src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  30     public Vector chains = new Vector();\r
  31     Vector lineArray = new Vector();\r
  32 \r
  33     public PDBfile(String[] lines) {\r
  34         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
  35             lineArray.addElement(lines[i]);\r
  36 \r
  37         noLines = lineArray.size();\r
  38         parse();\r
  39     }\r
  40 \r
  41     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  42         super(inFile, inType);\r
  43 \r
  44         String line;\r
  45         this.lineArray = new Vector();\r
  46 \r
  47         BufferedReader dataIn;\r
  48 \r
  49         if (inType.equals("File")) {\r
  50             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
  51         }\r
  52         else if(inType.equals("Paste"))\r
  53         {\r
  54             dataIn = new BufferedReader(new StringReader(inFile));\r
  55         }\r
  56         else {\r
  57             URL url = new URL(inFile);\r
  58             this.fileSize = 0;\r
  59             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  60         }\r
  61 \r
  62         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  63             lineArray.addElement(line);\r
  64         }\r
  65 \r
  66         noLines = lineArray.size();\r
  67 \r
  68         parse();\r
  69     }\r
  70 \r
  71     public void parse() {\r
  72         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++) {\r
  73             StringTokenizer str = new StringTokenizer(lineArray.elementAt(i)\r
  74                                                                .toString());\r
  75 \r
  76             if (str.hasMoreTokens()) {\r
  77                 String inStr = str.nextToken();\r
  78 \r
  79                 if (inStr.indexOf("ATOM") != -1) {\r
  80                     try {\r
  81                         Atom tmpatom = new Atom(str);\r
  82 \r
  83                         if (findChain(tmpatom.chain) != null) {\r
  84                             //   System.out.println("Adding to chain " + tmpatom.chain);\r
  85                             findChain(tmpatom.chain).atoms.addElement(tmpatom);\r
  86                         } else {\r
  87                             PDBChain tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  88                             chains.addElement(tmpchain);\r
  89                             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  90                         }\r
  91                     } catch (NumberFormatException e) {\r
  92                         System.err.println("Caught" + e);\r
  93                         System.err.println("Record not added to PDB model:" +\r
  94                             lineArray.elementAt(i).toString());\r
  95                     }\r
  96                 }\r
  97             }\r
  98         }\r
  99 \r
 100         makeResidueList();\r
 101         makeCaBondList();\r
 102     }\r
 103 \r
 104     public void makeResidueList() {\r
 105         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 106             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 107         }\r
 108     }\r
 109 \r
 110     public void makeCaBondList() {\r
 111         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 112             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 113         }\r
 114     }\r
 115 \r
 116     public PDBChain findChain(String id) {\r
 117         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 118             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 119                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 120             }\r
 121         }\r
 122 \r
 123         return null;\r
 124     }\r
 125 \r
 126     public void setChargeColours() {\r
 127         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 128             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 129         }\r
 130     }\r
 131 \r
 132     public void setHydrophobicityColours() {\r
 133         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 134             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 135         }\r
 136     }\r
 137 \r
 138     public void setChainColours()\r
 139     {\r
 140        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 141        {\r
 142             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 143                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 144                 );\r
 145         }\r
 146     }\r
 147 }\r