
 183     } catch (OutOfMemoryError er)
 184     {
 185       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 186       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 187     }
 188     catch (NumberFormatException ex)
 189     {
 190       if (line!=null) {
 191         System.err.println("Couldn't read number from line:");
 192         System.err.println(line);
 193       }
 194     }
 195   }
 196
 197   /**
 198    * make a friendly ID string.
 199    *
 200    * @param dataName
 201    * @return truncated dataName to after last '/'
 202    */
 203   private String safeName(String dataName)
 204   {
 205     int p = 0;
 206     while ((p = dataName.indexOf("/")) > -1 && p < dataName.length())
 207     {
 208       dataName = dataName.substring(p + 1);
 209     }
 210     return dataName;
 211   }
 212
 213   public void makeResidueList()
 214   {
 215     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 216     {
 217       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 218     }
 219   }
 220
 221   public void makeCaBondList()
 222   {
 223     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 224     {
 225       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 226     }
 227   }
 228
 229   public PDBChain findChain(String id)
 230   {
 231     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 232     {
 233       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 234       {
 235         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 236       }
 237     }
 238
 239     return null;
 240   }
 241
 242   public void setChargeColours()
 243   {
 244     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 245     {
 246       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 247     }
 248   }
 249
 250   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 251   {
 252     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 253     {
 254       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 255     }
 256   }
 257
 258   public void setChainColours()
 259   {
 260     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 261     {
 262       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 263               1.0f / (float) i, .4f, 1.0f));
 264     }
 265   }
 266 }