src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile {\r
  30     public Vector chains;\r
  31     public String id;\r
  32 \r
  33     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException\r
  34     {\r
  35         super(inFile, inType);\r
  36     }\r
  37 \r
  38     public String print()\r
  39     {\r
  40       return null;\r
  41     }\r
  42 \r
  43     public void parse() throws IOException\r
  44     {\r
  45         chains = new Vector();\r
  46 \r
  47         PDBChain tmpchain;\r
  48         String line;\r
  49         boolean modelFlag = false;\r
  50         boolean terFlag = false;\r
  51 \r
  52 \r
  53         int index = 0;\r
  54         while((line = nextLine())!=null)\r
  55         {\r
  56            if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
  57            {\r
  58              id = line.substring(62, 67).trim();\r
  59              continue;\r
  60            }\r
  61 \r
  62            if(line.indexOf("MODEL")==0)\r
  63              modelFlag = true;\r
  64 \r
  65            if(line.indexOf("TER")==0)\r
  66              terFlag = true;\r
  67 \r
  68            if(modelFlag && line.indexOf("ENDMDL")==0)\r
  69              break;\r
  70 \r
  71            if (    line.indexOf("ATOM")==0\r
  72                || (line.indexOf("HETATM")==0 && !terFlag)\r
  73              )\r
  74             {\r
  75               terFlag = false;\r
  76 \r
  77 \r
  78               //Jalview is only interested in CA bonds????\r
  79               if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))\r
  80               {\r
  81                 continue;\r
  82               }\r
  83 \r
  84               Atom tmpatom = new Atom(line);\r
  85               tmpchain = findChain(tmpatom.chain);\r
  86               if (tmpchain != null)\r
  87               {\r
  88                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  89               }\r
  90               else\r
  91               {\r
  92                 tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  93                 chains.addElement(tmpchain);\r
  94                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  95               }\r
  96           }\r
  97           index ++;\r
  98         }\r
  99 \r
 100        makeResidueList();\r
 101        makeCaBondList();\r
 102 \r
 103        if(id==null)\r
 104        {\r
 105          id = inFile.getName();\r
 106        }\r
 107        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 108        {\r
 109          SequenceI seq = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).\r
 110              sequence;\r
 111          seq.setName(id + "|" + seq.getName());\r
 112          Sequence dataset = new Sequence(seq.\r
 113              getName(),\r
 114              seq.getSequence().toString(), seq.getStart(), seq.getEnd());\r
 115 \r
 116          PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
 117          entry.setId(id);\r
 118          if(inFile!=null)\r
 119            entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());\r
 120 \r
 121          seq.setDatasetSequence(dataset);\r
 122          dataset.addPDBId(entry);\r
 123 \r
 124          getSeqs().addElement(seq);\r
 125        }\r
 126     }\r
 127 \r
 128     public void makeResidueList() {\r
 129         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 130             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 131         }\r
 132     }\r
 133 \r
 134     public void makeCaBondList() {\r
 135         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 136             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 137         }\r
 138     }\r
 139 \r
 140     public PDBChain findChain(String id) {\r
 141         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 142             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 143                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 144             }\r
 145         }\r
 146 \r
 147         return null;\r
 148     }\r
 149 \r
 150     public void setChargeColours() {\r
 151         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 152             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 153         }\r
 154     }\r
 155 \r
 156     public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs) {\r
 157         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 158             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);\r
 159         }\r
 160     }\r
 161 \r
 162     public void setChainColours()\r
 163     {\r
 164        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 165        {\r
 166             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 167                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 168                 );\r
 169         }\r
 170     }\r
 171 }\r