src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package MCview;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import java.io.*;\r
  24 import java.net.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  29 \r
  30   public Vector chains = new Vector();\r
  31 \r
  32   Vector lineArray = new Vector();\r
  33 \r
  34   public PDBfile(String [] lines)\r
  35   {\r
  36     for(int i=0; i<lines.length; i++)\r
  37       lineArray.addElement(lines[i]);\r
  38 \r
  39     noLines = lineArray.size();\r
  40     parse();\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  44 \r
  45     super(inFile,inType);\r
  46 \r
  47     String line;\r
  48     this.lineArray = new Vector();\r
  49     BufferedReader dataIn;\r
  50 \r
  51     if (inType.equals("File"))\r
  52       dataIn =  new BufferedReader(new FileReader( inFile ));\r
  53 \r
  54     else\r
  55     {\r
  56       URL url = new URL(inFile);\r
  57       this.fileSize = 0;\r
  58       dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  59     }\r
  60 \r
  61     while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  62       lineArray.addElement(line);\r
  63     }\r
  64     noLines = lineArray.size();\r
  65 \r
  66     parse();\r
  67 \r
  68 }\r
  69 \r
  70 \r
  71   public void parse() {\r
  72 \r
  73     for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++) {\r
  74       StringTokenizer str = new StringTokenizer(lineArray.elementAt(i).toString());\r
  75       if (str.hasMoreTokens()) {\r
  76         String inStr = str.nextToken();\r
  77 \r
  78         if (inStr.indexOf("ATOM") != -1) {\r
  79           try {\r
  80             myAtom tmpatom = new myAtom(str);\r
  81             if (findChain(tmpatom.chain) != null) {\r
  82            //   System.out.println("Adding to chain " + tmpatom.chain);\r
  83               findChain(tmpatom.chain).atoms.addElement(tmpatom);\r
  84             } else {\r
  85             //  System.out.println("Making chain " + tmpatom.chain);\r
  86               PDBChain tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  87               chains.addElement(tmpchain);\r
  88               tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  89             }\r
  90           } catch(NumberFormatException e) {\r
  91             System.err.println("Caught" +  e);\r
  92             System.err.println("Record not added to PDB model:"+lineArray.elementAt(i).toString());\r
  93           }\r
  94         }\r
  95       }\r
  96     }\r
  97     makeResidueList();\r
  98     makeCaBondList();\r
  99     //    for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
 100     //  String pog = ((PDBChain)chains.elementAt(i)).print();\r
 101     //  System.out.println(pog);\r
 102     // }\r
 103   }\r
 104 \r
 105   public void makeResidueList() {\r
 106     for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
 107       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 108     }\r
 109   }\r
 110   public void makeCaBondList() {\r
 111     for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
 112       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 113     }\r
 114   }\r
 115 \r
 116   public PDBChain findChain(String id) {\r
 117     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 118       // System.out.println("ID = " + id + " " +((PDBChain)chains.elementAt(i)).id);\r
 119       if (((PDBChain)chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 120         return (PDBChain)chains.elementAt(i);\r
 121       }\r
 122     }\r
 123     return null;\r
 124   }\r
 125 \r
 126 \r
 127   public void setChargeColours() {\r
 128     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 129       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 130     }\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void setHydrophobicityColours() {\r
 134     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 135       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 136     }\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void colourBySequence(Sequence seq) {\r
 140 //SMJS TODO\r
 141 //    int max = seq.maxchain;\r
 142 //    if (seq.maxchain != -1) {\r
 143 //      ((PDBChain)chains.elementAt(max)).colourBySequence(seq);\r
 144 //    }\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public void setChainColours() {\r
 148     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 149       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setChainColours();\r
 150     }\r
 151   }\r
 152   public static void main(String[] args) {\r
 153     try {\r
 154       PDBfile pdb = new PDBfile("enkp1.pdb","File");\r
 155     } catch(IOException e) {\r
 156       System.out.println(e);\r
 157       e.printStackTrace();\r
 158       System.exit(0);\r
 159     }\r
 160   }\r
 161 }\r
 162 \r
 163 \r
 164 \r