src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  30     public Vector chains = new Vector();\r
  31     Vector lineArray = new Vector();\r
  32     String id;\r
  33 \r
  34     public PDBfile(String[] lines) {\r
  35         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
  36             lineArray.addElement(lines[i]);\r
  37 \r
  38         noLines = lineArray.size();\r
  39         parse();\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  43         super(inFile, inType);\r
  44 \r
  45         String line;\r
  46         this.lineArray = new Vector();\r
  47 \r
  48         BufferedReader dataIn;\r
  49 \r
  50         if (inType.equals("File")) {\r
  51             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
  52         }\r
  53         else if(inType.equals("Paste"))\r
  54         {\r
  55             dataIn = new BufferedReader(new StringReader(inFile));\r
  56         }\r
  57         else {\r
  58             URL url = new URL(inFile);\r
  59             this.fileSize = 0;\r
  60             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  61         }\r
  62 \r
  63         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  64             lineArray.addElement(line);\r
  65         }\r
  66 \r
  67         noLines = lineArray.size();\r
  68 \r
  69         parse();\r
  70     }\r
  71 \r
  72     public void parse()\r
  73     {\r
  74         PDBChain tmpchain;\r
  75         String line;\r
  76         boolean modelFlag = false;\r
  77         boolean terFlag = false;\r
  78 \r
  79         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++)\r
  80         {\r
  81 \r
  82            line = lineArray.elementAt(i).toString();\r
  83 \r
  84            if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
  85            {\r
  86              id = line.substring(62, 67).trim();\r
  87              continue;\r
  88            }\r
  89 \r
  90            if(line.indexOf("MODEL")==0)\r
  91              modelFlag = true;\r
  92 \r
  93            if(line.indexOf("TER")==0)\r
  94              terFlag = true;\r
  95 \r
  96            if(modelFlag && line.indexOf("ENDMDL")==0)\r
  97              break;\r
  98 \r
  99            if (line.indexOf("ATOM")==0\r
 100                || (line.indexOf("HETATM")==0 && !terFlag) )\r
 101             {\r
 102               terFlag = false;\r
 103 \r
 104                     try {\r
 105                         Atom tmpatom = new Atom(line);\r
 106 \r
 107                         //Jalview is only interested in CA bonds????\r
 108                         if(!tmpatom.name.equals("CA"))\r
 109                           continue;\r
 110 \r
 111                         tmpchain = findChain(tmpatom.chain);\r
 112                         if ( tmpchain != null)\r
 113                         {\r
 114                           tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
 115                         }\r
 116                         else\r
 117                         {\r
 118                             tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
 119                             chains.addElement(tmpchain);\r
 120                             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
 121                         }\r
 122                     } catch (NumberFormatException e) {\r
 123                         System.err.println("Caught" + e);\r
 124                         System.err.println("Record not added to PDB model:" +\r
 125                             lineArray.elementAt(i).toString());\r
 126                     }\r
 127                 }\r
 128         }\r
 129 \r
 130         makeResidueList();\r
 131         makeCaBondList();\r
 132     }\r
 133 \r
 134     public void makeResidueList() {\r
 135         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 136             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 137         }\r
 138     }\r
 139 \r
 140     public void makeCaBondList() {\r
 141         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 142             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 143         }\r
 144     }\r
 145 \r
 146     public PDBChain findChain(String id) {\r
 147         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 148             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 149                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 150             }\r
 151         }\r
 152 \r
 153         return null;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     public void setChargeColours() {\r
 157         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 158             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 159         }\r
 160     }\r
 161 \r
 162     public void setHydrophobicityColours() {\r
 163         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 164             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 165         }\r
 166     }\r
 167 \r
 168     public void setChainColours()\r
 169     {\r
 170        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 171        {\r
 172             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 173                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 174                 );\r
 175         }\r
 176     }\r
 177 }\r