src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  30     public Vector chains = new Vector();\r
  31     Vector lineArray = new Vector();\r
  32     String id;\r
  33 \r
  34     public PDBfile(String[] lines) {\r
  35         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
  36             lineArray.addElement(lines[i]);\r
  37 \r
  38         noLines = lineArray.size();\r
  39         parse();\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  43         super(inFile, inType);\r
  44 \r
  45         String line;\r
  46         this.lineArray = new Vector();\r
  47 \r
  48         BufferedReader dataIn;\r
  49 \r
  50         if (inType.equals("File")) {\r
  51             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
  52         }\r
  53         else if(inType.equals("Paste"))\r
  54         {\r
  55             dataIn = new BufferedReader(new StringReader(inFile));\r
  56         }\r
  57         else {\r
  58             URL url = new URL(inFile);\r
  59             this.fileSize = 0;\r
  60             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  61         }\r
  62 \r
  63         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  64             lineArray.addElement(line);\r
  65         }\r
  66 \r
  67         noLines = lineArray.size();\r
  68 \r
  69         parse();\r
  70         lineArray = null;\r
  71     }\r
  72 \r
  73     public void parse()\r
  74     {\r
  75         PDBChain tmpchain;\r
  76         String line;\r
  77         boolean modelFlag = false;\r
  78         boolean terFlag = false;\r
  79 \r
  80 \r
  81         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++)\r
  82         {\r
  83 \r
  84            line = lineArray.elementAt(i).toString();\r
  85 \r
  86 \r
  87            if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
  88            {\r
  89              id = line.substring(62, 67).trim();\r
  90              continue;\r
  91            }\r
  92 \r
  93            if(line.indexOf("MODEL")==0)\r
  94              modelFlag = true;\r
  95 \r
  96            if(line.indexOf("TER")==0)\r
  97              terFlag = true;\r
  98 \r
  99            if(modelFlag && line.indexOf("ENDMDL")==0)\r
 100              break;\r
 101 \r
 102            if (    line.indexOf("ATOM")==0\r
 103                || (line.indexOf("HETATM")==0 && !terFlag)\r
 104              )\r
 105             {\r
 106               terFlag = false;\r
 107 \r
 108 \r
 109               //Jalview is only interested in CA bonds????\r
 110               if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))\r
 111               {\r
 112                 continue;\r
 113               }\r
 114 \r
 115               Atom tmpatom = new Atom(line);\r
 116 \r
 117               tmpchain = findChain(tmpatom.chain);\r
 118               if (tmpchain != null)\r
 119               {\r
 120                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
 121               }\r
 122               else\r
 123               {\r
 124                 tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
 125                 chains.addElement(tmpchain);\r
 126                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
 127               }\r
 128 \r
 129           }\r
 130         }\r
 131 \r
 132        makeResidueList();\r
 133        makeCaBondList();\r
 134     }\r
 135 \r
 136     public void makeResidueList() {\r
 137         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 138             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 139         }\r
 140     }\r
 141 \r
 142     public void makeCaBondList() {\r
 143         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 144             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 145         }\r
 146     }\r
 147 \r
 148     public PDBChain findChain(String id) {\r
 149         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 150             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 151                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 152             }\r
 153         }\r
 154 \r
 155         return null;\r
 156     }\r
 157 \r
 158     public void setChargeColours() {\r
 159         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 160             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 161         }\r
 162     }\r
 163 \r
 164     public void setHydrophobicityColours() {\r
 165         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 166             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 167         }\r
 168     }\r
 169 \r
 170     public void setChainColours()\r
 171     {\r
 172        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 173        {\r
 174             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 175                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 176                 );\r
 177         }\r
 178     }\r
 179 }\r