src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.io.FileParse;
  28
  29 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  30 {
  31   public Vector chains;
  32
  33   public String id;
  34
  35   /**
  36    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  37    */
  38   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  39
  40   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException
  41   {
  42     super(inFile, inType);
  43   }
  44
  45   public PDBfile(FileParse source) throws IOException
  46   {
  47     super(source);
  48   }
  49
  50   public String print()
  51   {
  52     return null;
  53   }
  54
  55   public void parse() throws IOException
  56   {
  57     // TODO set the filename sensibly
  58     id = (inFile == null) ? "PDBFILE" : inFile.getName();
  59     try
  60     {
  61       chains = new Vector();
  62
  63       PDBChain tmpchain;
  64       String line;
  65       boolean modelFlag = false;
  66       boolean terFlag = false;
  67
  68       int index = 0;
  69       while ((line = nextLine()) != null)
  70       {
  71         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  72         {
  73           id = line.substring(62, 67).trim();
  74           continue;
  75         }
  76         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  77         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  78         {
  79         }
  80
  81         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  82         {
  83           modelFlag = true;
  84         }
  85
  86         if (line.indexOf("TER") == 0)
  87         {
  88           terFlag = true;
  89         }
  90
  91         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
  92         {
  93           break;
  94         }
  95         if (line.indexOf("ATOM") == 0
  96                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
  97         {
  98           terFlag = false;
  99
 100           // Jalview is only interested in CA bonds????
 101           if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
 102           {
 103             continue;
 104           }
 105
 106           Atom tmpatom = new Atom(line);
 107           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 108           if (tmpchain != null)
 109           {
 110             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 111           }
 112           else
 113           {
 114             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 115             chains.addElement(tmpchain);
 116             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 117           }
 118         }
 119         index++;
 120       }
 121
 122       makeResidueList();
 123       makeCaBondList();
 124
 125       if (id == null)
 126       {
 127         id = inFile.getName();
 128       }
 129       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 130       {
 131         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 132         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 133         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 134         entry.setId(id);
 135         if (inFile != null)
 136         {
 137           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 138         }
 139         dataset.addPDBId(entry);
 140         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 141                                                         // maintain reference to
 142                                                         // dataset
 143         seqs.addElement(chainseq);
 144         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 145         if (chainannot != null)
 146         {
 147           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 148           {
 149             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 150             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 151           }
 152         }
 153       }
 154     } catch (OutOfMemoryError er)
 155     {
 156       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 157       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 158     }
 159   }
 160
 161   public void makeResidueList()
 162   {
 163     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 164     {
 165       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 166     }
 167   }
 168
 169   public void makeCaBondList()
 170   {
 171     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 172     {
 173       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 174     }
 175   }
 176
 177   public PDBChain findChain(String id)
 178   {
 179     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 180     {
 181       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 182       {
 183         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 184       }
 185     }
 186
 187     return null;
 188   }
 189
 190   public void setChargeColours()
 191   {
 192     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 193     {
 194       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 195     }
 196   }
 197
 198   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 199   {
 200     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 201     {
 202       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 203     }
 204   }
 205
 206   public void setChainColours()
 207   {
 208     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 209     {
 210       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 211               1.0f / (float) i, .4f, 1.0f));
 212     }
 213   }
 214 }