src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.io.FileParse;
  28
  29 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  30 {
  31   public Vector chains;
  32
  33   public String id;
  34
  35   /**
  36    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  37    */
  38   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  39
  40   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException
  41   {
  42     super(inFile, inType);
  43   }
  44
  45   public PDBfile(FileParse source) throws IOException
  46   {
  47     super(source);
  48   }
  49
  50   public String print()
  51   {
  52     return null;
  53   }
  54
  55   public void parse() throws IOException
  56   {
  57     // TODO set the filename sensibly
  58     id = (inFile == null || inFile.getName()==null || inFile.getName().length()==0) ? "PDBFILE" : inFile.getName();
  59     try
  60     {
  61       chains = new Vector();
  62
  63       PDBChain tmpchain;
  64       String line;
  65       boolean modelFlag = false;
  66       boolean terFlag = false;
  67       String lastID="";
  68
  69       int index = 0;
  70       String atomnam=null;
  71       while ((line = nextLine()) != null)
  72       {
  73         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  74         {
  75           if (line.length()>62)
  76           {
  77             String tid;
  78             if (line.length()>67) {
  79               tid = line.substring(62, 67).trim();
  80             } else {
  81               tid=line.substring(62).trim();
  82             }
  83             if (tid.length()>0)
  84             {
  85               id = tid;
  86             }
  87             continue;
  88           }
  89         }
  90         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  91         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  92         {
  93         }
  94
  95         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  96         {
  97           modelFlag = true;
  98         }
  99
 100         if (line.indexOf("TER") == 0)
 101         {
 102           terFlag = true;
 103         }
 104
 105         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
 106         {
 107           break;
 108         }
 109         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 110                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 111         {
 112           terFlag = false;
 113
 114           // Jalview is only interested in CA bonds????
 115           atomnam = line.substring(12, 15).trim();
 116           if (!atomnam.equals("CA") && !atomnam.equals("P"))
 117           {
 118             continue;
 119           }
 120
 121           Atom tmpatom = new Atom(line);
 122           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 123           if (tmpchain != null)
 124           {
 125             if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 126             {
 127               //  phosphorylated protein - seen both CA and P..
 128               continue;
 129             }
 130             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 131           }
 132           else
 133           {
 134             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 135             chains.addElement(tmpchain);
 136             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 137           }
 138           lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 139         }
 140         index++;
 141       }
 142
 143       makeResidueList();
 144       makeCaBondList();
 145
 146       if (id == null)
 147       {
 148         id = inFile.getName();
 149       }
 150       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 151       {
 152         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 153         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 154         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 155         entry.setId(id);
 156         if (inFile != null)
 157         {
 158           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 159         }
 160         dataset.addPDBId(entry);
 161         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 162                                                         // maintain reference to
 163                                                         // dataset
 164         seqs.addElement(chainseq);
 165         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 166         if (chainannot != null)
 167         {
 168           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 169           {
 170             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 171             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 172           }
 173         }
 174       }
 175     } catch (OutOfMemoryError er)
 176     {
 177       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 178       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 179     }
 180   }
 181
 182   public void makeResidueList()
 183   {
 184     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 185     {
 186       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 187     }
 188   }
 189
 190   public void makeCaBondList()
 191   {
 192     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 193     {
 194       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 195     }
 196   }
 197
 198   public PDBChain findChain(String id)
 199   {
 200     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 201     {
 202       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 203       {
 204         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 205       }
 206     }
 207
 208     return null;
 209   }
 210
 211   public void setChargeColours()
 212   {
 213     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 214     {
 215       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 216     }
 217   }
 218
 219   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 220   {
 221     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 222     {
 223       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 224     }
 225   }
 226
 227   public void setChainColours()
 228   {
 229     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 230     {
 231       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 232               1.0f / (float) i, .4f, 1.0f));
 233     }
 234   }
 235 }