src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.io.FileParse;
  28
  29 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  30 {
  31   public Vector chains;
  32
  33   public String id;
  34
  35   /**
  36    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  37    */
  38   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  39
  40   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException
  41   {
  42     super(inFile, inType);
  43   }
  44
  45   public PDBfile(FileParse source) throws IOException
  46   {
  47     super(source);
  48   }
  49
  50   public String print()
  51   {
  52     return null;
  53   }
  54
  55   public void parse() throws IOException
  56   {
  57     // TODO set the filename sensibly
  58     id = (inFile == null) ? "PDBFILE" : inFile.getName();
  59     try
  60     {
  61       chains = new Vector();
  62
  63       PDBChain tmpchain;
  64       String line;
  65       boolean modelFlag = false;
  66       boolean terFlag = false;
  67
  68       int index = 0;
  69       while ((line = nextLine()) != null)
  70       {
  71         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  72         {
  73           if (line.length()>62)
  74           {
  75             if (line.length()>67) {
  76               id = line.substring(62, 67).trim();
  77             } else {
  78               id=line.substring(62).trim();
  79             }
  80             continue;
  81           }
  82         }
  83         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  84         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  85         {
  86         }
  87
  88         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  89         {
  90           modelFlag = true;
  91         }
  92
  93         if (line.indexOf("TER") == 0)
  94         {
  95           terFlag = true;
  96         }
  97
  98         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
  99         {
 100           break;
 101         }
 102         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 103                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 104         {
 105           terFlag = false;
 106
 107           // Jalview is only interested in CA bonds????
 108           if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
 109           {
 110             continue;
 111           }
 112
 113           Atom tmpatom = new Atom(line);
 114           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 115           if (tmpchain != null)
 116           {
 117             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 118           }
 119           else
 120           {
 121             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 122             chains.addElement(tmpchain);
 123             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 124           }
 125         }
 126         index++;
 127       }
 128
 129       makeResidueList();
 130       makeCaBondList();
 131
 132       if (id == null)
 133       {
 134         id = inFile.getName();
 135       }
 136       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 137       {
 138         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 139         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 140         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 141         entry.setId(id);
 142         if (inFile != null)
 143         {
 144           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 145         }
 146         dataset.addPDBId(entry);
 147         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 148                                                         // maintain reference to
 149                                                         // dataset
 150         seqs.addElement(chainseq);
 151         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 152         if (chainannot != null)
 153         {
 154           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 155           {
 156             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 157             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 158           }
 159         }
 160       }
 161     } catch (OutOfMemoryError er)
 162     {
 163       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 164       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 165     }
 166   }
 167
 168   public void makeResidueList()
 169   {
 170     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 171     {
 172       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 173     }
 174   }
 175
 176   public void makeCaBondList()
 177   {
 178     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 179     {
 180       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 181     }
 182   }
 183
 184   public PDBChain findChain(String id)
 185   {
 186     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 187     {
 188       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 189       {
 190         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 191       }
 192     }
 193
 194     return null;
 195   }
 196
 197   public void setChargeColours()
 198   {
 199     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 200     {
 201       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 202     }
 203   }
 204
 205   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 206   {
 207     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 208     {
 209       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 210     }
 211   }
 212
 213   public void setChainColours()
 214   {
 215     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 216     {
 217       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 218               1.0f / (float) i, .4f, 1.0f));
 219     }
 220   }
 221 }