src/MCview/PDBfile.java

   1 package MCview;\r
   2 \r
   3 import jalview.gui.*;\r
   4 import java.io.*;\r
   5 import java.net.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  10 \r
  11   public Vector chains = new Vector();\r
  12 \r
  13   Vector lineArray = new Vector();\r
  14 \r
  15   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  16 \r
  17     super(inFile,inType);\r
  18 \r
  19     String line;\r
  20     this.lineArray = new Vector();\r
  21     BufferedReader dataIn;\r
  22 \r
  23     if (inType.equals("File"))\r
  24       dataIn =  new BufferedReader(new FileReader( inFile ));\r
  25 \r
  26     else\r
  27     {\r
  28       URL url = new URL(inFile);\r
  29       this.fileSize = 0;\r
  30       dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  31     }\r
  32 \r
  33     while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  34       lineArray.addElement(line);\r
  35     }\r
  36     noLines = lineArray.size();\r
  37 \r
  38     parse();\r
  39 \r
  40 }\r
  41 \r
  42 \r
  43   public void parse() {\r
  44 \r
  45     System.out.println("Parsing");\r
  46 \r
  47     for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++) {\r
  48       StringTokenizer str = new StringTokenizer(lineArray.elementAt(i).toString());\r
  49       if (str.hasMoreTokens()) {\r
  50         String inStr = str.nextToken();\r
  51 \r
  52         if (inStr.indexOf("ATOM") != -1) {\r
  53           try {\r
  54             myAtom tmpatom = new myAtom(str);\r
  55             if (findChain(tmpatom.chain) != null) {\r
  56               System.out.println("Adding to chain " + tmpatom.chain);\r
  57               findChain(tmpatom.chain).atoms.addElement(tmpatom);\r
  58             } else {\r
  59               System.out.println("Making chain " + tmpatom.chain);\r
  60               PDBChain tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  61               chains.addElement(tmpchain);\r
  62               tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  63             }\r
  64           } catch(NumberFormatException e) {\r
  65             System.out.println("Caught" +  e);\r
  66             System.out.println("Atom not added");\r
  67           }\r
  68         }\r
  69       }\r
  70     }\r
  71     makeResidueList();\r
  72     makeCaBondList();\r
  73     //    for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
  74     //  String pog = ((PDBChain)chains.elementAt(i)).print();\r
  75     //  System.out.println(pog);\r
  76     // }\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public void makeResidueList() {\r
  80     for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
  81       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
  82     }\r
  83   }\r
  84   public void makeCaBondList() {\r
  85     for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
  86       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
  87     }\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public PDBChain findChain(String id) {\r
  91     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
  92       // System.out.println("ID = " + id + " " +((PDBChain)chains.elementAt(i)).id);\r
  93       if (((PDBChain)chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
  94         return (PDBChain)chains.elementAt(i);\r
  95       }\r
  96     }\r
  97     return null;\r
  98   }\r
  99 \r
 100 \r
 101   public void setChargeColours() {\r
 102     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 103       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 104     }\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void setHydrophobicityColours() {\r
 108     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 109       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 110     }\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public void colourBySequence(DrawableSequence seq) {\r
 114 //SMJS TODO\r
 115 //    int max = seq.maxchain;\r
 116 //    if (seq.maxchain != -1) {\r
 117 //      ((PDBChain)chains.elementAt(max)).colourBySequence(seq);\r
 118 //    }\r
 119   }\r
 120 \r
 121   public void setChainColours() {\r
 122     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 123       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setChainColours();\r
 124     }\r
 125   }\r
 126   public static void main(String[] args) {\r
 127     try {\r
 128       PDBfile pdb = new PDBfile("enkp1.pdb","File");\r
 129     } catch(IOException e) {\r
 130       System.out.println(e);\r
 131       System.exit(0);\r
 132     }\r
 133   }\r
 134 }\r
 135 \r
 136 \r
 137 \r